1999年4月。空条承太郎为寻找一名姓东方的人物来到日本M县S市杜王町，在车站前遇到被一群不良青年包围的年轻人。这个年轻人面对不良的欺凌和伤害乌龟的行为卑躬屈膝的不反抗姿态引起承太郎的不满，但令承太郎大感意外的是，那位少年自报家门——其名为东方仗助，他正是承太郎此行要寻找的人物。

在顺利击败安杰洛后这座城市的危机暂时解除，并且从安杰洛的自述中得知其获得替身能力可能与神秘人所持的DIO弓箭有关，承太郎决意继续追寻弓与箭的下落。几天后，康一与仗助一起回家时无意间发现仗助家附近的空屋内出现了人影…

为了救助被箭射中濒死的康一，仗助选择进入虹村宅中，发现天花板阴影中有无数射线向他攻击过来。千钧一发之际仗助及时躲避，攻击在亿泰的脸上形成了无数的孔洞，仗助以治疗亿泰为条件要求亿泰供出形兆替身的真实身份却被亿泰拒绝，于是仗助对亿泰采取了行动……

在寻找弓与箭的过程中康一在虹村家的顶楼里发现了一个怪物，无论收到什么攻击都会立刻复原。那个怪物就是虹村兄弟的父亲，负伤的虹村形兆而后赶来向康一与仗助道出了原委。原来他们的父亲也是迪奥的手下之一，在迪奥被承太郎打倒之后，虹村父亲脑中被迪奥植入的肉芽暴走致使身体产生异变。但是当仗助要销毁弓箭的时候，一个替身从墙上的插座中出现了......

康一在骑自行车上学途中遇到了一位名叫小林玉美的替身使者的碰瓷。小林玉美是个四处用他的替身能力进行敲诈勒索的恶棍，当有人对他产生“罪恶感”的时候就会被他锁上心锁。随后赶到的仗助和亿泰为康一解了围。然而当放学回家后，康一发现小林玉美出现在了自己家中。

小林玉美给仗助与康一带来一个消息，3年C班的间田敏和可能是替身使者。仗助和康一在调查间田敏和的储物柜的时候遭到了他的替身“surface”的攻击，原来他的替身有模仿的能力。间田敏和用替身冒充仗助约出来了承太郎，仗助要赶在他们会面之前联系到承太郎！

被打到住院的间田敏和告诉仗助，替身使者会互相吸引。转天，亿泰的同班女生山岸由花子莫名的约广濑康一告白，在一连串的纠葛之后发现，她也是一个替身使者......

山岸由花子把康一囚禁在靠海的别墅里，逼迫康一成为她梦想中的男人，就算康一尿裤子也没法减弱由花子对康一的执着。趁着由花子出门，用公用电话买东西的时机，康一用回声成功向仗助求救。被激怒的由花子企图杀掉康一，千钧一发的时刻 ，回声竟然进化了……

给形兆扫完墓以后，亿泰提议和仗助吃点东西，于是两人来到了墓地附近的意大利餐厅。店主是一名叫托尼奥的意大利人，他声称不用菜单就能做出让客人心满意足的料理，正当亿泰准备发火时，托尼奥通过看手相就知道了他的身体状况，两人不服不行。喝过店里的矿泉水后，亿泰突然嚎啕大哭，这究竟是怎么回事？

辛红辣椒找上了仗助，说要拿他练练手，却被仗助的疯狂钻石一顿胖揍。仗助的出拳速度出乎辛红辣椒的意料，但辛红辣椒的实力也不容小视，辛红辣椒打伤仗助后离开。随后，承太郎将仗助等人叫到没有电力的郊外，说自己找到了能揪出辛红辣椒真身的人，东方仗助的亲生父亲——乔瑟夫·乔斯达。而这件事却被躲在摩托车电池里的辛红辣椒听到了。

乔瑟夫的船马上就到杜王町了，承太郎嘱咐仗助和康一在岸上守卫，自己和亿泰去船上保护乔瑟夫。承太郎前脚刚走，辛红辣椒和名为音石明的替身使者现身，音石是吉他的狂热爱好者，一言不合就与仗助展开对战，辛红辣椒在地下电线里穿梭自如，仗助一度陷入苦战。

抓住了音石明，成功回收了弓和箭，乔瑟夫也来到杜王町。仗助的最大问题是如何带乔瑟夫回家见妈妈，他内心仍对乔瑟夫充满抵触，无法认同他是自己的父亲。两人在途中遇到了一个透明的替身使者，而这个替身使者还是个小婴儿。无奈之下，父子两人只好照顾这个婴儿，但这个婴儿的透明能力引发了大混乱。

高人气的漫画家，《红黑少年》的作者岸边露伴被间田敏和与广濑康一得知就住在杜王町，于是作为粉丝的二人决定去拜访岸边。岸边邀请他们参观自己的工作室，两人喜出望外。就在两人沉浸在对岸边的崇拜中时，岸边突然的残暴举止让康一产生了不好的预感。就在两人准备离开时，他们被岸边的替身使者附身了……

康一被岸边的替身“天堂之门”彻底控制，成了他的漫画素材。察觉异常的仗助和亿泰到岸边的家找康一，但康一根本无法求救。亿泰前来营救康一，但看了漫画的他也被天堂之门附身了。躲在暗处的仗助被岸边的诡计引了出来，为了让仗助睁眼，岸边嘲笑仗助的发型，却适得其反。

音石明在暴露身份之前使用弓和箭射中了一只老鼠，而这只老鼠竟然成了替身使者。承太郎带着仗助去臭水沟打老鼠，发现一坨粘到一起，肉冻一样的老鼠尸体。而后又发现老鼠已经占领了农户一家。仗助在冰箱里发现了被困的居民，还和吃肉的大老鼠正面交锋。尽管仗助解决了替身老鼠，但另一边的承太郎却中招了，原来敌人不止一只……

康一和岸边露伴偶遇，露伴正在寻找小时候居住的地方，他发现有个地方和地图上标注的不同，店铺之间莫名多了一条小道，于是两人前去探险。道路两边全是空房子，两人一边查看一边前进，却发现竟然走回了原点。就在此时，一位神秘少女出现，少女向两人说出了某间房子的故事……

新的替身使者“收成者”出现，成群的收成者四处收集被遗弃的零钱，追着这些收成者，伊泰和仗助见到了其主人，呆头呆脑被称为“胖重”的初中生。胖重已经收集了12万的存款，这让伊泰和仗助既羡慕又佩服，而头一遭被人夸奖聪明的胖重决定和他们一起分享这些钱，此时仗助提出了来钱更快的方法……

胖重、亿泰和仗助拿着收成者捡到的彩票去银行兑现500万现金，却遭到职员的白眼和怀疑，幸好仗助用“疯狂钻石”更改了彩票讯息才得以蒙混过关。拿着现金支票的胖重矢口否认之前要分钱给亿泰和仗助的承诺，还威胁要杀死二人。伊泰和仗助与胖重的收成者展开大战，最后三人平分了这笔钱，仗助年纪轻轻就成了百万富翁。

由花子最近很消沉，她对康一的爱完全得不到回应，这让她很苦恼。这天，由花子路过一家名叫“灰姑娘”的美容店，结识了能为顾客创造幸福之脸的美容师辻彩。只要有一张会被爱上的脸，就能转变为邂逅爱的运势。半信半疑的由花子接受了仅能维持30分钟的爱之妆容，没想到真的偶遇了康一。为了永远抓住爱的运势，由花子决定接受全身整形……

在中午热闹的街道，吉良吉影拒绝了女职员的邀请，独自买了三明治在公园享受着自己的午餐。在那里路过的胖重把自己的三明治和吉良的三明治的包装袋搞错了。注意到包装袋被掉包的吉良吉影脸色都变了，他要找回自己的那个包装袋。

吉良吉影就是潜伏在杜王町的杀人狂，并且也是替身使者。被知道了自身的秘密的吉良决定除掉胖重，吉良的替身，杀手皇后对胖重造成了濒死的重伤。在一瞬间的空隙，胖重从吉良面前逃离成功，拼命去通知仗助和亿泰。

为了寻找纽扣的主人，空条承太郎与广濑康一来到了一家服装店，遇到了吉良吉影的替身的第二能力——枯萎穿心攻击。康一决定追踪逃走的吉良，而承太郎要求康一让替身回到身边保护自己。

进化的回音ACT 3的能力限制了枯萎穿心攻击的行动，而此时，杀人狂吉良吉影来到了服装店。于是康一用回声ACT 3与吉良展开对抗。

吉良吉影的线索已经得到了，仗助一行人前去调查吉良吉影的家。但承太郎从家里的东西分析出了吉良的高智能和能力，所以在人前故意隐瞒自己的长处和短处。同时，也发现了多年的指甲和数据保管在桌子的抽屉里。仗助一行发现看似平凡男人的异常的爱好，令人毛骨悚然。就在这时，一个拍立得相机自动地按下快门…。

吉良吉广夺走弓与箭逃走了，在杜王町里到处使用箭制造替身使者。这一天，岸边露伴在杜王町站用相机拍摄上班的职员，想从中找到吉良吉影。这时突然出现了一个小孩想和他玩猜拳。

夺去了别人的脸作为川尻浩作生活的吉良吉影，已开始隐藏自己的真实本性。看到女人想要去吐露自己的本性，保持辛苦抑制想掐住脖子的冲动。然而，此刻看看他的妻子，川尻忍的脖子，冒出一阵杀人的冲动！在另一方面，仗助与亿泰发现的神秘男子倒在麦田怪圈的里面。

认为仗助作弊的露伴用笔刺断了小拇指，如果在接下来的游戏中没发现仗助作弊的话允许仗助用疯狂钻石治好自己并输掉200万日圆，相反，发现仗助作弊的话就留下他的小拇指。

岸边露伴使仗助逃过一劫，仗助开始寻找这个会吸取能量的神秘替身的本体，仗助抢来一辆摩托车摆脱替身的追击并联系康一，而这个自动追踪型替身的速度无法超过每小时六十公里。

一天早上，川尻忍在自家地下室里发现了一只喉咙上有洞的俄罗斯蓝猫。怀着“猫被箭射穿了”的想法的吉良吉影想去地下室看看，结果发现猫被打碎的玻璃扎死了。吉良把猫埋在了院子里，第二天却发现那里长出了奇怪的植物。

吉良吉广发现川尻浩作就是自己的儿子，露伴和承太郎也在搜寻吉良吉影的下落，在拍下了川尻浩作身影的照片里发现了早人的身影。另一方面，在上学途中的仗助和亿泰让支仓未起隆变成望远镜发现了在铁塔上生活的人的身影。

为了火灾的修理和报价，一级建筑师乙雅三来到了露伴家。乙雅三在露伴家里的奇特举动吸引了露伴的兴趣。而那时仗助一行人在铁塔中和铁塔男对峙着。

仗助打开在妈妈口袋里发现的纸，却从纸里冒出一位替身使者，折纸师和替身“英格玛”，英格玛能把任意东西变成纸，尤其是人发出恐惧信号之后。折纸师用康一的性命威胁仗助，仗助不慎中招，裕也决定救回康一和仗助。而另一边，替身“廉价把戏”附在露伴背上，只要有人看到露伴的后背，他就会丧命。

露伴打电话找来康一，但康一因为被他戏弄多次，并不相信替身“廉价把戏”的事。康一离开后，露伴只能冒着危险前往杜王町大酒店找承太郎。途中惊险不断，最后康一赶到，露伴利用不可回头的小巷除掉了廉价把戏。另一边，无法压抑杀人本性的吉良吉影终于上街杀人，这一幕被早人用摄像机拍了下来。川尻浩作回家后与早人对峙，假父子终于翻脸。

通过露伴拍的照片，承太郎等人把目标对准川尻一家，照片老头赶忙找到儿子告密。在浴室，早人用录像带威胁吉影，吉影杀人灭口。照片老头劝说吉影离开杜王町，此时箭却自动穿入吉影体内。隔天，早人竟然安然无恙，觉醒了新能力的吉影也愈发嚣张，还对早人说出了真名。就在早人烦恼时，露伴找到了早人，却没发现自己早已误入吉影的圈套……

又是一个新的早晨，露伴在“上一个早晨”因打探早人爆炸身亡，这正是吉良吉影的新能力，杀手皇后的第三形态“败者食尘”。杀手皇后附身于早人，只要有人打探早人关于吉影的事，得知信息的人将会受到攻击爆炸并且时间将回到一小时前，上一个时间线死亡的人就算没有得知信息仍会爆炸。在露伴之后，仗助、康一、承太郎、亿泰也中招死亡，能救他们的只有早人了……

早人用猫草袭击吉良吉影未成功，嚣张的吉影自报姓名，却恰好中了早人的圈套。早人提早叫来仗助和亿泰，吉影的身份彻底暴露，不得已之下吉影解除“阵亡状态”让杀手皇后保护自己，团灭结局也被改写。没想到吉影又开发了和猫草的组合技……

仗助背着亿泰，与早人逃入附近别墅，尽管有疯狂钻石的治疗，但亿泰还是生死未卜。随后吉良吉影发动空气炸弹，虽然吉影在别墅外，却能依靠照片老爹掌握仗助的位置。空气弹穷追不舍，仗助被爆炸波及重伤，仗助设计重创吉良。藏在早人口袋的照片老头被仗助发现了

吉良身负重伤，仗助一行全员到齐。救护车和救护人员前来，眼看无路可逃，吉影准备将“阵亡状态”附身女医生，回到一小时之前。早人察觉了吉良的诡计，康一和承太郎准备联手将吉影制服，不料夺走吉良吉影生命的竟是救护车……