因为一场非典，17岁的耿耿踩着狗屎运考上了全省第一的振华中学，误入学霸堆里的学渣耿耿对此充满了恐慌。报到第一天，耿耿因为一个“意外”和学霸余淮结下梁子，并且发现两人竟然都在五班，还是同桌。回到家，耿耿得知离婚多年的爸爸要再婚了，这对耿耿无疑又是更大的一个打击。带着失落、沮丧的心情，耿耿开始了在振华的第一课——军训。各种魔鬼训练，智商碾压，这第一课就让耿耿差点崩溃。

捣蛋分子路星河的“恶作剧”，让全年级都受到牵连，耿耿更是苦不堪言。危机时，余淮挺身而出，让耿耿成功熬过军训，两人的关系也因此转好，还约定要继续坐同桌。患难之中，耿耿还交到了两个朋友，β和简单。摸底考试如期来临，考得一塌糊涂的耿耿和意外失利的学霸朱瑶成为了同桌。面对朱瑶的嫌弃和刁难，耿耿倍感委屈。为保护耿耿，余淮再次站出来，挑战老师权威。一场师生大战一触即发。

正式开学，撞大运考进振华的耿耿原形毕露。差生的自卑和自尊，让耿耿不敢表达自己的“听不懂”。路星河擅自转班，坐在了耿耿身后。加上路星河的花式“骚扰”，耿耿被搅得一团乱。回家，爸爸不断提起新妈妈齐阿姨和林帆，耿耿更加烦躁。同桌余淮故意说出自己“听不懂”，替耿耿解围，耿耿对余淮满怀感谢。路星河开玩笑地抢走了耿耿的相机。耿耿被迫与路星河逃课一下午。路星河偶然撞到耿耿爸爸的再婚“喜宴”，突然感觉耿耿似乎是个“有意思”的姑娘。

万众期待的篮球赛，余淮迫不及待想要好好表现一番。β和简单不停地在耿耿面前说起男生打球，女生送水的重要性，让耿耿心里也有了一丝憧憬。没想到篮球赛在即，耿耿却被教导主任抓去给来访的日本代表团拍照，而路星河当起了代表团的翻译。耿耿因为这项差事，错过了余淮的每一场比赛，余淮也表现出有些不满。最后，耿耿不惜惹怒教导主任，终于赶上了余淮的最后一场比赛，但也因此闯下了一个大祸。

因为失误，耿耿给日本代表团拍的重要照片毁了。耿耿只好找到路星河，求他帮忙想办法。期中考在即，看着耿耿整天和路星河在一起，也不学习，余淮有些生气。路星河带着日本代表团来5班上音乐课，大谈音乐。余淮看不下去路星河的傲慢，即兴跟来校参观的日本女孩合奏，惊艳全场。耿耿醋意油然而生。蒋年年从张平电脑里拿到一份复习题，分享给了全班。但谁也没想到，这一题竟出现在了考试卷子上。

五班为“振华88周年校庆”排练话剧白雪公主。几次三番，路星河来找耿耿，耿耿不想跟路星河走太近，又不知如何拒绝。演出中，道具出错，余淮机智化解，五班在演出中第一次凝聚了集体归属感。演出结束，只剩下耿耿和余淮的小礼堂，两个人的感情渐渐发酵，耿耿欲言又止、吞吞吐吐地说出“我真的好喜欢”时，教导主任突然出现，打破了二人的甜蜜。

五班集体作弊的事东窗事发，耿耿成为首要怀疑对象。徐延亮和全班同学庇护β，导致班主任张平被换掉。余淮带领大家补习，准备重考赢回张平。路星河在耿耿面前鄙视5班的这种无意义的“集体主义”，要带耿耿去参加诗会，见识“更精彩的世界”，耿耿驳斥路星河。5班重考赢回张平，全班欢呼。随着张平回归而来的，还有要开家长会的消息。

耿耿爸妈都没能来参加家长会，齐阿姨出面救场，耿耿很感动。余淮妈妈遇见耿耿，余淮撒谎“耿耿是男生”的谎言被揭穿，余淮妈妈要求张平给余淮换座位，耿耿尴尬。β因为考试成绩差，从人才市场“雇爹”，滑稽的蒋年年的爹在张平面前渐渐露出端倪。余淮在天台第一次向耿耿吐露心声，两个人的心更加靠近。但同时，耿耿也隐约得知了余淮初中时的一个秘密。

耿耿向余淮好友周末打探余淮初中的秘密，发现原来有一个女生陈雪君更早地走进了余淮的世界，耿耿满怀失落。周末带着耿耿跟网友约会，被混混堵截追打。余淮带着班上同学赶来救场，混乱中，耿耿被推倒，余淮愤然大怒，跟混混拼命，耿耿看在眼里，心生幸福感。耿耿赴约路星河诗会，在那里，耿耿看见了一个癫狂的“艺术、哲学、自由、自我”的路星河，而路星河发觉自己真的喜欢上了耿耿。

学校组织秋游，余淮备战物理竞赛没有参加。分开的一天，余淮和耿耿都心不在焉想着对方。秋游中，三闺蜜互吐心思，而β更是惊人地爆料因为张平“家长会事件”对β的袒护，让她对张平爱意油生。回到学校，余淮送给耿耿一个写满密密麻麻公式的田字格本，耿耿幸福感爆棚。与此同时，路星河竟破天荒开始学习，研究化学，似乎正在酝酿一个重大的计划。

三闺蜜密谋集体告白：耿耿给没来上课的余淮发短信“我想你”，结果对方回复“我是余淮妈妈”，耿耿吓傻；β到办公室找张平解答题，照着徐延亮传授的方法，盯着张平“放电”，张平无动于衷；简单陪韩叙在图书馆复习，不断制造暧昧气氛，而韩叙感觉简单行为异常。学校喷泉旁，路星河听信周末“爱情就是两种不相容的物质产生的剧烈化学反应”，把一大包钠倒进喷泉，想给耿耿一个惊喜。喷泉瞬间爆炸，耿耿惊慌失措。

“钠爆炸”表白失败，路星河穷追不舍，耿耿各种躲避。陈雪君突然出现，找余淮要说法，耿耿误会。回家路上，余淮找耿耿和解，带她去录像厅解闷，又偶遇醉酒被老板调戏的陈雪君，将她救走。半路，余淮消失，耿耿无奈只能把陈雪君带回家。在陈雪君把耿耿家弄的一团乱后，余淮终于出现。看着一脸淤青的余淮，耿耿得知他是为她回录像厅拿相机了，心里一阵感动。耿耿回家，看见路星河在楼下等她。

余淮竞赛回来积极投入合唱排练，路星河组织乐队誓与五班死磕。余淮、路星河剑拔弩张，分分钟像要打起来。五班输了比赛，余淮安慰伤心的文潇潇，耿耿醋意升腾。张平不解风情，安排耿耿去安慰文潇潇。两个小女生第一次在天台吐露心声。文潇潇羡慕耿耿，两人冰释前嫌。放学后，耿耿和余淮遇见路星河。三人第一次安静地在海边看着日落，路星河告诉耿耿他要走了。

寒假，耿耿不情愿地去上英语班，居然发现余淮也在这个班里。耿耿爸爸来接耿耿，见到余淮，邀请他一起吃饭。饭桌上，耿耿爸爸对余淮赞赏有加，耿耿心里美美的。耿耿生日将近，众伙伴商量着举办生日PARTY。却不料生日当天，耿耿并没有出现，并且谁也联系不上她。原来耿耿在照看弟弟林帆时，林帆被炮仗炸伤了眼睛，齐阿姨情急之下把耿耿推到在地。妈妈接走耿耿，新家庭的平静瞬间打破。

新学期，所有人面临文理分科的选择。耿耿想遵从之前跟余淮“一直坐同桌”的约定，但是爸爸、妈妈，甚至远在北京的路星河，都建议耿耿选择文科。余淮对耿耿的选择不置可否，似乎忘记了曾经的约定；简单希望韩叙能够挽留自己，没想到韩叙对此表现冷漠；蒋年年发现张平有了女朋友，更是伤心不已。三闺蜜陷入困扰，都不知该如何选择。

耿耿参加排球赛，意外受伤。余淮着急，大骂“敢动小爷我的人”，耿耿感动。但余淮最终表态，“还是学文比较好”，耿耿彻底失望。同时，路星河也要离开振华，不再回来。各种分别，都让耿耿倍感难过。小团体出游，徐延亮鼓起勇气向β表白，却被蒋年年半开玩笑地拒绝；而周末对简单第一次有了不一样的感觉。余淮送耿耿回家，透露曾想过“陪你学文”。新学期，余淮望着旁边空荡荡的座位出神，突然又听见了耿耿的声音。

文理分班后，三闺蜜继续在五班受着理科的摧残。班里转来一个叫贝霖的女生，简单被分到和她一起小组学习。贝霖总是打听韩叙的事情，单纯的简单把她当成自己的好闺蜜，对她无话不说。但贝霖却借此接近韩叙，博得了他的好感。蒋年年看出了贝霖的用心，告诉简单不要再和贝霖来往。简单却认为蒋年年干涉她交朋友，为此这对十几年的朋友，第一次翻了脸。

耿耿、余淮他们帮助英语老师找女儿，一番折腾却抓错了人。简单撞破了韩叙和贝霖的事情，不知所措的哭着找β，二人终于和好。这时β却告诉她们，她要转学去北京了。三闺蜜买醉，蒋年年大闹路边摊，张平赶来收拾烂摊子，蒋年年哭着向张平表白。升入高三，路星河给耿耿寄来了北京电影学院的招生简章，耿耿似乎看到了另一种希望。在余淮的帮助下，耿耿劲头十足。没想到周末却带来一个坏消息，简单失踪了。

耿耿、余淮和周末找到韩叙询问，周末对韩叙大打出手，因为简单就是看见他和贝霖从宾馆出来才失踪的，韩叙什么也没解释。三人顺着韩叙给的线索，一个地方一个地方的寻找，终于周末在岛上找到了简单。得知这个消息，韩叙松了一口气，也第一次认真思考了自己对简单的感情。简单和周末在海边等着天亮，简单不知不觉靠在周末肩上睡着了。韩叙来到学校，看着旁边空荡荡的座位出神。直到徐延亮告诉他，简单回来已经转去文科了。

爸爸妈妈陪耿耿到北京艺考，余淮和妈妈住进培训营准备竞赛，二人天各一方。在北京，耿耿见到了蒋年年，陈雪君，也见到了路星河。路星河带着耿耿看话剧，听摇滚，耿耿大开眼界。最后冲刺阶段的余淮，状况不佳，给耿耿打电话，却没有打通。耿耿回电话时，余淮的手机又被没收了，二人始终联系不上。耿耿最终艺考落榜，回家的火车上，耿耿收到余淮的短信，“耿耿，我完了”。

回到学校，耿耿一直避开提起竞赛的事，余淮反而表现得若无其事。得知周末被保送的消息，耿耿小心翼翼安慰，余淮再也忍不住质问耿耿“你是不是特想看见我哭得跟孙子似的？”耿耿哑口无言。朱瑶不堪压力，喝酒精自杀；简单被冤枉，周末为了简单弃考，二人被学校开除。突如其来的种种让耿耿和余淮一下释然。高考前夜，余淮和耿耿约定考完有话要对她说，但耿耿没想到，这竟是他们最后一次见面。

2015年，路星河第56次向耿耿求婚失败。而耿耿决定辞职回家，开一个摄影工作室。九年来，耿耿穷尽一切可能寻找余淮，余淮始终没有出现。耿耿爸爸给耿耿安排相亲，路星河突然出现，帮耿耿解了围。路星河决心帮耿耿找到余淮，但依然没有结果。路星河再次表白，耿耿动摇。林帆踢球受伤入院，耿耿去照顾。但耿耿怎么也没想到，竟然在医院遇见了以为永远找不到的人。

余淮现身，“失踪”真相终于揭开。错过了九年，耿耿不想再失去。借着黑夜，耿耿强吻表白。余淮说出曾经也喜欢过耿耿，但现在，家庭的变故，余淮已经不再是那个最好的余淮。路星河、余淮当面对峙，差点动手。耿耿负气答应路星河的求婚，路星河和余淮都感到意外。路星河潇洒退出，让耿耿看清自己的心。耿耿给余淮发短信“晚秋高地等你”，曾经的故事从那里结束，现在她要让故事在这里重新开始。