经过数周追踪，迈克尔终于在洛杉矶找到了格蕾琴和威斯勒，正当他准备为莎拉的死复仇时，被告知莎拉其实还活着。通过莎拉父亲的好友布鲁斯-贝奈特先生，迈克尔找到了莎拉，二人终于重逢了。在巴拿马，苏克雷、巴里克和T-bag也在一场骚乱中逃出了Sona监狱。T-bag想搭车到美国，却被司机抢劫一空后留在了沙漠中等死。威斯勒正与对迈克尔说出自己知道的秘密，却被“公司”杀手怀亚特灭口。林肯因为谋杀“公司”人员再次被捕，而苏克雷、巴里克和马洪也被捕了，马洪还发现自己的儿子被怀亚特杀掉。这时自称国家安全局探员的丹-谢尔夫来到众人面前，要求他们与自己合作搞垮公司。

获得Scylla的难度增加，丹-谢尔夫取消了行动。但迈克尔、林肯、马洪和莎拉却找到了其他几块卡片的线索，因此谢尔夫决定继续行动。T-bag开始冒充威斯勒的身份。怀亚特对布鲁斯-贝奈特严刑逼供，在获得莎拉的行踪后杀死了贝奈特。

迈克尔找到了第二张卡片。T-bag伪装进入Gate公司，企图破解《观鸟指南》的线索。莎拉得知贝奈特被杀，倍感打击和愧疚，她跑去酒吧解愁，却不小心泄露了自己的行踪。怀亚特开始追踪莎拉和迈克尔等人。

迈克尔和林肯潜入了看守严密的财政部，成功的复制了第三张卡。将军命令所有持卡人要将卡片随时放在身边。迈克尔突然流鼻血，让林肯很担心他的健康。苏克雷和巴里克找到了T-bag，而格蕾琴从怀亚特的囚禁中逃出。马洪此时正酝酿着为儿子报仇。

迈克尔等人到赛马场追踪下一张卡，但在这次行动中马洪被捕了，而复制了信息的设备就在马洪身上。谢尔夫利用手段拿回了马洪身上的设备，却将他留在看守所不管。利用审讯的机会，迈克尔等人救出了马洪，并逃过了怀亚特的追杀。与此同时，T-bag化名为销售人员科尔-派弗开始在Gate公司内部进行调查。

林肯一行来到拉斯维加斯寻找第五张卡，苏克雷牺牲自己做持卡人老婆的男伴才复制了信息，但罗兰的设备却被赌场没收了。莎拉发现迈克尔患了脑瘤，据说迈克尔老妈就是死于这种疾病。为了共同的利益，格蕾琴和T-bag开始在Gate并肩作战，他们绑架了迈克尔和巴里克，要求他们一起破解《观鸟指南》的秘密。他们发现Gate公司有个神秘房间。马洪救出了迈克尔和巴里克，并抓到了T-bag，但格蕾琴却打来威胁电话。

格蕾琴威胁迈克尔与自己合作，由于设备被没收，大家不得不将目标直接转到将军身上。将军组织Scylla转移，迈克尔发现Gate离“公司”存放Scylla的地方很近。罗兰背叛大家向怀亚特透露迈克尔等人的据点，企图换取金钱，但最终却被怀亚特杀掉。好在众人抓到了怀亚特。

擒住怀亚特，迈克尔等人威胁他骗将军众人已死。马洪折磨并杀掉了怀亚特，总算为儿子报了仇。为获得最后一张卡，格蕾琴去找将军，希望以往的旧情能起作用。迈克尔计划从Gate的神秘房间挖管道进入“公司”，此时他的病情越来越严重。在打通水管制造通道时，巴里克为了大家牺牲了自己的性命，最终被水冲走。

在哀悼巴里克后，众人潜入了“公司”，了解了安放Scylla的安保情况。T-bag在Gate公司的前台女崔珊原来是谢尔夫的同伙，一位伪装的国家安全局特工。莎拉带迈克尔入院检查，被通知要马上动手术取出脑瘤。但迈克尔没有时间了，因为将军下令立即转移Scylla。

格蕾琴企图色诱将军失败。众人的潜入行动进行中，在接近Scylla的时候碰响了警铃，将军发现了这一切，派人来组织他们。谢尔夫和崔珊发现，格蕾琴和T-bag企图把Scylla卖给华人冯。

迈克尔、林肯、马洪和苏克雷早就料到将军会亲自过来，在制服了将军的打手后，得到了最后一张卡。原来六张卡只是钥匙，真正的Scylla是一块高科技芯片。虽然他们被困在了“公司”中，不过此时莎拉正挟持着将军的女儿丽萨，迈克尔等人成功地带着Scylla离开了“公司”。 谢尔夫拿到Scylla，给迈克尔等人发出了赦免函。然后，众人马上发现所谓赦免函只是一堆白纸，而谢尔夫此时已经带着Scylla逃跑了。

原来谢尔夫耍了所有人，他利用国家安全局的身份让迈克尔和林肯等人为他卖命，只是为了得到Scylla然后卖个大价钱，现在众人不得不继续逃亡。为了找到买家，谢尔夫囚禁了格蕾琴的女儿。在与买家交易时，谢尔夫发现有一小部分Scylla不见了，迈克尔早已偷偷将它藏了起来。

谢尔夫到处寻找着丢失的部分，T-bag负责看守格蕾琴的女儿和妹妹，却被一个“公司”伪装的杀手擒获，但他放走了格蕾琴的女儿和妹妹。迈克尔从谢尔夫处夺回Scylla，但在逃亡的过程中他脑瘤病发，最终被“公司”抓到，而Scylla也再一次被谢尔夫偷走。为了救迈克尔，林肯同意加入“公司”并找回Scylla。

在公司的胁迫下，林肯与苏克雷等合作开始寻找Scylla。在交易的过程中，卖家打伤了谢尔夫并抢走了Scylla，林肯与苏克雷擒获了格蕾琴与谢尔夫。公司派医生为迈克尔做脑手术，昏迷中DB Cooper闪现在他面前，迈克尔悟出了Scylla真实价值。手术成功了，醒来后迈克尔告诉莎拉Scylla是一套先进完善的太阳能利用装置。迈克尔知道林肯加入“公司”的事，随后又发现自己的母亲原来也是“公司”的一员。

林肯、格蕾琴、谢尔夫和T-bag来到迈阿密寻找Scylla，随后马洪也加入进来。格蕾琴发现买家就是“公司”的人，而且已经背叛了“公司”。在与卖家的激战中，格蕾琴中枪被留给了警察。此时迈克尔已经被“公司”囚禁并洗脑，希望他能为“公司”服务。迈克尔被告知自己的母亲克里斯蒂娜还活着，并且一直为“公司”工作。林肯与获得Scylla的人接通了电话，他不知道这个人正是自己的母亲。

迈克尔逃出“公司”的囚禁，和莎拉冒险来到迈阿密。克里斯蒂娜与林肯相见并告诉他自己计划搞垮“公司”。而T-bag和谢尔夫追踪Scylla来到一间教堂，并有意外收获。此时迈克尔和林肯由于观点不同而产生了一些分歧。

在T-bag、马洪等人的提醒下，林肯发现克里斯蒂娜另有阴谋，她甚至下令在广场狙击林肯。克里斯蒂娜拜访印度大使馆，希望将Scylla卖给印度首相之子。迈克尔发现克里斯蒂娜在等待一个简称VS的人，他从机场劫走了这位教授。此时莎拉发现自己怀孕了，但她没有告诉任何人。

迈克尔囚禁了自己的母亲希望获得更多信息，但克里斯蒂娜却告诉他林肯不是他的亲生兄弟。T-bag向“公司”泄露了众人的秘密，希望在将军面前获得一席之地。将军从教授口中逼出了克里斯蒂娜的秘密。印度首相之子出席高科技展会，却遭到枪杀。

原来克里斯蒂娜真正的目的是利用首相之子被害挑起中印两国的争端，然后再将Scylla分别卖个两国。混乱中，迈克尔和林肯被困在了展会中，林肯发现自己被克里斯蒂娜陷害了。迈克尔夺回Scylla，但将军抓了莎拉，克里斯蒂娜抓了林肯，他再次面临两难的威胁。

迈克尔需要立即决定，是要救回萨拉的命还是林肯的命。苏克雷帮助C-Note和凯勒曼(Kellerman)找到了迈克尔，这样他们才能最终获得自由。林肯发现他和迈克尔并不是真正的兄弟，迈克尔也发现了萨拉已经怀孕。

迈克尔和林肯安排了交易的地点，并已知道如果交出了Scylla，所有知情人都无法活下来。他当面毁掉了所有的Scylla，当量活人愤怒地举枪要干掉他时，迈克尔露出他固有的自信微笑，并缓缓脱下了衣服。镜头闪回，迈克尔把Scylla内的数据全部纹在了身上，出了纹身馆后便被抓到。最终“公司”被搞垮，每个人也有了自己的结局，《越狱》在众人海边缅怀迈克尔中全剧终。