郭靖与黄蓉结伴游江南，遇见丐帮帮主洪七公，但两人不知洪七公身分，以为是普通乞丐，黄蓉更对之多番戏弄。 郭靖、黄蓉二人到岳王庙游玩，见岳飞后人岳文斥责当地人民纸醉金迷，郭靖大受感动，搀扶岳文返家休息。 欧阳克与杨康相继到达江南，原来金国欲得武穆遗书，以称霸天下，而遗书正在岳文手中，岳文欲上呈献予宋帝，欧阳克等到处追踪。 一日，郭靖、黄蓉二人见丐帮弟子行动诡秘，误会丐帮对岳文不利，但丐帮原为保护岳文而来，郭靖、黄蓉不知情，反将丐帮弟子赶走，令丐帮保护岳文计划失败，岳文终被欧阳克毒蛇咬死，遗书交由洪七公保管。 郭靖决保护洪七公上京，但黄蓉感七公阻碍二人游玩，遂将洪七公骗往妓院，但洪七公反称黄蓉是其女，假意将黄蓉卖给妓院，令黄蓉为之气恼。

七公故意戏弄黄蓉，诈称遗书留在妓院，黄蓉着郭靖到妓院取回，一方面趁郭靖不在，将七公绑在沙滩上，及至郭靖发觉，忙替七公解围，但七公反将郭靖绑在树上，然后告知黄蓉，黄蓉救回郭靖后，以为七公与丐帮勾结，遂到丐帮用食物诱之跌落坑中，逼其说出遗书下落，但七公气定神闲，令二人气结，此时梁子翁出现，要吸啜郭靖的血，七公即用降龙十八掌将梁子翁赶走，黄蓉始知七公身分。 黄蓉见七公武功盖世，希望七公能传授郭靖一招半式，遂以佳肴诱之，七公终受不住美食引诱，又见郭靖为人敦厚，遂教郭靖掌法。 拖雷与华筝到达江南，杨康知悉拖雷此行乃为联宋灭金，遂派探子打听拖雷住处，欲将拖雷杀死，幸拖雷与华筝及时逃出，但欧阳克已将蛇粉撒在二人身上，随着粉末跟踪，赫然见一地道，原来地道通往藏经阁，拖雷藉此偷取遗书；一方面，黄蓉为讨七公欢心，偷进宫内窃取点心，与拖雷相遇，两人同被大内高手围攻，连忙逃入地道，但欧阳克等人已在地道外把守。

拖雷与黄蓉被欧阳克捉返望江楼，欧阳克欲对黄蓉无礼，幸梅超风到来，令众人不许伤及黄蓉。 洪七公与郭靖到郊外搜索黄蓉踪迹，见数个平民打扮的蒙古人收拾尸体，二人随后跟踪，并诈作被困，由蒙古人带返住处，竟见华筝在此。华筝喜极而泣，但郭靖心中惦挂黄蓉，令华筝伤心。 欧阳克逼华筝下毒于七公酒中，以换取拖雷性命，华筝知郭靖对七公甚为尊敬，正感左右为难，博尔忽为救拖雷心切，替华筝在酒中下毒。 七公不虞有诈，将酒喝下，随即单人匹马到望江楼，一方面派郭靖与华筝往救拖雷与黄蓉。 郭靖与华筝等人救出拖雷与黄蓉后，即往助七公，但七公因身中剧毒，受梅超风等人围攻受伤，众人连忙逃走，却被困梅超风练功之石洞内，脱身不得。 七公即教郭靖降龙十八掌招式，但郭靖欠缺内力修为，杂念丛生，令练功重重受阻。

梅超风不欲伤及黄蓉，迟迟不肯攻进洞内，欧阳克感梅超风误事，用毒蛇将之咬伤，不许梅超风阻止他对付各人，而郭靖已练得掌法初步功夫，即冲出洞外与欧阳克等人对敌。杨康见势色不对，以华筝作人质，混乱中，杨康以九阴白骨爪打伤华筝，华筝中毒昏迷，杨康趁机逃去。 七公知黄蓉可替华筝解毒，但黄蓉不肯，郭靖甚伤心，黄蓉心中不忍，遂替华筝解毒。 杨康与欧阳克、梅超风匿居郊野，欧阳克与梅超风再起争执，欧阳克被梅超风打伤，怀恨在心，杨康不在，用毒蛇对付梅超风，岂料黄药师突出现，欧阳克大惊。 黄药师命黄蓉返桃花岛，但黄蓉不肯，一方面梅超风求黄药师杀郭靖，以替丈夫陈玄风报仇，黄蓉以自杀威胁不得伤害郣靖，黄药师不忍下手，父女得以和解。 华筝与黄蓉皆深爱郭靖，令郭靖苦恼非常，后遵七公之言，决定向华筝表白心迹，华筝伤心欲绝，走往黄蓉房中，以发簪自刺求死。

黄蓉见华筝对郭靖之情甚深，于是答应黄药师返桃花岛，郭靖阻止不来，质问华筝，华筝痛苦难言。 黄蓉不忍心离开郭靖，终折返找郭靖，却见郭靖误将华筝当作黄蓉紧抱，黄蓉气极，悻然离去。 杨康被蒙古武士灌以毒水，几经辛苦逃到念慈住处，念慈见杨康，喜极而泣。杨康见念慈对己仍一往情深，大受感动。 郭靖无意找得念慈住处，见杨康身受蒙古剧毒，答应替他往求拖雷取解药，但拖雷因郭靖与华筝之事，竟将郭靖拘禁。杨康见郭靖多日未返，知已无望，欲与念慈利用短暂时光出外游玩，无意中得知可用换血之法解毒，杨康不欲拖累念慈，悄悄离去，结困晕倒街上。念慈心中不忍，明知换血之法会使自己中毒而死，但为救杨康，不顾一切，舍命为杨康换血。

念慈收拾行装离去，并欲自行了断，幸郭靖因得华筝相救，给予解药，及时救回念慈一命，但念慈知杨康本性难移，不肯回去，只着郭靖告知杨康如肯抛弃荣华富贵，便到羞花亭一会。但杨康内心矛盾，且知完颜洪烈正带兵访寻他的下落，终转念与洪烈返回金国。 郭靖、黄蓉破庙相遇，黄蓉着郭靖到桃花岛向黄药师提亲，但郭靖口才笨拙，欲请七公代言，无奈七公旧伤未愈，黄蓉提议往找千年人参使七公尽快康复。 欧阳克、梁子翁追踪郭靖到破庙，郭靖、黄蓉二人连忙招架，并趁机逃走，及至岸边，见遥迦与冠英正情话绵绵，二人悄悄躲进冠英船中，冠英知二人被追杀，答应二人一同上路。 半途中，郭靖、黄蓉闻得程、陆二家比武，赶往凑兴，却见瑶迦与冠英对招，冠英不慎掉下瑶迦所送香囊，二家大起纷争。 冠英被老父乘风问罪，执行家法，被拷打受伤，黄蓉替冠英不值，又感归云庄与桃花岛布置甚相似，赫然闯进小楼，欲向乘风试探内情。

黄蓉知悉乘风原是热血男儿，无奈双脚残废，壮志难酬，但黄蓉不敢将身分告知乘风，以便调查归云庄的底蕴。 黄蓉夜半醒来，闻庄内人声嘈杂，与郭靖一起往看究竟，原来冠英正与手下商量劫走段天德搜刮民间的钱财，说罢即出发往找段天德。郭靖、黄蓉二人尾随而去，见冠英与手下已将段天德与杨康捉去。 杨康挣脱绳索逃至小楼，乘风虽坐轮椅，却仍轻易将杨康击败，黄蓉感乘风功夫与桃花岛定有关连，更为疑惑。 念慈悄悄走进归云庄欲救杨康脱险，但杨康被铁炼锁着，无法脱身，便将一金印交予念慈，命令慈到临安府转告史丞相，命史将蒙古使者杀死，但念慈不肯做有损国家之事，杨康只好嘱咐念慈转而往找梅超风。 梅超风送一骷髅头到归云庄，乘风知是仇家到来，大感震惊，即命家人离庄，准备与梅超风决一死战。 裘千仞、江南六怪、梅超风相继到达山庄。原来乘风与梅超风原为同门师姐弟，只因当年超风、玄风背叛师门，激怒黄药师，将乘风等四人双脚经脉震断，因此两人一直互相仇恨，但乘风见超风孤单寂寞，念在同门之谊，遂将杨康放走。

黄蓉想出苦肉计，以毒蛇咬伤瑶迦，各人误会乃欧阳克所为，而此毒须九花玉露丸医治，但孙不二乃全真教弟子，素与桃花岛不和，不肯往找乘风，并决定与丘处机上白驼山找欧阳克交出解药，但当二人见着欧阳克后，随即明白不是欧阳克所为，想是另有内情。 程江见瑶迦伤势日重，无奈低声下气到归云庄求得解药，程、陆两家得以和好，而程江与乘风亦答应两人婚事。 成亲之日，孙不二、丘处机突赶返，阻止瑶迦婚事，一时纷争四起，瑶迦羞愤难禁，失足堕崖，生死未卜，令冠英伤心欲绝。 原来瑶迦得黄药师救回一命，黄药师听闻瑶迦之事，即与瑶迦同返归云庄，乘风见是尊师到来，忙以跪拜迎接，师徒见面，想起当年旧事，不禁唏嘘。

瑶迦与冠英婚事得黄药师之助顺利玉成，但黄药师却不肯应承黄蓉、郭靖的婚事，更逼黄蓉返桃花岛，郭靖不忍见父女感情决裂，忍痛着黄蓉跟随黄药师离去。 黄蓉自离开郭靖后，郭靖终日借酒销愁，后遇见华筝，华筝鼓励郭靖到桃花岛找黄蓉，郭靖听其言，即动身前往桃花岛。 郭靖在桃花岛上遇见周伯通，二人结为兄弟，周甚高兴，即找黄药师比武，但败在黄药师的手下。 黄蓉见郭靖到来，为使婚事得母亲支持，两人悄悄走进书房石室中找蓉母阿衡，但黄蓉十多年来未见母一面，黄药师又诸多阻挠，不肯让母女见面，令黄蓉气极。

七公与欧阳锋不约而同来到桃花岛，原来欧阳锋欲替侄儿欧阳克向黄药师说亲，黄蓉对欧阳克甚为僧恶，大力反对，但黄药师认为二人身分匹配，答应婚事，七公亦无力劝阻。 黄蓉与郭靖宁死不肯分离，而洪七公更代郭靖向黄药师提亲，令黄药师左右为难，终决定以比武决定。 老顽童周伯通知悉郭靖与欧阳克翌日比武，遂往骚扰欧阳克练蛤蟆功，令欧阳锋甚为气结。 黄药师以三回合定胜负，第一回合由洪七公与欧阳锋分别应战欧阳克与郭靖，因靖得周伯通之助始胜出，被黄药师判作输数；第二回合由黄药师吹萧，郭靖、欧阳克分别击鼓、弹琴跟随节拍，岂料郭靖的内功竟比欧阳克强，击鼓时徐徐有致，结果胜出；第三回合比试背书，原来所背之书乃九阴真经，郭靖曾在周伯通督促下将此书背熟，因此再次赢得比试，黄药师唯有将黄蓉许配予郭靖。 欧阳锋为得九阴真经，欲劫走郭靖后逼其念出经文。郭靖、黄蓉被欧阳锋穷追，逼于逃入冰牢中混战，此时黄药师正为阿衡疗伤，因受杂声影响，阿衡因而返魂无术。

阿衡之死令黄药师伤心欲绝，遂决定与阿衡一同离开桃花岛，周伯通见状，笑谑黄药师与阿衡一同寻死，更说出郭靖早已背熟九阴真经，黄药师闻言大怒。原来黄药师发誓，凡懂九阴真经者死，因而往杀郭靖，郭靖不知情，大感莫名其妙，后周伯通将经书撕毁，终冰释干戈，但黄药师不许黄蓉跟随郭靖等人离开桃花岛。 黄蓉思念郭靖，遂毅然向黄药师辞行，却见黄药师与阿衡同在冰牢内，黄药师已一头白发，而母亲已死去，大惊之下，追问因由，黄药师向她明言一切。 原来十多年前，东邪、西毒、南帝、北丐、中神通为夺九阴真经，在华山论剑，结果真经落在中神通王重阳手中，多年后，重阳知寿缘已尽，恐真经落在坏人手中，命师弟周伯通将真经上、下册分别收藏，伯通选择桃花岛为藏经之地，药师甚想得到经书，遂与伯通打赌，使阿衡得以背诵经文，然后诈称经书乃伪本，伯通信以为真，将经书焚毁，而阿衡则为黄药师将经文默出，岂料经书被梅超风、陈玄风偷去，黄药师恳求阿衡再之背写，但阿衡苦思亦不能将全部经文背出，更因辛劳过度，终于产下女儿后死去，药师便为阿衡建造冰牢，十多年来为之搜罗天下奇药医治，可惜仍是徒劳无功。

七公、伯通与郭靖乘药师所造之船离开桃花岛，岂料船本为药师用作与阿衡合葬之用，船身只用浆糊并合，三人不知情，船离岸后，海水迅即涌入船中，船不久沉没，此时欧阳锋与欧阳克之船经过，欧阳锋为得经书，将三人救上船。 欧阳锋哄骗伯通背诵经文，伯通不肯，跳入海中，欧阳锋唯有转移对付郭靖。 欧阳锋知悉七公好美食，遂以美肴诱之，七公果然中计，身中剧毒，欧阳锋乘机要胁郭靖，郭靖假作应承，将经文改写，然后交给欧阳锋，欧阳锋见经书已得，遂悄悄在船上放火，欲乘小艇离去，岂料事为七公与郭靖知悉，早到小艇一步，欧阳克见状忙跳进艇中，七公随即驾艇离去，但欧阳锋仍在船上，七公眼见大船火光熊熊，心中不忍，掉头往救他，但欧阳锋狼心狗肺，竟恩将仇报袭击七公，郭靖见七公受伤，忙加掩护，岂料不慎与欧阳锋同跌进火海，生死未卜。 欧阳克与七公飘流至一荒岛，却见黄蓉晕倒石滩，原来黄蓉为找寻郭靖，在海上遇暴风雨，飘流至此。 七公身受重伤，欧阳克趁机欲将黄蓉污辱，幸七公假作武功未失，欧阳克才不敢再对黄蓉无礼。

七公因剧毒未除，又因被西毒重击一掌，武功一时难以复原，恐不能再保护黄蓉，遂劝黄蓉及早离开荒岛，但小艇不知所踪，黄蓉无法离去。 七公自知不久人世，遂立黄蓉为丐帮帮主，并传授打狗棒法。黄蓉引欧阳克至一山崖，将大石推下。欧阳克被大石压伤，痛极晕倒，此时郭靖与欧阳锋同时到达荒岛，欧阳锋见侄儿境况，即要胁黄蓉等人救他。 黄药师到处访寻女儿踪影，在望江楼遇上周伯通，两人追逐至悬崖，伯通戏称黄蓉已葬身大海，黄药师信以为真，悲恸不已，耸身跳下山崖。 黄蓉等人将大石推开后，欧阳克双足已残废，痛苦难当，七公等人恐防西毒再来加害，遂合力做木筏准备返回中原，但木筏被西毒偷去。 欧阳克为报伤足之恨，着杨康替其报仇，杨康遂在沿海一带监视七公等人踪影，不久果见七公三人乘木筏而来，于是放置大炮欲将三人炸死，岂料周伯通突出现，将炮口指向杨康等人，七公等幸免于难。

周伯通将欧阳克擒获交给黄蓉等人。七公剧毒未除，须往长白山采千年人参医治，而欧阳锋为医治侄儿双足，亦兼程往长白山。 梅超风负伤来到念慈所居村中，念慈对她深恶痛绝，欲趁她受伤将之杀死，但见超风替怀中小孩包扎伤处，感她仍有良知，遂将她扶返家中疗伤，超风被念慈感动，深悔从前所作一切。 梅超风功力恢复，强要念慈一同往找杨康，适杨康与西毒等人从长白山赶返，欧阳锋知梅超风到来找欧阳克寻仇，遂将她擒住，并逼背诵九阴真经经文，方知被郭靖所骗。 一方面，完颜洪烈误会念慈到来将之弑杀，遂命人将她捆绑，杨康见状以死求完颜洪烈释放念慈，但念慈对杨康爱恨交织，不肯接受他之好意。

杨康深爱念慈，但念慈声言恩断义绝，而完颜洪烈亦反对二人婚事，杨康为娶得念慈，向完颜洪烈诈称抛弃皇宫生活，望与念慈双宿双栖，洪烈只好任由杨康自作主张，但不许他带念慈返燕京。翌日，杨康即带同媒人到来迎娶念慈，念慈仿如置身梦境，不禁喜极而泣。 欧阳锋错练九阴真经，以致神智错乱，脾性越坏，多次滥杀无辜，洪烈感不满，欧阳克无奈带之返白驼山休养。 黄蓉、郭靖到处访寻七公与周伯通下落，闻得逍遥馆裘千仞能知天下事，遂往打听消息，但裘千仞原是裘千丈假扮，要二人教以独门武功作为报酬，二人为找七公心切，无奈应允。

黄蓉、郭靖对于裘千丈的奇门异术甚感怀疑，遂千方百计破坏逍遥馆内机关，始发觉裘千丈原非武功高强之人，只是馆内人等串谋欺骗武林人士。此时，适值杨康为调查武穆遗书下落，到逍遥馆请裘千丈相助，方知黄蓉、郭靖亦在馆内，遂带同欧阳锋等人到馆内追杀二人，两人敌不过欧阳锋，正身陷险境，幸念慈知悉此事，假扮黑衣人将杨康打伤，救两人脱险。 杨康知是念慈救走郭靖、黄蓉，将念慈掌掴，但事后颇感内疚，答应念慈不再追杀二人。 黄蓉、郭靖避居破庙，原来周伯通与七公亦在庙内疗伤，伯通带上假面谱恫吓二人，令黄蓉甚为气结，与伯通赌气，互不瞅睬。 七公一直欲吃得皇宫珍馐百味，黄蓉为使七公心愿能偿，遂与各人一同上路往皇宫；行至牛家村一破落酒帘外，屡被儍姑戏弄，黄蓉发觉儍姑谙桃花岛武功，甚感疑惑。 黄蓉在酒帘柜内发现一神秘洞穴，遂与郭靖等进内查探，赫然见师兄曲灵风等数人伏尸一铁箱上，令各人更感扑朔迷离。

黄蓉见儍姑终日疯疯癫癫，又谙桃花岛武功，猜想儍姑可能乃曲灵风之女，遂命周伯通加以照顾，伯通不肯，又与黄蓉赌气。 郭靖、黄蓉为讨伯通欢心，到镇上购买玩物，但见一书生玩赏高宗题词，郭靖想及岳飞之死与高宗有关，一时义愤填膺，将书生殴打一顿。 欧阳锋、完颜洪烈与杨康等人为取得武穆遗书，同向皇宫进发，半途在客栈歇息，黄蓉不值众人意气风发，巧计令酒楼制造各种古怪菜色，以特别菜名戏谑各人。 黄蓉等四人偷进皇宫御厨大吃一顿，适巧欧阳锋等人偷进水濂洞偷取遗书，双方狭路相逢，再起争斗，郭靖不慎被杨康刺中要害，欧阳锋又趁机向郭靖发掌，郭靖生命垂危，黄蓉不敢恋战，保护郭靖回牛家村。

儍姑拔去郭靖身上匕首，令郭靖伤势更重，后黄蓉在周伯通提点下，以九阴真功在密室内替郭靖疗伤。 欧阳锋等人从皇宫来到客店，以为偷得之锦盒内藏有武穆遗书，岂料锦盒空无一物，欧阳锋准备再夜探皇宫。 郭靖在密室内听见杨康与完颜洪烈说话，更恨杨康认贼作父，死性不改，欲与他拚斗，但黄蓉劝止。 不久，黄药师亦来到客店，黄蓉知是老父为寻找自己，孤身走遍天涯，念及亲情，盼能与药师见面，因而心神纷乱，险累及郭靖走火入魔，黄蓉无奈先为郭靖疗伤。 欧阳克来到客店，从儍姑口中探知黄蓉、郭靖在密室内疗伤，欲趁机将两人杀死，幸念慈因搬运铁心、惜弱之灵柩经过此地，见状忙相助二人，但念慈不是欧阳克的对手，被他制服，并欲轻薄，幸被杨康发现，对欧阳克恨之入骨，卒用九阴白骨爪将欧阳克杀死。 杨康与念慈离去之际，却见全真七子到来，杨康受丘处机责难，康诈称搬运父母灵柩，七子亦信以为真。

华筝、拖雷为联宋灭金之事来到宋境，遇杨康及全真七子，华筝问及郭靖近况，杨康诈称已被黄药师杀死，各人信以为真，誓要为郭靖报仇。 杨康在客店拾得黄蓉遗下之打狗棒，诡计再生，欲与念慈一同到岳州丐帮总舵，以打狗棒控制丐帮中人。 周伯通返回客店，遇黄药师与欧阳锋纷争再起，七子见状欲助伯通对付二人，无奈三人轻功甚高，瞬间不见踪影，不久裘千丈到来，诈称伯通己被药师杀死，七子对药师更为愤恨。 七子运气练功，梅超风突至，七子以北斗阵围困，超风渐处下风，药师见状，忙助徒儿，但亦被七星阵所困，欧阳锋见状，欲乘人之危，将七子中的谭处端击毙，又以蛤蟆功一掌击向药师，超风舍身相救，死于欧阳锋掌下。 江南五怪未几亦到此地，药师因爱徒惨死，情绪混乱，欲杀五怪以泄心头之气，幸郭靖、黄蓉疗伤已毕，及时阻止，药师与爱女重逢，仿如隔世。 黄蓉发觉遗失打狗棒，猜想杨康拾去，恐他藉此惹是生非，与郭靖一同到岳州。