在遥远的宇宙深渊，人类银河同盟赌上物种存续，与异形宇宙生命体群西迪亚斯持续着无止尽的战斗。人类银河同盟的士兵莱德在撤退时，被卷入空间跳跃意外。虽然他的长官古格尔中校试图支援，莱德还是和他搭乘的人型机动兵器Chamber一起落入扭曲的空间。当莱德再度清醒时，Chamber正躺在陌生的机库中。陷入紧急状态的莱德进行了半年的冷冻睡眠，直到Chamber接收到外部刺激才将他唤醒。围绕在四周的是讲着未知原始语言的不明人物。迷失所在位置、求救讯号也无人回应，完全不知该怎么办。认为自己孤身漂流到低度文明边境行星的莱德，趁着没有人的时候，为了回归战线而展开行动。他踏出Chamber的驾驶舱，眼前却出现一名少女。这时莱德决定……

太阳系第三行星‧地球。眼前是一望无际的大海。莱德惊讶地发现，自己漂流到的行星是被认定已灭亡的地球。他被在海上行动的加尔冈缇亚船团人员包围。莱德透过Chamber的翻译机能提问，船团长辅佐官莉婕特则试图与他对话，但是彼此的对话缺乏共识，紧张感不断升高。加尔冈缇亚这方主张把莱德扔进海里的皮尼欧、想要回收利用Chamber的贝萝丝，还有船团长斐尔洛克意见分歧。差点被莱德当成人质的艾咪表示驾驶员只是受惊，并没有敌意，但是没有被争论的众人听进去。艾咪的弟弟贝贝尔则是认为，对方可能是很久以前去了宇宙的人类子孙。莱德开始考虑暂缓回归战线的行动，和居民再次接触看看。这时他面前出现了使者，那是一度被当成人质的少女艾咪。

莱德与Chamber靠着强大的力量，解救了贝萝丝遭海盗攻击的打捞船团。可是这种歼灭海盗的行动，反而让加尔刚蒂亚船团大为惊骇。因为一旦同伴被杀，海盗必定会来报复。船团长斐尔洛克等人决定暂缓讨论该如何处置拥有过人强力的莱德与Chamber，以探查海盗的动向为优先。艾咪前去向被卷进纷争的莱德与Chamber道歉。接著贝萝丝也前来告诉莱德在海上生活的人彼此战斗的意义，还有海盗的生存方式和船团生存方式的差异。贝萝丝讲的话，让只知与黑迪亚斯战斗的莱德心里大为动摇。这时艾咪提议要莱德暂时留在加尔刚蒂亚。同一时间，失了面子的女海盗娜凯姬决定报复加尔刚蒂亚。发现近海附近所有海盗都集结而来的加尔刚蒂亚开始紧张戒备。

决定待在船团的莱德，被要求以劳动方式抵付破损格纳库的修理费。虽然Chamber开始帮忙简单的搬货工作，但是不习惯一般生活的莱德却很不顺利、失败连连。到最后，终于变成出借Chamber帮忙，莱德却无所事事的状况。前来探看状况的艾咪发现莱德没事可做，于是邀他聊天。莱德从对话当中，体会到自己有关家族或社会的常识认知和艾咪他们大相迳庭。注意到这点的艾咪建议他去见五贤者之一的欧达姆医生。莱德向医生询问回宇宙的方法，但医生对他说明，现在的人类丧失了大部分过去累积的知识。面对批判船团营运方式不合理的莱德，医生告诉他船团是一种生物，并且让他与艾咪的弟弟贝贝尔见面。这让莱德的内心深处，似乎有着什么渐渐产生变化。

侦查船发现了回流银河，作为船只动力来源的光虫群散开後，形成鱼群聚集的绝佳渔场。帮忙捕鱼工作的莱德，使用潜水人型机取代捷霸进行作业。但因莱德无下水经验，无法掌握机体在水中操作的感觉而失败连连。最後被渔夫工会成员救起来的莱德，觉得自己无用武之地。皮尼欧看到莱德失落的样子，便拉他去参加丰收祭典，进而邀约莱德加入打捞工作的行列。这时持打捞为本业的贝萝丝也出现想网罗莱德加入。在听著两人一来一往对话的时候，莱德在人群里寻找到在祭典上跳舞的艾咪。此时单独在海中作业的捷霸传来紧急讯息，似乎碰到问题，莱德於是赶紧前往解决。

莱德跟贝萝丝一起打捞，在海底工作时遇到了鲸乌贼这种大型生物，鲸乌贼虽然凶暴，但只要不主动攻击它，基本上算是无害的生物。但莱德因他外型酷似黑迪亚斯，便不顾贝萝丝的制止，而发动捷霸杀死鲸乌贼。自古以来，鲸乌贼就被认为是神圣的生物，莱德杀害鲸乌贼触犯禁忌的事立刻传开，船团中到处弥漫不安的气氛。另一方面，莱德则是怀疑黑迪亚斯可能已经潜入地球而决定备战。艾咪认为鲸乌贼很可怜，质问莱德为何要将宇宙中的战争带到地球，莱德却听不进去，反问艾咪人类面临可能被黑迪亚斯侵略的危机，为何还执著於同类间的争战。艾咪无言以对。另一方面，皮尼欧则是想藉此机会捞一笔。此时，大批的鲸乌贼逼近了船团。

在非洛克因心脏病死亡的同时，他将船队交给了莉芝，由于她年轻的原因，许多船只想要脱离船队，这个时候得知莱德可以杀死鲸乌贼的皮尼欧鼓动人民去鲸乌贼的窝里去打捞宝藏，艾咪从伙伴哪里听说了这件事之后，十分伤心，她的弟弟贝贝尔，去询问莱德原因，就在这时莱德说出了原因，然而莉芝的心结由贝露丝打开，去参加了葬礼，并且发出了宣言。

　离开加尔冈缇亚的皮尼欧等人来到了雾之海，雾里埋藏著旧文明的海上工厂、海底也有应沉眠著许多宝物的海底设施，从前皮尼欧曾经和哥哥一同尝试来探索，却发现那同时也是黑迪亚斯的巢穴，皮尼欧的哥哥受到攻击身亡，皮尼欧自此决心复仇。与他们一同离开加尔冈缇亚的莱德和捷霸引出鲸乌贼并逐个击破。看到一直被视为禁忌生物的鲸乌贼被猎杀，皮尼欧感到大快人心。驾驶捷霸一路追击鲸乌贼到巢穴中的莱德迎战鲸乌贼女王，一度陷入苦战。究竟这些应是过往研究设施的海底遗迹中，有什麼在等著莱德和皮尼欧？而莱德终于在此发现了旧文明灭绝的真相。

皮尼欧终於率领自己的船团登上平台。见识到旧文明遗产力量的皮尼欧，以无线电通知所有其他船团“我们歼灭了鲸乌贼，打捞到许多宝物”，并下令只要靠近的船只一律击沉。这导致船团中人心惶惶，有人赞同、也有人反对他的作法。梅尔蒂为此十分担心。另一方面，莱德透过在海底遗迹找到的记忆媒体，得知了某种真相。过去那样为银河同盟奉献一切战斗有意义吗？莱德回顾自己的行为，无法抑制心里产生的厌恶感。同时间，听到皮尼欧宣言的加尔冈缇亚船团也大为震撼。得知莱德与捷霸歼灭了鲸乌贼，艾咪深受打击。此时，无视皮尼欧的警告，想夺取宝物的海盗船正逐渐逼近中。

出现了大船团逐渐逼近雾之海，皮尼欧发动攻击，却被对方压倒性的战力震慑。率领该船团的是人类银河同盟的库格尔中校，正是莱德的长官。库格尔也与座机史多来克一起漂流到地球。在库格尔船团迎接莱德的是奥迪莉亚与神官们。库格尔教导地球人类作战方法，并以歼灭黑迪亚斯的思想构筑船团。莱德向库格尔报告在海底遗迹发现的事实，以及黑迪亚斯发源於人类的事实。但是库格尔毫不惊讶，还说那是人类银河同盟高层沉默的共识，要继续为了生存与放弃人类身分的黑迪亚斯战斗。他相信自己率领的船团人民是幸福的，并对莱德提出邀约，要一起改变这个星球。

皮尼欧被库格尔船团委托修复古文明遗物，就在他为此欣喜若狂时，海盗娜凯姬找上了他。娜凯姬只是表面上顺服，其实对此船团的作法感到不满。库格尔船团的航路上，加尔冈缇亚船团也顺著海银河航行接近。想要以武力将加尔冈缇亚纳入管制的库格尔向莱德表示，若是收服加尔冈缇亚船团将交由莱德统治。“为此行星建立新的秩序是我们的使命”“让地球成为第二个阿瓦隆”。莱德对库格尔说的话产生了疑虑，想起了在加尔冈缇亚的生活，以及跟艾咪等人的相处。

皮尼欧、娜凯姬和佛朗吉为了对抗库格尔船团，集结所有飞行机及人型机组成反抗战线。海面上掀起战争的同时，捷霸和史多来克也在空中激战。莱德与捷霸发现了惊人的事实真相。当莱德强制开启史多来克驾驶舱时，发现了已经木乃伊化的库格尔中校。史多来克的AI，依据库格尔生前的规划，实行并维持其构想的社会型态。“莱德少尉应该感受到自行思考判断是极大负担，服从我能让您从此重担中解放”。莱德正要反驳时，捷霸抢先驳斥史多来克的理论。自觉在地球无容身之处，对银河同盟也感到幻灭的莱德，决定赌上性命与史多来克一战。背水一战的莱德，最后会迎向怎么样的结局？