以ROBO-ONE第一名为目标，秋穗找出当年机器人社赢得ROBO-ONE的作品、挂名荣誉社长的机器人“种子岛机器3号”，但却因为太老旧而无法使用。秋穗努力地克服障碍、终于改装好“种子岛机器3号改”，但又遇到了新的障碍：操作方式太过复杂。此时，因为连续几天太过拼命、疲惫过度的秋穗旧疾发作了‧‧‧

终于到了ROBO-ONE当天。搭载基尔巴莱操作系统的种子岛机器三号机改一路过关斩将到决赛。最后的对手是在大会中二连霸的神秘面具参赛者“Mr.昴宿星”。但因为连日熬夜，身体状况不佳，海翔在比赛中处于绝对的劣势‧‧‧

秋穗为了进行钢制造1号的计划，向JAXA种子岛宇宙中心要求协助却被拒绝。昴也分析钢制造1号的设计已经过时不能继续下去，然而秋穗还是坚持要完成。不顾努力奔走的秋穗，昴竟询问海翔是否有一起组队参加ROBO-ONE世界大赛的意愿。

海翔在宇宙之丘公园中看到、从口袋电脑一闪而逝的少女幽灵，在学校也有诸多传闻。海翔请对都市传说十分熟悉的淳和带他一起寻找岛上的传闻地点。夜里，海翔再度听到少女的声音，於是潜入已废弃的南种子岛乡土馆。在那里，他见到了透过「居尔夫。」的AR APP才能看到的少女「爱理」。

淳和及芙拉加入了机器人社。昴为了参加ROBO-ONE世界大赛调整M45、秋穂则是为了钢制作一号筹措资金，海翔调查君岛报告，大家各自过著忙碌的日子。某日，被家里禁止玩机器人的昴，在为M45进行基尔巴莱系统运用测试时被父亲宏武发现了。

昴开始不再来学校，秋穗正为此焦急时，海翔为了履行与芙拉的交换条件而来到她的房间，得知她的母亲就是钢巴雷尔的动画导演、以及最终回的相关事件。隔天，依然向学校请假的昴来到了维修棚，表示要协助建造机器人。此时，一名神秘女性出现‧‧‧？

神秘女性其实是JAXA职员天王寺綯。綯说JAXA计画愿意协助制造机器人的计画，但希望能够做出其他机器人参展万博，没想到秋穗竟回覆了令人意想不到的内容。另外，海翔从爱理那边听说君岛报告总共有7份，为了要拿到NO.2，他在台风来袭时爬上乡土馆铁塔上的雷达穹顶。

为了庆祝钢制作一号即将完工，机器人社来到斗阵冲祭典。海翔去邀芙拉参加，却被抓去扫外挂玩家。秋穗也寄信向美纱希报告钢制作一号即将完成。到了正式启动的日子，在聚集而来的众多观众的面前，终於要开始测试钢制作一号了‧‧‧

在宇宙之丘公园玩游戏时，海翔的身边落下了磁单极。机器人社再次受到JAXA的邀约，执著於钢制作1号的秋穗与希望制造新机器人的昴再次对立，连想找博士商量钢制作2号也吃了闭门羹。秋穗虽然失望，却也因此回到原点，找回想制作机器人的初衷。

海翔和芙拉一起持续调查君岛报告。一面持续达成彷佛整人般的指标旗条件，一面扫除外挂玩家。但扫外挂的过程中系统却感染了病毒。在此同时，东京爆发了动力服失控的事故。秋穗通知海翔传说中的钢巴雷尔最後一集有画面流出，最後一集的内容十分惊人‧‧‧

海翔想找出美纱希和君岛皓之间的关联，持续寻找君岛报告。此时他们得知博士病倒了。淳和前往探病，却被拒绝。博士决定关掉机器人诊所，淳和也要退出机器人社。秋穗决定要将机器人诊所中尘封的旧机器人全部修复，让博士打起精神。

在博士及JAXA的协助下，钢制作2号的进度十分顺利。芙拉在调查流出的钢巴雷尔最後一集的影像时，从截取出的影像中找到母亲留下的讯息。君岛报告的真实性愈来愈高，海翔急著想要完成所有的隐藏条件，这时传来关东地区受到太阳风报袭击的新闻画面‧‧‧。

因为太阳风暴的影响，东京陷入大停电。在混乱中，管理系统被入侵的机器人们失去控制开始暴走。芙拉也因为推波被入侵所留下的假留言，被警方怀疑是机器人事件的主谋。海翔发现要阻止这件事，只能使用基尔巴莱战胜对手‧‧‧。

太阳风暴袭卷以来，「居尔夫。」频频出现问题，官方决定在12月24日进行大规模维护。爱理很有可能会被当成BUG删除。一旦爱理消失後，也不可能继续找君岛报告了。但爱理本身好像还不知道这件事‧‧‧此时海翔在爱理的带领下，来到了一个地方。

钢制作2号终於完成来到了测试阶段。但种子岛JAXA却决定睽违五年要再次发射火箭，原本借给机器人社的场地必须回收。机器人社於是将钢制作2号移至机棚进行测试‧‧‧另外，海翔独自寻找最後的君岛报告，在门仓岬发现了报告No.7。此时瑞榎突然出现在他眼前‧‧‧

因为昴的事故，太空糖公司和JAXA都中止了对机器人社的支援，学校也决定废社，并将钢制作2号解体。在秋穗烦恼的同时，海翔也对於是否要下载最後一份君岛报告感到犹豫。来到瑞榎出事的海岸，突然出现一个人，询问他有关君岛皓的事‧‧‧‧‧‧。钢制作2号解体的日子，回到只有两人的机器人社，秋穗对海翔做出了宣言。

带著钢制作2号一同来到东京万博的秋穗和海翔得知美纱希也会来到会场，秋穗想到能够让许久不见的姊姊看到完成的钢制作2号就十分兴奋，海翔却对此感到不安。万博终於开始了，然而以钢巴雷尔为原型的钢制作2号却被批评，受到众人唾弃。

美纱希操控SUMERAGI开始破坏万博会场。秋穗为了阻止姊姊启动了钢制作2号。此时居尔夫。上正播放著因大规模的太阳风暴到达东京导致万博会场沉入水中、并且全世界都引发停电的影像。海翔从泽田口中听到银莲花号事件的真相、以及君岛皓真正的目的，也得知出现在万博会场的美纱希只是AR虚拟的影像。

为了想要向美纱希确认真相，秋穗和海翔前往调布机场准备回种子岛。然而在机场等著他们的是被君岛皓控制的爱理。君岛皓入侵美纱希的意识操控她的行动。得知这点的秋穗，向君岛皓确认姊姊是否还喜欢机器人。充彦将此景传送到网路直播，在种子岛上，已经解散的机器人社社员们再次集合。

机器人社员和藤田、种子岛居民们在机棚着手进行钢制作1号的改造工程。同时，海翔则是为了研究泽田交付的肉眼可见AR的电磁波照射装置，前往与君岛皓关系匪浅的旧乡土馆。海翔按下装置按钮后引发了慢速。而遵从君岛皓的命令的GEZI姐也出现在他们面前‧‧‧

决战时刻终于来临。海翔操控的超级钢制作1号来到美纱希等人占领的JAXA火箭发射场。带着众人的思绪与期盼，尤其是秋穗对姊姊的思念，美纱希能不能够感受到呢‧‧‧‧‧‧