热爱冲浪的少年兰顿，一直以成为像霍兰德一样的高手为目标。一天，一个叫的优莱卡女孩驾驶着LFO　　来到他的面前，兰顿对她一见钟情。这天，兰顿带着爷爷交给他的阿弥陀启动器前去寻找优莱卡…

兰顿送了阿弥陀启动器去给优莱卡，让尼尔瓦修号真正苏醒…之后兰顿受霍兰德之邀，也因为兰顿想要保护优莱卡的原故，决定跟着她们去月光州…

优莱卡以一架LFO歼灭州军的KLF3机，兰顿决定去月光州学习成为一个机械工程师，优莱卡带着兰顿回到月光州，但是月光州的成员却瞧不起兰顿…

兰顿如愿登上月光州，与崇拜的霍兰德及其他成员生活在一起，但是，一直看不到大家冲浪让他非常失望，这天哈普接了一个秘密运送的案子必须穿过危险的奥尔兰多溪谷，兰顿终于如愿看到月光州成员的冲浪英姿…

月光号成员分成几组到镇上去采购生活必需品，因为瑞登喜欢优莱卡的事被塔荷无意中得知，因此威胁兰顿要帮她提东西，没想到半路上被一群小混混找麻烦，兰顿英勇拯救塔荷，最后因霍兰德的帮忙才脱离险境，原来霍兰德喜欢塔荷…

优莱卡的孩子们为了妈妈不被抢走，想尽办法恶整兰顿，却不小心将月光号的程式破坏，将尼尔瓦修启动半路遇到敌军，兰顿极力保护小孩，最后优莱卡营救了大家…兰顿被关进禁闭室但却赢得了小朋友的友谊…

霍兰德为了赏金捕捉了反政府组织的重要人物提芙朵莉，优莱卡急着到处寻找迷路了的梅蒂儿，没想到是被提芙朵莉带回照顾，一伙人在提芙朵莉家碰个正着…在霍兰德一手交钱一手交人的同时，兰顿和优莱卡却出手拯救了提芙朵莉…

将补陀落的提芙朵莉婆婆放下在席坦迪司．代鲁．席英卢之后，兰顿发现了原来月光号是军方的特种部队，虐杀了很多无辜的人们，优莱卡非常想要做补偿，在兰顿的鼓励下优莱卡拯救了反政府组织的提芙朵莉…

因为发生了地壳变动，在那个地方将会发生非常巨大厉害的浪头，虽然非常遥远但霍兰德决定带领大家到那里去…在每天的相处之中兰顿发现自己更加爱上了优莱卡已经无法再隐藏…

兰顿看大家一提到珊瑚机质这个名字就兴奋得不得了，在取得霍兰德的同意后，也登上尼尔瓦修出去应战，谁知就与极似尼尔瓦修的TheEnd正面冲撞，他和优莱卡会有什么发展呢…

正当兰顿，优莱卡与TheEnd的驾驶员：阿莲莫莲在珊瑚机质云冲撞时，魂魄之间似乎有了某种交集，三个人在此相遇。究竟意味着什么不得而知，但在兰顿再次碰到优莱卡时，尼尔瓦修才又恢复了正常运作…

尼尔瓦修和The End同时坠落，为了挽救安妮莫奈和优莱卡的性命，多米尼克与兰顿一起来到镇上找寻药物，就在回返坠落地点时，军方和月光州的人马都前来回收各自的人马，兰顿仍然未从多米尼克和霍兰德口中得知这一切是怎么回事…

与军方战斗后，月光号受到相当严重的损伤，也因此只能维持在低空飞行状态。优莱卡当时所受到的伤害，也渐渐恢复当中。此时，在多米尼克的自我反省和分析下，剖析过去尼尔瓦修和月光州号成员的所有行径后…

这次月光号上兴起一股健康风潮，大家为了健康食品，投下了不少钱，这天又想吃世界三大健康食品之一的庞茶果，兰顿领了特别的许可来到小时候熟悉的小镇，马修和优莱卡却被自己的舅舅当成通缉犯通报给军方抓了起来…

为了修复月光号，兰顿一行人找到一处军方的废弃洞窟，众人也开始在洞窟内找寻食物和备用的零件，兰顿和优莱卡原本就因为驾驶尼尔瓦修有了一点心结，兰顿在隐隐的梦境中向优莱卡道歉，原来一切并不是梦…

月光号迟迟不能修好，就无法工作赚钱填饱一大伙人的肚子，为了能尽快修复，一行人找到健吾从前的老友艾德蒙之子─尼尔帮忙，收集了飞鱼之后的确制造出一大批精良的薄膜，修复工作眼看可以成形了…

正当月光号还在修复期间，兰顿遇到了一直在这个矿坑中挖掘的布利塔尼先生，原本相处得极为融洽，没想到他在看到尼尔瓦修之后就完全变了个样，甚至将它偷走，说是要给他的儿子看…

月光号的破损总算修复完成、眼看着军方又已经派兵前来突击，但是优莱卡突然像失心了一样将尼尔瓦修开走，被一处饱含光粒子矿脉的岩壁包围，所幸有瑞登及时相救，此时传说中的七色涌泉发生，大量的光粒子波也让月光号得以发射驶离该地…

优莱卡被岩液包覆的状况连米莎看了，都判断现代医学恐怕束手无策。兰顿为了带优莱卡上大医院一事和霍兰德起了争执，霍兰德却在此时执意前去搭救一名高僧，希望藉由他的手来救优莱卡…

因为优莱卡的遭遇，兰顿成了众矢之的，无法接受自己杀人的事实，加上优莱卡拒绝他的打击，兰顿毅然离开了月光号，但是未来的他该何去何从呢…

出走的兰顿在身无分文不知何去何从的情况下，因缘际会遇上了查尔斯和蕾伊，查尔斯无视世人眼光，我行我素的想法让兰顿佩服不已，他和蕾伊带给他的温暖，是前所未有的…

兰顿随着查尔斯以及蕾伊前往收货地点，到达后才得知要运送的对象是一名病重的少女。因为无法接受病患双亲放弃拯救女儿的机会，兰顿决定用自己的方式拯救该名少女的生命。另一方面，霍兰德等人则是因为不知该如何将兰顿已经离开的事实告知优莱卡而伤透脑筋…

对于查尔斯与蕾伊要求自己改口叫爸爸妈妈一事，让兰顿感动不已。然而，当众人还沉浸在这股亲情漩涡之际，却因为兰顿无意间道出自己曾是月光州成员一事，让难得的幸福时刻瞬间崩溃。另一方面，因为不忍目睹优莱卡饱受相思之苦，霍兰德决定将兰顿带回来…

为了回到月光号，为了见到优莱卡，离开查尔斯夫妇的兰顿却昏厥在一处人烟罕至的地方，后来所幸被一个名叫威廉的男子所救。看到不因妻子罹患绝望病而放弃的威廉，再加上威廉的开导，总算让一度感到迷惘的兰顿再度踏上了寻找优莱卡的旅程…

为了告知月光号即将面临的危机，兰顿马不停蹄地赶回了月光号，但是等不及的艾蕾卡却已经偷偷拿着吉洁特的滑空板独自外出找寻瑞登，甚至在中途遭遇查尔斯与蕾伊的狙击。所幸最后月光号有惊无险，而优莱卡也及时被兰顿所救，两人终于如愿以偿见到了对方…

查尔斯与蕾伊两人独自入侵月光号，不过霍兰德早已预料到两人的行动，并且做好了应战的准备。在一场激战过后，查尔斯虽为霍兰德所杀，但却仍在咽下最后一口气之前开枪打中了霍兰德的腿部。另一方面，蕾伊则是被塔尔荷所擒，在得知查尔斯身亡的消息后，蕾伊要求见他最后一面。但令人意外的是，蕾伊竟伺机在查尔斯的尸体上安装炸弹，并趁乱逃离了月光号…

在查尔斯死后，伤心欲绝的蕾伊终于展开报复行动。尽管兰顿声声呼唤，希望蕾伊能够及时回头，但蕾伊却说一切都已经太迟。最后，月光号成功击沉了白鸟号，但是旧伤未愈的霍兰德却因此伤得更重，需要接受兰顿的紧急输血…

看着因为重伤而沉睡不醒的霍兰德，再也按捺不住的塔荷终于决定让兰顿明白所有的真相，包括月光州成立的目的以及艾蕾卡是人型珊瑚机质等等。另一方面，为了探查消息，多米尼克前往铃之森拜访兰顿的爷爷，最后却反而被老人家的诚挚所感动…

为了修复尼尔瓦修，月光州成员决定前往具备高度技术能力的特雷加技研所，而所长在目睹零式的进化后，也答应提供协助。待在技研所的这段期间，兰顿与优莱卡接受桑妮亚的邀请，欣赏所长所制作的电影，藉此了解零式出土当时的情况。另一方面，塔荷也终于下定决心，让自己有所改变…

正当月光州一行人在特雷加技研所等待尼尔瓦修改装作业之时，杜威上校所率领的凤蝶部队却已经展开了行动，甚至不惜摧毁一座城市。眼看事态紧急，霍兰德决定当机立断，立刻前往铃之森拿取尼尔瓦修的滑空板…

在菲勒斯市遭到毁灭后，有鉴于杜威已然展开行动，霍兰德决定立刻取得尼尔瓦修Spec2的滑空板。另一方面，负责为尼尔瓦修制造滑空板的阿克赛尔则因为事迹败露而遭到军方的追击，所幸最后仍顺利将滑空板送上光脉，而深信爷爷必然能够成功的兰顿也不负众望取得了滑空板…

亲眼目睹城市遭到毁灭的惨状后，让优莱卡的情绪一直都很低落。在塔尔荷的协助下，兰顿与优莱卡一起搭上了长型滑空板。另一方面，在掌握诺鲁布大师的行踪后，霍兰德打算解散月光州，独自前往首都拯救诺鲁布大师，并表示不论大家决定离开或留下，他都会尊重众人的选择……

得知诺鲁布大师一个人独自出现在首都后，为了避免诺鲁布与首都同归于尽，月光州成员决定采取弹道飞行方式火速赶往首都。而霍兰德也在这个时候，对兰顿与优莱卡说出自己曾经在天空之都与诺鲁布大师交谈过的往事，以及诺鲁布大师的想法……

为了救出诺鲁布大师，月光州一行人展开了行动。但在行动过程中，优莱卡却因为亲眼目睹民众匆忙避难的景象而萌生退缩之意，尼尔瓦修也因此一度失去联络。不过霍兰德等人还是决定贯彻到底，最后也顺利找到诺鲁布的所在之处。

看到兰顿无法接受尼尔瓦修在战斗时所留下的伤痕，让优莱卡对自己额头的伤口感到耿耿于怀，为了讨兰顿的欢心，优莱卡接受吉洁特的建议，打算藉由化妆让自己变得更美，没想到化妆后却吓哭了孩子们，霍兰德更因此晕了过去…

为了采访，史托纳要求格雷以科学家的角度发表对珊瑚岩的看法，而诺鲁布则是站在宗教的角度发表论述。而在此同时，杜威则是继续藉由发射Orange制造骚动，并播放俱胝级攻击人类的画面，藉此让群众支持自己歼灭珊瑚机质的计划…

无意间得知优莱卡认识自己的父亲却一直没告诉自己，让兰顿一时之间难以接受，脱口而出的气话也对想变成人类的优莱卡造成了伤害。另一方面，杜威则是发动政变，并杀害三贤人之中的两人，而唯一的幸存者蔻达则是主动对杜威表示臣服…

眼看GreatWall就在眼前，霍兰德却提议进行足球比赛，还说这是诺鲁布的指示，更是突破GreatWall的一项考验。而月光州的成员尽管再怎么不愿意，还是一边揣测诺鲁布真正的意图，一边接受这场考验。另一方面，杜威则是昭告天下，表示即将率领凤蝶部队进军珊瑚机质的大本营…

诺鲁布终于回到睽违已久的补陀落宫，而为了让兰顿与优莱卡见到佐久夜，众人费尽心思为尼尔瓦修乔装，准备伺机潜入，但却没有人知道梅蒂儿等孩子们早已藏身其中，而原本天衣无缝的潜入计画也因为这3个孩子而泄了底。不过最后，兰顿等人还是在诺鲁布的带领下顺利到达佐久夜的所在之处…

为了让兰顿等人顺利见到佐久夜，霍兰德等人决定死守防线。另一方面，兰顿等人虽然顺利到达佐久夜的所在地，但见到的却是一朵巨大的莲花花苞。接着，优莱卡独自一人进入了花苞之中，她不仅见到了佐久夜，也倾听佐久夜叙述自己与诺鲁布的过去种种；而待在花苞之外的诺鲁布，同样也向兰顿提及往事……

为了优莱卡与兰顿，诺鲁布与佐久夜决定一起开启GreatWall的Zone；而月光州成员也将未来的希望全部寄托在优莱卡与兰顿身上，准备奋力一搏，让两人能够顺利进入Zone之内。至于杜威则是命人再次发射Orange，并且派出安妮莫奈进行追击…

大气圈外，霍兰德仍然在与敌人不懈地战斗；　　地面上，杜威与安妮莫奈去参加一个舞会，杜威吐露了“弑亲仪式”和他的身世。而多米尼克正在为安妮莫奈的痛苦不知所措，又得到了要选拔新一任尼尔瓦修终式的驾驶员的消息……　　另一方面，兰顿和优莱卡成功地进入了ZONE内部，并且发现所谓约束之地其实就是地球。他们被困在了一处海滩……

霍兰德透支着自己的身体来阻止杜威的计划……　　多米尼克在前往瓦尔萨瓦的途中目睹了战争所导致的惨状，对自己的使命发生了怀疑。来到瓦尔萨瓦的新驾驶员选拔地点，他又目睹了惨绝人寰的选拔实验，使得他更加地怀疑自己……　　兰顿和优莱卡以及孩子们则始终被困在海滩上，其间，孩子们似乎又和兰顿起了争执；正当兰顿为现况发愁时，优莱卡又发生了异变……

RAYOUT上登载的事实让人们开始清醒地认识到正在发生的巨变；而多米尼克所在舰队的旗舰舰长决定和月光洲进行交涉来确认世界的异变。经过交涉，舰长决定和月光洲合作，保护这颗星球……　　优莱卡的异变仍然在继续，她因为害怕兰顿和孩子们难以接受自己的变化而痛苦难过，兰顿为了安慰她砸伤了自己的手臂；而莫里斯此时却向兰顿举起了枪：把妈妈还给我。优莱卡用自己的爱感动了莫里斯放下枪，终于让兰顿和莫里斯冰释前嫌。第二天早晨，孩子们为兰顿和优莱卡找来食物，却发现兰顿生病晕倒了……

兰顿一病不起，更糟糕的是暴风雨突然袭来；优莱卡的异变进一步加深，甚至长出了翅膀，她变得有点绝望。但是孩子们用行动表明了他们的爱，让优莱卡的心温暖起来。第二天，兰顿缓缓醒来，而象征着希望的阳光也重新照射下来……　　月光洲和多米尼克所在的战舰结成联盟，决心以一己之力反抗错误的ORANGE计划拯救世界。为了表达决心，舰长要求把战舰涂成红色……　　然而，杜伊的邪恶计划依然在进行，珊瑚礁和世界危在旦夕……

兰顿和优莱卡等人终于进入了珊瑚礁中心，里面是珊瑚礁和自愿留下的人们共享意识的图书馆，里面的藏书更是可以让人们共享知识。在其中，兰顿遇到了久违的姐姐以及从未谋面的父亲。　　在获知了珊瑚礁、地球、人类的历史，和珊瑚礁企图同人类交流乃至共存的愿望后，兰顿决心阻止杜伊毁灭珊瑚礁乃至毁灭世界的计划，得到了父亲和姐姐的支持，最终的战斗即将开始……

杜伊使用最强的激光打击ZONE,,在地上打出了一个极深的洞，因为多米尼克的离开而终于意识到自己的感情的安妮莫奈，在绝望中按照杜伊的命令驾驶终式冲进了洞口，多米尼克为阻止终式，驾驶小艇冲进即将闭合的洞口……　　多米尼克终于见到了安妮莫奈，两个人相拥而泣，约定终生，但是杜伊的终极照射打击下来，毁掉了珊瑚礁的中心，而终式为了保护多米尼克和安妮莫奈，也消失在了光芒中……

得了绝望病的人其实都是与珊瑚礁的中心连接着意识和知识的人，在珊瑚礁中心毁灭后，他们也解脱了出来，然而，因为珊瑚礁中心的被毁，天空已经开始崩裂了……　　杜伊煽动军队继续向打开的洞口进攻，与月光洲联盟的出云号决心阻挡杜伊的军队，以掩护月光号前去救多米尼克一家和兰顿一家……　　兰顿等人决定成为新的司令簇，作为珊瑚礁的中心阻止珊瑚礁的暴走。　　杜伊在最后用自杀下了最后一步棋，他的心肺功能与安妮莫奈和优莱卡项圈相连，并在项圈内设下自毁程序，一旦两人中的任何一个成为代理司令簇，自毁程序就会输入珊瑚礁，从而导致珊瑚礁乃至地球的毁灭……

兰顿为了和优莱卡在一起，放弃了在地球上的生活，就好像优莱卡放弃了自己的种族一样，他们为了能够在一起，一起在另外一个星球上生活，优莱卡的三个孩子，也和兰顿的爷爷在一起。　　最后，有一天森林里闪烁着绿色的光，那是……