史卡莉回到非洲西部继续研究碎片，希望能找到穆德的病因，然而一个神秘男子不断出现又消失，伴随着一系列怪事阻挠她的研究。另一边，穆德被关进了精神病院，对前来探视的斯基纳张牙舞爪，其实是暗中把“救我”的字条留给他。斯基纳顺着穆德留下的线索找到克里斯高。穆德虽然不能言语，但他从外星人那里获得了一项能力，能够预读别人的思想，克里斯高向他身体中注射药物，戴安娜闻讯赶来却晚了一步，她随后向穆德表白……史卡莉和当地的女大学教授发现碎片上的文字跟很多人类文明有关系，然而那个神秘男不断出现阻止她深究下去。史卡莉乌云散乱的回到穆德身边，看着口不能言的他，暗自神伤。只能不断讲述自己在非洲的见闻，让穆德坚持下去……

病榻上的穆德被癌人带走，癌人向他表明自己是他的父亲，把他带入另一种生活，一场梦境。在梦里穆德娶妻（戴安娜）生子，时光飞逝。梦境之外，克里斯高告诉史卡莉癌人他们要的是穆德对外星病毒的免疫能力，戴安娜则匿名给史卡莉寄了一本书，书中描绘了第六次大灭绝的场景。史卡莉向斯基纳寻求帮助，斯基纳被人威胁，无奈拒绝。正在史卡莉四处碰壁，一筹莫展之际，新墨西哥州的埃尔伯出现在她面前，提醒她在自己的心中寻找。戴安娜看着昏迷中的穆德很是担心，癌人则认为穆德会走过这英雄涅盘之路，他亲自进入穆德梦境照顾他。戴安娜看着穆德迟迟不醒万分焦急，想起了史卡莉，于是把秘密实验室的卡寄给了她。史卡莉赶到，将在梦境中行将就木的穆德唤醒。穆德醒来，恍若隔世……

穆德和史卡莉调查加州某餐馆的一起命案，他们在尸体身上发现了只有员工才持有的牌子，而斯平克斯没有带牌子，成为了最大嫌疑人。被炒鱿鱼的他在现场发现罗伯茨丢下的药瓶，跑去要封口费，没想到他是“怪物”，被腹中饥饿的罗伯茨吃了下去。吃人的快感令罗伯茨难以自拔，他又抱着负疚感接连吃了很多人。罗伯茨向心理医生倾诉，心理医生意识到他就是多起命案的凶手，但仍想努力感化他。正当罗伯茨内心挣扎之际，穆德史卡莉赶了过来，罗伯茨明白自己只是个怪物，没法变成好人，死于穆德枪下。

四名前FBI探员先后自杀身亡，他们的尸体随后被盗，不知其踪。穆德调查发现，他们都是千禧集团的成员。随后他找到已退休的布莱克探员，起初布莱克不愿意透露。在史卡莉保证他不会被再次卷进千禧集团之后，布莱克才愿意透露内幕，原来一切都是一个巫师作祟。穆德按照布莱克告诉他的信息挨个查访，终于在一个偏僻的地方找到巫师的住处。在他闯入后不久，巫师也回来了，他把穆德关在地下室中，念起了咒语。幸好穆德之前抓了一把盐带在身上，僵尸暂时伤不到他。布莱克随后赶来，他持枪闯入地下室，却被僵尸缠住，危急时刻史卡莉赶来，击毙僵尸，救下了他们。

穆德接到线报，一个男人从大厦顶层掉落下来却几乎毫发未损，爬起来走了。他在现场找到假眼球，并与史卡莉一同查出这个叫亨利的男人的身份。看过了亨利精致的“多米诺”手工艺品，以及随后追杀他的人的离奇死亡，穆德觉察出这是个无比幸运的人。他仔细探查，从通风口中揪出了躲起来的亨利，追杀亨利的人也接踵而至，却开枪击中亨利胸前的小刀，子弹经过数次反弹最终打中自己。在医院中，亨利终于吐露实情：楼上孩子得了绝症，需要10万手术费。亨利为了帮助他，去跟卡通那赌钱并取胜，就被他从顶层摔下……经过劝说，亨利终于同意出庭作证，卡通那则绑架了孩子的母亲，亨利只身前往，靠着幸运杀死了卡通那，而卡通那的血型正好与那孩子相配……

又是关于史卡莉的充满了宗教色彩的一集。罪犯东尼成功越狱，穆德认为是监狱牧师协助他逃出。牧师布道过程中对人们进行心理暗示，制造幻象帮助他越狱。在调查过程中，史卡莉不断听到一首小时候的歌，她认为这是在提醒她恶魔正在靠近。牧师本来希望东尼能够改过自新，他却不知悔改，牧师只好掏出手枪想解决掉东尼。不料东尼是真正的恶魔化身，牧师反而被他杀死。东尼去往史卡莉的家，制服了她。正在他准备肢解史卡莉时，穆德赶了过来，史卡莉也挣脱了东尼的捆绑，亲手干掉了东尼。

魔术师马力尼在一次表演过后人头落地，意外身亡。穆德史卡莉顺着线索找到他的双胞胎哥哥和另一位魔术师拉博，实际上，这正是他俩设的局，利用这个离奇事件吸引FBI介入调查，通过20万借据将他们的目光引到阿尔瓦雷斯处，正是这个男人害的八年前拉博银行盗窃的计划功亏一篑。拉博紧接着化装成阿尔瓦雷斯抢劫钞票运输车，陷害于他，而马力尼则通过变纸牌戏法取得穆德的指纹，再加上穆德证件上的徽号，两人就可以轻而易举的进入银行后台。整个计划天衣无缝，毫无证据，但他们找错了对象。穆德最终看穿其阴谋，从证据室调走马力尼的钱包，印上他指纹的纸牌就在其中……

田纳西州有一名男子惨死车内，身上遍布蛇的咬痕。穆德和史卡莉询问了当地牧师瑞瓦，得知遇难者的妻子格蕾丝临近生产。他认为另一个宣传邪教的伊诺牧师嫌疑最大，格蕾丝夫妇想脱离伊诺的团体遭到伊诺报复。随后，瑞瓦的助手也离奇死亡，死因相同。穆德史卡莉找到伊诺，发现他是一个出色的驯蛇人，伊诺提醒他们注意自己站在哪一方。两人发现伊诺是格蕾丝的父亲，怀疑格蕾丝肚子里的孩子是伊诺的。伊诺已经先行一步把格蕾丝带走了，格蕾丝生下一群小蛇……伊诺去找瑞瓦算账，穆德赶到，击伤伊诺。听了他的解释，穆德明白自己冤枉了好人，瑞瓦才是真正的凶手……

加州一个小女孩晚上睡觉时候失踪，父亲事先预见女孩惨死的景象，而绑架威胁信上的字跟母亲的字迹一模一样。穆德认为女孩遭绑架跟他父母没关，为求佐证，他拜访了女子监狱中同样蒙冤的凯西。他指出凯西当初为获假释才承认自己谋杀了自己的孩子，实际上是某种力量借用她的手写下那封信。穆德的母亲给他留言，说有事告诉他。然而她没等到穆德回复就撒手人寰。穆德伤心不已，同时发现家里关于妹妹的文件都不见了。此时，加州的事件有了新进展，母亲声称自己晚上看到了女儿，她口中念叨“74”。史卡莉在地图上找到了这个地点：圣诞老人公园。他们赶到那里，嫌疑人慌忙逃跑，最终在公园后的墓地旁，他们抓获了嫌犯。望着眼前这片阴森森的墓地，穆德心事重重……

找到了孩子们的尸体，穆德仍未停歇，史卡莉知道他想找到他妹妹。一名“警察巫师”皮拉尔来找穆德，声称自己能够看到行走的灵魂，穆德半信半疑。在他的公寓中，皮拉尔看到了穆德母亲的灵魂，穆德无意识地写下了“四月基地”，皮拉尔说这是穆德母亲给他的留言。另一方面，史卡莉发现了癌人亲笔签署的文件，下令停止对穆德妹妹的寻找行动。癌人现身史卡莉的公寓，并作出了解释：萨曼莎已死，而不告诉穆德是想让他抱有希望。穆德在基地里找到萨曼莎的手印，在史卡莉的逼问下，皮拉尔道出了他的真正目的：找到他的儿子。三人重返基地，围圈请神，在小男孩幽灵的带领下，穆德找到萨曼莎的日记。他们去找当年萨曼莎的护士，得知她也曾预见萨曼莎的死亡。小男孩幽灵引导穆德见到萨曼莎的魂灵，穆德百感交集，寻妹之路终于走到了终点……

本集使用了新颖的手持摄像技术，从摄像师的角度记述了一段穆德史卡莉的办案过程。威兹警官在巡逻途中发现状况，警车被一股大力掀倒侧翻。穆德勘察现场，认为跟一个月前满月之夜的狼人袭击案件如出一辙。威兹却说攻击者像他小时候害怕的黄蜂人。满腹狐疑的穆德史卡莉继续调查，又发现一名女性受害者，声称是被一个名叫米诺维的男子伤害。两人费尽周折找到他，却发现此男子已死亡一个星期。史卡莉验尸过程中，助手一直在唠叨病毒的危害，突然倒在地上，症状如病毒感染相同。穆德瞬间明白，他们所追寻的是一个幽灵，能够变幻出人们内心深处的恐惧进而攻击人类。随后，威兹再次被幽灵纠缠，穆德史卡莉赶到，大声鼓励他战胜恐惧。幸好太阳升起，幽灵烟消云散……

穆德和史卡莉调查一个在虚拟FPS游戏中中了真实子弹死亡的案件，孤枪侠三人组作为游戏的投资人也参与其中。通过对游戏复盘，女负责人菲比发现是一个神秘少女开得枪。著名游戏设计师丹尼尔也来试玩这个游戏，同样死于那个女性之手。两人找到了那个女性在现实中的原型，断定有人扫描了她的资料，在游戏中设计成大BOSS。孤枪侠三人进入到游戏中，穆德大惊，进入帮助他们，却遇到了BOSS。菲比赶紧关掉游戏电源，穆德却消失在了游戏中。菲比承认是她创造了boss，却不知她是怎样跳出了程序，成为真正的杀手。史卡莉没有其他办法，重新下载进入游戏，她和穆德浴血奋战，很快就要支撑不住了。菲比不顾男负责人伊凡的阻挡，告诉了孤枪侠结束游戏的方式，穆德史卡莉像两个英雄一样归来……

加州一位老医生死于非命，穆德根据医生床上一撮摆成人形的土，认定此案与巫术有关。几天之后，老医生儿子威德尔的妻子也患上了病，起初威德尔拒绝相信穆德的巫术论，直到凶手毕提出现在他面前，并亲自夺走了他妻子的命。原来毕提的女儿因车祸送进医院，救治她的正是威德尔医生，眼见小姑娘伤重不治徒增痛苦，威德尔给她注射了大量吗啡结束了她的生命。毕提却认为威德尔此举是偷走了自己女儿的性命，因此自己也过来取他家人的命。史卡莉带着威德尔及其女儿赴郊外避难，殊不知毕提带着女儿的头骨紧随其后……

本集由癌人的扮演者戴维斯编导。维吉尼亚州的一个小孩患上癌症突然自愈，据称他是被天使救治的。史卡莉前往调查，碰上了癌人。他表明自己并无恶意，小孩也是他通过脖颈后面的芯片治好的。癌人称他已行将就木，愿意把他这些年的研究结果即治疗癌症的方法给史卡莉看，从而造福全人类，前提是不把事情告诉穆德。史卡莉犹豫再三，还是跟癌人走了。穆德知道之后很担心她，请来孤枪侠寻找也是一无所获，只发现了她电脑里与“眼镜蛇”的通讯记录。穆德瞬间明白，癌人在利用史卡莉，他和他的手下以史卡莉的身份与“眼镜蛇”联系，骗取资料。如今一旦得手，后果不堪设想。另一边，史卡莉浑然不觉，一步步走入癌人设好的陷阱之中……

复活节的夜晚，深受邻居喜爱的玛莎失踪，她的女儿声称在家中看到了渡鸦。她的丈夫闻讯从外地赶回，搜索家中发现避孕药和钥匙，认为玛莎跟男人私奔了，但随后在自家院子里发现她的尸体。穆德怀疑案件与向来跟玛莎不和的珍妮有关，她却拒绝承认。警长的妻子海伦在家中发现奇怪的钥匙，随后也遭到怪物攻击，侥幸逃脱。穆德从警长看到钥匙后不自然的神情认为他就是玛莎的出轨对象，在珍妮也被怪物袭击身死之后，警长向穆德吐露了真相，承认自己同时与玛莎和珍妮有染。穆德推断，所谓的怪物就是海伦，她在得知丈夫出轨之后，激发出了另一面，把玛莎和珍妮杀死。穆德赶紧去找海伦，却在与怪物的搏斗中处于下风，海伦卡住他的脖子，沉入浴缸……

本集由史卡莉的扮演者安德森编导，充满了女性思维的特点。穆德要去英国查看麦田之谜，史卡莉没有跟他同去。在拿尸检报告时，史卡莉偶然看到自己以前的导师及恋人华特森的病历，他因心脏病住院。史卡莉前往探视，却得知华特森当年为了他抛弃家庭，百感交集，她渐渐觉得身边一切有节奏的声音都代表着时光的流逝。穆德拜托她去艾萨家拿资料，艾萨对道学颇有研究，她给了史卡莉一些建议，让她试着慢下来生活。史卡莉并不完全明白，她无意中走到一座寺庙中，在佛像前虔诚的下跪，她看到了他的人生旅程……史卡莉和艾萨找来一个道士帮助治疗华特森，竟然奇迹般的收到成效，史卡莉告诉醒来后的华特森，是时候弥补他的家庭了……

斯基纳负责保护的证人在自家浴室离奇死亡，死状惨不忍睹。他所要指控的对象莫雷烟草公司对此事讳莫如深。之后不久，第二桩惨案发生，死亡方式几乎一模一样，穆德寻找邻居求证，发现了一个叫威佛的人。他在穆德面前抽起了从莫雷公司拿到的香烟……史卡莉从尸体肺部发现了大量幼虫，而这正是两人的死因，此时穆德忽感不适，症状与他们相同。莫雷公司的佛斯博士终于站了出来，承认他们新研制的香烟有问题，而唯有威佛抽了没事。他们感到其住所，发现莫雷公司的人想要除掉威佛这个人证却失了手。斯基纳知道威佛会回公司取烟草，终于等到了他。威佛却认为自己是个很好地研究对象，斯基纳不敢杀他，有恃无恐地点燃香烟，但斯基那还是扣动了扳机。史卡莉看着威佛被尼古丁染黄的手，突然明白只有大剂量尼古丁能救穆德……

本集由穆德的扮演者杜楚尼编导。奥菲伦主教的地窖离奇爆炸，穆德奉命调查，与以往不同的是这次他不得不带上斯基纳的朋友好莱坞编剧费德曼。他在墓穴中发现会动的骸骨，如获至宝，觉得已经拿到足够的素材，回去赶剧本。穆德在爆炸死者赫夫曼家中发现一些宗教文件，疑为伪造的，随即发现奥菲伦将它们买下，遂怀疑是奥菲伦导演这出戏。史卡莉在验尸时被诈尸的赫夫曼吓了一跳，当两人意图逮捕奥菲轮时，赫夫曼却活生生的出现在眼前……斯基纳冲着他们大发雷霆，强制他们休假，两人只好应邀到拍片现场找点事干。没过多久，影片试映了，当穆德看到片中的史卡莉拒绝了穆德的亲吻并说自己喜欢的是斯基纳时，忍不住跳了起来。前排斯基纳回头冲他露出了诡异的笑容……

堪萨斯发生一场两名警员互殴事件，经过调查，穆德和史卡莉认定事情与露露和贝蒂脱不了干系。她俩不仅长得极为相似，而且想法都如出一辙，都在印刷店工作，都跳了许多次槽，甚至爱上同一个男人。萨普斯坦这个叫苏班尼的男人是半职业摔跤手，因为穆德对他的调查，拳击场老板向苏班尼索要保证金。而为了见他，露露和贝蒂在酒馆相遇，使酒馆陷入混乱，老板趁乱把钱拿走。失去资金的苏班尼无法参赛，只能分别求助露露和贝蒂，两人不约而同采取同样的方式：复印钞票。比赛当晚，穆德史卡莉来到现场，露露和贝蒂也拿着钞票赶到，场面顿时失控，拳击场沦为群殴场……

密苏里一家仓储公司的老板突然失去了嘴巴，他一口咬定是员工安森干的。穆德和史卡莉到安森家查看，发现安森兄弟俩和一个神秘女性在一起。穆德勘察现场，认为那名神秘女子是传说中的灯奴，因此可以满足安森的愿望。随后，安森隐形后的尸体在公路边被找到，史卡莉莫名兴奋，认为这突破了现代科学的束缚。穆德在纪录片中墨索里尼和尼克松的身边都发现了此女的身影，更加坚定了自己的想法。当两人再赴安森家的时候，那里却发生了爆炸，安森兄弟尸骨无存。穆德在废墟中发现了灯奴，于是他拥有了三个愿望，他首先许愿世界和平，然而灯奴把世界上的人都变没了，穆德只好用第二个愿望把他首个愿望取消。当他正字斟句酌时，史卡莉的一番话点醒了他：世界和平是每个人努力的结果，不是他一个人的愿望就能达成的。面对着灯奴，他郑重的许下了最后一个愿望……

FBI高层又在想方设法关闭X档案，穆德据理力争无果，忍不住教训了前来“威胁”他的探员。他们应麦尔斯警官之邀到奥瑞冈州调查飞碟失事的事件。另一边，行将就木的癌人将克里切克从狱中救出，让他赶在穆德一行之前找到飞碟。一天夜里，史卡莉找穆德告诉他自己身体不适，穆德将她揽入怀中，劝她不要再跟自己趟这趟浑水。次日，该地区又有一个年轻妈妈被劫持，麦尔斯听了目击者的证词，怀疑上了自己的父亲，然而面对父亲他却下不了手。穆德史卡莉来迟了一步，麦尔斯已经被劫持走了……斯基纳把克里切克带到穆德面前，差点使穆德情绪失控，克里切克把癌人的计划和盘托出，于是穆德安顿好史卡莉，跟着斯基纳出发找飞碟。史卡莉翻阅文件，发现被劫持的人都有过脑电波异常的状况，意识到曾出现相似症状的穆德才有危险，顿时昏了过去。与此同时，斯基纳眼睁睁看着穆德消失在能量场中，而克里切克则从楼梯上把癌人推了下去。斯基纳返回总部，带回了穆德失踪的消息，史卡莉悲痛万分，同时惊奇的发现，自己竟然有了身孕……