延续多年的倭寇之乱，到明嘉靖年间愈演愈烈，东南沿海百姓苦不堪言。嘉靖皇帝不理朝政，内阁重臣严嵩趁机把持朝政。山东，神机营副将戚景通之子戚继光，承袭祖上爵位，任登州卫指挥佥事。戚继光初到登州卫千户所，发现大明军制已病入膏肓。他顶住压力，渐渐地在士兵中树立了威信，并与军士头头胡守仁结下了友谊。戚继光的第一战被兵部官员谭纶看在眼里，谭纶鼓励他进京参加武科举考试。

海盗王直前往日本，与倭酋长谷堪助达成了利益同盟，他们准备使用离间计，除掉眼中钉——浙直总督朱纨。严嵩与倭寇虽未勾结，但为除政敌，成功哄骗嘉靖革了朱纨的职。戚继光和胡守仁到达京师，结识了当朝第一才子徐渭和伍长杨文。俺答入侵京城，发生了史上有名的“庚戌之变”。嘉靖皇帝命严嵩设法死守皇城，以策应徐阶的外交诈骗之术。直浙总督胡宗宪配合兵部尚书，接下了城防重任。徐渭向胡宗宪推荐了戚继光。

戚继光凭借机智和武勇，率队长途奔袭，奇袭了防卫最薄弱的一座城门。徐阶“假和谈，真拖延”的计策也奏效了，俺答迟滞不进，休战一日。就是这关键的一天，各镇勤王大军赶到了通州。俺答之乱平息，京城之围得解。胡宗宪颇为欣赏戚继光，却将戚继光发回山东原籍，依旧去登州卫上任。戚继光与胡宗宪不欢而散。途中，戚继光结识了浙江秦山镇的沈家小姐沈黛云，彼此倾慕。戚继光回家说服父亲，当他再到秦山镇，却发现这里已经被倭寇袭击，全村百姓死伤惨重，沈黛云生死未卜。

戚继光孤身上演了一出“勇闯夺命镇”，救出了大批受困的老百姓。戚继光得知沈黛云带着掬月跳海自尽。沈黛云和掬月在海上被渔船所救，到达台州，意外遇到了台州义商唐献之，竟然发现唐献之是父母给自己许的夫君。沈黛云决定守孝过后嫁给唐献之。戚继光正式到登州卫上任，他发现这里的实际掌权者是自己的舅舅刘复。刘复私下却串通李千户等人贪赃枉法，草菅人命。

戚继光以雷霆手段先抓再审，查出了李千户与倭寇有私下贸易，以其为首的违法集团被彻底揪出水面。刘复知情不报，徇私枉法，当众挨了戚继光一顿板子。戚继光以“军法”、“家规”之说打动了刘复。兵部命戚继光收缴山东黄县水寨的武装。从小阅遍各类兵书的戚继光迅速布阵，制伏了水寨头领。这才发现，水寨头领竟然是一个英姿飒爽的女人，王家独女王昱竹。戚继光的英雄气概打动了有报国之志的王昱竹，王昱竹带领全部家丁加入戚继光的军队。

戚继光给兵部上书，要求和谭纶一同前往杭州，向胡宗宪毛遂自荐，为国杀敌。胡宗宪和俞大猷意见不合，俞大猷主张发展水师，以高额军费为基础，来击退倭寇。而徐渭务实，对俞大猷冷嘲热讽。戚继光怒闯军机会议，还没说出自己的主张，就被胡宗宪赶出了府衙。俞大猷夜访戚继光居住的客栈，展开了一场纸上谈兵。这个夜晚，将对未来数十年大明的抗倭战争产生巨大影响。

胡宗宪把海防建立得铁桶一般，倭寇大举进攻几次没有占到便宜。长谷堪助改变策略，命武艺剑术精湛的冈川信带领百余倭寇死士悄悄登陆浙江沿海。这伙倭寇长驱直入大明境内，流窜多个省份，竟然无人能够阻挡。戚继光听闻这个消息，带上自己训练的士兵和亲信，从山东出发。在没有得到兵部许可的情况下，长途奔袭南京，堵截冈川信一行。戚继光追击了三天三夜，终于全歼这伙倭寇，冈川信侥幸逃脱。

戚继光剿灭倭寇死士一事，震动大明朝廷。戚继光一下子被严嵩、徐阶等国家重臣盯上了。戚继光剿灭倭寇一事，客观上证明了军制变法的必要性。胡宗宪审时度势，将戚继光留在身边，却只给了他一个都司佥书的职位。王昱竹跟随在戚继光身边，二人产生了相互依存的微妙情感。徐渭一眼便看穿了胡宗宪的用人之道，原来，胡宗宪此举是“熬鹰”之策，要驯服戚继光身上的野性，锻炼他的心智。

戚继光到达龙山所，整肃军纪，制定新的练兵规则。就在戚继光还未做好准备之时，由向次郎率领的倭寇登陆龙山所沿海。戚继光立刻布置伏击战术，他以7倍兵力在上峰岭布下口袋阵。起初，一切按照戚继光的设想发展，然而由于军队训练程度有限，歼灭战变成了拉锯战。倭寇变阵，眼见明军就要溃退，戚继光纵马上山，逆风连发三箭，射中倭寇川字阵领军的三名头领，扳回局势。向次郎带兵佯退，想在树林中伏击戚继光，戚继光冷静判断战场局势后撤兵。龙山所一战实则打了个大败仗，但戚继光个人表现出众，“三箭定龙山”的故事被编成了歌谣，在民间流传。

久居海外的海盗头子王直，和日本人之间矛盾升级。王直派出义子王滶私下面见胡宗宪，想和大明朝廷谈判。然而中秋之夜，胡宗宪却没能等来王直，竟等来了戚继光。原来，戚继光早就暗中盯住了王直的行动路线，直接将其捉拿，押进了胡宗宪的大牢。戚继光苦口婆心劝胡宗宪，对出卖国家利益的叛徒不能姑息养奸，更不能谈判。两个人争执不下，于是各自向朝廷上了奏疏，皇帝主张杀王直。王直死后，倭寇反扑，岑港沦陷。这一仗一打就是一年多，俞大猷始终不能获胜。戚继光向俞大猷立下军令状，由自己全盘接手战略指挥。

戚继光接手指挥后，迟迟没有组织起像样的进攻。就在期限的最后一天，戚继光突然找到俞大猷，和盘托出整个作战计划。原来，早在胡宗宪进京请旨之时，他就做好了全盘布置，为岑港决战做了三项必要的准备：一，暗中联系徐渭，制造兵器，打造了克制倭寇蝴蝶阵的利器——狼筅；二，欲擒故纵，抓住了倭寇潜藏在明军岑港大营中的奸细；三，巧用疲敌之策，连续发起毫无威胁的进攻，令倭寇错误地判断了明军的战斗力。明军势如破竹，一鼓作气将岑港主寨攻克。长谷堪助率领日本武士亲信由海路暂退。

长谷堪助其实并没有真正撤退，他纠集了昔日王直的五峰船队，由海上向岑港发起了反扑。戚继光主动迎敌，以大明水师正面迎战倭寇水师。海战中，突如其来的大雾令双方都陷入了进退两难、生死一线的局面。戚继光取出了他这个大发明家的另一件神器——计算时间的串珠。他计算着风向、时间、船速。在双方都不敢开炮暴露位置的关头，命令主炮齐射，在完全看不见敌船的情况下，竟然有半数炮弹命中倭寇船只。长谷堪助被打懵了，立刻撤退。俞大猷主张乘胜追击，而一向胆大的戚继光此刻却极为谨慎，鸣金收兵。

戚继光因为这次撤退，遭到了朝中言官御史们的弹劾。严嵩父子借机对戚继光发难，戚继光被解职，押送进京由三法司会审。徐渭出奇策，要王昱竹去寻找一头传说中的白鹿，怎料，竟然真的在岑港后山寻到了传说中的白鹿。原来，这是胡宗宪和徐渭商量的对策，徐渭立刻写下了一篇违心的千古马屁文《进白鹿表》进京面圣。严嵩之子严世蕃主持三法司会审，避而不谈事实，只问戚继光有没有通倭，意图将戚继光屈打至死。命悬一线之际，嘉靖贴身太监冯保带着口谕来，救下了戚继光。

冯保的到来是嘉靖的安排，收到了白鹿的嘉靖心情愉悦，相信这是苍天的某种暗示。另一方面，嘉靖想采用制衡之术，不能让严家太过嚣张。皇帝面见戚继光，君臣二人叙谈。戚继光提出了建立一支募兵制军队的想法，嘉靖皇帝暗旨内阁，给戚继光行便利。戚继光回到龙山所，与王昱竹喜结连理。新婚之夜，这对历经磨难才得以结合的夫妻却心事重重，戚继光无处选练新军。戚继光孤身一人穿梭在台州大街，偶遇一直以为死了的沈黛云和掬月。沈黛云之夫唐献之献策，称义乌人骁勇团结。

招兵令一下，义乌县几万人全都争相入伍。义乌人的荣誉感很强，四邻八乡都把落选当成羞耻，戚继光必须出台一条既能服众，又对军队建设有益的选拔标准。一天一夜后，戚继光拿出了一条令人瞠目结舌，却必然永载史册的征兵条例。所谓的“四要四不要”，其古怪苛刻程度，比几百年后的选美更严格。按照戚继光的标准，竟然也召到了满员的三千人。胡宗宪准备清缴徐海，戚继光主张收降。胡宗宪斟酌再三，采纳了戚继光的策略。

倭寇得知新河城新兵初成，派小股部队奇袭新河城。戚继光引100多人的小部队出城，主动寻战。哪知情报有误，戚继光发现倭寇数量足有五六倍之多。他利用游击战术，歼灭敌人有生力量。意外接踵而至，一支由年轻大明将领欧阳深率领的僧兵队伍加入了战斗。原来，欧阳深是福建的指挥佥事，曾是少林俗家弟子，俞大猷的同门师弟。他率领僧兵追击一股袭扰福建的倭寇。这一追，竟然追到了浙江境内。戚继光和欧阳深结下了深厚的兄弟情义。

朝廷送给戚家军的粮草，竟无缘无故消失在江西境内。嘉靖震怒，严嵩费尽心机，东挪西凑补上了缺，但新军的粮草、武器难免逾期。戚继光一筹莫展的时候，沈黛云和唐献之用自家的钱财，购买了大批粮草，缓解了戚继光的断粮之危。岑港之战中，狼筅虽然发挥出决胜优势，但狼筅兵一旦遭到包围，就会受伤失去战斗力。一个偶然的机会，戚继光手下的两拨士兵训练太过认真，发生了冲突。他命令士兵们按照混战的方式继续打斗，自己在一旁观察种种兵器的混编配合。

一夜时间，戚继光改良了原有的阵型，名垂千古的“鸳鸯阵”出现了。此阵利用对称原理，要求十余人同进同退，各种武器相互配合，攻守兼备。唐刀的复原工作也有了成果，针对倭刀的弱点，戚继光发明出了克制倭刀的戚家刀。倭寇大军登陆宁海，瞬间击溃当地守军，屠杀劫掠，向内陆推进。戚继光留下新河空城，率领全部三千新军长途奔袭宁海迎战。初步侦察敌情后，戚继光将本就在数量上处于劣势的部队拆分成了三队，一半士兵由胡守仁带领，留在渔村中，他甚至把自己主帅的披挂留给了胡守仁，只是为了迷惑敌人。

长谷堪助决定在白天抢先发动进攻，这一来正中了戚继光的计策。剩下的一半军队，被戚继光再一分为二，杨文率领一支部队取道最远的大路，突袭倭寇身后。而戚继光仅率四分之一的士兵，正面接敌。杨文赶到倭寇后方，发现倭寇没有留下主力，但他依旧主动进攻，留守的向次郎被打得晕头转向，率部快速靠拢长谷堪助主力。因为杨文不按计划作战，戚继光一下子由优势转为劣势，他临时改变策略，将军队再次拆散，布置了十面包围的策略。长谷堪助向北撤退，哪想到必经之路上戚继光早就布置了人马埋伏。

败退的长谷堪助留有后招，他利用海上的强机动力，设下了连环杀圈套。一路倭寇直取空虚的新河城，一路进攻台州，一路在去往台州的必经之路上峰岭设伏。戚继光分兵一半交给杨文，火速驰援新河，解新河之围后，片刻不停赶往台州。戚继光自己带领一半戚家军，经上峰岭赶往台州。新河城被围，王昱竹尽显巾帼本色，毫无慌张，她做出了以假乱真的排兵。为了配合戚继光作战，牵制由徐海统领的五峰船队，胡宗宪在徐渭的帮助下，招降了徐海。胡宗宪派徐海作为增援部队，去台州作战。

戚继光判断出上峰岭恐有埋伏，命令全员不顾一切，抢在倭寇之前设伏。攻守之势逆转，倭寇大败。台州城防坚固，但长谷堪助利用贪财的村民带路，奇袭了台州的门户海门城。长谷堪助在海门城进行了大屠杀，刨挖大明军士的祖坟。倭寇的激将法奏效了，守将蒋州不顾谭纶的严令，带着徐海擅自出战，中了伏击，台州守军损失殆尽。戚继光和杨文分头赶赴台州，这是一次人类军事史上罕见的长途奔袭。戚继光命令士兵们丢掉重装备、干粮，只携带鸳鸯阵必备的兵器。

戚继光率部进入台州城，与倭寇展开了激烈的巷战。戚继光将本来十一人为一组的鸳鸯阵子阵，变成了三人一组的三才阵、六人一组的两仪阵，依然是遵循着狼筅、盾牌、长枪的三三组合。长谷堪助和大内晴英率残部逃走，向次郎被诛，台州大捷。胜利后，戚继光率领全军，给阵亡的将士举行了庄严的海葬礼。台州大捷后，戚继光成为了当朝第一红人，言官御史们开始弹劾戚继光拥兵自重。刚刚创建了丰功伟业的戚继光，竟面临杀身之祸。

嘉靖下旨，剥夺了戚继光的兵权，令戚家军原地休整。戚继光早已深谙官场凶险，他将军队托付给性情稳重的赵大河，进京面圣。戚继光进京的举动，皇帝竟然没有责怪，立刻接见了戚继光。君臣二人倾心交谈，嘉靖御赐了新军“戚家军”的称号，却也提出了难题，戚家军需要自己解决军费问题。戚继光抛出了攻克福建横屿岛的策略，那里是倭寇的金库。横屿岛是一个凭借奇特的自然条件形成的堡垒，俞大猷闻讯专程前来，给戚继光分析了横屿作战之难。戚继光想出了奇策，然而这一次他忽略了一个巨大的隐患——军中混入了奸细。

长谷堪助派出自己的养女林雪，假冒名门遗女，混进了戚家军，成为了杨文麾下的一名女将。表面上看，林雪加入戚家军是要为父报仇，更因爱上了杨文。实际上，这是长谷堪助为了骗过戚继光而量身打造的计策。戚继光以虎蹲炮为杀招，布置了具体的登岛作战计划。林雪在营地中发现了虎蹲炮，她将虎蹲炮的样式、规格画成图纸，用信鸽传给了长谷堪助。战斗伊始，长谷堪助故意示弱，把戚家军放入了岸防炮射程。当戚继光使出虎蹲炮的时候，长谷堪助突然命令岸防炮以远标尺射击。危急时刻，俞大猷率领福建水师到达，压制住了岸防炮。戚继光撤下大部分行动迟缓的重装部队，亲自率领一千精锐冲击泥滩，夺岛成功。

嘉靖四十一年，严党垮台。严嵩被贬为庶民，严世蕃处死。胡宗宪遭到牵连，他将浙江诸事托付给钦差大臣谭纶，进京面圣。新出任内阁首辅的徐阶，此刻却也施展不开手脚。东南战事明明迫在眉睫，偏偏一直依仗的胡宗宪被算作严党。更为棘手的是，随着胡宗宪被革职，隶属于其的戚家军也只能原地休整，无法出战。胡宗宪被押进了诏狱，徐渭前来与他诀别。胡宗宪向徐渭忏悔了自己一生所犯下的错误，也丝毫不避讳自己的功绩。对于胡宗宪来说，坦坦荡荡，不遮不掩，他已经完成了自己的夙愿，可以安心地离开了。遭到牵连的戚继光，怎么也不肯任胡宗宪蒙冤，他千里疾驰入京，持剑擅闯诏狱。

胡宗宪留下遗愿，要求徐渭一定替自己完成《筹海图编》。胡宗宪用血在狱中墙上画下了大明的海岸线后自杀。就在戚继光准备冲进狱中之时，徐渭含泪出来了，他代为转达了胡宗宪的遗愿。戚继光猛然间明白了，自己得替胡宗宪、替那些为了抗倭事业献出生命的人继续活下去，直到海波清平。王昱竹的父亲本是个好官，但也牵扯进了严党案，被定了罪。王昱竹写下休书，离开了戚继光。这样一来，戚继光将不会因为王家获罪而被诛连。王昱竹独自回到了黄县水城，她独自望着苍茫大海，丝毫不悔。此刻的戚家军，被困在了浙江动弹不得。新任的浙江巡抚拘泥死板，将戚继光认作胡宗宪一党，不肯放半点权力。福建兴化府城遭到围困，明军向广东求援。冈川信在城外杀死了广东总兵派来的信使，一众倭寇化装成明军士兵，欲蒙混入城。

倭寇里应外合，夺取了兴化。这是自嘉靖朝倭患以来，第一个失守的府城。朝廷震怒，福建巡抚被革职查办，谭纶接替福建巡抚。福建战事一天天危急。继兴化府城失守后，平海卫也落入倭寇之手，敌人形成了坚固的犄角防御。戚继光做出了人生中最凶险的决定，戚家军在没有得到任何一级命令的情况下，从浙江开拔了。倭寇埋伏在戚继光行军途中，意欲半路而击，给戚家军一个下马威，却不料遭遇了奉命奔赴平海卫的欧阳深和僧兵队伍。作战中，倭寇渐渐不敌僧兵，此时戚继光赶到，将这伙倭寇全部剿灭。戚继光得知欧阳深奉命增援平海卫，二人同路而行。谭纶召集戚继光、俞大猷、欧阳深等将领商讨攻打平海卫的策略，除非有人能潜入城中，里应外合。欧阳深深明大义，主动请缨。

欧阳深成功地完成了打开城门的任务，但以身殉国。攻下平海卫后，嘉靖拟旨恢复了戚继光的职务，并令其出兵福建。戚继光点齐兵马，策划毕其功于一役，收复兴化，消灭长谷堪助。戚继光布置了一个冒险的战略，他命杨文、林雪等率主力绕过兴化府，作为一支被隐藏起来的主攻部队，于赤血滩集结;以自己为诱饵，打着帅旗直奔赤血滩，吸引长谷堪助主力，待到戚家军主力到达，一举将其包围歼灭。长谷堪助通过林雪得知了戚继光的作战计划，打算将计就计，带主力突袭赤血滩，并命冈川信带人马去林墩北侧埋伏，阻挡戚家军主力。戚家军主力被林雪设计带到了地势不利的山区，遭到了冈川信的突袭。杨文一时间无法突破防御，被困在了林墩。此刻，戚继光和赵大河所带领的诱军在赤血滩遭到了长谷堪助主力的攻击，情形已是十万火急。戚继光在兵力上处于绝对劣势，只能凭借着鸳鸯阵的强大防御能力，勉强支撑着。

杨文所部终于突破了倭寇防御，杨文命胡守仁带主力直奔赤血滩，自己带少部分兵力阻挡冈川信。林雪死于不知其真实身份的冈川信刀下。杨文最终诛杀了冈川信。戚继光四处受敌，最终放弃两翼和后卫，以死亡冲锋誓取长谷堪助性命。戚家军孤军奋战之时，谭纶带一千兵马增援，无奈敌人人数太多，陷入苦战。眼见死亡将至，胡守仁带着七千主力援军赶到，戚家军大败倭寇。长谷堪助逃至入海口，由萧显的五峰船队接应。此时俞大猷已经攻克兴化城，福建水师战船已在入海口集结。大海战来临了，长谷堪助已经到了山穷水尽的地步。一番苦战后，倭寇战败，长谷堪助、萧显和五峰船队全军覆没。戚家军祭奠牺牲将士，戚继光发誓，要尽自己一生，率领戚家军奋战到底。