康熙率众皇子狩猎，胤礽恃太子身份抢走胤禛所捕的猎物，惟父皇偏袒太子。胤禛愤然策马而去，初遇民女苗欣，彼此留下好感。众皇子斗快猎杀野鹿，太子以为志在必得却被胤禛、胤祯合力阻止，终由胤祯获父皇赏赐金腰带。

胤禛喝下太子下了春药的鹿血后，失性将苗欣奸污。适时太子率众皇子人赃并获，康熙盛怒决将胤禛软禁。苗欣父女遭太子派人刺杀，欣父不幸掉下山崖，苗欣以为是胤禛所为对其恨之入骨。胤禛被押返太子府，认识了年羹尧。

胤祯遭行刺，得穆旦天相救，康熙闻知为太子所主使，决褫夺太子的黄袍。太子担心被废，决先下手为强，发动兵变。胤禛得年羹尧通报后火速入宫，惟康熙不信其言。康熙偕太子祭天，果然遭行刺，幸而胤祯与旦天及时出现。

韦公公击退纳兰飘雪，解救康熙。胤祯告诉康熙乃胤禛派年羹尧速报，才知太子造反，康熙决将太子终生软禁。羹尧获封总兵后，感激胤禛的知遇之恩。苗欣被众村民视为灾星欲把她烧死，幸得文觉及时救走，时苗欣突然作动。

苗欣与婴孩遭村民浸猪笼，幸得文觉救起，但婴孩却失去踪影。胤禛四处访寻苗欣下落，听闻有人在河边拾得一子，即往查探，后决将亲生骨肉带返宫中抚养。康熙知胤禛私藏婴孩龙颜大怒，胤禛为保婴孩留宫，竟愿代替离宫。

胤禛倾尽家产与侈国维交易，好让年羹尧当上四川总督。德妃着胤禛往五台山取得在清凉寺出家的太上皇顺治之信任，才有望回京。胤禛欣赏戴铎在壁上所提的诗，遂往寻之，获戴铎投诚。二人暗访清凉寺，果见顺治尚在人世。

巴汉格隆率喇嘛杀入清凉寺，性音、文觉、胤禛奋勇抗敌，惟胤禛被打至重伤。胤禛道出被父皇所厌及逐出宫的事，获顺治怜悯。胤禛依戴铎之计讹称生辰，顺治认为其乃真命天子，遂撰手喻着康熙他日传位胤禛，后圆寂归去。

众皇子各怀鬼胎，暗派杀手抢夺胤禛的手喻。胤禛往山洞躲避追杀，竟重遇苗欣。苗欣欲杀胤禛被性音阻止，胤禛道出二人之子正在宫中。胤禩与巴汉格隆勾结。胤禛再遭偷袭，幸得苗欣相救，惟舍利子掉入江中，幸终寻回。

胤禛平安将顺治的舍利子及手喻呈给康熙。胤禛暗中领苗欣探见弘历，更心软让苗欣抱走弘历。胤禛回宫后，却见弘历躺在陈常在身边，喜出望外。胤禛满心欢喜晋见康熙，却只被封为雍亲王，后又见常在病逝，胤禛怒不可遏。

雍王府落成，胤禛被胤禩等皇兄弟冷嘲热讽。胤禛依戴铎之言，告知康熙已潜心学佛，康熙对胤禛改观。文觉对苗欣动情苦恼不已。戴铎着胤禛拉拢裕亲王，胤禛逼文觉还俗与恭蕙格格成亲，文觉坚拒不果，遂决心向苗欣表白。

侈国维奏请康熙将舒兰许配胤禩，康熙恩准，胤祯得知后向康熙说出与舒兰两情相悦。苗欣欲斩断烦恼，决心剃度出家，胤禛抱着弘历赶至阻止。胤禩为得太子之位，拉拢朝中各大臣上奏康熙，又着巴汉格隆杀害与其作对的人。

胤礽得隆科多所助，使康熙认定胤禔施邪术令其大失常性，胤禔被勒令终生囚禁。胤礽骗得康熙信任，更重新册立其为太子。胤禩急召旗内高手力取胤礽人头未果。胤礽召胤禛、胤禩等皇子大兴问罪，逼众人饮尿或叩头认错。

性音使出魔功，终击败巴汉格隆。蓝如风往色诱胤礽，并在其耳中放入毒虫，致他在太子册封大典上发疯。隆科多说出胤禩身边有一用毒高手蓝如风，令康熙认定此事是胤禩一夥所为，决贬胤禩等往清凉寺，并抄查侈国维一家。

蓝如风向纳兰飘雪言明毒害太子之事是受胤禛主使，胤禩得知后誓将胤禛铲除。苗欣离开尼姑庵，喜见胤禛抱着儿子在寺外等候，未料飘雪等人杀至，三人不慎同堕山崖，后竟重遇苗老三。如风欣然告知师父已成功离间众皇子。

蓝如风随师父夜闯皇宫，挟胤祯夺前朝遗冠。如风欲杀胤祯，穆旦天及时阻止，更将其师刺死。康熙宣布已预立遗诏，并当众置于干清宫牌匾上。年羹尧凯旋回京，得知胤禛为遗诏之事苦恼，故提出派妹年翠玉在胤祯身边打探。

西藏郡主亚诗玛求康熙出兵帮助，适时竟传来拉萨城已失陷的消息。胤禩等巧遇被追杀的拉藏汗，遂以护送为名回京。性音夜袭韦公公，却不意其武功竟如此高强。拉藏汗平安面圣，康熙见胤禩等立功，遂允许三人迁回宫中。

康熙召众臣商议出兵西藏之事，另边厢，苗欣与云中雁在干清宫为遗诏大打出手，适时韦公公出现洞悉二人身份。原来康熙设下空白遗诏的圈套，试探众皇子的野心。康熙命胤祯领兵出征西藏以立战功，并暗立遗诏传位予胤祯。

胤禛偕年羹尧到访德妃，并提议羹尧助胤祯出征西藏。胤禛藉词邀隆科多、舒兰饮宴并迷晕二人，更对舒兰施以强暴。胤禛道出当中利害，隆科多无奈答允将女儿嫁予他。胤祯得悉后往追问舒兰，舒兰竟表示与胤禛乃情投意合。

（大结局）胤祯惊悉向太子下毒的主谋是胤禛。胤禛求苗老三借出捕兽器未果，不慎将其推下山崖。胤祯与年羹尧率大军征战西藏，隆科多却率兵封锁禁宫，并传康熙病重。巴汉格隆以捕兽器击杀韦公公，时胤禛逼康熙逊位……