赛昂人不断追击卡拉狄加舰队，舰队不得不每33分钟进行一次超光速跳跃以逃避赛昂人的追击，全船成员连续工作几百小时。而舰队在不断遭受袭击之后，舰队幸存的人类锐减至不到五万。但某次跳跃33分钟之后，赛昂人的追击没有出现，反而之前在追击中失踪的奥林匹亚航母出现了，可最终卡拉狄加发现这是一艘载有核弹的民用船，并且正径直冲向卡拉狄加……与此同时，流落卡布里卡的西洛却被之前已经离开的布玛尔所救……

　　布玛尔在自己的背包中发现了一枚G4炸弹，但在她检查了轻武器库之后发现，丢失的G4炸弹不止这一枚。罗斯琳总统前往卡拉狄加视察，了解资源贮备情况。然而此时，卡拉狄加的水罐却发生爆裂，舰队失去了百分之六十的水量，卡拉狄加开始寻找水源。卡拉狄加被怀疑有赛昂人潜伏，波尔塔博士受命制作赛昂人识别器。布玛尔成功找到了水源，但却在自己的猛禽座驾上发现了一枚G4炸弹。阿波罗在上次击毁奥林匹亚航母之后，对当初的行动产生了质疑，罗斯琳总统邀请他成为她的私人军队顾问。卡布里卡上，西洛正与莎伦逃亡，而西洛却对这个莎伦的身份浑然不觉……

　　舰队找到了水源，但取得水的工程却需要大量人力。卡拉狄加决定从运送罪犯的船上寻找志愿者，李·阿达玛率队登上“星际女皇”号。但当李说出条件之后，一片沉默，最终只有一个人站了出来，并且代表罪犯拒绝了李。他就是汤姆·查莱克，政府认定的“恐怖分子”。李找查莱克谈话，这时船上的犯人却发动了起义，罪犯控制了飞船，查莱克作为领袖要求罗斯琳下台并重选总统。阿达玛指挥官下令出击，同时李道破了查莱克心中真正的目的……此时的卡布里卡，西洛和赛昂人莎伦依然在逃亡，但莎伦已经开始和其他赛昂人开始计划之后与西洛有关的行动……

　　猛禽驾驶员弗莱特普第一千次降落，甲板上为其进行庆祝，不料一枚飞弹意外落地造成了爆炸。卡拉狄加急需新的飞行员，“星芭儿”卡拉担任教练，然而这却勾起了一段往事……卡布里卡上的西洛和赛昂人莎伦找到了一个藏有药物、食物的地下室。

　　西洛和赛昂莎伦走散了，而西洛决定继续朝着更危险的地方前进，因为那里才能找到莎伦……卡拉狄加上被潜入了一名身藏炸弹的赛昂人，被及时发现后赛昂人引爆了炸弹。赛昂人与人类样貌无异的消息在舰队传开，这引起了所有人的恐慌。独立仲裁法庭开始在船上进行盘查审问，最终却查到了阿达玛指挥官身上。独立仲裁法庭被取缔，但蒂罗尔上士也觉察到形势已经不容许再这样下去，他决定和莎伦分手……

　　波尔塔博士和6号发生了争执。而卡拉狄加上却来了一位自称是艾默里克博士的同事的，和6号一模一样的女人，她指证波尔塔博士出卖了人类，并且给出了两张照片。波塔尔博士陷入了恐惧之中，想尽办法要销毁照片，为自己洗脱罪名，甚至被关入了禁闭室……卡拉狄加上，星芭儿在处理之前带回来的赛昂突袭机，布玛尔深深陷入了对自己身份的怀疑。另一方面，卡布里卡上的西洛和赛昂人8号则越走越近……

　　总统向媒体公布了两张人型赛昂的照片，而她自己也被噩梦缠身。此时杰米纳旅行者号上抓住了一名赛昂人，正是指挥官之前遇到的里奥本，他声称舰队里有已经安置好的核弹。星芭儿受命去审问他。蒂罗尔听从了布玛尔的意见，发现处理赛昂突袭机的工作比原来轻松了许多……布玛尔主动要求博士给她的血样进行赛昂人鉴定……里奥本和星芭儿不断在言语上和星芭儿周旋，致使星芭儿不断严刑拷打，最终总统亲自前来，里奥本却告诉了罗斯琳一个惊人的消息……卡布里卡上，8号似乎开始与其他赛昂人出现了分歧……

　　波尔塔博士的赛昂人检测器完成了，罗斯琳总统认为阿达玛指挥官应该首先检测，舰队成员相互怀疑。总统要求博士首先检测指挥官的血样，而这时指挥官却无故消失，回来的时候竟带回了XO泰的夫人艾伦。指挥官怀疑艾伦的身份，而指挥官之前突然离开的行为又增加了总统对其的怀疑。就在这种诡异的氛围下，博士的检测结果终于出炉……

　　布玛尔的猛禽发现了一颗富含钛的小行星，但却不幸发现它已经被赛昂人占据，舰队开始策划夺取小行星的计划……罗斯琳总统病情加重，并总是出现幻觉，然而牧师却告诉她，这种情况印证了古老经文中的故事……夺取小行星的行动遭遇困难，而阿波罗这时决定靠一己之力完成这一切。卡布里卡上，西洛发现了之前被8号击毙的赛昂人，8号立刻带着西洛继续开始了逃亡。

　　星云九号上即将开始殖民地日的活动，波尔塔博士成为了卡布里卡的代表。汤姆·查莱克在会上要求选举副总统，并且他在投票中保持强势。罗斯琳总统不得不决定改变策略，她让博士参选以阻止查莱克成为副总统。这时星云九号上，星芭儿和阿波罗抓住了一个疑似是查莱克的手下的刺客维利斯并对其实施审问，然而维利斯却在无人知情的情况下被割喉谋杀……卡布里卡上，西洛和8号终于准备开始行动，夺取飞船离开卡布里卡，这时西洛终于发现和他在一起的莎伦是个赛昂人。

　　布玛尔和克莱斯当的猛禽在一次跳跃中，找了个一个可供人类生存的，疑似就是科波的星球。卡拉狄加决定派出先遣队探索这个球星上的遗迹，然而当几架猛禽跳跃过去之后，却遭到了那里的赛昂突袭机的攻击，并且发现那里出现了赛昂基地之星。星芭儿提出了一个计划，用之前捕获的赛昂突袭机，载好核弹之后，撞击赛昂基地之星。就在星芭儿出发之前，总统找到了她，并要星芭儿给自己带回卡布里卡上的雅典娜之箭……而这时的卡布里卡上，西洛开枪射击了8号……

　　指挥官阿达玛对总统指挥他的表示震怒，他宣布解除罗斯琳的总统职务，并将其囚禁。坠落在疑似科波上的猛禽号剩余人员由克莱斯当领导，但他却最终因为自己的不成熟的指挥而送命。星芭儿找到了雅典娜之箭，并与西洛相遇。布玛尔接受了一个任务，成功将赛昂基地之星炸毁，但却发现了自己真实的身份，回到卡拉狄加，她做出了一个令所有人，包括她自己意想不到的举动……