海马濑人抢得了武藤游戏的爷爷武藤双六所持有的罕贵卡“青眼白龙”，并将其撕烂。游戏向海马发起决斗。面对海马所拥有的三只青眼白龙、游戏被逼得走投无路，最终凭借着五张意义不明的卡召唤出最强的艾克佐迪亚。 决斗：武藤游戏VS海马濑人

游戏收到了一个录像带，这是决斗怪兽之父贝卡斯·J·克罗佛多所寄来的。当游戏打开录像带观看时，一场游戏和贝卡斯之间的黑暗游戏开始了！ 决斗：武藤游戏VS贝卡斯

为了救出爷爷，游戏和他的朋友们接受了贝卡斯的决斗王国大赛的邀请，乘坐着豪华游轮前往贝卡斯的举办大赛的小岛。在船上，游戏遇到了假意接近他们的日本冠军昆虫羽蛾。羽蛾的目的便是把对他有威胁的游戏所持有的最强卡——艾克佐迪亚处理掉！

终于到达了决斗王国小岛，第一场决斗游戏向全日冠军羽蛾发起了挑战！羽蛾熟练了运用场地的规则，操控着昆虫大军向游戏步步逼近。决斗：武藤游戏VS昆虫羽蛾

游戏使用陷阱卡“神圣防护罩-反射镜力- ”把羽蛾的昆虫大军全灭了，羽蛾宣传将要召唤出最强的怪兽——究极完全态大飞蛾。虽然游戏阻止了最终形态的的孵化，不过大飞蛾还是出现了。 决斗：武藤游戏VS昆虫羽蛾

游戏的好朋友城之内克也也开始了第一场决斗，他的对方是女性决斗者孔雀舞。孔雀舞操控着神鹰女郎向城之内袭来。城之内获胜的希望寄托在游戏赠予的“时间魔术师”上。 决斗：城之内VS孔雀舞

武藤游戏的第二场决斗开始了，其对方是擅长利用海洋场地的梶木渔太。渔太操作的海产怪兽们在水中使得游戏的怪兽无法攻击，让游戏陷入苦战。决斗：武藤游戏VS梶木渔太

海马濑人的弟弟海马圭平向游戏发起挑战。同时，贝卡斯的手下向海马逼近······

贝卡斯的刺客物腹语师(ものまねし)扮成海马濑人的模样、使用盗取的海马的卡组向游戏发起挑战。面对强大的青眼白龙，游戏只能坚固防守。决斗：武藤游戏VS死者的腹语师

游戏使用魔术礼帽来防御和陷阱卡弱化青眼白龙的组合，总算击倒了第一只青眼白龙，也因为海马的入侵贝卡斯的电脑使得第二只青眼白龙也消失，然后对方亮出了第三只青眼白龙。游戏使用死者苏生使之前被打倒的青眼白龙复活，让青眼白龙对抗青眼白龙。

孔雀舞派遣硬汉龙崎去挑战城之内克也。面对龙崎的强大的龙族怪兽，城之内克也使用野蛮人1号和野蛮人2号开始反击。

龙崎得知城之内曾击败过孔雀舞，赌下自己的稀有卡“真红眼黑龙”和诚之内的“时间魔术师”。

夜间，幻影企业派来的狩猎决斗者打败了孔雀舞并夺取她的所有星星了。然后杀手挑战武藤游戏。决斗：武藤游戏VS黑暗决斗杀手

游戏使出“光之护封剑”把对方藏在暗处的怪兽全部暴露。 决斗：武藤游戏VS黑暗决斗杀手

消失的海马归来了，带着新开发的决斗盘前往决斗王国岛挑战贝卡斯，到达时遇到了游戏等人。决斗：海马濑人VS城之内克也

城之内被基斯等人拐到了某个洞穴里的墓场场地进行决斗。没有游戏等人帮助下，城之内开始决斗。 决斗：城之内克也VS鬼骨冢

面对骨冢的不死身的僵尸怪兽，即使时间魔术师、真红眼黑龙也被打倒。决斗：城之内克也VS鬼骨冢

洞穴的出口被基斯等人封住了。游戏等人寻找着其他出口，这时遇到了迷宫兄弟。决斗：武藤游戏&城之内克也VS迷宫兄弟

迷宫兄弟使用“迷宫的变化”使得城之内和游戏的怪兽被分开。迷宫兄弟瞄准了城之内！决斗：武藤游戏&城之内克也VS迷宫兄弟

迷宫兄弟召唤出最强的怪兽风、雷、水魔神。决斗：武藤游戏&城之内克也VS迷宫兄弟

离开迷宫的游戏等人开到了贝卡斯的城堡前方。这时海马濑人阻挡在他们歼面前。　　决斗：武藤游戏VS海马濑人

海马使用破坏卡组的战术，把游戏卡组中的强力怪兽全部破坏掉。另外，海马把3只青眼白龙融合，召唤出攻击力高达4500的青眼究极龙。决斗：武藤游戏VS海马濑人

游戏使用“栗子球”和“增殖”的战术封锁了海马的青眼究极龙的攻击，使用“猛犸的墓场”弱化青眼究极龙。眼看要被反败为胜，海马开始了轻生的举动。　　决斗：武藤游戏VS海马濑人

游戏败给了海马，星星全被取走了。这时孔雀舞出现在他们面前。　　决斗：真崎杏子VS孔雀舞

打败游戏的海马进入贝卡斯的城堡，使用新开发的决斗盘挑战贝卡斯，贝卡斯却要木马代替他决斗。　　决斗：海马濑人VS贝卡斯

拥有千年眼力量的贝卡斯能够读取海马心中所想，并夺取了海马的一只青眼白龙。这时贝卡斯打出了“卡通世界”。　　　　　　决斗：海马濑人VS贝卡斯

决战前夜，为了爷爷双六和海马兄弟，游戏发誓要打倒贝卡斯。本田为了探寻贝卡斯的秘密而在城中探索。夜间，城之内的参加决赛的卡被基斯被偷走了。

决胜淘汰赛开始了，第一战是游戏对战孔雀舞。面对孔雀舞的战术，游戏似乎走投无路。 决斗：武藤游戏VS孔雀舞

游戏终于破解了孔雀舞的战术，但面对孔雀舞场上的强力怪兽，只有召唤出混沌战士才能逆转。　　决斗：武藤游戏VS孔雀舞

淘汰赛第二轮，由城之内对战基斯，但是城之内的参赛资格卡片怎么都找不到。这时孔雀舞出现在城之内面前。决斗：城之内VS基斯·霍华德

城之内和基斯的决斗火热的进行着，贝卡斯洞察着二人代表着希望和绝望的两颗心。决斗：城之内VS基斯·霍华德

淘汰赛决赛。

淘汰赛决赛。

游戏终于迎来和贝卡斯决战的时刻，只要赢了贝卡斯，爷爷双六和海马兄弟的灵魂就会得到解放。本田不太相信贝卡斯会守诺言，决斗一个人去寻找海马兄弟。决斗：武藤游戏VS贝卡斯

游戏的策略全被贝卡斯识破，这时贝卡斯终于使出了“卡通世界”进一步打击游戏。本田在营救海马兄弟时遇到了阻拦，这时来帮助本田的是暗貘良。 决斗：武藤游戏VS贝卡斯

两个游戏不断地使出心灵交替破解贝卡斯的用千年眼洞察人心的战术。决斗：武藤游戏VS贝卡斯

破解了贝卡斯的卡通世界后，贝卡斯开启了“黑暗游戏”模式，意图以此磨损另一个游戏的体力。决斗：武藤游戏VS贝卡斯

游戏终于倒下了，只剩下暗游戏一人奋战。这时，杏子、本田、城之内然后游戏……4人的友情的纽带对抗黑暗的力量！ 决斗：武藤游戏VS贝卡斯

败北后的贝卡斯在房间里遇到了暗貘良。暗貘良的目标是贝卡斯所拥有的千年眼。

决斗者王国的战斗结束了，城之内把奖金拿到手，海马兄弟也平安重逢，住院的贝卡斯把一张名为“友情的羁绊（友情の绊）”卡寄给了游戏。恢复了意识的双六迎接游戏等人的回来。可是出现在双六面前的是仅12岁的全美冠军蕾贝卡……！武藤游戏VS蕾贝卡

决斗：武藤游戏VS蕾贝卡

海马公司的五巨头开发的这个决斗怪兽为基础的冒险游戏向海马发起挑战。海马的意识被数据化关在电脑世界里，只要游戏尚未通关，海马就一直在电脑世界徘徊。

为了营救海马，游戏、城之内、圭平也进入了“DM冒险游戏”的电脑世界。这时他们竟然遇到了孔雀舞。

游戏、城之内、孔雀舞、圭平乘飞机前往暗黑浮游城。迎击他们的是无数的怪物群。

双六的游戏店前新开张了一家游戏店，为此双六十分沮丧。同时，游戏班上来了一名神秘转学生——御伽龙儿。

新卡店的地下游戏场，为了帮助城之内，游戏接受了御伽的“怪兽龙门骰”挑战。御伽召唤出了大量怪兽；然而游戏召唤出来的怪兽只有1个，怪兽召唤变得困难成为劣势……。

御伽深信游戏使诈才会在决斗中赢了贝卡斯，为了守护那个名誉，只有在“怪兽龙门骰”打败游戏。游戏开始掌握““怪兽龙门骰””的诀窍，并且迅速理解其中深奥的妙趣。

游戏的场上已经没有可以召唤怪兽的场地。

决斗：武藤游戏VS基斯·霍华德