Reese是中情局最顶尖的卧底特工，可是自从他一生中最爱的人遭遇不幸之后，他对生活彻底失去了信心，不仅装死退出了中情局，还成了不折不扣的流浪汉，街头酒鬼。在与一群地铁暴徒发生冲突之后，命案侦探Carter认出了他的身份，Carter将Reese带回警察局进行讯问，然而只过了几分钟，Finch先生现身并带走了Reese。Finch先生对Reese晓以利害，成功说服他加入自己的秘密行动组。

Finch的机器对一个社会保险号发出预警，Reese和Finch调查后发现该号码属于一个两年前被谋杀的孩子，不禁对机器的可靠性产生了怀疑。与此同时，Finch回忆起当初发明这部机器时的情形。

Finch的机器指示Reese和Finch找到一个退伍的海军陆战队士兵，他们发现此人与一个犯罪集团有某种联系。Reese决定渗透进这个集团，参与他们的抢劫行动，以便更好地了解真相。与此同时，Carter继续调查Reese的真实身份，她离真相似乎只有一步之遥。

Reese和Finch锁定了最新的目标：MeganTillman医生，通过跟踪这位年轻女医生上班和下班的生活轨迹，一个新的威胁浮出了水面。

Reese的下一个追踪对象是一个年轻、美貌、精明且足智多谋的女人，Reese不禁被她迷住了。

Finch的机器将一名目睹谋杀案的学校教师选为下一个跟踪目标，Reese和Finch不得不与时间赛跑来拯救他的性命。

Reese和Finch发现他们最新的调查对象与冷战时期的苏联间谍圈有联系，他们很好奇：在现代高科技诞生之前，间谍们的秘密行动是如何组织的。

当Finch的机器将Carter侦探选定为下一个“可疑目标”时，Reese、Finch与Carter警探的猫鼠游戏变得越发复杂了。

最近与Reese和Finch的遭遇让Carter侦探心有余悸，Finch的机器一下子吐出四个社会保险号（而不是通常的一个），让Reese和Finch目瞪口呆，不知如何是好。

Finch的机器找到了下一个嫌疑目标——某大厦的管理员，对住户们的监视超出了正常范围。Reese留在家里“玩”计算机，而Finch跑到外面去干搜集情报的工作。与此同时，Carter警探发现自己长期在调查的一起案件露出了冰山一角。

当Carter终于亲眼见到Reese的时候，Reese请求她帮忙调查机器锁定的下一个嫌疑目标——一个性格好斗，有过不良记录的年轻女人。她已经成功改变自己的人生道路并成为一名律师，可机器为什么选择她呢。

Reese和Finch最新的“可疑之人”是一个倒霉蛋，但最近却出人意料地时来运转。随着调查工作的深入，Reese和Finch不得不寻找一位曾经在他们的“可疑之人”名单上出现过的人前来帮忙——神通广大、关系众多的Zoe。

Finch的机器指认少年Darren为“可疑之人”。Darren的哥哥刚刚被人谋杀，或许这就是机器找到他的原因？与此同时，Finch越来越担心自己前任生意搭档的儿子会查出机器的真相。

为了接近机器挑选的下一位“可疑之人”，Reese决定潜入一个走私集团，但他很快发现整起事件背后另有玄机。

机器引Reese和Finch来到华尔街——一名在某大型投资银行工作的年轻交易员卷入了一场金额高达数百万美元的金融诈骗案。

机器提供的新社保号属于一个只有六个月大的婴儿，为什么她会成为谋杀的目标？Reese和Finch决定将注意力放在寻找她的父母身上，同时婴儿的到来也考验着这对奶爸的抚养经验，与此同时,Elias再次出现，令Carter警探开始质疑自己与Reese和Fiche合作是否明智。

机器找到的下一个“可疑之人”令Reese和Finch感觉头疼，因为这个人可能过着双重生活，而且不接触任何数字技术（如电视、手机、计算机、互联网等一切能够“反查地址”的电子设备），追踪起来难度极大。

机器一口气吐出五个社会保险号，他们分别属于纽约市五大黑帮家族。Reese和Finch怀疑这预示着Elias打算铲除所有的竞争对手。

机器吐出一个新号码，根据案件调查的需要，Reese隐姓埋名，将自己伪装成一名运钞装甲车的押运员。这起案件勾起了Reese的回忆——在他离开中情局之前的最后一起案件中，他被迫做出一个痛苦的决定。

Reese的生日到了，Finch决定给他放一天假。其实Finch这么做还有另一个原因——机器提供的最新号码与Reese的过去有关，他不想让Reese记起那段痛苦的回忆。

机器确定的下一名“可疑对象”卷入了一起黑暗而复杂的政府阴谋，但他对整件事过于好奇，可能会给自己带来不必要的危险。Finch对于这个“阴谋”十分熟悉。与此同时，Reese发现了Finch过去的秘密。

机器提供了一个心理学家的号码，Reese必须保护她（AmyAcker）躲过一名病人的追杀，同时避免被快速赶来的联邦探员逮捕——以前从来都是Reese监视别人，现在Reese自己被困在一个受到密切监控的地方，他该怎么办呢？与此同时，一个不速之客突然找上门来，令Finch大感意外。