花店老板纪嘉儿是《医妃难囚》的死忠粉，在看过第一季后对结局不甘心，于是再度创作，将纪纤云重新送回过去与夫君亓凌霄在一起，但因第一季纪纤云在网文中已被写死，所以纪嘉儿另辟蹊径，脑洞大开，将纪纤云穿到了另一幅容貌的兰若溪身上。 此时剧中纪纤云如愿回到古代，从高空坠落，惊喜地发现自己被太子亓凌霄接入了怀中，亓凌霄却嫌恶地把她扔在地上，她说自己是纪纤云，战王之子亓凌云却在一旁呼唤自己为“兰若溪”，并让自己放开太子殿下。纪纤云这才明白原来的自己已死，她不得已穿越到了另一人身上。 眼见亓凌霄要把兰若溪抓起来，亓凌云连忙上前求情，表示她是自己带回来专程为皇亲国戚诊病，自己举荐多次，今日是云医馆考试之日，望亓凌霄能再给她一次机会。亓凌霄很不情愿的收回成命，命她先通过了云医馆考核，再从长计议。亓凌云连声应下，拉着兰若溪退下。她此时才看到倾城也站在亓凌霄身边。

纳兰百川如数家珍地拿出纪纤云的行医之物向兰若溪展示，如纪纤云第一次给亓凌霄做手术时的手术刀、口罩、手套等。纳兰百川认为她一定不知道这些物品都有何用，而兰若溪竟能将这些物品的用法一一说出，纳兰百川这才对她有了一丝亲近。兰若溪与纳兰百川交谈得知自己“纪纤云”的身份竟已经成了传奇名医，不由飘飘然，并立志要勤学苦思，将精力倾注于医学，再次成为名医。 纳兰百川告诉她，她虽进云医馆，却只是得令医女，云医馆从低到高分为得令医女（医官）、主德医女（医官）、掌令医女（医官）、掌监医女（医官），纳兰说她还有很长的路要走，得令如字面意思就是无开方权，只能辅助其他太医诊治。兰若溪便立下誓言十五天内便能晋升到掌监。

兰若溪来找纳兰百川，希望纳兰百川可以举荐自己。纳兰百川告诉兰若溪，多分享点纪纤云的信息，自己就举荐她。兰若溪滔滔不绝地讲了不少，甚至把自己当年的糗事也一并说出，纳兰百川坚决不信，说她说的都是偶像的假消息。但依然举荐了医术确实高超的兰若溪。 兰若溪和芍药等一众医女一同参加选拔考试，此次考试需一关一关通过，第一关诊病开方，每一个参加考试的医女都配有一个掌令医官监考，开错药方者——“不通”。第二关是抓药煎药，抓错药、火候不对者——“不通”。第三关是辨症补方，主考官写出一副缺了一味药的方子，让药童抓药给每个人分发，众人根据这方子猜出患者病情，并补足方子中所缺的药品。其实主考官纳兰百川开的是黎芦甘草汤，芍药再次给兰若溪的药里动手脚，引开药童给兰若溪的药中加入了藜芦的禁忌药——人参。兰若溪其实在上次被陷害事件后很谨慎，发现了药中的不对之处，所以默默加了五灵脂，一加一减两药中和，所以兰若溪与芍药均在通过者名单中，芍药却气急败坏说医官偏袒，众人不解，芍药让众人看看药方，指出人参一事。可亓凌霄反问芍药怎会。

纳兰百川决定出宫寻找解蛊灵药，外出期间由兰若溪代替纳兰为皇上诊脉。 倾城本因纪纤云的死伤心，却也对亓凌霄的爱意重新有了希望。她想再试一次，再为自己的爱情争取一次。亓凌霄在宫中窗前又发现酷似纪纤云的女人身影，认为是纪纤云魂魄，不肯关窗，兰若溪内心焦急，认为此事有蹊跷，向亓凌霄谨言鬼魅之说不可信，亓凌霄更加生气。 一日兰若溪在向皇上问诊后，走到花园，发现亓凌霄正在练自己教的瑜伽，便走向前去，亓凌霄睁开眼又看到兰若溪的脸正欲发作，兰若溪说到除了瑜伽可以舒筋活络，还有其他强身健体之功如瑜伽等，只要亓凌霄愿意，她尽数可以传授，亓凌霄看着兰若溪说出“瑜伽”时的神情与自己心爱的纪纤云有说不出的相似，微微一怔有些出神，面前的人与纪纤云的脸叠在一起，他却又立马转怒，加上倾城的阻挠，亓凌霄愤怒甩开兰若溪的手。

影卫发现兰若溪行踪有诡异之处，每日密会亓凌云，将此事向倾城禀报。倾城猜测兰若溪与亓凌云关系非同寻常，觉得兰若溪是水性杨花之女，一方面勾引亓凌霄，一方面又和亓凌云私会。 亓凌霄自上次瑜伽事件后会躲着兰若溪。如果遇见兰若溪，亓凌霄看见了会突然调转方向走到别的路上去，任何人在亓凌霄面前夸新来的掌令医女兰若溪医术好，冥王脸都会沉下来。顾西风回到云医馆为皇上治病。在他与兰若溪交代制药时，兰若溪的言行举止令顾西风产生了似曾相识之感。兰若溪有了失败的经验，这次不再主动言明自己是纪纤云，但在相处中，却让他看到他和纪纤云之间发生的种种细节，比如兰若溪仿制出的现代医学设备。

纳兰百川见到唯一一个与纪纤云合作手术的男大夫顾西风，本就已醋劲大发，又见兰若溪和他相处甚欢，更是不爽。在街上灯会时，纳兰故意刁难西风，出了一道上联，本想难住顾西风，没想到顾西风反倒将了纳兰一军。纳兰百川心有不甘，便以切磋医术为名再次发起挑战，没想到一向心细的顾西风在这次比试中更胜一筹。 此时的顾西风想帮兰若溪一把，来到亓凌霄身边，以游历见闻为契机，讲他见了一个重生的故事，亓凌霄并非完全不信，甚至告诉顾西风现在就出现了一个与纤云神态酷似之人，但她越是像，就越不愿相信自己深爱的女人会变成另外一个陌生人。当夜亓凌霄拉顾西风大醉了一场。醉后，兰若溪默默照顾亓凌霄，并突然抓着她的手问她到底是谁，从哪里来，接近自己有何目的，兰若溪仓皇不知如何回答时，冥王却又睡倒，拉着她的手叫了纤云。 倾城得知亓凌霄与兰若溪关系似乎有进展，大为恼火，未免顾西风在当中有意撮合，便命木槿时刻关注顾西风的动向，如果顾西风和亓凌霄私下解除，一定要及时禀报。 在若溪的诊治下，皇上的病情逐渐好转，若溪变向皇上提出想每日为宫中嫔妃和。

倾城得知兰若溪经常私下与亓凌云私会，便故意引亓凌霄去现捉二人密会。亓凌霄本是内心吃醋却又不愿承认，有些生气，倾城却借机认为医女不守宫规与皇亲私会。亓凌云为兰若溪辩解，兰若溪其实是为了冥王健康，做了一个新奇之物。今日做成，并带着众人去看。 众人发现是一块从来没见过的透明材质的物体，实质是兰若溪通过自己的现代知识制作了一块玻璃。兰若溪命人安装在亓凌霄寝宫的窗前这样既能挡风又能看着窗外，倾城只好作罢，冥王虽知道兰若溪是关心自己，却表面不为所动。兰若溪本来很高兴的为亓凌霄解决了问题，看亓凌霄依然冷若冰霜，有点心伤。 顾西风告诉兰若溪，现在只是要制造更多证据就能让亓凌霄相信，她就是纪纤云。而在宫中这段日子总有一名行为举止异常奇怪的人与兰若溪有意碰面，并对暗号，兰若溪一头雾水，其实此人正是南炎暗卫小六子。

兰若溪在宫中除了为皇上诊病，不再来看亓凌霄。闲了的时候就和明月出宫。亓凌霄看不到兰若溪竟有些不适应。明月想拉兰若溪一起去卖面膜，待到云医馆时，却正见到一个麻风病人正在大闹医馆。兰若溪出面安抚了病人，并亲自为她医治。 这日，亓凌霄和亓凌云恰巧来到云医馆，从亓凌云口中，亓凌霄得知了兰若溪救治麻风病人之事，因麻风病传染性强，亓凌霄因担心兰若溪被感染，但又不愿直接表达，变呵斥了兰若溪，说怕她传染给皇上。引得兰若溪也发了怒，二人争吵起来。亓凌霄一气之下要暂停她御前医官的职能工作，兰若溪正在气头上也不肯服软，当即同意。亓凌霄一时间哑口无言。兰若溪心想既然云医馆不留我，就自己去街上为百姓义诊。随即便在街上开了一家义诊铺，百姓闻风而来，消息很快就传开了。

来找兰若溪义诊的人络绎不绝，小六子想要与兰若溪接头未果，兰若溪因体力不支病倒，送回战王府休息时，小六子终于成功与她接上头。小六子问她为什么这么久不传消息，任务办得怎么样了，兰若溪听懵了，含混带过，一番套话，这才发现自己原来的身体竟是南炎派来东临的间谍。南炎和东临的摩擦逐渐升温，她的任务是要利用与战王之子亓凌云培养的关系偷到布兵图，并且尽快带回流落在东临国的二殿下热布风巽。兰若溪胡乱答应，小六子慌乱中塞给兰若溪一个口哨已做联系用途。这信息量让兰若溪一时有些招架不住，决定除了日常的必须行动，都不再走出自己的房间。因为她完全不知道该怎么面对她爱的人。 亓凌云听闻她身体不适，频繁前来询问情况关心兰若溪，那一番情真意切让兰若溪心中颇为难受，心想不管原来的兰若溪如何设计利用他，自己以后一定真心相待，绝不能做对不起他的事。

倾城得知亓凌霄昨夜去战王府看望兰若溪后，决定让兰若溪暴露她南炎暗卫的身份。于是派人假装南炎刺客来偷取兵防图。混战中，兰若溪差点受伤，亓凌霄大怒之下厮杀起来，刺客节节败退，但亓凌霄还是一时不防被刺客伤到了手臂。一番缠斗后，刺客尽数伏诛，从他们身上发现了南炎的痕迹，亓凌云料定是热布哈迪派人所为。亓凌霄伤情严重，兰若溪带着他火速赶往云医馆，准备手术。 在纳兰百川、顾西风的辅助下，兰若溪熟练地给亓凌霄做了手术，似曾相识的手术过程，终于让亓凌霄确认兰若溪就是纪纤云。他比了个曾经纪纤云最喜欢比的“V”字手势，想让兰若溪明白，自己已经认出了她。但兰若溪只顾手术，并无暇顾及亓凌霄的用意。 术后，兰若溪陪在亓凌霄床边休息，他轻吻了兰若溪的手。兰若溪醒来，发现亓凌霄像变了一个人，对她极尽温存，甚至还向她表了白。兰若溪却误以为冥亓凌霄移情别恋，喜欢上了“兰若溪”这个人，自己吃起了自己的醋。

顾西风、纳兰百川都不相信兰若溪会是南炎细作，纷纷前去大牢探视。亓凌云也想前去，只是身处案中，瓜田李下，只好拜托门卫给兰若溪带些东西过去，并且写了很多甜信送给兰若溪，兰若溪每次读的都头皮发麻。但是兰若溪经常也会收到自己爱吃的玉容膏和用的很顺手的物件，一开始以为是亓凌云，后来发现送这些东西时却都没有了甜信。 亓凌霄苦于不能暴露，又恼于一堆别的男人在她面前殷勤，下令把兰若溪单独关押，但因为纳兰百川在兰若溪被抓后要帮兰若溪诊治她对接的皇亲国戚，所以只允许纳兰百川探视。兰若溪误以为亓凌霄不相信自己，伤心不已。亓凌霄派了重兵守卫牢狱。 明月来到大牢，想杀兰若溪为端木寒报仇，兰若溪控制住了明月，向她保证自己没有做过伤害她们的事，明月最终选择了再相信她一次，并且透露自己觉得兰若溪就是纪纤云，希望这次没有信错人。

亓凌云一看亓凌霄将兰若溪看关得更严格，似乎动了杀机，对亓凌霄求情，亓凌霄冷言拒绝，亓凌云与其反目，准备劫狱。 倾城看亓凌霄拒绝了亓凌云，还与他争吵闹翻，很是开心。激动过后又陷入纠结，原来，她原本已与热布哈迪结盟，兵防图正是她派人盗走送给热布哈迪的，现如今，如果她有希望成为太子妃，就不能留把柄在热布哈迪手中。倾城召集了所有影卫，要求他们不惜一切代价杀掉所有知道他们结盟内情的人，包括热布哈迪。影卫倾巢出动后，倾城幻想着和亓凌霄成亲的场景，却不想，亓凌霄已将她的行动看得一清二楚。当亓凌霄掌握所有证据后当面拆穿倾城，因顾忌其身份特殊，关系到东临与楼塞的关系，便将其关在屋内，不得外出。

纳兰百川向兰若溪求证后，确认她真的是纪纤云，一时失魂落魄，但看到她娇憨可爱的样子，却又释然，确认她真的是她。 明月心结始终未解，纳兰百川前来安抚她时，得知她决意去刺杀热布哈迪复仇，纳兰百川一时傻了。明月努力练剑，纳兰百川百劝未果，怒喝问她如果端木寒在会希望她怎样，在纳兰百川的劝告下，明月终于痛哭失声，放弃了复仇。 亓凌云求见，最终再问亓凌霄是否真的相信兰若溪，亓凌霄表示一直相信，亓凌云让他发誓会对兰若溪一心一意，一生一世，亓凌云甘愿放弃兰若溪。亓凌霄允诺。 此时亓凌霄向父皇表明心迹，请求赐婚，老皇上欣然应允。两人终于难得甜蜜地聚在了一起，兰若溪来了兴致，要教凌霄一个新鲜的玩意，让他跳女团舞，他笨拙地边唱边跳“pick me pick me up”，逗得兰若溪捧腹大笑。

亓凌霄对于倾城的死感觉有些蹊跷，但却没有证据。纳兰百川来找兰若溪，表情有些神秘，似不想让旁人知道他的此行目的，问了兰若溪一种奇怪的病，同一个人白天杀伐果断，夜晚却悲哭不止。兰若溪感觉像双重人格，但并不能确定。纳兰百川又千叮咛万嘱咐让兰若溪不要和别人说他问过此事。 纳兰百川和兰若溪一起治病时，小六子暗中出现，无奈地奉旨暗杀兰若溪，被纳兰百川发现，追出门去，却被小六子认出纳兰竟是南炎二殿下。纳兰百川假称有秘密任务要交给兰若溪，保住了她的命。 此时有人朝兰若溪的汤中下毒，但亓凌霄阴差阳错地喝了汤中了毒。兰若溪连忙为他解毒，石艮派人四处搜查，在纳兰百川的房中发现了“仁王 热布风巽”的腰牌，纳兰百川身份被揭开，虽百般辩解不是他所为，但还是被押入了大牢。 南炎世子热布哈迪得知二弟被抓，与楼塞结盟，率骑兵闪电出击，以迅雷不及掩耳之势攻入东临，围住了东临皇城。