吴邪、王胖子、张起灵铁三角在十年之约结束、退隐雨村之后，重新为了亲情、友情，踏上了一段冒险之旅，在经历生死危机的考验后，他们揭开重重迷雾，获得新生的故事。

三叔吴三省居然给吴邪留了一块地！吴邪按照地址，找到了一座废弃多年的气象站，还在密室了发现一具尸体，从留下的照片和证件判断，死者是三叔的朋友杨大广，他们还发现一堆录着雷声的磁带。吴邪报警，经检查，杨大广是突发疾病去世的。吴邪听磁带里的雷声，推测三叔和杨大广很早就开始听雷。一天，窗外打雷，吴邪意外发现雷声居然和磁带里的雷声频率完全相同。这并不符合科学规律，吴邪决定去问问学识渊博的二叔，吴二白。

在阿透的帮助下，众人知晓原来青铜片等来自南海王地宫，地宫在沿海滩涂附近。另一边，吴二白手下贰京调查出，一个姓焦的老板一直在资助和照顾母雪海，他也在听雷。吴二白判断吴邪突然收到短信，是有人在背后操纵，很有可能与044工程有关。吴二白打电话给黑眼镜，要他去调查焦老板的来历。吴邪锁定滩涂位，铁三角决即刻出发，沿途却遭到了吴二白的阻拦，吴邪与吴二白谈判后，接受了与吴二白合作的条件。

刘丧安排吴邪、胖子工作，几人相处很不愉快。根据黑眼镜提供的信息，吴二白说出青铜耳朵是定位地下河的，推测焦老板很有可能在找南海落云国，让黑眼镜找出地下河的确切位置。滩涂塌方，铁三角和刘丧四人陷入其中，意外进入南海王地宫。吴邪遭到大批海蟑螂攻击，直到吴邪逃到一尊雷公像面前，海蟑螂突然退去。

吴邪和胖子逃窜，最终，胖子被纸人士兵的铁戟刺穿了胸口，幸而张起灵及时赶来，救下吴邪，但面对胖子的死，吴邪崩溃。吴邪还未从胖子的死亡中恢复过来，纸人士兵又杀死了张起灵。吴邪沉浸在痛苦之中，突然发现这一切都是幻觉。吴邪从幻觉中清醒过来。此时，胖子如之前幻觉中一模一样的出现，偷藏小雷公像，打马虎眼。就在胖子想要触碰雷公像的时候，被吴邪制止。

就在吴邪和胖子疑惑时，陪葬坑底的尸体突然动了，开始攻击他们。吴邪和胖子制服尸体，发现尸体之所以会动，是因为他体内有一种贝类寄生物（人手贝）。地宫另一边，刘丧为了不让张起灵和吴邪汇合，有意隐瞒了吴邪所在位置。刘丧想帮张起灵找到吴邪，却意外导致吴邪和胖子被地宫中的人手贝抓走。吴邪和胖子被抓到了人手贝的巢穴。张起灵及时赶到，救下两人。但吴邪和胖子中了人手贝的毒素，开始精神亢奋，缅怀过去。吴邪等人在地宫中一直绕圈，为了找到出路，吴邪提议走一条被废弃的甬道。

哑巴村的大当家带着村民和武器，强行夺走了哑女的DV。黑眼镜认为哑女一定是拍到了哑巴村不愿外人知道的秘密。并在之前自己从哑女DV里夺走的内存卡中，知道了哑巴村确实有一条地下河。吴邪等人走到甬道尽头，看到一个刻着“以此往前百多米，入者无返，永不见天日”字样的石碑，旁边是一个半人高的孔洞连接一条极长的甬道。三人决定爬入甬道，发现甬道内标有从引七到引一的刻度。三人在引一处发现了一个犀角蜡烛，点燃后，发现了一道原本看不见的门。但同时，胖子身后出现了大量的皮俑，皮俑攻击三人。

铁三角默契配合，成功躲避皮俑追击，跳下井逃走。哑巴村那边，黑眼镜想到对付瞎老头的计策，设计偷走了阿婆身上特有气味的香料，再教导哑女假扮阿婆，涂抹阿婆身上的味道，企图骗过瞎老头，混进地下河。铁三角逃进地宫排水系统，遇到许多陪葬的皮俑在此休眠，吴邪研究推断，皮俑体内寄生了人手贝，人手贝控制着皮俑行动，让它们看起来像活了一样。而这种人手贝对雷声敏感，一听到雷声就会进行攻击，所以他们在密室听雷后，才会遭到皮俑的二次进攻。

胖子在甲板下面找到了一箱隐藏的磁带。哑巴村破庙处，假扮阿婆的哑女被看门老头识破身份，哑女等人遭到全村人抓捕，他们逃跑。黑眼镜却要留下来，他带走了阿婆，想继续完成吴二白交给他找地下河入口的任务，同时帮哑女拿回地下河的DV。哑女担心黑眼镜的安危，决定回去帮忙，两人汇合。在阿婆的帮助下，黑眼镜和哑女成功进入地下河，找到了DV。出来时，却得知哑女哥哥被哑巴村大当家抓到的消息。

危急时刻，张起灵带着刘丧及时赶回来，救下二人。与此同时，整个地宫的人手贝受到雷声影响，全部苏醒，开始控制皮俑攻击铁三角和刘丧。众人一边抵御攻击，一边寻找出路。吴二白在滩涂上发现异状，局部爆破滩涂，众人逃脱。但吴邪为救刘丧，再次跌回地宫，吴邪利用地宫内封存的沼气，带着女皮俑逃了出来。吴邪发现传说中的“诶告供注”指的就是女皮俑，也就是哑巴公主的意思。

黑眼镜等人听完阿婆述说的故事，为之动容。南海王地宫外，吴邪等人和二叔庆祝劫后余生。酒过三巡，吴邪趁机问吴二白，当年吴三省在南海王地宫下的详细经历。吴二白由此展开回忆。多年前，吴三省和女友陈文锦前往南海王地宫考察，而领队正是吴二白的心上人齐晋，但齐晋喜欢的人，却是吴三省。考古队来到南海王地宫的大门前，遭到成群的海蟑螂攻击。慌乱中，沼气突然爆炸了，震开了大门，考古队躲进地宫里，坍塌的泥土封死了地宫入口，众人被困。

众人在地宫中受到人手贝攻击。吴三省为保护陈文锦力挽狂澜，最终，带着众人逃脱。谁也不知道母雪海又是怎么回到地宫里去的，母学海在那儿不停地拼壁画，陷入癫狂。最终还拼出了一副地图，就是雷城。经历这次考古，齐晋看透吴三省心中只有陈文锦，伤心欲绝，选择和吴二白在一起。吴邪疑惑雷城究竟是个什么地方，和听雷有什么关系？杨大广死了，母雪海疯了，那三叔和这一切又有什么关联呢？吴邪和吴二白决定去雷城一探究竟。

吴二白一行人在哑巴村修整。哑女哥哥准备带哑女离开，哑女舍不得黑眼镜，向黑眼镜表白，还坚持要和黑眼镜一起进入地下河。吴二白等人汇总信息，吴二白说传说南海王意外得到得到一个天外来物——听雷神器，海南王还利用神器收敛大量财宝。吴二白分析判断哑巴村民口中的仙境雷城就是可以驱动神器的地方，也是吴三省进入后再也没有出现的地方。吴二白一行决定进入地下河，寻找雷城，从而找到吴三省。吴二白不想让吴邪再涉险，于是让刘丧把吴邪和胖子送到安全地带。

吴邪、胖子和刘丧遭遇江子算追击坠入山崖。哑巴村地下河内，吴二白等人找到一处机关，使用青铜耳朵，看到了水中的雷城地图。这时，焦老板带人包围吴二白等人，把他们全部抓捕。焦老板与吴二白对话，想套出地下河深处雷城的方向，吴二白不肯说，二人陷入僵持。另一边，吴邪、胖子和刘丧遭遇追击并坠入山崖，被当做劳工带到一家黑采石场。。

吴邪反制江子算，挟持金九爷离开营地，并向金九爷借用人马。焦老板为去雷城敛财，控制黑眼镜等人要挟吴二白画出雷城方向，吴二白回旋之际拔出了保镖的手枪反制了焦老板。两方发生了激烈的交战，难分胜负之际，吴邪带着金九爷的人杀到。焦老板的雇佣兵被打得节节败退。此时天色突变，雷声响起，焦老板好似疯了一般逃进了山林之中。张起灵欲乘胜追击，不想吴邪忽然发病倒地。

坎肩发现女皮俑突然出现在吴邪的屋子里，众人发现原来是皮俑会动是因为体内寄生的人手贝在作祟。吴邪发现皮俑头部内有一个铁坠装置，还没等解密，就被吴二白打住，吴二白担心吴邪身体状况，认为吴邪神思恍惚，让吴邪快点回吴洲休息。吴二白将地下河里的所有遗迹，以及女皮俑全部封存并委托十一仓运送回国内，之后移送文物保护局。

解雨臣将哑女带回别墅，阿透用古法金针治疗哑女声带，众人都在等待。十一仓运输员李加乐前来拉货，吴邪远远的跟着，最后跳上车，将李加乐打晕，自己假扮成运输员进入十一仓。车辆进入十一仓前需要接受检查，吴邪强装镇定，接受检查，却被后台监控室的“高层”发现端倪，“高层”故意放吴邪进入十一仓。吴邪在熏蒸区卸货，差点被熏蒸蒸熟，最后从通风管道逃了出来。

吴邪在白昊天的帮助下，顺利找到女皮俑离开十一仓。胖子也被二叔弄出来了。吴邪在研究女皮俑时，发现女皮俑脑子里的铁坠已经被吴二白拆走了。此时，贰京奉吴二白命令赶来，收回了吴山居。吴邪和胖子被赶出门，蜗居在一个破房子里。这天吴邪在医院看病时，胖子偶遇了他学生时代暗恋的女神飘飘，飘飘的女儿小梅患有罕见重病。

吴邪想要离开十一仓，却收到王俊义发来吴三省在十一仓的视频，为了得到更多关于三叔和听雷事件的信息，吴邪打算留下来一探究竟。哑女在阿透的治疗下，终于可以说话。她给黑眼镜发了感谢短信。黑眼镜此时正跟着吴二白等人慢慢进入地下河中，他并未回信。吴邪在十一仓的职位是L1，盲跑助理。王俊义给吴邪发信息，只要他升职L4级，就会收到第二段关于吴三省的视频。吴邪电话胖子告知自己的近况。

胖子对飘飘关怀备至。另一边，白昊天带吴邪来到仓库，里面放着最有名的“五大诡货”之一的魂瓶。魂瓶非常离奇，能聚水，所有触碰过魂瓶的仓员，都陆续出事了。吴邪决定调查魂瓶，发现其中一个受害者杜鸣夏的弟弟杜鸣秋也在十一仓工作，但他什么也不肯告诉吴邪。可吴邪仍然发现了杜鸣秋的柜子里有张飞机的照片，正是酒窖区的飞机，从而推断出酒窖区飞机与魂瓶必有关联。

吴邪破解了魂瓶聚水的原因，是因为魂瓶内部有活物，产生温差，形成水汽，也就是说魂瓶滴水的时候就表示里面有活物，就是凶手。但魂瓶太小，根本装不下一个成年人。白昊天忽然想到十一仓里有一个仓库名叫子仓，以前子仓里有小孩子，但是子仓已经被封了，十一仓现在并无小孩。吴邪找丁主管询问子仓资料的事，丁主管却说是资料库意外着火，子仓只是被销毁资料的仓库之一。

白昊天不想吴邪再折腾自己身体，于是自己利用液化氮进入子仓，白昊天发现子仓中竟然有一具成年人的尸体，吴邪推测这个人一直呆在子仓中，命令历届仓管为他做事。吴邪意识到危险让白昊天就在这时，白昊天遭受了小个子仓管的袭击。子仓外，杜鸣秋打算炸毁子仓。吴邪及时赶到，救下白昊天和小个子仓管，并制服了杜鸣秋。吴邪已经猜测到了之前是杜鸣秋杀死了哥哥，就是为了躲避子仓仓管的追杀。

飘飘女儿病情加重，急需医药费，胖子希望吴邪能伸手相助。吴邪让胖子想办法卖货，并把自己的工资都给了胖子。深夜，吴邪认为胖子有了情感寄托，应该稳定下来，自己的私事不能再麻烦胖子了。明着不行，暗着来。胖子张贴招聘广告，打算雇人替自己卖货。飘飘看到了招聘广告，因为提成很高，她短信联系胖子应聘。胖子不知道应聘者是飘飘，两人短信沟通，飘飘成功完成了第一单货物。

十一仓只有当了三年仓管的人才能参加二层考试，吴邪本没有考试资格，但丁主管以“考试失败则离开十一仓”为条件，将吴邪加入了考试名单中。丁主管认为，在这么短的时间内，吴邪不可能掌握考试规则。商人老六索要赔偿。飘飘没钱，提出拿一个价值相当的物件赔偿，所幸有胖子帮忙，飘飘拿到了一座价值不菲的座钟。但内部有些故障，飘飘用家中祖传的技艺，修复座钟，老六满意离开。

二层考试开始，贾咳子用听力定位，告知李加乐吴邪的位置。李加乐率人攻击吴邪，吴邪用声音干扰贾咳子，躲开了李加乐的攻击，并用口香糖黏住启明星，所有人失去了关键参照物，无法定位货物，考场一片混乱。这时，突然有人出现袭击吴邪。吴邪躲开，继续考试，他将启明星用另外一个星标代替，并在心中换算坐标，找到了不少货物。考试结束，吴邪取得了第三名，按规定可成为二层仓管。但所有人认为吴邪作弊，不满结果，吴邪也主动要求重赛。

吴邪在考试时放出这些萤火虫，扰乱坐标。期间那人再次袭击吴邪，被吴邪制服，是凌南。原来是有人指使凌南这么做，为的是保护十一仓的货物。幕后指使以为吴邪是陆晨的同伙，也要做对十一仓不利的事情，所以才找了凌南攻击吴邪。分析已有线索，依然指向二层。所以，吴邪想尽快下二层，找到这个人。

吴邪和白昊天潜入水底，看到一系列水下奇观，并意外发现水中人俑身上很多配饰都不见了。两人判断灨阳仓底下丢失的东西都和陆晨事件有关，是陆晨偷运货物出去的，那个当年把陆晨搞疯的人，就是为了保护十一仓货物，阻止外流。吴邪认为白昊天早就知道陆晨盗取十一仓货物的事情，指出她就是猎头王俊义本人，引导自己一步步进入局。白昊天否认，表白吴邪，并说自己会证明给吴邪看。吴邪烦闷找胖子诉说，胖子边给为飘飘准备爱心餐食，边开导吴邪。

丁主管为了听说胖子在帮吴邪，找上薛五要阻挠胖子，他们决定从飘飘下手。飘飘只身一人找到老六的上家薛五要买货，被薛五怀疑她背后有供货人，有可能是吴邪或者胖子。薛五用小梅的治疗费做条件，让飘飘供出背后的供货人是谁。危急时刻，胖子出手，小梅将薛五引到了一个地下室，让他以为这是飘飘无意间发现的。薛五假装打消了疑虑，反邀飘飘为自己工作。

在海女的协助下，丁主管以为被人盯上了，也中了毒，丁主管让吴邪找出那个害自己的人，作为条件他放了白昊天。吴邪得到白昊天留给自己的信息：第四个诡货在外仓，是扳倒丁主管的关键。飘飘前夫听说女儿治病花了一大笔钱，认定飘飘赚了大钱，于是又找上门来闹事，被胖子打跑，飘飘心怀感激。

胖子发现飘飘居然在帮薛五打工。飘飘再次试探胖子是否供货人。吴邪用供货人身份给飘飘发信息，飘飘彻底打消了胖子是供货人的想法。薛五愿意给飘飘提供小梅的医药费，但要求她打探出吴邪胖子来这里的目的，未果。另一边，吴邪见李加乐本性不坏，善意提醒李加乐小心别被丁主管利用。

原来这一切都是丁主管给吴邪设下的陷阱，是他在白昊天的手机里留下的假消息，从而引诱吴邪上钩。丁主管认为吴邪是吴三省安排进十一仓来破坏他的计划，他下令让李加乐把吴邪一众一网打尽。关键时刻，李加乐良心发现，帮助吴邪一众逃出了外仓，并制服了丁主管。