字母军团的连番作案在市民中造成恐慌，黑盾组夜以继日地工作希望能早日破案。周小篆和苏眠、韩沉等人商量找出线索的办法，周小篆修复了系统的漏洞，苏眠分析了R的心理，韩沉将一切总结归纳，誓要抓出罪犯。见众人的情绪都不太高涨，韩沉请大家吃饭以振士气。冷面没有参加聚餐，从唠叨的八卦中得知，冷面似乎跟之前受枪伤时照顾他的护士坠入了爱河。众人胡吃海喝后尽兴而归，韩沉带着苏眠回到公寓，两人愉快过夜。第二天，韩沉前往拿修好的车。苏眠醒来时，发现家中被人闯入。来人告知苏眠自己是A，并称苏眠为姐姐，他留下一封战书后离开。黑盾组分析了战书上的内容，字母军团宣称将会在7月7日7时送上一份大礼。送战书的A、写战书的L，以及跟周小篆在网络世界中博弈的R，剩下的三名字母军团杀手全部到齐。众人商量该如何找到他们。苏眠通过犯罪心理分析了L的犯罪动机，推测他接下来要针对的目标范围将是接送孩子的“父亲”们。警方加强戒备，将有可能成为L目标的人尽量保护起来，L的计划被迫流产。

韩沉从自家附近的监控中找出了A的镜头，找到了他曾经去过的商场。他与苏眠前往商场调查，遇到恰好也来买书的徐司白。商场忽然警铃大作，自动门关闭，任何人员无法出入，空调排风口内冒出大量疑似毒气的白烟。一个男人被悬挂着出现在商场中央大堂。商场的LED屏幕播起了A的影像，A宣布已在被劫持男子身上安装了炸弹，要离开商场除非炸死该男子，从他身体内取出钥匙。被劫持男子在精神崩溃中自我引爆了身上的炸弹，徐司白想冲上前护住苏眠却未能及时，爆炸冲击波掀翻多人后直达苏眠身边，关键时刻韩沉将苏眠一把护入怀中。事后警方赶到，苏眠韩沉被及时送医。徐司白伤势不重，却在医院被字母军团的人劫持带走。 韩沉一直昏迷未醒，苏眠在病房内守着他。手机收到两段字母军团发来的视频，一段是小丑跳舞，一段是商场内男子被劫持的过程。视频中字母军团念了一首诗，苏眠发现字母军团并非只剩下三人，还有一个一直站在他们身后、如同启明星般指引着他们的S存在。

A给苏眠发来信息，表示要对L受伤进行报复，杀更多的人。苏眠发现无法联系上小篆，心中有了不详的预感。A折磨殴打小篆，小篆却始终不愿屈服，A亮出底牌，他会在周小篆和徐司白身上各绑一个炸弹，来考验苏眠究竟会救谁。之后，苏眠收到A发来的视频，得知小篆和徐司白均被字母军团绑架。苏眠最终决定去救周小篆，听到苏眠决定的徐司白万念俱灰地将通讯器踩得粉碎。警方找到小篆的所在位置后及时解除炸弹，小篆总算死里逃生。韩沉拉着苏眠再转头去救徐司白，在到达徐司白所在大楼的时候，楼上发生了爆炸。苏眠以为徐司白已经遇难，痛哭涕零。徐司白这时却完完整整地出现在她面前。原来他从A说的话中找出了密码答案，解开炸弹装置逃出，总算是死里逃生。苏眠想上前扶他，却发觉徐司白明显冷淡了很多。徐司白回去大哭一场，反思自己与苏眠的感情。黑盾组则继续追查A等人的下落。通过这几日A等人针对自己的种种，苏眠料定一切都是冲她而来。而在字母军团这边，已经消失许久的S终于出现在了他们面前。

L和R则扮成工作人员模样潜入电信大楼。由于警方在全城加强了戒备，L和R费了不小的力气才将病毒植入终端主机。他们更是在全城安排各类危险物品分散警力。周小篆通过对R在网络上的行踪的追查，发现R曾经入侵一家游轮公司的内网窃取其中一艘“皇家艾森威”号游轮的资料，他怀疑字母军团会在这艘游轮上搞恐怖活动。另一方面，韩沉与苏眠在接到一处广场上的炸弹威胁报警，赶往广场排爆。徐司白也跟随鉴证人员前往取证。事后证明这又是一次假报警。韩沉对此感到气愤，联想起之前A在派出所留下的影像、再结合周小篆提供的游轮信息，两人顿时想到字母军团的下一次恐怖活动地址将会在游轮上。两人匆匆离开现场赶往码头。他们刚走，广场上便出现了带有字母的小丑影像，担心苏眠安危的徐司白随即带领警员丁俊前往码头追赶二人。游轮上张灯结彩，某个基金会的慈善舞会将在游轮上进行。韩沉和苏眠以将会发生恐怖袭击为理由要求活动立即取消，却遭到拒绝。见无法阻止活动，两人混入宾客当中上船。之后赶到的徐司白和丁俊也来到船上。

所谓的儿童慈善基金会只是敛财的幌子，通过演戏的方式将基金会无耻的一面曝光出来后，乘客们十分愤慨。A表示会对几位主犯进行惩罚。秦文泷得知了韩沉苏眠等人就在船上，不由地担心起几人的安危来。刑警调出基金会的背景，发现这个基金会曾与五年前字母军团的案件有关。秦文泷得知了韩沉苏眠等人就在船上，不由地担心起几人的安危来。刑警调出基金会的背景，发现这个基金会曾与五年前字母军团的案件有关。游轮上，苏眠等人根据L的提示，先是救出了基金会内负责采买的高层张福采，随后几人又在船体内的不同地方找到了会计师季子苌。季子苌带着苏眠和韩沉在船体内乱转，随后在机房内救出经理陈素琳，又发现了另一名人质何亚尧。没想到何亚尧与陈素琳互相使眼色，欲偷袭韩沉和苏眠。韩沉揭露季子苌就是有洁癖的L，一直掩饰得很好的L这时也终于露出了狰狞的嘴脸。L突然引爆炸弹，苏眠昏倒中被人带走。

冷面和唠叨最终成功解救列车上的乘客，但自己却跟着车头掉入了江中，秦文泷立刻派水警展开搜救。游轮的监控室内，韩沉等人的一举一动都被安装在隐蔽处的摄像头记录了下来。R一边监视着众人，一边继续迎接周小篆在网络上对他的阻击。苏眠从昏迷中醒来，发现自己被禁锢在一间房间内。一个男人自称是S，并向苏眠讲起过去的回忆。甲板上，A的大戏已经落幕，船体多处开始爆炸，乘客们一片恐慌。A趁乱钻入船舱内。已经恢复记忆的苏眠戳穿了她的谎言，她已经想起来S的样子，他不是别人，正是一直陪伴在自己身边的徐司白。苏眠话音刚落，徐司白便从一旁的阴影中走出，跟假扮自己的R打招呼。徐司白表示要带苏眠离开，苏眠反抗被徐司白打晕。徐司白和R左等右等等不到L出现，担心L出状况，徐司白决定出门找他，他嘱咐R看住苏眠。在监控室内目睹双方激战的苏眠用自残的方式挣脱绳索，但由于门被锁上，她无法出去。

船底突然爆炸，游轮进水，由于R不再操控系统，周小篆终于把握住机会逆转局面。网络世界里，山猫咬住了地狱犬，R所设置的防火墙也被周小篆攻破。游轮的系统重新恢复，船长见状开始努力将游轮往海港方向开回。发现游轮行踪的海警船只纷纷靠拢过来，船上的乘客们转危为安。周小篆一夺回游轮的控制权后立刻前往码头，他跟救援人员一起寻找着冷面和唠叨的下落，不放过一丝希望，终于找回了好不容易活下来的两人。随着被劫持的卫星信号恢复，警方掌控了整个局面，而因为爆炸与世隔绝的船体内，仍然无法得知苏眠和韩沉的情况。游轮上，被困在房间里的苏眠吹起了韩沉给她的口哨，船体还在继续爆炸，韩沉听到了哨声，赶来救出苏眠，韩沉和苏眠从游轮上跳进了海里，逃出生天。徐司白听到了苏眠的哨声，决心求死，与游轮一起沉没。回忆从这里开始，当年小徐司白被自己的父亲挟持，在顶楼与苏眠的父亲对峙，苏父为了救下小徐司白，被徐父从顶楼上推了下去，这一幕在年幼的徐司白心中留下了阴影。葬礼上，小苏眠去祭拜父亲，小徐司白躲在远处偷看，小苏眠对小徐司白说永不节哀。

接着，字母军团开始犯案，警方调查发现字母军团杀死的人跟三年前西北边陲的一桩金融诈骗案有关。苏眠深入调查后，韩沉一路陪伴，两人的感情越来越好，而在两人没发现的地方，有个人一直默默窥视着他们，正是徐司白。徐司白看到苏眠渐渐喜欢上了韩沉，心痛万分，决定阻止他们的感情。同时，徐司白想到了年幼时父亲对自己的残酷训练，徐父从小就把徐司白训练成一个冷酷无情的杀手。童年的悲惨，让徐司白的心理逐渐扭曲，而苏眠，是他内心唯一的温暖。字母军团的其他人以S惟命是从，为了帮S得到苏眠，字母军团开始行动。A在韩沉的车里放了压力炸弹，苏眠上车后无法离开，打电话通知韩沉疏散附近群众，韩沉疏散完群众后赶来救苏眠，辛佳在不远处看到韩沉舍命救苏眠，十分生气。韩沉救出苏眠，炸弹即将爆炸，苏眠逃跑时拉住了一个少年一起逃离，这个少年正是A。因为救命之恩，苏眠在A心中有了不一样的地位。字母军团那边，S在房间内看苏眠从小到大的录像，都是他多年偷拍的。他对苏眠的爱早已深入骨髓，A也向S道歉，表示自己只是玩玩，不会真的杀死苏眠。

A从S的房间出来后，开始回忆父亲被杀的一幕。他的父亲是小偷，被人活活打死在他的面前， 韩沉送苏眠回家后，在车里找到苏眠留下的录音笔，原来苏眠刚才以为必死无疑，留下了遗言。遗言中，苏眠向韩沉表白，感动的韩沉立马去苏眠家，两人相拥而眠。第二天韩沉给苏眠做饭，苏眠吃出了一枚戒指，韩沉向她求婚。徐司白忍无可忍，决定要加快行动的脚步。于是许湳柏故意让苏眠发现字母军团跟自己父亲当年被杀有关，她向许教授自动请缨愿意去当卧底。许湳柏监听到这条消息，转告M，M决定引君入瓮，让苏眠彻底成为他们的一员。M主动与苏眠接触，苏眠以为自己博得了他们的信任，殊不知自己已经成为了字母军团的猎物。韩沉极力反对苏眠卧底，但苏眠态度坚决，韩沉为此申请调至猎鹰组，保护在卧底的苏眠周围。M拉苏眠入伙，为了能缴纳加入杀手组织的投名状，警方帮助苏眠制造了多起“意外杀人”的事件，将苏眠塑造成一个变态杀手。苏眠成功进入字母军团本部，见到了各有所长的其他几位杀手，以及身为字母军团首领的S。

苏眠在与字母军团众人的相处中，慢慢了解到其他的杀手们的个性。A是擅长火药爆炸物调制的年轻人；T沉默寡言，枪法高明，是以狙击为主的杀手；E是调配有毒物品的专家，她制毒，再由L下毒，两人配合无双；L有洁癖，颇有艺术品位，另一位M就是苏眠的引荐人，外表是咖啡店的店主，实际上是酷爱性窒息的杀人狂，另外还有一个杀手K，由于大家都戴着面具，苏眠并不知道K就是许湳柏。苏眠无意中进到S的书房，S书房内放着苏眠少女时期偷拍的照片，苏眠大惊失色，知道自己的身份早就暴露。苏眠强作镇定，躲进房间内给许教授发消息。许教授看到消息，欲去救苏眠，许湳柏阻止。许湳柏驾车撞翻自己父亲的车，许教授昏迷入院。在知道儿子的真实身份后，许教授选择跳楼自杀，许湳柏也因此变得更加扭曲。字母军团的计划仍然在进行，A和L伪装成警察找到和苏眠长相相似的表妹白锦曦，她也是一名警校学生，A和L哄骗白锦曦救援身陷危险的苏眠，随时做好准备代替苏眠，白锦曦担心表姐安危，毅然和男友分手。由于苏眠失去联系，韩沉知道苏眠陷入了危险。

一切按照S的安排进行，S、韩沉、苏眠三人被植入芯片导致失忆，失忆后的S徐司白和苏眠被字母军团剩下的人送到了江城。苏眠顶替了白锦曦的身份，徐司白成为法医顾问，由同样是字母军团里的小姚留在身边照顾。辛佳带走了韩沉，看似所有的人都有各自的命运。群龙无首的字母军团解散，众人等待S的回归。T读了S失忆前留给他的信，明白了芯片和S之所以这样决定的想法；许湳柏则在江城的马路上，遇到与他一样失意、孤独的陈离江。命运的齿轮让每个人都开始新的生活。半年后，苏眠带着韩沉来到白锦曦的墓前。苏眠想起小时候的回忆，白锦曦崇拜苏眠的父亲、并立志当警察的话言犹在耳，两人在墓前默默敬礼，感谢她为自己付出的一切。在一家室外咖啡厅，黑盾组众人在大案结束后聚集到了一起，冷面提及徐司白的尸体被找到，DNA鉴定的确是本人，而小姚行踪不明，黑盾组众人都期盼着苏眠能早日归队。苏眠和韩沉甜蜜对望，羡煞旁人。而在他们身后的一张桌子上，有人遗留下了一幅画像，画像上的人正是苏眠，落款是S。那人起身离开，苏眠看到他的背影，隐约觉得熟悉。