一转眼，六个星期过去了。感谢Root，所有人都有了一个假身份和一份固定的（正式的或非正式的）工作。Reese每天穿着西装去上班，Shaw当起了百货公司售货员，Fusco仍然可以安心地在纽约警署工作（并非Samaritan忽视他，而是它的触手暂时无法抵达纽约警署）。只有Finch无所事事，不是下棋就是遛狗。

大二女学生ClaireMahoney沉迷于网络论坛的神秘游戏中，解出鹦鹉螺图案中隐藏的信息后，铤而走险黑入私人雇佣军的网络盗取了机密文件，引来了雇佣军的追杀。同时，Finch和Reese发现幕后黑手竟是Samaritan。

AndreCooper，一名职业社交导师，因过去曾出庭作证昔日朋友的犯罪证据，遭到上门报复。

两小孩为了身在监狱的母亲，偷走了黑帮用来交易的50万美金。兄弟会不能容忍别人在他们头上动土。Dominic真身第一次出现，为了掩人耳目，他竟然扮成无名小喽喽。Elias觉察到Finch背后有大秘密，并开始向他发问。Finch最后会向Elias坦白吗？

Samaritan将触手延伸至州长选举，竞选数据分析师SIMONLEE察觉出其中存在舞弊现象，并一心想要调查并揭发事情真相，这也引来了Samaritan的注意，杀手们伺机而动，SIMONLEE能否逃过此劫呢？另一边，闪回到2001年，finch初次调试TM时遇到问题，TM越来越智能，逐渐失去控制，finch尝试束缚它却被TM反制险些丧生于机房。面对Samaritan的日渐壮大，FINCH对TM的极度不信任，一触即发的人机大战，逃脱四人组是否能最终力挽狂澜呢？

一名为人低调的办公室职员稀里糊涂地卷入了一起危险的阴谋，因为他喜欢在夜里假扮“侦探”。当Reese、Shaw和Fusco全力保护他时，Finch则前往香港参加学术活动。他不能冒险暴露自己的真实身份，所以他必须把假身份“坚持到底”。

Reese从凶案组临时借调到警校担任战术教官，同时监视一名与众不同的女学员。Shaw和Fusco发现她的身份并不单纯，她卷入了警察和黑帮的无间道以及Elias和Brotherhood的帮派斗争中。同时，Samaritan发现了上一集中国际大盗留下的蛛丝马迹，并追查到了Shaw的头上。

Shaw的行踪暴露，与Samaritan特工Martina展开激战。Root及时现身救走了Shaw，Fusco也帮助两人引开了Martina的注意力。而最新的号码则来自小队的“老朋友”Elias，这标志着Brotherhood向Elias的黑帮全面开战。Reese和Finch竭尽全力保护Elias和他的伙伴们，但最终还是付出了惨痛的代价。一直隐忍的Elias决定向Brotherhood复仇。

Samaritan开始在纽约展示它的力量，先是抢走了“无关号码”的生意，又在两天内展现了太平无事和天下大乱两种城市的形态。为了平息事端，TM通过代理人Root和Samaritan的代理人进行了谈判，但以无果而终收场。

Samaritan的野心已不仅局限在纽约，它攻击了证券市场，试图通过制造新的金融危机来影响美国乃至世界。小队决定全员出动。Shaw去地铁站寻找一名拥有证交所关键密码的员工，其它三人和Fusco则潜入证交所地下中心机房植入稳定市场的程序。但他们很快被Samaritan的特工包围。为了救出小队成员，TM进行了多次实时模拟来选择逃生方案，并将每一个成员的性格描绘得栩栩如生。在TM的指导下，小队成员完成了稳定市场的任务，但在逃生电梯口前被Samaritan的特工压制，生存几率跌落谷底。此时Shaw的出现成为TM和Samaritan都未能料到的意外因素。为了帮受伤的众人争取逃生时机，Shaw做出了惊人的举动，并使自己陷入生死未卜的境地。

本集政府特工的领导Control大妈回归，借助Samaritan指挥ISA特工进行了一场追杀恐怖分子的行动。但在这过程中，她发现政府方面对于Decima公司和Samaritan似乎正在失去控制。TM小队方面，Reese和Root正在不顾一切地寻找失踪的Shaw，他们甚至为此绑架了一位重要人物。本集的结尾，根据一条渺茫的线索，伤痕累累的两人继续踏上寻Shaw之路。

Reese和Root跟着线索来到纽约郊区的一座小镇，他们很快发现小镇看似平静的表面下隐藏着重要的阴谋。与此同时，Fusco和第8集中的女警Slivia共同调查新的“无关号码”，一名和人口失踪有关的中年大叔。本集的结尾，救人心切的Root在行事方针上第一次和The Machine产生了分歧。

机器安排Finch以陪审团员的身份参与一宗谋杀案的庭审，Finch怀疑另一名陪审团员试图操纵整个诉讼过程。与此同时，Reese渐渐向部门内部的心理专家打开了话匣子。

一名软件程序员因某种神秘原因重获新生，Reese必须暗中保护她，但他并不清楚她所面临的威胁来自她生活中的哪个部分。与此同时，Finch试图保护年轻黑客Claire免遭Samaritan毒手，谁料到Claire竟主动向Finch求援。

Reese和Finch必须保护聪明绝顶的街头骗子Harper——这个女孩计划从一家医用大麻药店盗取现金，但她遇到了大麻烦。

一名心理学家试图用非正统的方式来帮助病人获得解脱，但这会让他付出高昂的代价，Reese与Finch决定对他进行保护。与此同时，回忆情节揭示了Finch最好的朋友当年被炸死之后Finch脆弱的精神状态。

Flint和Bridges合作的非常愉快，同时Harold约好Bridges在咖啡店见面叙旧。Irish和Riley相互寒暄彼此的近况并表示两个人一定要聊聊治疗会的事情，并且Riley意识到Irish一定有事情瞒着他。

Saul被指泄露公司机密而在电视上被曝光，Saul一夜之间声名狼藉。Saul为了给自己讨回声誉发起了绝地反击，而这一切计划都被监控着。

Reese一行在执行监视任务期间，John坦言自己在凶杀组经常和自己打交道的都是死人，John总结他们这些被监视人的特点就是谁都不知道有事儿找上门了。

机器同时收到了Elias和Dominic的号码，Reese和Fusco在警告 Elias的过程中也被brotherhood抓住。与此同时Finch和Root收到了Shaw的电话，他们继续开始寻找Shaw。

全国四分之一的电力供应被入侵，机器很快就会完全失去权限。Greer对此很是满意。“修正计划”即将实施。与此同时，Finch等人紧张地执行任务，努力寻找机器。而Harold在袭击来临之时也不忘保护他的机器。Greer却表示他要发动的并非袭击，而是忠诚测试，以一种胜利者的姿态展现在对手面前。