2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！

拯救太一和亚古兽危机的是小学五年级学生的石田大和。他和加鲁鲁兽一起比太一早一步进入了网络空间。大和知道美军的网络面临危险后，便比太一先一步赶往了现场。太一因为知道这里有其他人类少年后重新振作，一边和光子郎共享情报一边赶路。陷入失控状态的美军系统错误地启动了搭载导弹的核潜艇，进入了导弹发射状态。就在导弹来袭迫近中，太一与大和到达了网络空间内美军的系统，对阿耳戈兽进化后的究极体感到震惊。

太一与大和站在奥米加兽的两肩上。虽然阿耳戈兽究极体攻击了奥米加兽，但奥米加兽却毫发无伤并压制了对方，最终打倒了究极体。但是导弹仍然没有停止发射。太一与大和为了改变导弹的轨道，一起对数码暴龙机给奥米加兽传输力量。在奥米加兽将剑光释放到网络空间后，他们成功改变了导弹的轨道。然而导弹在上空爆炸，太一与大和受到冲击后，强制离开了网络空间。太一回到了在车站的光子郎的所在处。

太一和素娜受到神秘力量的指引，乘坐巴多拉兽来到了究极天使兽的神殿。到了神殿后，太一在神圣计划的帮助下，触发了瓦尔德兽临终前用最后一丝力量为被选召的孩子们留下的遗言。原来，在不久之前，黑暗力量侵袭数码宝贝世界。以各位天使系数码宝贝为首的光明力量为了守护数码宝贝世界，与黑暗力量发生了一场激烈的战斗，战斗异常激烈，太一脚下所站的神殿就是当时光明一方的最终阵地。 随着奥米茄兽的出现，战斗暂时结束。看着过去的记忆，无论是亚古兽还是比丘兽，都是泪流满面！不过危机并没有解除，不断有数码宝贝向他们发动攻击！在暴龙兽和巴多拉兽的帮助下，总算是度过危机。另外一边，光子郎也遭遇了袭击，而这一切的背后，就是黑暗系数码宝贝在搞鬼！ 甲虫兽和光子郎一度遭遇了非常危险的境地，他们被吞到了巨鲸兽的肚子里面，进入了一处未知的领域，光子郎此时还是非常镇定的，他立马就在搜集资料。甲虫兽此时对光子郎就非常崇拜，他表示自己快要迷上光子郎了……随着甲虫兽的进化，比多兽击败了敌人！

经过了激烈的战斗，大家都有点饿了，决定去找一些吃的东西。万万没想到的是，他们却被当作破坏者，被美美和数码宝贝巴鲁兽抓了起来。经过了一番解释，大家终于是解开误会！与此同时，光子郎告知大家现实世界情况更加严重，同时数码世界与现实世界时间并不对等！ 就在大家讨论的时候，奥加兽却带着他的小弟们发动了攻击。虽然暴龙兽，巴多拉兽战斗力不俗，敌过了多只数码宝贝，但美美和巴鲁兽却遇到危险。巴鲁兽拼命保护美美，却因为实力不足，差点就此消失。 美美其实是一个特别善良的女孩子，虽然表面上自称为是女王大人，但是内心却像十分的温柔。她所掌控的纯真徽章，让她可以相信任何可相信的人，并且不太想看到任何人的牺牲。在看到巴鲁兽为保护自己牺牲的时候，美美真的是十分难受。尤其是一虚一实的闪烁，意味着巴鲁兽就此消失。此时的美美也不想做女王陛下了，只希望自己的伙伴不再牺牲。关键时刻，美美女王流泪感动，仙人掌兽登场。再加上暴龙兽巴多拉兽的帮忙，奥加兽被折断一只角，终于是败退！

太一带两个妹子一起吃饭然后部署后续的作战计划，原本打算让巴多拉兽漂洋过海，结果半路遭遇到了墨鱼兽的攻击不幸坠落，这墨鱼兽攻击还挺猛的，这一招直接把比丘兽整整一话给打挂机了。多亏哥玛兽用鱼群大暴走这个必杀把众人救了回来，哥玛兽这个小技能初代表现本来就不多，主要还是没有水上的优势。 借此太一等人也遇到了年纪最大的城户丈，阿助算是把学霸的精神一直发扬到了现在，不但自己手造木屋，而且在流落到数码宝贝世界中也不忘记学习，分分秒秒都在读书和努力，就担心自己成绩被人赶超，还真的是代表诚实的徽章，就会说大实话。 在阿助劝不动一起冒险的情况下，不能就这样坐以待毙，所以哥玛兽提出了自己作为诱饵把墨鱼兽引上陆地，这样一来就能轻松将其击破了，结果作为诱饵的哥玛兽被重创。墨鱼兽实力非同小可，不但能缠住仙人掌兽，而且还能轻松弹开超级火焰，这战斗力有点太夸张了。借助感情的升华，海狮兽成功进化。不过可惜依旧不能完全打开战局，这墨鱼兽确实战斗力很虎，硬吃超级火焰、尖尖碰碰拳和鱼叉机关炮居然没有被做成轰炸大鱿鱼，也是厉害。

孩子们寻找着神圣数码宝贝的秘密，在大海中前行的他们，看到了一座小岛。原本以为是灯塔，却不曾想竟然遭遇了危机！坦克兽，齿轮兽还有金刚兽不断的攻击着孩子们，幸好阿和出现，暂时缓和了危机！ 因为过于担心大家，阿和决定独自行动，却不曾想遭遇了一重又一重的拦截。关键时刻，太一等人加入战场，帮助阿和掩护潜行！此时感受到了大家的友谊，阿和与加鲁鲁兽终于是爆发，击败了金刚兽！在城堡的内部，太一他们也发现了写着神圣数码宝贝秘密的遗迹！当太一一行人还离城堡老远，海狮兽还在海中赶路时，城堡的“探照灯”，日轮兽就发现了他们，更厉害的是，孩子们刚暴露在探照灯的灯光下，金刚兽的远程大炮就轰了过来，直接将海狮兽击沉。孩子们好不容易狼狈上了岸，结果一上岸由坦克兽组成的装甲部队早就在岸上等着他们，一轮大炮齐射将孩子们打得七零八落，天空中的巴多拉兽也成为了日轮兽和金刚兽的活靶子。炮火的密集覆盖体现了城堡的远程进攻能力，孩子们要想突破这密集的炮火已经实属不易，就算孩子们突破了炮火封锁来到了城门楼下，这里还有一只以力量著称的黑暗巨龙兽早就在这里等着孩子们的到来。要想突破暴龙系的黑暗巨龙兽，闯入城内，更是难上加难。

奥加兽仍然保存了亦正亦邪的本性，尽管是反派恶魔兽的部下，但它仍然有着身为战士的自尊。奥加兽在之前和暴龙兽的对决中输掉了，并且被暴龙兽折断了的右角，对它而言，角则代表着荣耀，因此，它要和暴龙兽进行再一次对决，打败暴龙兽，拿回属于自己的荣耀。因此，奥加兽并非完全把身心给出卖了，和第一部里的那只奥加兽一样，虽然和狮子兽互为宿敌，争斗不断，但在大是大非面前仍然会有自己的决断。奥加兽再次找到了太一，拦住了他们的去路，和暴龙兽再次发起战斗。与此同时，恶魔兽派出的其他爪牙也追了上来，核龙兽（病毒种）和一只完全体的金属巨龙兽。危急关头，光子郎带着比多兽也赶到了，可是对方的数目众多，而且全是成熟期的数码宝贝，仅凭他们五人太过吃力。身为亲儿子的太一与阿和分别让亚古兽、加布兽进化成了成熟体，可是，可怜的比高兽此前不止是连进化画面都没有，这次连瞬发进化的施法都被强行打断了，我大巴多拉兽连进化都不配了，只见弹幕满屏的都是“比丘兽哭晕在厕所”，“比丘兽没排面”之类的，为我小红鸡抱不平。战力上的悬殊，导致太一他们相当被动，不过此时奥加兽却用“霸王拳”击退了核龙兽们的进攻，这一举动让孩子们感到非常意外。奥加兽想的很简单，就是想和暴龙兽单挑而已，不爽自己的战斗被不速之客打扰，才会出手保护其他孩子吧，还是很暖的！不过，恶魔兽却因为它这一背叛行为而抛弃了它，派出了完全体的金属巨龙兽，一脚就把奥加兽给踩在了脚底，连唯一的左角也被折断了，对奥加兽的侮辱不言而喻，可以说是，彻底践踏了它的自尊。虽然感到愤怒，但是暴龙兽却也不太可能打败一个完全体，“１８分钟进化论”没有奏效，甚至被打回了成长期。穷途末路的时候，奥加兽再次站了出来，意识到自己被抛弃的事实后，它决定帮助孩子们逃走，不仅指出了他们原本毫无头绪的目的地，还以一己之力挡住了金属巨龙兽，为他们拖延时间。

在数码宝贝图鉴里找到了完全体的信息，金属巨龙兽，对于孩子们来说根本没有能力打败完全体。正当阿和与太一争吵不下时，亚古兽醒了，比丘兽等人也找来了食物。突然光子郎发现了森林的地图，并且通过恶鬼兽提示找到了大本营的位置。由太一和亚古兽引开敌人，其余的人前往大本营。太一这边依旧在尝试如何战胜金属巨龙兽，正当僵持不下时，太一的勇气让亚古兽超进化成机械暴龙兽，成功击败了金属巨龙兽。面对瘴气之河，众人决定缤纷两路前往大本营。

兵分两路的孩子们，太一、光子郎和美美一组，阿和、素娜和阿助一组。在沙漠中阿和一行人遇到了强大的完全体，毒蝎兽。将弹力兽送回家后，听说了狮子兽的事情阿和还是决定一个人前往大本营，阿助和素娜护送弹力兽去找狮子兽，但路途上遇到了蜻蜓兽和毒蝎兽。千钧一发之际，加鲁鲁兽超进化成为兽人加鲁鲁救了众人。光子郎在一处遗迹里发现了神秘信息，正当拍摄时美美不小心按到了墙壁上的开关，掉入了洞穴中。

掉下去后，遗迹没法正常连接信号，无法知道美美具体位置。迷失方向的美美被机械人兽袭击，千钧一发之际被守卫人兽救起，与此同时太一等人也下来找寻美美的踪迹。正当美美以为自己能搭乘电梯回到地面时，却被机械人兽再次发现，还好光子郎等人及时赶到拯救了美美，但是还是不及机械人兽，守卫兽为了救美美牺牲了自己。悲痛的美美留下了眼泪，仙人掌兽超进化为花仙兽，将机械人兽净化。简单的为守卫兽举行了葬礼后，众人又踏上了旅程。

幻蜂兽被胡蜂兽追赶，抓到炮蜂兽的身体里，大家为了救幻蜂兽分散开来，阿丈居然也被抓走了。阿空和阿和为了救阿助自愿被抓到炮蜂兽体内寻找阿助的下落。顺利逃脱后，阿空还是没办法放下幻蜂兽，准备前去救他们，面对炮蜂兽，阿空勇敢的带领比丘兽进化成迦楼罗兽，继续前往旅途。

袭击首都的大停电还在继续，情况不容乐观。在一片断壁残垣上，太一三人被楸型虫兽袭击，拥有锋利爪牙的楸型虫兽合伙袭击太一等人，正当三人以为快甩开楸型虫兽大队时，却中了圈套遇到了大楸型虫兽。被攻击的三人走散了，光子郎的电脑还是无法正常使用分析，独角仙兽鼓励他拥有比电脑更聪明的大脑，不要仅仅依靠电脑。在光子郎智慧徽章的能量下，独角仙兽超进化成为阿特拉独角仙兽，一击解决了敌人，也帮助了同伴解决了困难。

在雪原上，阿和三人面前出现了猛犸兽及雪人兽，猛犸兽引起了雪崩，阿空中了冰霜病毒无法行走，于是阿丈拖住了猛犸兽及雪人兽给阿和与阿空逃走的机会。但没一会阿丈被逼上了绝路，聪明的阿丈利用破坏落脚冰的方式暂时逃脱，本以为可以顺利过河，猛犸兽的急冻光线在河上架了一座桥，正当危急时刻，海狮兽进化为祖顿兽成功击败了敌人。最后太一一行人在沙漠中找到了出口，没想到走出来后居然是现实世界？！

三人回到“现实世界”，迫不及待的坐地铁回家，可是奇怪的是没有一个人注意到他们，并且地铁也坐不到终点。美美在地铁站里兜圈，累的气喘吁吁也找不到出路，突然妹妹发现一家杰克汉堡店，走进去后店员居然是奇怪的数码宝贝。误打误撞中太一发现了可以出去了方法，原来这里根本不是真正的现实世界，小光还在现实世界等着太一回来。在复眼兽的虚拟世界里，阿和一行人与太一会和，众人陷入苦战，本以为打败了复眼兽可以恢复正常，却没想到出现了新的敌人？

武之内素娜、泉光子郎、太刀川美美、城户丈等人因遭到恶魔兽的袭击，被丢回到东京的涩谷。另一边，遗留在沙漠中的太一与阿和遇到了巨大的阀门兽。阀门兽负责运输不知名的东西，运输队队长是牛人兽。牛人兽命令众多的兵卒兽攻击太一等人，这时数码抵抗军的首领狮子兽突然出现，对太一等人伸出援手，从沙漠中逃脱出来。但是听到狮子兽计划抢夺阀门兽运输的东西后，不惊想到是否这将会是与神圣数码兽相关的东西…

武之内素娜、泉光子郎、太刀川美美、城户丈等人因遭到恶魔兽的袭击，被丢回到东京的涩谷。另一边，遗留在沙漠中的太一与阿和遇到了巨大的阀门兽。阀门兽负责运输不知名的东西，运输队队长是牛人兽。牛人兽命令众多的兵卒兽攻击太一等人，这时数码抵抗军的首领狮子兽突然出现，对太一等人伸出援手，从沙漠中逃脱出来。但是听到狮子兽计划抢夺阀门兽运输的东西后，不惊想到是否这将会是与神圣数码兽相关的东西…

武之内素娜、泉光子郎、太刀川美美、城户丈等人因遭到恶魔兽的袭击，被丢回到东京的涩谷。另一边，遗留在沙漠中的太一与阿和遇到了巨大的阀门兽。阀门兽负责运输不知名的东西，运输队队长是牛人兽。牛人兽命令众多的兵卒兽攻击太一等人，这时数码抵抗军的首领狮子兽突然出现，对太一等人伸出援手，从沙漠中逃脱出来。但是听到狮子兽计划抢夺阀门兽运输的东西后，不惊想到是否这将会是与神圣数码兽相关的东西…

阿和的弟弟——高石岳，惊现在数码宝贝世界，但是却被黑鹰兽绑架了。 太一和阿和与伙伴数码兽拼命追逐黑鹰兽最终将阿岳解救下来，瞬息之间，太一和阿和却收到了来自黑鹰兽的致命攻击。就在这千钧一发之际，突然有一道闪光飞射而来…

突如其来的神秘数码兽——骷髅骑士兽把神圣数码兽的蛋抢走，为了追寻骷髅骑士兽，太一、阿和与阿武来到了被黑暗沼泽包围的令人毛骨悚然的塔下。就在阿武靠近这里时出现了一个巨大的洞穴，那里就是关押着神圣数码兽的地方。 也就是说他们到达一直寻找的地方。就在这时突然有一只身形像水虎一样的数码宝贝——激流兽，从沼泽中爬出来准备偷袭了太一等人…

阿岳为了夺回神圣数码兽的蛋，太一等人一直在追寻着骷髅骑士兽的身影。他们将看门的激流兽打倒后，决定潜入被瘴气沼泽包裹的要塞兽的铠甲上建造的城堡里。为了让神圣数码兽堕落进黑暗，使其成为自己的伙伴，骷髅骑士兽将数码蛋浸泡在瘴气之井中，原来这都是恶魔兽的计划。与此同时，身在现实世界中的伙伴，受到了因失去指挥系统的巨型油轮带来的危机…

在崩坏的要塞兽城上，太一和阿和与最凶恶的敌人——恶魔兽战斗。但是，恶魔攻击是变幻自在。这时，拼命阻止油轮暴走的光子郎他们发现了令人吃惊的事实。由于油轮的暴走引起的数码空间的混乱，给了恶魔兽无限的力量。在太一和阿和的面前，进化成更加凶恶的形态——新种恶魔兽。太一他们究竟要用什么方法才能打倒这个强大而压倒性的敌人…

看似好不容易打倒了的恶魔兽，成为但丁恶魔兽后袭来。与此同时，泉光子郎等人观看平板电脑，而得知世界各大海域的大型船只开始陆续暴走了起来。石田大和与兽人加鲁鲁兽一同向但丁恶魔兽展开猛攻却被打乱，八神太一更是被但丁恶魔兽给吞下。因为愤怒而迷失自我导致暴走的钢铁暴龙兽放射出了异样而又强力的光攻击，在倒下的大和身旁无法离开大和的弟弟——高石岳也陷入了危机当中。

原来数码世界的云端大陆是浮游大陆！太一等人都乘在从大陆的绿色往下掉落到空中的黄金乡兽(要塞兽)背上。黄金乡兽(要塞兽)与太一等人无计可施，眼见就要掉进广阔的大海中了。与此同时现实世界中，光子郎正在想方设法阻止世界各地所爆发的大型船只暴走。

从云端大陆掉下的太一等人，来到了新的土地。太一一行人在汪洋大海上前进，并目睹了野生的海龙兽吃掉并吸收掉野生的虾龙兽数据，进化为恶海龙兽的光景。被强大数码兽将弱小数码兽补食的弱肉强食的世界所震惊的太一一行人。恶海龙兽为了吃掉那样的太一等人而发起了袭击。另一边，在现实世界面对著船舶暴走事件的光子郎等人，采取了打倒狡诈兽以阻止暴走的作战。那个身姿，太一的妹妹小光在仔细地观察著。

小光突然出现在黄金乡兽。太一非常惊讶，小光也不知道该怎麼回答，似乎是被什麼人呼唤而来。另一边的现实世界，即便打倒了恶魔兽也没能停止世界的变异，新的威胁开始了。同时，即将发射的火箭因系统故障而误啟动导致了爆炸。大陆的上空放出了黑色的闪电。光子郎推测原因在於数码世界，继续分析......！ ？

散落到新大陆各地 又一次四分五散的孩子们，身处如果不能超越自身极限就不能生存的世界，为了再一次聚集，孩子们各自展开了生存之战，太一与亚古兽身处喷发大的火焰山，究竟能否战胜火山龙兽呢？

太一等人因为天使兽和黑暗骑士兽激战的影响而分离，为了与同伴汇合而前进着。在这种情况下，太一和亚古兽追着被骷髅骑士兽带走的妹妹光进入丛林，遇到了不喜欢战斗的朽木兽等数码兽。在那里，被凶暴的坦克龙兽袭击的百万龙兽和巨龙兽，丛林被火焰包围。为了拯救栖息在丛林中的数码兽们，太一和亚古兽前往坦克龙兽的军团。太一等人与大军展开苦战。

太一他们带着和平生活的朽木兽们，逃出了被烧毁的丛林。但是，剩下的敌人开始追击。为了让大家安全逃脱，太一和机械暴龙兽决定自己去寻找。太一和机械暴龙兽把敌人吸引到自己身上，这时新的敌人鹦鹉兽出现了。总算是演了势均力敌的战斗，不过，鹦鹉兽接受了来自上空的黑色闪电，变成了究极体的十字兽。

战斗暴龙兽的进化，唤醒了黑大耳兽曾经的在古代被封存的记忆。曾经黑大耳兽率领的光之军，在古代战争中受到来势汹汹的千年兽的威胁，千年兽被称为是率领暗之军的最终兵器，是邪恶而强大的数码宝贝。千年兽虽然被神兽型数码宝贝和究极体六战士打败，但如今正在复苏。为了阻止他的复活，八神太一他们开始了新的战斗。

在宽广的草原中，被獠牙兽追赶的阿武和巴达兽，与骑在可蒙犬兽的太一会合，被他所救。巴达兽因与黑暗骑士兽战斗有所消耗，所以无法进化成天使兽。但是再次骑着可蒙犬兽出发的太一他们，遇到了率领着两个獠牙兽的巨大的沙路比兽。獠牙兽的快速攻击和沙路比兽强大的地狱火焰释放着骇人的威力，可蒙犬兽暴走，无论如何都要甩掉它们。机械暴龙兽和伽楼达兽也向敌人攻击，但是......

另一个神圣数码宝贝的搭档是小光，为了从黑暗骑士手里救出她，太一继续战斗着。正当他们终于再次与小光和黑暗骑士兽见面时，太一发起了战斗。但是，小光没有握住前来救她的太一的手，似乎心甘 情愿地被黑暗骑士兽吸收了......

八个被选中的孩子和八个数码宝贝终于聚在一起了。觉醒的迪路兽表现得像小光的骑士，命令可蒙犬兽立即赶往千年兽的土地-富尔加。在他们奔向富尔加的途中，可蒙犬兽骑着汹涌的洋流在水中穿行。沿途，他们参观了一座巨大的水下城市，这里生活着海天使兽和其他水上数码宝贝。危险正在逼近水下城市。似乎是千年复兴的标志，数码兽们开始变得暴力起来。

太一等人按照海天使兽给的路线前往海底的封印之地法加。在海底洞穴中的刺针兽和龙虾兽突然袭击而来，好不容易穿过山洞后，出现了古代遗迹般“被遗弃的城堡”。弥漫的黑雾里，太一等人被瞄准攻击，并且对迪路兽传来“落入黑暗”的声音。在城堡的最深处，可怕的敌人海魔兽等待着他们。另一方面，现实世界的国际宇宙空间站开始向东京坠落......

SS国际宇宙空间站直击东京的过程中，光子郎终于发现了回避策略。如果从存在于歪斜空间的特异点狙击落下中的ISS的话，也许就能改变那个轨道。但是这个机会只有一次。与太一等人汇合的光子郎，都对着一个或几个不同的空间的狙击这个难度作战挑战。但是在特殊点的上空，敌人的攻击更加激烈，在时间紧迫的情况下他们进退两难。“光子郎，你来狙击！”虽然全部都委托给了光子郎，但是……。

太一和他的小伙伴们继续进行属于他们的旅程，太一和素娜打算找点吃的，结果不小心掉到了河中被卷走了。幸运的是他们来到了美美现在所在的地方。美美有一大批高力兽和矿石兽作为手下，据说一个数码兽在强迫和平的矿石兽工作，并保存了所有挖掘出来的宝石，太一和素娜等人听到这个消息决定消灭这只数码兽。

梅菲斯兽用奇怪的动作和咒语控制了虚弱的数码宝贝，其真正的目的是想要将其献给千年兽作为养料，加布兽出于好心试图阻止，但不过很可惜不敌对手战败被俘。阿和现在还没有和太一等人会和，不过机缘巧合遇到了阿助和哥玛兽，三人决定了营救加布兽的计划。目前加布兽被囚禁在悬崖顶上，想要救加布兽，阿和必须要攀爬危险的悬崖。

全新的数码宝贝土豆兽登场，整个地区都是土豆兽的地盘，汉堡兽用美味的汉堡和薯条招待客人。因为同样对炸薯条感兴趣的阿助和土豆兽聊得非常开心，然而当土豆兽看到被扔到地上的炸薯条后，愤怒的情绪让其进化，当时就陷入了暴走的状态。

被热带兽当成水果的太一和亚古兽，以及与超高速的热带兽陷入苦战的空和比丘兽。足球部的绝对王牌——太一和空的必杀组合射门，能打败热带兽吗？

出去寻找食物的石田大和与高石岳兄弟，在大雾的情况下，走进了只有数码宝贝的游乐园“数码兽主题公园”，并且迷路了。大和与阿岳为了陪没有客人来而很寂寞的导游负鼠兽，决定在这里玩一玩。但是，这是负鼠兽组织的恐怖圈套。大和和阿岳被分开，各自跟敌人展开战斗。两个人能平安无事的逃出“数码兽主题公园”吗？！

可蒙犬兽降下来，前往附近探索的太一和亚古兽、泉光子郎和甲虫兽，在看到眼前广阔的垃圾场都被吓了一跳。然后，在这里遇到了垃圾桶兽，芝麻兽和烂泥兽，它们的存在也让太一他们很吃惊。烂泥兽是什么都吃的怪物。继续进行黑色能量研究的科学家垃圾桶兽，因为对烂泥兽的研究而失去众多芝麻兽部下，燃起了复仇的火焰，开发了对烂泥兽使用的特殊火箭。但是一旦对烂泥兽的攻击和火箭炮没有用的话，这个地方充满的黑色能量将会被它吸收。烂泥兽也进化成稀有烂泥兽对他们进行袭击。就在命悬一刻的时候，光子郎想出一个作战方法。

太一等人到访的森林里突然响起了高音量的歌声。声音的主人是一边弹电吉他一边唱歌的猿猴兽。在那里，两个认为自己是最强数码兽的猿猴兽和火山兽互不让步，围绕着数码兽之王的宝座持续争斗着。不知为何袭击过来的猿猴兽和火山兽他们认为打倒太一等人的数码兽就是数码兽之王。在歌声的攻击后，亚古兽等人做出奇怪的行动而变得无力的情况下，美美和巴鲁兽与猿猴兽他们对抗。

在谜一样的DIM卡中记录的数据中，太一他们解析得到了前往法加的道路。在寸草不生的荒野中奔跑，注意到的时候已经骑上了背上拥有巨大森林的数码兽花龙兽的背上。被称为“森林的守护者”的花龙兽，虽然在与使森林枯萎的敌人的战斗中遍体鳞伤，但为了完成自己的使命而前进。依偎在这样的花龙兽上的小光，尊重勉强战斗的花龙兽的骄傲，希望帮忙的光和迪路兽，真的能保护森林吗?

在以富尔加为目的地的旅途中，太一等人终于到达了被抛弃的旧赛场。那里有一位叫音速兽的前赛车选手，至今仍一个人孤独地跑着马拉松。热爱奔跑的加鲁鲁兽载着搭档石田大和，向音速兽挑战胜负。于是音速兽在行驶中，对加鲁鲁兽发动了危险的攻击。这是曾经很流行的“ Tessles”规则，开车时所有的攻击都可以。 但是，听到过去的音速兽是干净赛车手传闻的加鲁鲁兽，提出要进行纯粹的速度比赛。

在继续旅行的太一他们面前，突然出现了一个令人毛骨悚然的数码兽十数兽。因为十数兽放出的奇怪的光芒，太一他们被吸入了体内。十数兽的内部变成了一个不可思议的空间，太一一他们散落在地上，至今为止打倒了无数的数码兽们向他们袭来。不管是消灭再消灭，敌方数码兽都会复活。此外，大和的弟弟高石岳和搭档巴达兽会和因缘很深的恶魔兽见面。

围绕着荒野水源展开激烈争斗的两个数码兽军团，将丈和哥玛兽分别抓走。为了救出亚古兽而独自行动的太一，与称为“水源看守人”的老兵稻草人兽同行。稻草人兽曾经为了守护水源的和平而战，却败下阵来。由于两个数码兽军团为了独占水源而激烈争斗，水源周围一片荒芜。太一听说了稻草人兽的事情后，向两队敌人宣称“一起摧毁它吧！”到底太一的作战计划是什么呢......

太一一行人到达富尔加，却遭遇了恶毒的究极体数码兽无限龙兽。它吸收了比丘兽、巴鲁兽和哥玛兽的数据，使他们无法作战。与此同时，太一收到了来自狮子兽的信息，他正在黄金乡兽上旅行，同时为难民数码兽提供住处：“奇怪的事情正在发生！云端大陆要塌了！”没过多久，连钢铁加鲁鲁的数据都被吸收了，他无法战斗。无限龙兽以其其强大的无限大炮对孩子们和搭档数码兽予以最后一击。太一和战斗暴龙兽冒着生命危险在无限龙兽的冲击下保护着大家。

大和、空和光子郎试图阻止千年兽的复活，但狮鹫兽攻击了钢铁加鲁鲁，这超出了他们的控制。当太一的妹妹小光陷入绝望时，美美试图安慰她。但是小光失去太一深感悲痛。

在千年兽的狂怒中，小光和其他被选中的孩子们不知道太一和战斗暴龙兽是死是活，但他们选择相信自己还活着并战斗。当数码世界即将被黑暗包围的时候，所有的数字世界都在为和平祈祷，唤醒了一场没有人预测到的进化。