到了稻米收割之季，山贼却前来挑衅，甚至抢走了附近村庄里的粮食和女人，农民们为此愁苦不堪，一方面害怕山贼，一方面又不想辛苦劳作的成果被夺走。正在大家两难之时，村长决定起身反抗，雇佣武士来保护村庄不受侵犯，但是只有饥饿的武士才有可能接受雇佣，因此，水之女巫云母、利吉、小町决定一起去城里寻找符合条件的武士……

水之女巫云母被右右相中后掳走，冈本胜四郎和菊千代前去营救，而云母在逃走时被勘兵卫所救。冈本胜四郎和菊千代偶遇玩命卖艺的片山五郎兵卫之后三人结识。受菊千代激励，勘兵卫答应保护村子，成为第一位愿意保护村子的武士，之后片山五郎兵卫也愿意接受保护村子的邀请，而此时危险正悄悄临近。

片山五郎兵卫成功将绫麻吕派来的来袭者消灭，但是接下来绫麻吕在刺史的诱导下打算派山贼来解决农民了，而右京心里对野武士非常仇恨。绫麻吕的近身保镳久藏主动找到勘兵卫，想要与他决一死战，二人约定在解决野山贼危机后再一决高下。

平八拥有很强的机械力学和机关制造技术，被片山五郎兵卫和众人挖掘，受邀作为保护神无村的武士。菊千代也逐渐被大家所认同，开始参与寻找护村武士，兵库带着一群野武士攻击勘兵卫一行人时，平八充分发挥了才智以智谋取胜，而绫麻吕一方的刺史莫名被杀，缘由未知。

来自首都的刺史大人被杀，绫麻吕认定是武士所为，下令搜捕全城的武士，菊千代故意被捕，之后带着一众被捕关押的武士越狱，欲从中择优邀请成为护村武士，不料此计以失败告终，并因此导致勘兵卫一行人成为了搜捕的对象，正宗带着众人用升降机离开，而绫麻吕手下穷追不舍，菊千代拼死反抗，随着升降机的破坏而生死不明。

七郎次在战时已经是勘兵卫的左右手，上一次大战后重伤，七郎次被“慰藉之乡”中“萤屋”的雪野所救，在那过着衣食无忧的生活，重遇勘兵卫后随他一起踏上保护神无村的路。迫于右京等人的追捕，勘兵卫一行顺着水路离开绫麻吕的领地虹雅溪，但接下来他们要去的是“据说进入后无人能活着回来的”式社。

勘兵卫一行人到了式社，冈本胜四郎因为表现勇敢被勘兵卫授意纳入护村武士，在山洞里大家结识了为式社人做食物的穗乃香。因为式社和山贼是商业伙伴，利吉在山洞里看到他们交易，情绪失控欲找山贼报夺妻之仇武士们很同情他的遭遇，承诺一定会帮他找回妻子，而菊千代为了帮利吉报仇单独行动时被九藏和兵库发现。

原来穗乃香被收买，带着勘兵卫一行中了山贼的埋伏，兵库率领山贼和护村武士大战一场，战斗中九藏对勘兵卫出手相救，而冈本胜四郎伤愈及时参战也使战局扭转，同时久藏也受邀加入护村武士，但却遭遇水之巫云母的严厉反对……在神无村，稻米即将成熟，山贼闻风前来恐吓村民。

为避免被山贼发现，护村组人员分成三组出发，聚合地以村前翼形石为标志，小町在途中揭开冈本胜四郎喜欢水之女巫云母之事，冈本胜四郎只能尴尬应对，片山五郎兵卫小组则假扮成歌舞伎巧妙躲过山贼的搜捕，水之女巫云母小组遭遇山贼袭击，所幸无大碍，三个小组准时到达村前翼形石汇合。

武士们终于聚齐来保护神无村，但不少村人认为武士和山贼是一类人，所以都藏起来，菊千代利用他的特立独行破除村民旧念。勘兵卫一行正式投入战前准备阶段，他作为大家的首领明确分工，使每位武士各司其职，一起对抗山贼。有一位村民因惧怕山贼，出卖了村民和七武士，胜四郎在关键时刻突破自我，斩杀了前来接头的山贼。

勘兵卫教导胜四郎要成为真正的武士必须要有所舍弃和改变，而对于正处于迷茫期的胜四郎，云母的鼓励给了他不少的信心。对于出卖村民和武士的农民，大家都还无法确定怎么处置他时，菊千代到来，并讲述了农民各种矛盾行为的原因，中间也暴露了自己的身世，勘兵卫也因此而吸收他作为第七位武士，同时重振神无村士气，继续投入到战前准备工作。

山贼来袭，村民们在平八的率领下将自建的武器发射成功，击中山贼，这给村民建立了不少的信心，但山贼不会就此放弃，山贼第一次失利后卷土重来并且更为愤怒，而这次村民却在利吉的带领下集体向山贼投降、且道歉认错，并将武士绑起来交给山贼处置，这样的安排暗藏玄机。

将武士绑起来和米一起交给山贼处置原来是七武士设计的一个打击山贼的计划，利吉带领着村民成功骗过山贼，云母主动以牺牲自己为代价换取村民的性命，七武士深入敌营内部，从内部快速准确地给山贼以重创。同时云母从山贼口中得知，从农民那里掳获的女人和大米统统已转至都城并将这个消息告诉了利吉。

勘兵卫决定将米分给村民，理由是即使全部吃掉也决不留给山贼。菊千代和小孩子们扮武士大败山贼，玩得很开心。久藏深入山贼内部查探敌情，斩杀和损耗了部分山贼势力，胜四郎对他佩服不已。九藏与勘兵不谋而合认为山贼可能第二日来袭，勘兵卫提强调需醒村民注意防卫，而云母利用水晶感知将有暴风雨。

山贼果然是趁暴雨天来攻打神无村，甚至利用流矢弹攻击村民，流矢弹遇到草屋便会起火燃烧，让村民惊慌失措，七武士在暴雨中与来袭山贼展开肉博战，胜四郎通过一次次的战斗变得更加勇敢和果断，更像一名真正的武士，平八在战斗中受重伤，经过战斗的洗礼，村民也越来越智慧和勇敢地参与战斗，五郎兵卫受伤去世。

雨过天晴，人们唱着歌谣收获着稻米，收获完毕后又积极练兵备战，战斗暂时告一段落，每个人都在盘点自己的生活和过往，都在思索武士的真正含义，胜四郎一边在怀念师傅勘兵卫，一边在不断和学习，离真正的武士越来越近。勘兵卫开始去完成他的承诺，打算去都城找寻农民的亲人。

勘兵卫只身前往都城去完成替人寻亲的承诺，为到达都城，利用自己作为商品，委托式社人将其押到都城，面见天主大人，想要带走利吉的妻子以及其它的女孩，但是利吉妻子拒绝跟随他回到神无村。水母也向婆婆表白表明自己对武士的心迹，想要义无反顾跟随着武士去战争婆婆无奈应允。

右京上都城，天上发现他就是自己第四十九代复制人，随即举行了“言问之仪式”，仪式需要进行三天，但之前从未有人顺利通过这项仪式而被处死，右京凭借聪明的才智和慎密的回答赢得了下一任天上的继承权。之后右京将天上杀死，自己升为新一代天上。平八菊千代一行人也了解到了右京召集了其他武士保护村子不受山贼的侵扰。

新的天主大人升任仪式举行后，改朝换代真正开始，而不变的是山贼继续掠夺农民的粮食和女人，从式社人那里换取电池作为都城的能量源。勘兵卫因刺杀天主马上要被处斩刑，胜四郎和菊千代劫持式社人后混进都城打算营救勘兵卫，并救出利吉的妻子佐奈枝和其他被掳进来的妇女。

在勘兵卫即将被斩杀的关键时刻他起身反抗，新天主右京宣特赦勘兵卫并当场释放，同时赦放被前代天主俘虏的女人们，佐奈枝也被释放，但怀着对前天主的深情不肯回去，在云母的劝说下最终跟大家一起回到神无村。由于佐奈枝身体太差，所以大家借宿在荧，佐奈枝一直在为去世的前天上神伤，众人也不知道怎么样才能帮到她和利吉。

胜四郎负气出走，拒绝向勘兵卫认错，云母追出去后，胜四郎献上深情一吻但失望于从云母的眼中只看到同情，在雪乃的帮助下，云母才真正认清自己内心的感情。右京指示山贼继续去抢劫村民藏起来的剩余粮食，他自己也很贪恋和享受这种权力。被九藏救回的绫麻吕道出了右京前后两面的为人本质，武士们意识到战争远未结束。

平八向勘兵卫打开心门，接受护村邀请可能是为了偿还自己之前欠下的人命债。山贼中有一部门人还是有武士精神的，但却给右京的两面三刀带来“麻烦”，他听从属下意见决定将机械武士变成真正的机械，没有灵魂完全听从命令。式社人送给勘兵卫一行战斗装备，希望他们一举攻下都城。

右京为了达到统治各村庄的目的，不断研发机纯械武士，胜四郎回神无村看望安埋在那里的片山五郎兵卫刚好遇到山贼袭击村民，他即刻投身到保护村子的战斗中，英勇地斩获了右京派来神无村的先头部队，并组织村民组织防卫山贼来袭，但面对后面又一大批进犯的机械山贼，单凭胜四郎指挥村民，神无村前途未卜。

护村战斗已经进入到白热化阶段，大量纯机械化机器人被投入使用，平八为了炸掉指挥舰而受伤牺牲，近身战斗中，胜四郎为了救勘兵卫用枪误杀了久藏，久藏至死也没有忘记和勘兵卫的决斗。勘兵卫拒绝了云母的表白，收拾心情和武士们继续投入战争。

都城堕毁，右京掉入山崖，最后一个机械山贼被胜四郎砍杀，菊千代为了阻止都城前行毁坏村庄而死死守卫牺牲了，战后七武士只剩勘兵卫、七郎次和胜四郎，绫麻吕做了一个普通的式社人，胜四郎潜心练武和修炼，成为一名真正的武士，村子恢复了往日的宁静和欢笑，而四位武士的坟头永远守护在村前。