穆德失踪后，FBI虽然摆出了寻找穆德的姿态，但拒不承认与外星人有关。克许委派道吉特负责此案，道吉特同样不信外星绑架一说，言语中带的讽刺令史卡莉气愤不已。但史卡莉不得不承认，穆德似乎并没被绑架，就在附近潜伏。她的邻居曾看到穆德出现在自己的公寓旁边，FBI也有穆德闯入的记录。但史卡莉坚信，这些都是外星人为了消灭证据假借穆德身份做的。道吉特则认为是穆德在故布疑云，他很快确认穆德的目标：第六季曾出现的神童吉布森。他出动大部队到偏远的小镇搜寻，吉布森见到他却害怕的跑了，道吉特循着脚印追上去，赫然发现穆德的身影……

片头显示外星人的飞船降落在这片沙漠中，迅速隐藏了身形……道吉特逼得穆德跳崖，然而当他到崖下寻找时早已不见人影。他也不接受史卡莉的理论，坚持认为穆德还躲在学校里，却不知赏金猎人早变化成别人的模样，躲过了FBI的搜捕。另一边，史卡莉终于发现了吉布森的藏身之所，但由于她深知外星人的能力而不敢信任任何人。终于，令她担心的事发生了，假史卡莉出现在了学校里，袭击了探员，FBI顿时陷入混乱。赏金猎人的出现甚至差点令史卡莉和斯基纳刀剑相向，幸好被两人依靠多年的默契化解。史卡莉带着斯基纳去见吉布森，吉布森伤势很重，他告诉史卡莉自己能感觉到穆德就在左近，史卡莉急忙奔入沙漠寻找，自然找不到隐形的飞船。斯基纳带吉布森就医，却遭赏金猎人偷袭。匆忙赶到的史卡莉被假斯基纳蒙骗击倒，千钧一发之际挣扎着开枪击中假斯基纳脖颈之后，赏金猎人化为一滩绿水。道吉特自知办案不力，却惊讶的得知被任命为负责X档案的新任探员……

1956年蒙大拿州的3个猎人在打猎时击落了一只具有人的形态的蝙蝠，有一个蝙蝠人开始凶恶地杀戮击落它的那些猎人以及检查它身体的地方警察，当年有5个人被杀。然而，猎人中的一个为了逃避追杀隐藏了起来。在40年后，这个猎人的女儿去世，猎人的弟弟把他女儿的尸体烧掉了，可能是为了不让蝙蝠人认出来。但是这只蝙蝠人居然通过某种手段判断出这具尸体的可疑之处，一轮新的杀戮开始了，导致S与D介入。老头指出S卷入这案子是自讨苦吃，因为如果不能彻底将这只遵循“有仇必报”法则的蝙蝠人击毙的话，它以后就会“孜孜不倦”地将S和D作为追杀目标了。不久蝙蝠人入侵攻击老头，然后掉头准备袭击S。但这时D已经返回，及时掩护S并使蝙蝠人连中数弹，重伤而逃。S与D返回FBI结案，S忧心忡忡地表示可能遭到蝙蝠人追杀，D则保证他的射击足以致命。

俄克拉荷马州一个十年前失踪的小男孩比利突然出现，但是任谁询问他都一言不发。令史卡莉惊奇的是，十年时光似乎没有在比利身上留下任何痕迹，他还是十年前那个模样。比利的父母将他带回家，却发现他虽然仍一声不吭，但对他弟弟很不友善。弟弟也很害怕这个从天而降的哥哥，特别是他看自己时的眼神。警察十年前曾找一个灵媒帮忙调查，这次又请她来，但是灵媒一见到比利就惊恐万状直至癫狂。道吉特则压根不信灵媒这一套，他从目击者罗尼这条线索追查下去。他看到比利坐在罗尼车中但眨眼间就不见了，把罗尼带回去审问。经他劝说，罗尼终于肯说出当年残害他和比利的凶手所在。与此同时，凶手又诱拐了比利的弟弟。道吉特与一众警察赶到，制服了凶手，恍惚间他看见比利站在一旁，连忙过去查看，却发现了比利的尸骨残骸……

法官威尔斯一觉醒来，发现自己置身囹圄，被控杀死自己的妻子。之后不久，他在转移的时候被岳父刺死。他再次在监狱中醒来，却发现他所经历的第二天是现实世界中的前一天，对于他来讲时光倒流了。第三天也是如此。他把情况透露给前来调查的道吉特和史卡莉，前者认为他根本在扯淡，后者半信半疑。第四天，他在道吉特家中醒来，两人返回命案发生之地调查，看过录像之后，威尔斯确定保姆协助了杀人凶手，他们赶到保姆住所，抓到了嫌犯奥克博。奥克博告诉威尔斯，他这样做是为了报复威尔斯宣判他弟弟贩毒时隐藏证据导致他弟弟含冤入狱，并死在了监狱中。威尔斯深感内疚，然而因为证据不足，他还是被当成杀人凶手抓走。第五天，他开始明白这是上天给他的第二次机会，及时赶回家里，在道吉特的帮助下救下妻子，同时也受到了当年隐藏证据的惩罚……

两名探员在监视邪教聚会的时候离奇死亡，而邪教所有信徒也都在睡梦中被斧子劈死。史卡莉原本负责此案，但她因为腹痛住院，只好由道吉特替她去调查。很快，他们锁定该邪教组织头目迪柏为嫌犯，却找不到他人。此时，一个流浪汉的死给了他们线索，他们循着迪柏犯案前曾打出的电话找到一个毒贩，他声称迪柏吃下他的药物之后会更接近上帝。把毒贩关入牢中后，道吉特有种不祥的预感，他急忙赶到监狱，却看到毒贩的尸体。史卡莉邀请孤枪侠协助道吉特，几人分析得出结论：迪柏能够潜入别人的梦境，用使其噩梦成真的方式将其杀死。道吉特和斯基纳找到了正要自杀的迪柏，迪柏畏惧自己那不受控制的能力，想要做一个了断，道吉特还是救下了他。然而随后，道吉特发现自己的心灵被迪柏入侵了，他感觉自己在梦中穿行，一片诡异的蓝光下，“三眼”迪柏教唆他杀死史卡莉，但他下不去手，拿起斧子向自己头上劈去……

入夜时分，一男子跌跌撞撞冲入警察局，说有人追杀他。警察见他举止疯癫就将他暂时关押，孰料他在警察眼前被一枪爆头。经过调查，史卡莉和道吉特发现子弹是从天花板射入的，而按常理，在那个地方绝不可能看到被害人。随后，又有三个毒贩在类似情况下被杀，史卡莉认为犯人眼睛有接收X光的能力，因此能够做到透视。两人沿线索追查到一家灭虫厂，发现厂主哥哥是弱视，秘书泰米则遮遮掩掩。两人进而查到厂里的大额账单，推断他们是通过利用弟弟眼睛的能力谋杀毒贩，抢夺毒品再倒卖赚钱，但苦于没有证据无法抓捕。哥哥发现泰米做假账给自己捞外快，同时也知道了之前被杀的男子是因为逼迫泰米上床而被爱上泰米的弟弟杀死的真相。他把枪交给弟弟，让弟弟杀了这个背叛了他们的女人，然而弟弟却拿枪瞄向了自己离开的方向……

退伍军人雷被认为因病去世，实际上他身体发生变异，变成可再生的金属。他深恨自己的同事们，认为他们应该对变异的情况负责，于是利用他的特殊能力将两人杀死。史卡莉和道吉特沿线索找到一家生产这种金属的科技公司，怀疑他们把垃圾输送到废品站致使雷感染。道吉特知道雷会来复仇，于是设下圈套，但被雷冲破墙壁逃生。满面疮痍的雷找到了认为自己病逝的妻子，告诉她自己的计划并让她进入警察局寻找公司的环境主管。警察寻到他的藏身之处，雷失手误杀了愿意帮助自己的女工，并逼迫妻子说出了自己要找的人的姓名，而那人实际上是名会计。雷很快找到他，正要下手之际却因瞥到那名会计几岁大的儿子无助的眼神，动了恻隐之心……

一个从孟买飞回美国的胖男子离奇死亡，在他身边发现了奇怪的指纹。随后，华盛顿街区陆续出现几名受害者，死状同该男子一样。根据死亡前后的体重变化，史卡莉推测有什么东西钻进了受害者肚子，她赶紧去解剖最新一具尸体，然而剖开腹部之后，她却看不到是什么生物钻出来。史卡莉和道吉特去求教穆德以前经常找的专家，专家说他们碰到了“西迪”，一种印度苦行者，有能力隐身和变形。道吉特对这些理论嗤之以鼻，然而接下来发生的事不得不令他改变看法。他们抓到了疑似“西迪”的人，“西迪”一句话不说，在摄像镜头中却看不到他……受害者家属中的两个孩子决定靠自己的力量捉住“西迪”，他们的计策轻易地被化解。史卡莉赶到，“西迪”化身成其中一个孩子，向着史卡莉步步逼近……

道吉特查到穆德当年失踪前去的地方，只身前往宾州。他发现穆德曾对某人连开三枪造成对方死亡，而穆德在随后的文件中刻意隐瞒此事，史卡莉也在该文件上签名。道吉特怕连累史卡莉，只把事情告诉了斯基纳，两人继续追查。道吉特发现，穆德当时企图射杀的是一个怪物。起初，道吉特以为穆德是为了保护镇上居民而开枪，当他知道那怪物能够治愈人的疾病，但自己却万分痛苦的时候，才知道目的是在帮怪物解脱。很快，道吉特找到了那怪物，准备带他离去，居民却在警长带领下将他俩团团围住。道吉特试图说服警长，然而回应他的却是无情的子弹。生死弥留之际，道吉特模模糊糊看到怪物似乎来到他身边，发动了他的能力……

波士顿一名警察在半夜巡逻地下铁时死亡，死状极为恐怖。史卡莉与道吉特介入调查，却被告知波士顿的地铁很快就要恢复运行，他们只有五个小时用来找出凶手。道吉特与工程师、医生和一名上尉下到隧道勘察，史卡莉则坐镇指挥。道吉特等人很快在隧道中发现死状相同的几具尸体，而他们自己也被感染，皮肤下呈现斑斑点点的荧光绿。工程师率先发病，他同医生一起被救回。通过对传输回的样品进行检测，史卡莉逐渐明白了真相：隧道发生海水渗漏，而海水中的水母侵入人体，一旦人流了大量汗水，水母就开始腐蚀人体。此时，隧道中的两人发生冲突，道吉特被上尉打倒，史卡莉用急切的呼唤将其唤醒。然而危机远未过去，地铁恢复运行，面对隆隆驶来的列车，道吉特想到了一个绝妙的主意……

道吉特的办公室里迎来一位名叫哈斯克的不速之客，他声称自己的妻子有绑架经历，得了癌症又被治愈，后来被迫怀上外星胚胎，生产之后不久被政府的人谋杀。史卡莉闻言惊得一身冷汗，这情况与她自身太过类似。她赶紧找自己的医生彭迪，得知无恙后稍稍安心，孰料彭迪也陷身于这场阴谋之中。史卡莉回想起得知自己能够通过体外受精怀孕和穆德愿当父亲时的喜悦，不禁感慨万千。她决定暂时退出X档案，不知情的道吉特无法理解。他只能通过哈斯克这条线索展开调查，却发现真哈斯克早在几十年前就死了，道吉特推断出史卡莉可能被误导了。此时史卡莉正带着汉德索夫人在彭迪处做检查，发现医院对自己的录像带做手脚，赶紧带她逃出医院，碰上了道吉特的“朋友”。车行到半路，汉德索夫人出现了产前阵痛，“朋友”似乎早有准备，他带的人开始进行专业的剖腹产。史卡莉感觉不对，却被强行注射了镇定剂……

当年与穆德同批被绑架的泰瑞莎出现了，遍体鳞伤、生命垂危。而在她出现的地点，有人目击到了飞碟。随即泰瑞莎又被一名化装成医生的男子带走。正当众人一筹莫展之时，道吉特介绍同事莫妮卡加入破案小组。莫妮卡学宗教出身，认为案子是与某飞碟崇拜组织有关。深夜，莫妮卡目击到外星人抛尸，现场有人出没，抱走了其中一具尸体。史卡莉解剖了另一具，想到穆德也可能变成这样一具尸骨，忍不住泪流满面。靠着莫妮卡提供的线索，当地警方控制住了疑似组织的大本营，在那里他们又找到了泰瑞莎，奇怪的是她的伤势已经完全痊愈了。通过录像，史卡莉找到了史密斯，以前穆德曾说过他有变身和治愈他人的能力。史密斯平静地告诉她自己已经被暴露。这时传来了穆德被发现的消息，史卡莉匆忙赶去，看着眼前穆德的尸身，史卡莉明白只有指望史密斯施以援手……

穆德被安葬，克许局长认为一切已尘埃落定，他告诉道吉特准备将其调离X档案。然而此时，另一名被绑架者比利在海上获救，医生检查时惊奇地发现，生理上来说此人已经死亡，但事实是他还活着。斯基纳由此受到启发，推断穆德也还活着，带着完全不信的道吉特掘墓。他的一意孤行收到了效果，穆德果然是在同样的状况下存活。史卡莉闻讯赶到，抱着穆德还在呼吸的身体难忍泪水。克里切克找到了斯基纳，他手中握有治愈穆德的疫苗，交换条件是不让史卡莉产下孩子。斯基纳难以做出抉择，道吉特则冲出去追上克里切克，然而他没能阻止克里切克将疫苗破坏。与此同时，比利蜕去被破坏的表皮，难以置信的完整重生，史卡莉受到鼓舞，全力救治穆德。终于，穆德睁开了双眼……

穆德回归后，第一件事情就是申请重回X档案。克许却以史卡莉与道吉特搭档破案率更高为由拒绝了他。穆德由此对道吉特抱有成见，斯基纳和史卡莉只能交换无奈的眼神。一名负责人口普查的公务员试图闯入白宫被击毙，被道吉特抓入监狱的“先知”得知此消息之后明白自己也难逃一死，于是他越狱来找道吉特。他声称要给道吉特展示真相，挟持他来到档案馆，随即被闻讯赶到的军队击毙。穆德认为道吉特害死了“先知”，两人隔阂更深。穆德从那名公务员的遗物中找到了资料，但苦于没有密码。道吉特则从“朋友”那里获知密码“对抗未来”，通过史卡莉告知穆德。穆德在孤枪侠的帮助下潜入档案馆，使用密码进入系统中。斯基纳深夜造访道吉特，他怀疑政府通过系统抓捕具有特定基因的人，将之改成外星人基因。道吉特突然明白自己可能将穆德带入一个陷阱之中，赶紧出发前去营救……

一次车祸使得邪火转移到了刚被解雇的白领杰布身上，杰布受邪火操纵，当即枪杀前老板。莫妮卡接到了这个案子，眼前尸体被焚烧的幻象让她想起当初道吉特孩子的死状。她打电话找穆德，穆德正和道吉特一起照看史卡莉。道吉特闻讯大怒，警告两人别插手此事，最终还是史卡莉的一番话点醒了道吉特。他很快锁定了杰布，得知此时杰布躲到了他姐姐家，道吉特和莫妮卡急忙前去抓捕。杰布神情激动，挟持了他的侄女，莫妮卡情急之下将他击伤。在医院的手术室里，杰布停止了呼吸，然而邪火的传承远未结束，这次的目标是杰布的姐姐……

海上油田一名墨西哥裔工人全身烧伤而死，克许派道吉特前去调查，穆德也私自前往。两人感觉到油田的其他工人都在撒谎，却不清楚其中的原因。史卡莉挺着大肚子解剖尸体，发现了“黑油”，赶紧通知了他们。穆德顿时明白这里的原油中含有“黑油”的成分，他通知道吉特赶紧让油田停止开采。此时，油田中另一名墨裔工人在通信室纵火并趁机打晕道吉特，他告诉道吉特其他工人都已被感染，很快就会有飞船降临。道吉特设法平稳了他的情绪，出去寻找穆德，工人们见事已败露，纷纷现出了本来面目。面对着如僵尸一般步步逼近的外星病毒感染者，两人躲入通信室，试图用已近烧毁的无线电向外界求救……

史卡莉要休产假了，克许派了一个想象力丰富的菜鸟探员莫丽森临时搭档道吉特。莫丽森带来一个案子，纽约州北部地区发生杀人事件，现场发现了不明粘液。道吉特否定了莫丽森不着边际的想法，一路探查到生物学家斯戴茨的家中。他让莫丽森守在门口，然而几声枪响过后莫丽森失踪，随后道吉特也掉入陷阱中。两人在地下遭受一只爬虫攻击，眼睛被喷入粘液，渐渐模糊。史卡莉得知道吉特失联，不顾穆德反对再次投入工作，他发现这种粘液能够慢慢破坏人体组织，帮助爬虫消化人体。穆德也跑去一线调查，他一路尾随爬虫至斯戴茨家中，勒令斯戴茨交出爬虫并释放道吉特和莫丽森。斯戴茨把他领到关押两人的处所，随即消失不见。莫丽森反应过来，斯戴茨就是那只爬虫！此时，斯戴茨正隐身于暗处，伺机而动……

史卡莉预产期要到了，她的母亲为她找了一个保姆莉兹，让史卡莉享受一下被人伺候的生活。本季15集中遭绑架后满血复活的比利再次出现，血腥残忍且力大无穷，他的目标是用外星胚胎做实验的医生。穆德和道吉特与他短兵相接，然而道吉特的手枪完全奈何不了他，穆德则被打得鼻青脸肿。史卡莉在家里抓到莉兹偷偷给自己的药掉包，原来莉兹也是该实验的成员，她辩称自己是在保护史卡莉，因为史卡莉腹中的婴儿是一个没有任何人类弱点的完美婴孩。穆德想到比利也一定回去寻找史卡莉，立刻赶去史卡莉家中抢先一步把她带走。但穆德的车被别在两车中间，动弹不得，看着比利步步逼近，两人心中阵阵绝望……

比利虽被压成肉饼，但他随后又原地复活了。穆德知道了此消息，与斯基纳、道吉特逼问克里切克，后者却只是一直打哈哈。道吉特的“朋友”找到了他，“朋友”说一切都是军方的阴谋，和外星人无关。穆德却认为那个“朋友”十分可疑，遂与道吉特一起调查他。史卡莉和莫妮卡到了极偏僻的一个小镇待产，遇到了一名当地警察。比利突然出现，袭击莫妮卡，被警察用猎枪击倒在地。穆德和道吉特发现克里切克与“朋友”混在一起，不久“朋友”进入FBI大楼，道吉特跟上，发现了更多的卧底。留下看着克里切克的穆德却反遭算计，幸好斯基纳及时赶到，克里切克试图蛊惑斯基纳，后者让他永远地闭上了嘴。史卡莉临产，警察与莫妮卡忙前忙后，莫妮卡却突然发现警察的脖子上也有外星芯片的印记，出其不意将其制服，然而随后大批外星人纷至沓来，令她目瞪口呆……