在乡下小镇彭波.西鲁兹生活的少年.赛特，为了成为大魔法师，虽然每天都努力进行特训，却又老是失败……不但让重要的家畜逃走、惹居民们生气，还被养育者阿鲁玛痛骂。有一天，空中降下了怪物.涅梅西斯的卵。能够打倒涅梅西斯的就只有魔法师。为了守护镇上的人们，赛特决定代替不在的阿鲁玛和涅梅西斯战斗。然而面对涅梅西斯超乎想像的强大，赛特根本就无从对抗……

魔法使“勇敢四人组”突然现身在赛特面前。第一次见到阿鲁玛以外的人使用魔法的赛特，看着他们在转眼间就封住了涅梅西斯的行动，感觉他们十分的可靠。赛特希望证明自己也能够帅气地大显身手，于是向领导者唐.波斯曼（老大）提出了合作的要求。对他的意气深深感动的老大，决定在引导居民们避难的过程中，拜托赛特先拖住封印已经解开的涅梅西斯。被交代了重责大任而涌现斗志的赛特，再次挺身对抗涅梅西斯！

魔法师与普通人无法互相理解。尽管阿鲁玛已经如此教导好几次了，但赛特依旧无法接受。赛特决心前往据说是涅梅西斯巢穴的传说之地拉帝安。虽然阿鲁玛想劝赛特死心，但正因为两人十分重视彼此，使得两人的意见迟迟没有交集。当天晚上，阿鲁玛回想起当初和赛特相遇时的昔日往事……

为了找寻传说之地.拉帝安的线索，赛特以阿尔特弥斯学院为目标前进。半路上，他遇见了取缔魔法师的组织.异端审问所的德拉古诺夫队长。尽管赛特没有做半点坏事，却还是因为魔法师的身份而被逮捕关进牢中。虽然赛特想办法脱逃但还是无法成功。正当他伤透了脑筋时，他遇见了红发少女.梅莉。另一方面，正当阿鲁玛对赛特感到担心时，自称是研究者的男人.赛特来到她面前。

赛特抵达魔法师的城市.阿尔特弥斯后没多久，就为了要成为阿尔特弥斯的一员而被带去参加入院典礼。然而这时学院的创办人领主.马杰斯帝大师却强硬地对他课以罚金……之后赛特听从阿鲁玛的吩咐，开始寻找最强的魔法师.亚加。为了取得拉帝安的线索，赛特和梅莉浑身充满干劲。然而两人却在不知不觉中引发了大麻烦！

为了成为亚加的弟子，必须要展现自己魔法的才能。赛特虽然请梅莉教导使用魔法，但由于梅莉不擅长使用攻击魔法，所以无法教导赛特他想学的魔法。温柔的梅莉因为太过于担心赛特而性格大变，变身为另一个性格凶暴的“疯狂梅莉”。疯狂梅莉表示若不抱着必死的决心无法获得力量，并且为此对赛特进行危险又严格的训练。然而在训练过程中却发生了意外……

在梅尔巴小姐的咖啡店喝上一杯咖啡是杜克每天的例行公事。然而杜克却在平静的午后，被从人孔盖中出现的触手抓走了。潜伏在下水道的怪物是魔鬼鱼大海怪，它因为喜欢喝咖啡而被杜克身体染上的气味吸引，并且将杜克抓走了。赛特与梅莉为了拯救杜克潜入了下水道。然而赛特的泰坦拳却对怪物柔软的身体起不了作用。无视于困难重重的救援行动，杜克他这时……

赛特很快地就学会了魔法之力，但却因为惯于使用魔法使他驾驭力量的方式变得杂乱无章起来。亚加为了要给赛特警惕，于是让他戴上了封印魔法使用的手套，并表示要是破戒就要逐出师门。这个时候，过去和赛特在彭波.西鲁兹对决过的勇敢四人组为了做坏事企图潜入阿尔特弥斯，并且被收到命令、正在打扫学院外墙的赛特发现了。赛特虽然处于没有魔法的状态，但还是为了阻止他们入侵而努力奋战，然而……

在新人队员葛威斯眼中，德拉古诺夫身为队长态度却十分散漫，实在难以想像他会深受资深队员们的信赖。葛威斯请愿希望能像个异端审问官一样与危险的魔法师战斗。过程中，他们收到了来自艾多穆德队的紧急信号。他们的船只因为遭受到涅梅西斯的袭击而被破坏。正当葛威斯对于捕捉到大量魔法师的艾多穆德感到佩服不已时，德拉古诺夫察觉到了某件真相。

杜克收到了和涅梅西斯有关的事件委托。戒心重的杜克原本打算要拒绝委托。但一心想将涅梅西斯赶走的赛特仍然硬是拖着杜克出发，一行人踏上了前往爆炸声与喧闹的城镇.蓝布镇的旅程。在那个城镇中，魔法师们在异端审问官.孔拉德的无理政策之下，受到了相当严重的不平等对待。赛特在镇中遇到涅梅西斯后原本打算将它抓起来，但这时全身缠满了绷带的神秘魔法师.古利姆突然出现在他们面前！

赛特等人抵达了位在贫民窟的委托人家中。家中的长男塔吉是涅梅西斯的感染者。一家人希望赛特等人能代替对移民们的诉求不闻不问的异端审问官调查涅梅西斯的事件。在赛特等人开始进行调查时，宣告避难的钟声响起。蓝布镇因为过度的开发导致地盘根基不稳，为了避免城镇崩塌，移民必须要定期移动位置。当镇上空无一人的时候，涅梅西斯出现了！

异端审问官孔拉德煽动民众，表示蓝布镇引发的事件全都是移民和魔法师造成的。人们受到恐惧及不安的影响蜂拥而起、开始展开排除感染者的行动。而这一切全都是从以前就厌恶着移民的孔拉德的计划。变成暴民的人们将塔吉抓了起来，准备将他处刑，而千钧一发之际，即时赶到的赛特和梅莉将他救了出来。赛特究竟能否阻止煽动人民情绪的孔拉德的阴谋呢……！？

赛特因为杜克遭挟持为人质而被孔拉德反将一军、并且被抓了起来。孔拉德声称赛特就是和移民们勾结的犯罪者，借此煽动群众。紧接着，朝向移民居住地区发动的炮击开始了。赛特虽然在古利姆的帮助下得救，然而涅梅西斯也在同时现身，让镇上陷入了大混乱。涅梅西斯的操纵者，是女魔法师哈梅莉奴。憎恨着蓝布镇居民的她，究竟有什么目的？

十五年前，身为感染者的年幼时期的哈梅莉奴，与和她有相同遭遇的孩子们一起被幽禁于蓝布镇。年轻时代的孔拉德杀害了保护孩子们的异端审问官准尉欧克修马雷，并且将一切全推托成是移民引发的叛乱，对此感到恐惧的人们让整个幽禁区域从岛上崩落…这就是十五年前的真相。这起事件唯一的幸存者哈梅莉奴一直在找寻复仇的机会。在得知这起悲剧的始末后，赛特他……

赛特与操着巨大长枪战斗的强敌孔拉德展开激战，并且在最后将他打倒。然而在哈梅莉奴的引导下，城镇开始发生崩塌。遭受攻击的赛特被吹飞出去并失去意识。当他醒来时，一个与赛特长相十分相似的男人站在他面前。自称彼欧东的神秘男子向赛特提出了问题。“你是为了什么而战？你应该站在哪一方的立场上？”接着，为了阻止哈梅莉奴，赛特开始奔往战场。

赛特终于和哈梅莉奴对峙了。哈梅莉奴认为居民们没有拯救的价值，并对赛特展开了激烈的攻击。赛特是为了守护大家而使用着魔法，但回顾着自身的过往，不禁开始对有相同境遇的哈梅莉奴产生了共鸣。对魔法师的迫害与差别待遇确实存在着，但是，阿鲁玛教导过自己不可以变成挥舞暴力的怪物。当赛特对哈梅莉奴提出某个提案时，异端审问官的军舰却急袭而来！

哈梅莉奴在“野兽”多尔克凶恶的刀刃攻击下倒下。激动的赛特虽然挺身迎战，却被异端审问官冯.杰佩斯反将一军，并且失去了意识。然而这个时候，隐藏在赛特体内的庞大力量开始失控，转眼间撂倒了杰佩斯，并且在失去意识的状态下对多尔克展开袭击。随着“山头”桑德里大佐的加入，战局变得越演越烈。另一方面，正当梅莉等人意图离开城镇时，一行人遇见了来自马杰斯帝的迎接……

回到阿尔特弥斯学院的赛特等人，以揭露异端审问官非法行为的英雄的身份受到热烈的欢迎。然而，赛特一想起哈梅莉奴和自己失控时的事情，就实在没办法坦率地开心起来。就算马杰斯帝为了犒赏他们举办了盛大的派对也无法消去他内心的悲伤。正当赛特独自一人消沉不已时，阿鲁玛前来造访赛特。阿鲁玛之所以会来到这里，是因为收到了担心赛特的梅莉传来的联络。然后，阿鲁玛让赛特看了塔吉从蓝布镇寄来的信……

因为孔拉德在蓝布镇上的不法行径曝光，异端审问官如今正逐渐失去人们的信赖，德拉古诺夫队甚至找不到能够为他们提供物资支持的城镇。新兵对于自己明明为了拯救人们而战，却受到这种不合理的待遇而感到叹息。对此，德拉古诺夫则告诉他就算深信自己的所作所为是正确的，也未必会伴随好的结果。另一方面，阿尔特弥斯学院因为蓝布镇的骚动导致物流中断……

正当赛特读过亚加留下的信、决意要踏上新的旅程时，大量涅梅西斯的卵朝着阿尔特弥斯学院落下。魔法师们虽然加以迎战，然而却有落网之鱼掉到了孤岛上，而那里正好就是梅莉外出前往的地点。赛特为了拯救梅莉连忙赶到岛上，与从卵孵化出来的涅梅西斯展开战斗。然而涅梅西斯实在太过强大，使得被逼到走投无路的赛特的力量再次失控。然后，对自己无法控制的力量感到恐惧的赛特，做出了某项决定。