游城十代在去参加高校的入学考试途中，遇到了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得了一张卡片。十代到达考场时已经迟到，而库洛诺斯教授却因十代的记录成绩不好而拒绝补考。十代与库洛诺斯的决斗开始了，库洛诺斯的稀有卡“古代机械巨人”有着3000的攻击力，十代受到了重创。在最后关头，十代感到了卡片传来的声音，那是从游戏手中得来的卡 “羽翼栗子球”……。在最后十代终于打败了库洛诺斯进入了游戏学院

决斗学园的生活开始了，十代被分配到了一个叫奥斯里斯·红的宿舍，这里是所谓的劣等生的聚集地。十代与住在奥比利斯·蓝宿舍的优等生万丈目发生口角，约定在深夜以卡片作为赌注决斗。十代与万丈目的决斗开始了，因为没有注意到万丈目的夺取对方融合怪物控制权的战术，十代陷入了被自己的主力怪物攻击的危险境地。最后十代抽到了一张卡，露出了笑容。可是这场决斗还是没有分出胜负。

库洛诺斯教授假借明日香的对十代设下陷阱，想让他变成偷看女生的色狼好被赶出学校，但是翔却上当了。为了救回被困在女生宿舍的翔，十代与明日香的决斗开始了，明日香卡组里华丽强力的怪兽登场，把十代逼入困境，此时十代召唤出了新的元素英雄……。计划再一次失败的库洛诺斯教授还是不肯善罢甘休。

每月一度的考试到来了，刚睡完懒觉爬起来赶去的十代，在路上因为帮助一个欧巴桑迟到了。笔试考试结束后，学生们都去购买部入手新的卡片，迟到的十代却没赶上，但他从购买部的欧巴桑那里得到了一张进化之翼的卡。实战考试中十代与万丈目再次交锋，面队对万丈目强大的VWXYZ的5体连携， 十代显得有些力不从心。可是借助进化之翼的力量十代还是打赢了决斗但是他却并没有因此升级。

十代一行人进入了其他学生口中的鬼屋，去寻找明日香哥哥的消息，行为古怪的泰坦出现在十代他们面前并提出了决斗。受雇于库洛诺斯的自称“暗之决斗者”和十代的决斗开始了，泰坦的卡组似乎具有黑暗游戏的危险性质，十代的生命值削减的同时，身体的一部分也同时消失。

十代和泰坦的决斗依然继续着，泰坦不停地向十代发动攻击，削减他的生命，十代的身体慢慢消失。即将失去意识的瞬间，十代被羽翼毛球的声音唤醒。正当众人以为泰坦的诡计被识破之时，真正的黑暗游戏开始了，十代在黑暗中与泰坦展开了最终决斗。与此同时，还有另一个人，也听到了羽翼栗子球的声音。

由于私自去了幽灵屋，十代和翔被处罚惩罚双人决斗，如果他们不能战胜库洛诺斯教授选择的对手，就要被退学。翔的特训决斗开始，翔的卡组是交通工具卡组，决斗中十代发现翔在某次抽卡时表情怪异，后来得知原来是抽到了“力量结合”，一张超强力的卡。翔曾经有痛苦的经验，因此不能使用这张卡。

十代知道了翔的伤心事，于是去挑战翔的哥哥，被称为凯撒的强豪决斗者亮。十代与亮的决斗开始，亮是以“电子龙”为基础，以融合为主题的卡组，和十代的英雄卡组有共同之处。大家互相承认了对方的实力，看到与亮对战的十代，情绪失落的翔的心中似乎摆脱掉了什么。

隼人的父亲前田摩山，不想隼人继续在决斗学校，要他回家去。隼人与摩山的决斗开始，世界高知名度的决斗者摩山卡组以一击必杀而出名，称为醉汉卡组，这让大家惊叹不已。隼人以考拉怪兽对抗，熊蔵的醉酒怪兽不好对付，并且使用了一击必杀的永续魔法卡“回到饭桌”。

为了留在学校，十代和翔与迷宫兄弟的决斗开始了。迷宫兄弟是教授特意请来，传说中的强劲双人决斗者，迷宫兄弟用了几个回合就召唤了“雷魔神”“风魔神”“水魔神”，并融合召唤出了守护魔神。十代很高兴能和迷宫兄弟决斗，但是翔却带着不安的情绪，不太敢于进攻。

十代和翔与迷宫兄弟的决斗还在继续，在攻击力3750的守护魔神面前，十代和翔陷入苦战。十代鼓励翔要积极向前，想帮翔找回自信，他使用魔法卡盾崩坏，守护魔神被破坏了。迷宫兄弟支付出一半的基本分，召唤出了强力的攻击力3800的黑暗守护神，危机中的十代和翔有没有胜算呢？

黄宿舍的三泽无论学习、体育、 决斗都是新生里排第一的优等生，三泽想知道十代享受决斗的原因。另一方面，万丈目因为败给了十代，在蓝宿舍里面的地位开始动摇，于是他以留在学校作为赌注，挑战黄宿舍第一的三泽。三泽与万丈目的决斗开始，万丈目使用炎之卡组，三泽使用酸素、水素的小型龙，化合成水属性召唤出了强力的水龙。

为了寻找行踪不明的万丈目，十代遇到了被人类研究改造的决斗猿SAL，SAL以女子作为人质企图逃走。十代与SAL决斗，SAL的卡组召唤出了猿系怪兽，通过“DNA改造手术”“野性解放”破坏了自己的怪兽，这似乎就在暗示SAL自己的未来。

寒假就要到了，学生们都回家了。喜欢研究异灵的高寺呼唤出了人造人的精灵，之后人造人出现了，说要把高寺作为祭品。十代追寻消失的高寺，与不完全体的人造人精灵展开决斗，人造人的永续魔法逐渐削弱十代的基本分，随后人造人在决斗中召唤了自己……

网球课上，十代把球击中了教授。网球部的热血部长绫小路出现了，绫小路误解了明日香的话，为了成为明日香的未婚夫，他提出了决斗的请求。十代与绫小路的决斗开始，绫小路的卡组充满了网球的特色，猜覆盖卡的种类，并且带有削弱基本分和强烈攻击的战士。在网球的古怪气氛中，十代有点困惑了。

深夜，蓝宿舍的学生被迷之巨人强逼决斗，之后夺走罕有卡的事件频繁发生，于是教授命令十代寻找犯人。黄宿舍的大原是一个很强壮的男子但他决斗并不厉害，他的死党小原有决斗的实力却比较怕事，因此经常落败，蓝宿舍的学生经常说他们是笨蛋。夜里，十代追捕犯人，结果发现犯人竟然是大原……

十代喜欢买稀有的黄金面包，但这几天面包却不知道被谁偷了，犯人能在那么多面包中能偷走黄金包，看来是抽卡运很强的强者，最后他抓到了半野生化的原蓝宿舍学生大山。为了强化“抽”的力量，大山这一年都在大自然中生活的。十代与大山展开决斗，大山的卡组是以“抽”为赌注的卡组，十代能否获胜？

学校又起风波，这次游戏学院要展视游戏王武藤游戏过去所使用过的牌组，大家因为都能一睹传说中的牌卡感到兴奋不已。小卖部得到了牌组的参观券，但是只剩下最后一张了，太阳神·黄的学生神乐坂与翔只要用决斗来争夺参观券。

神乐从展示柜中偷走了游戏王的牌组, 并且用这个牌组和十代展开了对战。神乐坂拥有攻击力2800的混沌黑魔法师，局面变得很棘手。神乐信心满满，以为既然是游戏王的牌组，那就一定是无敌的……

决斗学院和北方学校的友好决斗照例进行，教授本以为会和去年一样，由优秀的丸藤亮作为代表参赛。没想到对方提出了异议，要求选举新的代表，而丸藤建议的人选竟然是十代，看来这次决斗会好玩起来了……

为了要选出新的学院代表，去和北方学校进行友好战斗，游城十代和三泽大地展开了一场非常战斗。虽然在LP上是十代有利，但十代牌组中的王牌让E·HERO融合特殊召唤的怪物，如果不能融合的话，十代就输定了。

被三沢封印了融合的十代，因为无法进化E-HERO而陷入了苦战。十代用场地魔法摩天楼强化了E-HERO的力量和三沢的水龙（攻击力2600）进行对抗。但是，由于三沢完美的战术，在钻石龙的面前，十代的场上变得空无一物。但就在这时，十代召唤了新的E-HERO——（荒野人）……。

十代使用不到最后不放弃的韧性大逆转，终于击败了毫无破绽的三泽。尽管十代打败了三泽，获得了参赛资格，但库洛诺斯教授还是不肯让他担任友好决斗的代表。教授搬出潘多拉的盒子，计划对十代展开阴谋计划。

不甘心曾经输给十代的万丈目准， 在一场奇遇之后，名正言顺的进入了战斗游戏学院诺斯校。新生要接受传说中的“欢迎仪式”，死之五十人决斗，按照排位顺序战斗，万丈能一举成名吗？

决斗学院和北方学校的友好决斗大会终于开始了， 双方派出的选手都是一年级的学生，北方学校派出的是一战成名的万丈目，这让十代惊讶不已。比赛将会全国直播，万丈目与十代的比赛开始，两人都抱着必胜的决心。

友好比赛在十代和万丈目之间展开，万丈目指挥武装龙LV7直接攻击十代，十代发动陷阱英雄灵魂躲过一击。万丈目的回合结束，轮到十代抽排了，但形势看上去还是对万丈目有利。面对无敌的武装龙LV7，十代该如何对抗？

大德寺老师带着十代一行共四人，来到了传说中的古墓，他们打算进去探险。古墓里貌似沉睡着很了不得的怪物，这让翔有了不好的预感。古墓外出现了奇怪的光，大家逃进遗迹里，十代发现自己竟然能摸到羽翼栗子球了。课外教学竟然是黑暗决斗，这究竟是怎么回事？

在大德寺老师的带领之下，十代一行人来到了王家古墓, 打算进行探索。没想到他们遇到了守墓的士兵，同伴们纷纷被抓，十代与其展开对决。在古代墓地中无法使用墓地的效果，十代陷入苦战。

鲛岛校长把十代、 三泽大地、丸藤亮及明日香、万丈目等人集合起来, 告诉他们岛上有关七精门和三幻魔之卡的传说。古代传下来的三张卡片，就埋在这座岛上，而这个学校就在封印那三张卡的地点之上。

LP很快变成了700VS3000，十代的形势非常不利。每一次的伤害都会让自己的身体受到火焰的烧伤，再加上担心翔和隼人的危险，十代的身心都处于十分辛苦的状况。达克尼斯召唤了真红眼暗龙。并因为墓地里有7只龙族，攻击力达到了4500。十代巧妙地运用荒野人和魔法野性分半降低了真红眼暗龙的力量，并通过融合召唤出了荒野锯齿侠…

作为第二名刺客，美丽而又恐怖的吸血鬼女郎卡缪拉（卡米拉）来到了岛上。十代因为之前的黑暗游戏消耗了太多的体力而需要休息。心里想逃走的克罗诺斯教授却逃跑失败，克罗诺斯VS卡米拉的决斗开始了。克罗诺斯使用以古董齿轮为代表的中世纪卡组。而卡米拉使用以吸血鬼(吸血鬼创造主)为代表的吸血鬼卡组迎击。一场以败者成为人偶的条件黑暗游戏开始了。

击败了克罗诺斯的卡米拉挑选了长相英俊的恺撒亮(丸藤亮)作为下一回合的对手。恺撒亮VSカ卡米拉的决斗开始了。虽然恺撒在序盘就好不留情地使用功率混合(力量结合)强化了网络终端(电子终极龙)（攻撃力8000）并进行攻击，但形势慢慢地向熟悉了解亮的卡组的卡米拉一边转换了。恺撒用网络巴利亚龙(电子护罩龙)和网络激光龙(电子雷射龙)组合而成多种攻击方式追击着カ卡米拉。但是当卡米拉使用魔法卡(幻魔之门)时，利用黑暗力量的卑鄙战术开始了

十代从吹雪手上接过了暗黑道具，向卡米拉发出了决斗挑战。复活的十代VS卡米拉的决斗开始。十代召唤了暴风侠（攻撃力2800）。卡米拉原本打算用幻魔之门将明日香他们变成祭品，但是被十代手上的暗黑道具所阻碍。将自己作为祭品，夺去了数字明星，十代的生命值一口气被削减到了1200。在偷看了十代卡组的卡米拉面前，十代的战术完全不起作用…

持续着的沉重战斗令十代感到疲惫和厌烦。在哈尼克里克的指引下，进入了向着温泉方向的精灵界。在那里出现了精灵凯曼。以有着蓝眼珠(青眼白龙)的卡片为名向十代发出挑战。十代VS凯曼的决斗开始。这是海马濑人所使用的卡组。在蓝色、白龙之圣骑士的面前，不知不觉十代又找回了决斗的感觉，开始认真起来。终于，阿尔提斯(青眼终极龙)召唤了出来…。

万丈目的哥哥想要收购学校（十代所在的决斗学校）。作为收购的条件，万丈目VS万丈目的哥哥·长作的决斗开始了。由于被强加了不得使用攻击力500以上的怪物这个不公平条件，万丈目只能使用从四处收集的弱小怪物组成卡组。召唤出来的怪物除了防守表示以外没有其他办法。长作场上有攻击力高达2500的龙族怪物，形势方面完全压倒了万丈目。然而，当扰乱3人组登场出现在场上时，万丈目的反击开始了…。

作为第三名刺客的亚马逊卡组塔尼娅（塔尼雅）。指明要和三泽决斗，而且输了的话就要当她的新郎。三泽利用化学卡组进行了彻底的计算，用正负磁铁怪物控制了战斗的主导权。但是，塔尼雅的亚马逊卡组和其杂乱无章的形象不同，其实是有经过精心计算的卡组。在塔尼雅积极地表达自己的好感下，冷静的三泽的精神开始动摇了。

三沢被塔尼雅作为新郎带走，但是过了一晚就被放了回来。タニヤ的体力、精神力、决斗等级，不论哪一方面都是三沢所无法超过的。十代因为兴趣向塔尼雅提出了挑战。十代VS塔尼雅决斗开始了。十代在与亚马逊的剑士的战斗中虽然获胜但是生命值也削减了。而且在场地魔法亚马逊的死斗下，双方开始了除非双方的体力耗尽否则不会结束的肉搏战。在战斗中，两人互相肯定了对方的实力。

一位名叫安娜西斯的大富翁男子来到了岛上。以三幻魔卡为赌注提出了暗黑决斗。但当他提出要在海底决斗时，众人才意识到对方把海之决斗同暗黑决斗混淆了（注：日语里海和暗的发音近似）。很想在海底决斗的十代，接受了对方的挑战。十代VS安娜西斯的决斗开始。在场地魔法传说之都阿特兰蒂斯的作用下，安娜西斯的水属性怪物变得十分有利。暗黒大要塞鯱、海竜ダイダロス等强力水属性怪物另十代陷入了困境。

十代他们的七精门的钥匙被偷走了。这是潜伏在学院里的黑蝎盗掘团5个人搞的鬼。为了解决事件，万丈目VS黑蝎团的决斗开始了。万丈目使用的武装龙升级的进攻战术，被黑蝎团5人众封锁了。5人的协力攻击令万丈目一回合就受到2000LP的伤害，只要再受一次攻击就会输掉决斗。危机时刻，万丈目将一切都赌在了扰乱鬼的身上。

seven stars的下一位刺客，创下古代埃及无败神话，被称为决斗之神的少年王——阿维多斯三世出现在了十代他们面前。十代VS阿维多斯三世的决斗开始。十代与对方打得难分胜负，而阿维多斯却说“其实你还是很弱的”。然而，阿维多斯却第一次因决斗而感觉愉悦。阿维多斯用场上的3个棺材召唤出了法老之魂，同时召唤了4个下仆加强了防守。但是十代已经设下了大反击的布局……。

明日香探望还没恢复记忆的兄长。兄长的记忆将会恢复，明日香和泰坦的决斗开始了。泰坦以前是，真的暗之决斗者。泰坦使用人造系的怪兽，利用黑暗的斗牛场~黑暗Arena引诱明日香进入黑暗决斗，确立了优势。明日香的网络武器在黑暗中不能选择攻击对象，不能破坏对方的怪兽。

学院祭的COSPLAY（角色扮演）决斗开始了。明日香cos神鹰女郎，万丈目cosXYZ。和十代决斗的是，一个cos黑魔导女郎的迷之美少女。十代VS黑魔导女郎的决斗，黑魔导女郎的卡组意外地强大，马吉香斯·瓦尔基亚、兄弟姐妹先后召唤制压着十代。实力拥有这个程度的少女，绝对不是学院里面的人……

大德寺老师不见了，众人都担心是否老师被7星击败了。十代他们为了寻找大德寺老师进入了黑森林。另一边，明日香为了搜寻失踪的吹雪，反而遇上了身为最后的7星成员的迷之决斗者，并被其以压倒式的力量击败。万丈目也是为了查探大德寺的线索，而遇上了迷之决斗者且惨败。大德寺老师会没事么……？还有迷之决斗者的真身是……？

七精门的六个钥匙打开了。十几岁的人去了废宿舍，发现了大德寺的木乃伊尸体。最后的Seven Stars“阿姆纳尔”出现了。十代VS阿姆纳尔的决斗。敌人是以炼金术的想法为基础的甲板。当十代用丰富的属性的E英雄攻击的时候，被无效化为永续陷阱。另外，从炼金锅混沌·迪斯蒂开始出现怪物，并进行直接攻击。

十代VS阿姆纳尔的决斗阿姆纳尔是大德寺，木乃伊的尸体也是大德寺。这个样子是用炼金术的力量向人偶注入灵魂的人造人告白。阿姆纳尔使用永续陷阱宏大波斯菊、原始太阳海丽、双胞胎的太阳等，将舞台变成太阳系宇宙。由明日香、万丈目、吹雪关在构成的行星上。十代受到行星直列的攻击。终于三个孩子的太阳（攻击力3900）出现了……

万丈目无法抑制对明日香的爱慕之情。被暴风雪包围，盗取七精门的钥匙，向明日香强求决斗。赌上万丈目VS明日香的恋爱的决斗。万丈目一边使用《恋文》、《隐藏的思念》的卡片，一边随意地妄想恋爱的骄傲。穿着浴衣令牌和穿衣王封住明日香的怪物召唤来抓住胜利，但以“战胜恋爱”为优先，错过了好机会。明日香以“网络天使”为目标。

理事长的影丸老人夺取了七精门的钥匙，把“三幻魔”的卡片掌握在手中。十代VS影丸老人的决斗。影丸召唤了第一个幻魔“神炎皇乌利亚”。攻击力在墓地的陷阱卡的数×1000，把对方的陷阱返回。十几岁的人打破了亚利亚，但每次都能简单地复活。此外，第二个幻魔“降雷皇哈蒙”（攻击力4000）被召唤，十代在两个幻魔面前出现了痛苦的状况。影丸通过幻魔，得到了二人怪物的精气，成为了年轻的肉体。

十代VS影丸的决斗挡住十代的两个幻魔的攻击力是5000和4000。并且第3的幻魔“幻魔皇拉比爱蜜”（攻击力4000）也被召唤。影丸的目标是夺取十代，从二代怪物得到永远的生命。十代的是LP降到600。但是，在大德寺留下的谜之卡上许愿，巧妙地使用了shenning fachan的融合和解除，怀念危机。在伊丽克西勒安装了那张卡，一口气瞄准逆转。

隼人的画很好，在I2公司的卡设计竞赛中获得冠军。但是如果不战胜与克罗诺斯教谕的考试决斗，就成了希望的卡设计师。隼人VS克罗诺斯的决斗。隼人没有比赛失误，与克罗诺斯的古董齿轮系卡相差无几，渐渐被安迪克齿轮卡尔姆所压倒，变得气馁。想起了一年前在澳大利亚旅行下的决心，以魔法“艾斯洛斯·Solls”来瞄准逆转