夏川遥辉在地球防卫军日本支部的机甲部队“STORAGE”中担任驾驶员。新的奥特战士降临在他的面前，为了维护地球的和平而日夜战斗！ 他的名字叫泽塔奥特曼，自称是赛罗奥特曼徒弟的热血战士。 当因凶暴宇宙鲛盖内伽古的攻击而陷入绝境的他们合二为一的时候，新的奥特英雄故事揭开帷幕！

STORAGE的新任务来了，那就是对能随意消失身姿的透明怪兽内隆嘎的讨伐。遥辉与吸收了赛文加电能的内隆嘎苦战。为了打倒内隆嘎，STORAGE制定了新的作战方案。最终，遥辉和泽塔奥特曼能击败内隆嘎吗！？

怪兽应对机甲部队·特空机二号乌英达姆终于要成为新的战斗力了。但是能量充电有问题，所以无法启动。 在这种情况下，地底怪兽泰莱斯通在地上大闹一场！再加上神秘的力量，泰莱斯通变得更加强大！ STORAGE和泽塔奥特曼最终能战胜这个危机吗？

冷冻怪兽佩吉拉袭击了城市！ 在佩吉拉吐出的猛烈冷气面前，storage的怪兽应对机甲也无计可施。 面对这场危机，泽塔奥特曼将携新武器“泽塔光弩”迎战！没错，那是源自古代传说并重见天日的道具！ 战斗的结果究竟如何……！？

那个男人回到地球了！他的名字叫朝仓陆。没错，他是变身成捷德奥特曼的青年。 但是，来到地球的不只是他。曾经折磨过捷德的最终裁决者吉尔巴里斯也再次来到地球上！ 面对前所未有的危机，我们的两大英雄挺身而出！绝对不要错过那个英姿！

朝仓陆不知被何人掳走了。他想要利用小陆体内所蕴藏的力量制造出邪恶的东西……！ 之后是登场的强敌·贝利亚融合兽！ 在泽塔奥特曼陷入大危机之时，信心满满的师父归来！ 粉碎邪恶的野心吧！泽塔，捷德，还有赛罗

神秘的美女姐妹从宇宙中来。 由她们带来的未知怪兽细胞，开始了合体怪兽的尝试！ 镝木慎也进一步用怪兽细胞将其强化为超合体怪兽法伊布王。 要面对这个强敌，只能依靠新的力量！ 对，就是那变幻自在的神秘之光

地球防卫军回收到了奥特勋章。 把它护送到安全的设施是STORAGE这次的任务。 但是，外星人瞄准了被称为宇宙秘宝的奥特勋章！ 对于即将到来的宇宙机器人金古桥，STORAGE和泽塔奥特曼将如何应对！？ 泽塔的新必杀技也要震撼全场了！

海盗外星人巴罗萨星人闯入军械库，想要夺回金古桥。巴罗萨星人非常强大，它拥有很多从宇宙四处掠夺而来的武器。基地里的金古桥再次被启动。上啊遥辉！不能让海盗外星人得逞啊！

特空机３号金古桥军械库特制型终于完成！ 这是一个全身配备武器，拥有惊人力量的超级机器人。 在这种情况下，雷德王出现在了STORAGE军械库面前。但是这个雷德王好像有什么秘密……。 还有和奥特曼有很深缘分的机器人特集……！ 看了这个你也跟着喊吧！

十年前降落在地球上沉睡的怪兽，格鲁吉欧雷电醒来了！ 与此相对，遥辉的样子有点奇怪……。 为了跟进泽塔而奋战的金古桥 军械库定制。 到底战斗的走向何方！

遥辉面前出现了硬币怪兽卡尼贡。 金钱是卡尼贡的食物，居然吃掉了遥辉的奥特勋章！　在回顾泽塔奥特曼的活跃情况的同时，无论如何也要从卡尼贡的肚子里夺回奥特勋章！

由于突然出现的四次元怪兽布鲁顿作怪，STORAGE军械库的基地陷入大混乱！　时间和空间都变得乱七八糟，STORAGE军械库基地变成了次元监狱。 在这种情况下，遥辉身上也有不可思议的现象袭来！

捷德奥特曼发来紧急联络！ 宇宙中产生了变形，好像会出现虚空怪兽格理扎。 面对这种威胁，需要新的力量！ 是的，就是现在诞生了泽塔奥特曼最强的形态！

结花在小时候见过的怪兽·霍洛波罗兹从长眠中苏醒的日子终于到来了！ 平息暴躁的霍洛波罗兹的线索，被记录在古文献中的不可思议的语言。 趁着结花在解读时，镝木的黑暗力量逼近了霍洛波罗兹……！

宇宙海盗人巴罗萨星人再度袭来！ 巴罗萨星人把泽塔奥特曼的新力量，贝利亚黄昏作为夺取的目标！ 不能把隐藏着强大力量的贝利亚黄昏交给邪恶的宇宙人。 伽古拉也掺和进魔剑的争夺战开始了！

发生了怪兽消失的不可思议的事件。 在调查的遥辉遇到了，凝视着旧摩天轮的神秘女性·小馨。 更有街道上接连发生人们失踪的事件……。 到底事件的真相，以及小馨的真面目到底是什么！？

天空像玻璃一样裂开了！？ 从异次元空间的另一端 ，出现了超越普通怪兽的超兽巴拉巴！ 巴拉巴执着的攻击让泽塔等人陷入了危机，那位艾斯奥特曼赶到救援！ 泽塔和艾斯的意外关系被揭开！？

整备班班长稻叶虎次郎的女儿琉璃所制造的人工生命M1号由于意外巨大化了！ 虽然M1号没有恶意，但是这样下去会造成很大的损失！ STORAGE军械库为了在M1号到达市区之前停止，大作战开始！ 到底能否拯救M1号！？

从回收的巴拉巴残骸中，能够应用异次元人亚波人的能力的新武器开发了。 由于其惊人的威力，遥辉等人反对使用，这时，宇宙凶险怪兽凯鲁比姆出现了！ 金古桥军械库定制装载了新兵器「D4」。洋子能够扣动那个扳机吗！？

在街上散步的遥辉和洋子面前，那个海盗外星人再次出现了！巴罗萨星人扬言要为之前被打倒的兄弟报仇。在袭来的强敌面前，前往博物馆的特空机1号赛文加将久违地在大家面前活跃！？ 另一方面，暗中活动的伽古拉似乎另有打算……

通过解析奥特曼而诞生了特空机4号：奥特人造机甲赛罗。 洋子被选为了驾驶员。在进行启动测试的那一天，各地的怪兽都开始暴走了！ 在规模空前的怪兽入侵面前，最强的机器人将脱去神秘的面纱，展现其实力。

伽古拉终于向遥辉暴露了自己的真实身份。赛雷布洛也开始了最后的计划。他们各自的目的都浮上了水面，事态在朝着最糟糕的方向发展！ 在绝望之影悄悄靠近的时候，噩梦具现化了的最后的敌人出现了！

在强敌德斯特鲁多斯的猛攻下，遥辉和泽塔奥特曼落败了。 军械库为了救出落入敌人手中的洋子，发起了最后的冲锋。 泽塔、遥辉还有军械库的众人与德斯特鲁多斯的战斗进入了白热化！ 最后的结局超级令人感动哦！

勇敢的年轻人，与夏川遥辉一体化并守护着地球的和平的泽塔奥特曼。本次的特别总集篇，将介绍同泽塔齐心协力，毫不畏惧地与怪兽战斗的怪兽应对机甲部队“军械库（STORAGE）”的机器人。世界上最初的怪兽应对机甲令人目不转睛。还有与奥特曼有着极深缘分的机器人们的特集。

与主人公·夏川遥辉共同入手新的力量，再次切身体会到伙伴的重要性的年轻战士·泽塔奥特曼同赛罗和捷德合力战斗。另一方面，泽塔的师傅·赛罗，也回顾了至今为止所编织的后辈们的热切羁绊。

在主人公夏川遥辉和防卫组织军械库的成员们齐心协力下，泽塔奥特曼恢复了地球的和平。在最终决战后的特别总集篇中，泽塔的活跃、军械库的对怪兽机器人特空机的活跃与变迁等，将《泽塔奥特曼》的兴奋一下子传达给大家。