健宇与搭档昌民联合出任务，昌民在健宇暂时离开的间隙被恶徒杀害，健宇为了帮搭档报仇不惜抗命与恶徒搏命。搜查科善于伪装办案，太人作为内应潜伏在郑先生身边配合搜查科的行动。太人因仁慈而中计暴露了身份，张武元将健宇招进搜查科参与拯救太人，健宇因曾愧对太人而应允。健宇在逮捕崔俊熙时大显身手，他在武元的安排下被举荐给郑先生，但郑先生的手下识破了他警察的身份。

　　健宇早有准备躲过白专家的指控，敏珠化身应召女帮健宇获取信任。健宇成功打入郑先生的内部，郑先生将健宇与白专家等一伙人集中起来为行动做准备，泰平则根据健宇留下的信息找到了太人的关押处。太人遭到拷打遍体鳞伤，但他为了任务拒绝被解救。郑先生命手下侵入韩荣集团窃取重要信息，不料行动前夕，他竟让健宇杀掉太人以示忠诚。

　　太人不愿健宇暴露身份，竟飞身扑向健宇手中的刀寻求自尽。健宇等人的行动惊动了韩热集团保安系统，搜查科的计划遭遇变故。武元与太平配合擒住了白专家等人，健宇则成功将获取的闪存盘掉包。警察赵英文将闪存盘交给郑先生后惨遭杀害，郑先生得知闪存盘是假的后匆忙逃脱。敏珠查出郑先生的女儿患病住院，她成功说服莲花母女配合引出郑先生，郑先生不顾危险与女儿见面暴露了行踪。

　　郑先生终于被擒获，他以要求保护妻女为条件答应帮警方引出幽灵，但国情院却在此时接手案件。国情院盲目行动破坏了布局，郑先生被幽灵的手下狙杀。太人向上级请求正式将健宇调进搜查科，他们着手调查人鱼公主的身份。泰平带着健宇混迹乞丐间寻找线索，他们发现人鱼公主河润美指使了一起复仇杀人案。河润美被两名凶徒控制侵入国情院系统盗取资料，事成后凶徒给她身上绑上了定时炸弹。武元带队赶到，敏珠与泰平应付凶徒，武元与健宇则着手拆弹。

　　健宇联手武元拆除了炸弹，但两名凶徒最后时刻自尽而亡。张武元不惜威胁局长也要要求继续调查郑先生背后的幽灵，他们查出自尽的两名凶徒与李武成有关，敏珠变身模特接近朴忠植找到了多本护照，李武成贩卖人口的案件渐渐浮出水面。李武成贩卖乌兹别克的女性组成卖淫团伙。敏珠等人联系到保罗娜并承诺将其救出，但保罗娜为了保住同伴出卖了警察。敏珠被李武成手下抓获遭到暴打，泰平则伪装成商人与李武成交易逼问出了李武成的据点。

　　武元带队救出了敏珠与被困的乌兹别克女性，但国情院插手带走了李武成。朴敏英检察官对健宇进行调查，崔大贤局长试图拉拢太人并以放出健宇为诱饵。太人不顾武元的挽留答应崔大贤的邀请，他决定再次作为内应为武元传递消息。朴敏英对搜查科紧盯不放，武元为了摆脱麻烦决定帮朴敏英一把。李刚俊曾侵犯聋哑少女朴妍秀，但朴敏英苦于没有证据而让其逍遥法外，搜查科插手欲找出李刚俊作奸的证据。

　　健宇血战后逃出，但泰平被凶徒带走。押送途中有劫囚车的人出现，劫匪试图用泰平交换出南仁浩，但南仁浩心狠手辣竟对泰平痛下杀手，幸得泰平早有防范躲过一劫。太人提供情报证实河润美窃取的文件备份被幽灵得到，武元得到消息称幽灵想获取北韩新研发的病毒。搜查科做戏骗过詹姆斯取得了其罪证，以此威胁詹姆斯获知金世镇将与南仁浩交易病毒。武元让健宇顾全民众安全勿要轻举妄动，但健宇满怀仇恨背叛队友私自与金世镇接头。

　　武元带特警部队围捕金世镇一伙未果，他决定将健宇与金世镇作为首要逮捕目标。健宇为了亲手杀掉南仁浩，他不惜背叛同事将金世镇放走。健宇与泰熙曾目睹了杀人现场，南仁浩为灭口将泰熙杀掉。健宇眼见心爱人惨遭杀害，他想报仇却被武元阻止。搜查科对健宇进行调查，闵太人根据线索查出健宇带金世镇去了一间美术室。健宇取得了金世镇的信任，他出发时故意留下线索将交易地告知了同事。南仁浩交易时安排了狙击手，金世镇一伙惨遭击杀。

　　南仁浩与韩室长成功逃脱，健宇被太人打晕带回了搜查科。上级对健宇的行径进行调查，武元以解散搜查科为代价保下了健宇。敏珠对健宇充满敌意，健宇获知武元的决定后内心很是不安。武元伪装后接近崔锡日，他与泰平等人联合做戏套出了南仁浩的藏身地。搜查科领衔对南仁浩进行抓捕，太人情绪失控与南仁浩动手反被打晕，欲图出逃的南仁浩被健宇堵住了去路。

　　健宇与南仁浩搏命终将其打倒，最后时刻他听从劝阻并未对南仁浩下杀手，但南仁浩拒捕死在武元抢下。健宇获知当年并不是武元射伤自己，他回到搜查科全心投入抓捕幽灵。李武成为了保命供出了严仁京，敏珠设法进入严仁京的公司并给其电脑装上监视器。搜查科通过严仁京的电脑发现幽灵终将露面，他们开始布署对幽灵的抓捕行动。太人提供的证据指认出了白天洙，但白天洙为了女儿的婚礼恳求武元宽大处理。

　　敏珠潜入严仁京办公室盗取了派对出席者名单，名单中有众多高官与财阀，敏珠在看到李明根会长后情绪险些失控。德厚在现场负责监听，健宇则躲在暗处准备行动。严仁京试图下毒谋害李日韩厅长等人，健宇出现揭穿了严仁京的阴谋，严仁京为了守护幽灵而服毒自尽。韩室长将幽灵召唤的信息告诉马尚旭，马尚旭相助韩室长将闵太人打晕俘虏。南仁浩死前将病毒注入太人体内，太人成为幽灵手中的活体病毒。

　　搜查科成员得知太人的现状后很是焦心，崔大贤局长主动与向武元透露情报并提出合作，武元为了救出闵太人只得应允。崔大贤通过审问詹姆斯获知了刘振宇的行踪，泰平等人出动将刘振宇抓获并得到了病毒抗体。韩易俊室长带人袭击搜查科所在大楼，崔大贤与韩易俊里应外合带走了刘振宇，武元等人这才意识到崔大贤就是幽灵。太人通过自虐摆脱监视，不料却正巧被崔大贤擒获。

　　崔大贤向太人讲述了自己的信念，他以正义之名行残虐之事。武元向队员说出李明根是敏珠的生父，敏珠受委派恢复本来身份接近李明根，健宇则伪装成敏珠的未婚夫。李明根曾为了会长之位置妻女于不顾，幼年丧母的敏珠自此后对他恨之入骨。太人体内的病毒开始发作，刘振宇抽取他的血来制作新的病毒。敏珠迷晕父亲后探查太人关押处，但崔大贤插手将敏珠与健宇擒获。李明根带人营救敏珠，不料郑室长是卧底反使得李明根陷入险境。

　　郑尚俊是郑仁哲的遗孤，他与崔大贤联手策划了一系列复仇事件。刘振宇向武元通风报信，他要求警方先救出崔花英。武元找到了关押花英的保育院，他果决击毙匪徒后将花英救出。保育院修女向武元道出了陈年秘闻，郑尚俊以及死去的南仁浩等人都是秘密要员遗孤，崔大贤一直关照他们成长。太人体内病毒进入晚期，他给健宇留下遗言后逝世。李明根为护女儿中枪身亡，敏珠终于原谅他当年犯下的错。新研发的病毒进入试验阶段，崔大贤准备用其展开复仇行动。

　　崔大贤与武元通过视频会面，他提条件要求还秘密要员以清白。政府未能遵守条件逼急了郑尚俊，郑尚俊枪杀刘振宇后欲扩散病毒，崔大贤与郑尚俊反目身受重伤，他临死前将阻止郑尚俊的重任交给搜查科。郑尚俊与马尚旭在各处安装病毒炸弹，武元等人分头行动阻止病毒扩散。健宇血战马尚旭拖延时间，泰平成功解除爆炸装置，武元在敏珠的帮助下将郑尚俊击毙。病毒最终没能扩散出去，搜查科也得以保全继续暗中守护国家。