伊东佑亲为了处决罪人源赖朝而率兵逼近北条家。但是，北条义时的父亲时政却袒护赖朝。两股势力处于一触即发的状态中，以平清盛为后盾，统率相模武士团的大庭景亲出现了。另一方面，被瞬息万变的形势搞得焦头烂额的义时，在姐姐政子等人的帮助下，与赖朝来到富士山的山脚下。然而，就在这时，一枝箭破空而来。

治承4年4月，与源赖朝分手的八重嫁给了伊东祐亲的家臣江间次郎。北条义时凝视着对岸的江间馆。这时，赖朝的叔父行家来到北条馆。政子感到奇怪。赖朝不情愿地接见行家，而行家带来的竟是举起反旗反抗平清盛的后白河法皇的皇子以仁王的令旨。

治承4年8月，源赖朝一党终于决定举兵，开始为讨伐第一个目标伊豆国的山木兼隆而备战。然而，在强大的平家的威势面前，他们无法如愿集结兵力，连赖朝乳母之子山内首藤经俊也拒绝帮助他。与强势的哥哥宗时形成鲜明对比的是，北条义时为自己考虑不周而感到后悔。此时，住在对岸江间馆的八重叫住了义时。

源赖朝一党趁着黑夜，不断袭击堤馆和山木馆。赖朝高举首级，漂亮地取得了胜利。他借助北条义时的智慧，作为在坂东建立政权的第一步，开始分配土地。然而，平家得知后勃然大怒。在相模，担任奉行的大庭景亲率梶原景时等三千大军出阵。在伊豆，伊东祐亲也发兵讨伐赖朝。对此，赖朝率全军前往镰仓。

源赖朝大败。在这场会战中，带领北条家的宗时等坂东武士战死。拼命逃跑的赖朝和信赖的随从安达盛长一起藏身于石桥山中。另一方面，义时为了谋求东山再起，与父亲时政一同前往甲斐投奔武田信义。

被平家幽禁的后白河天皇悲叹自身不幸。就在他向丹后局抱怨源氏不以勤王之名起兵时，从平清盛那里得知起兵的源朝赖在石桥山大败，不禁悔恨得脸都扭曲了。此时，在房总半岛，意欲东山再起的赖朝为得实力派豪族相助，派安达盛长前往千叶常胤处，和田义盛与北条义时前往上总广常处。

平清盛派出讨伐军征伐造反的源赖朝。后白河法皇打开地图，与丹后局等人预测战况。另一方面，在奥州的源义经怀着与哥哥赖朝会面的梦想，大步前进着。此时的坂东，上总广常等人的加入令赖朝势力大增，他挥师直指镰仓。北条义时奉赖朝之命，为联合武田信义再次前往甲斐。

源赖朝的大军终于进入镰仓。赖朝派出了和田义盛与畠山重忠抓捕敌对的平家一党，像是让他们互相竞争似的。北条义时、三浦义村闻之此事，急忙赶回伊东，试图拯救外祖父伊东祐亲和八重。此时，从京都出发的平家讨伐军正在向东海道进军。在甲斐，约定出征的武田信义打发义时的父亲时政回到赖朝身边，自己则先行率军迎战平家讨伐军。

源赖朝漂亮地击退了平家的征讨军。后白河法皇听闻这个消息后，暗自窃喜。平家的总统帅清盛决定将都城迁回京都。奥州霸主藤原秀衡读了义经的信后，决定冷静地观察平源两家的局势。与此同时，在镰仓，八重开始作为侍女在赖朝身边工作，但是，北条义时对她的关照引起了阿龟的疑心，各种猜测纷起。

在镰仓，源赖朝的新御所完工了。诸如将平家的旧领土赏给坂东武士之类的体制在完善中，北条义时每天都过得匆匆忙忙。但是，阿陆因为自己的丈夫、赖朝的岳父时政待遇低下而不满。另一方面，在京都，平清盛亲自出马征讨敌对势力，其残酷令人人胆寒。就在这时，为讨伐平家而焦躁的义经在齐聚一堂的哥哥们面前大声质问。

北条义时将伊东祐亲、祐清的死讯告诉八重。父兄之死令八重悲愤莫名。义时劝慰八重，并将八重送至源赖朝赐给的江间。政子怀孕了，人们正热切期着赖朝嫡子的诞生。就在此时，比企能员陪伴比企尼来到镰仓奉公。另外，三善康信推举的大江广元等官员也从京都来到镰仓。

政子生下男孩，镰仓为赖朝的嫡子降生而沸腾了。但是，赖朝的偷情发展成了大骚乱。北条时政勃然大怒，返回伊豆，比企能员捕捉到这个好机会，与源义经等人拉近关系。就在此时，义时一心一意思念八重，天天在镰仓与江间之间往返。另一方面，被平家打败的源行家企图东山再起，向木曾义仲求援。

将嫡男义高送至镰仓的木曾义仲，击溃平家讨伐军后前往京都。被打败的平宗盛携三神器逃往远方。源赖朝因为义仲的胜利而焦躁，不过，义仲与后白河法皇的关系恶化后，赖朝遂决定以弟弟义经为大将出兵。但是，毫无利益可得的战争招致御家人的不满。

木曾义高得知源义经率军逼近的消息后，抓住后白河法皇囚于京都。另一方面，在镰仓的御家人们正计划谋反，上总广常也加入其中。他们计划以义仲的嫡子义高为首领，把一心只想着拿下京都的源赖朝赶下台。义时被打算挫败御家人们计划的大江广元带走。

团结了御家人的源赖朝派遣以弟弟范赖为总大将梶原景时为奉行的大军。在八重的目送下，义时也从军出征，去和先出发的义经汇合。镰仓方面在义经天才的军事韬略引导下，与逮捕后白河法皇、坚守京都的木曾义仲和以福原为据点伺机复辟的平宗盛奋战。畠山重忠等人华丽地策马疾驰着。

源义经的战略凑效，镰仓方因为接连取胜而沸腾了。但是，木曾义仲的讨伐令镰仓再度阻云密布。源赖朝视义仲的嫡子义高为威胁，命令为报告胜利而与范赖一起返回的镰仓的义时将义高处决。政子虑及大姬，非常气愤，为救义高而四处奔走。另一方面，接受赖朝考验的义时想到了八重等家人。

源平会战越来越惨烈。面对率平家军拼死抵抗的平宗盛，源赖朝命令义经攻四国，范赖攻九州，阻断平家的退路。但是，范赖军止步于周防一带，义时、三浦义村等人为打破僵局而奔走着。另一方面，义经军也因后白河法皇之命不能从摄津出发。这时，义经拒绝了梶原景时的献策。

义经在京都悲叹未获准回到镰仓。义时借助大江广元的智慧，摸索着修复赖朝与义经的关系，但后白河法皇不允许这样。八重向满腹牢骚的赖朝提出忠告。这种状况让政子担忧。就在这时，在京都，义经的正妻阿里与妾室阿静对立。而源行家也在煽风点火，加重义经对于赖朝的疑心。

源义经离开京都，逃往奥州。但是，热情地欢迎他的奥州霸主藤原秀衡没多久就过世了。义时得知消息后，申请到平泉打探情况，但源赖朝害怕义经的才能，借藤原国衡与泰衡兄弟交恶之机冷酷地命令讨伐义经。在八重的目送下，义时出发前往平泉。另一方面，静御前被俘虏后来到镰仓。

源赖朝攻进失去源义经的奥州，击败藤原泰衡。义时和畠山重忠回忆着义经的往昔。此时，赖朝毅然出发入京。另一方面，在京都的后白河法皇与丹后局虑及今后之事，为即将到来的日子做着准备。就在这时，在镰仓，八重为照顾孩子们忙碌着。政子笑眯眯地注视着开朗的八重。

源赖朝决定上洛，义时奉命跟随。如愿率大军来到京都的赖朝与后白河法皇、九条兼实进行会谈，描述对于今后的社会的设想。这期间，三浦义澄、冈崎义实、千叶常胤对于对自己毫无利益可言的上洛颇为不满。另一方面，为了巩固比企家的地位，比企能员将同族的比奈介绍给赖朝。而赖朝顾忌政子，提出将比奈嫁给义时。

为让嫡子万寿在公开场合亮相，源赖朝决定召集御家人在富士的裾野进行围猎。就在工藤祐经的赞赏中，憎恨赖朝的曾我十郎和曾我五郎兄弟正密谋造反。义时从梶原景时那里得知这个消息后，急忙去找五郎的乌帽子亲、自己的父亲北条时政。围猎被不安的气氛笼罩着，义时的爱子金刚也卷入其中。

源赖朝与万寿结束围猎，平安归来，政子喜出往外。但是，赖朝不肯原谅弟弟范赖曾代替自己行使镰仓殿之权，此事的余波震动了整个镰仓。义时陪在比奈身旁，同时思考着三浦义村与金刚的事。这时，赖朝向女儿大姬提起婚事，一直对去世的未婚夫源义高念念不忘的大姬对此无动于衷。

源赖朝因连遭不幸，非常不安。就政子担心他之时，因被过度要求建言而困扰不已的全成正和实衣一起商量对策。另一方面，源赖家的长子一幡降生。比企能员对于镰仓殿继承之事动起心思，而阿陆害怕比企家得势，开始煽动北条时政。就在此时，义时被赖家唤来，三浦义村提出……

赖朝大限将至，在安达盛长泪流满面之时，义时则积极向前看，和大江广元等人开始着手建立以赖朝嫡子赖家为下任镰仓殿的新体制。但是，阿陆反感比企能员家的势力增强，她煽动丈夫北条时政与之对抗。当镰仓笼罩着不安定的氛围时，赖家狩猎归来。

从土御门通亲那里听说了源赖朝的死讯后，后鸟羽上皇开始盘算起来。在镰仓，老臣们济济一堂，成为新一任镰仓殿的源赖家发表了自己的施政方针。对此，北条时政和比企能员都感到困惑，而梶原景时则大唱赞歌。义时向政子报告了这些情况，又把弟弟北条时连和爱子赖时安排到赖家身边。

因为北条时政与比企能员相争，元老们大大偏离了义时与梶原景时的构想，诉讼合议人数涨到13人。成为镰仓殿后就唯我独尊的源赖家对于这种结果非常气愤，认为这是在贬低自己的能力。他将北条时连、赖时等年轻的御家人收在身边作为制衡。就在这种情况下，13名元老集合在一起，评议常陆御家人的土地纠纷。

在镰仓，御家人们的平衡开始被打破。义时担心北条与比企之间的争斗激化，当着赖时和比奈的面做出了新决定。这时，杜鹃生下了赖家的次子善哉。三浦义村成为善哉的乳母夫，但比企能员坚持赖家长子一幡才是嫡子。另一方面，阿陆劝说北条时政让政子的次子千幡成为赖家的继承人。

因涉嫌诅咒源赖家，阿野全成受到审讯。比企能员确信此事是北条家暗中怂恿，摆出了对决的强硬姿态。此时，在北条家，因丈夫全成被卷入权力斗争而愤怒的实衣，正追问父亲时政。时政本欲出头，但被阿陆制止。义时为了守护北条家，提出一条建议，并得到畠山重忠的帮助。

围绕源赖家的继承人问题，北条家与比企家的斗争越来激烈。比企能员推举阿节所生的赖家长子一幡，而且竭力要尽快得到朝廷准许。但是，大江广元等人却不予理睬。另一方面，义时委托比奈打听比企家的动向，还和三浦义村商量。就在这时，北条时政、阿陆等人来找政子。

赖家奇迹般地甦醒了。但是，后鸟羽上皇那边已收到赖家病危的上书，后鸟羽正反覆思考。在镰仓，义时、泰时聚集在政子住处，商量新的体制。这时，比奈独自一人陷入沉思。另一方面，阿陆着眼于未来，向时政诉说要加强与京都方面的关系，其爱子政范也激动不已。而三浦义村劝说赖家正室杜鹃要静待时机。

在镰仓，以政子的次子源实朝为镰仓殿的新体制开始运行，北条时政就任执权别当。在背后支持时政的阿陆建议从京都迎娶实朝的正室，并通过她的女婿平贺朝雅向后鸟羽上皇发出请求。但是，御家人们对于大权大握的北条敬而远之。而面对三浦义村的忠告，时政只能抱以苦笑。另一方面，失意的源赖家仍不甘心失败的命运。

源实朝决定与后鸟羽上皇的侄女联姻。阿陆欣喜不已，完全无视政子的担心。另一方面，在京都，后鸟羽天皇与源仲章、慈圆等人畅想着镰仓的未来。这时，畠山重忠被北条时政要求奉还其代代相传的惣检校职这一官职。他心存疑虑，与义时商量。

嫁给源实朝为妻的后鸟羽上皇的表妹千世抵达镰仓。政子等人出迎，但是一心盼着爱子北条政范凯旋的阿陆颇为失意。这时，她的女婿平贺朝雅告诉阿陆他对畠山重忠的嫡男重保的怀疑。另一方面，重保找义时举报朝雅的可疑行径，义时建议父亲时政慎重调查政范的死因。

北条时政与畠山重忠的对立日益加深。时政信任阿陆，他得到源实朝的旨意，召集御家空。三浦义村、和田义盛、稻毛重成等聚集一堂，商议对策。另一方面，重忠率领部下以镰仓为目标进军。被夹在中间的义时，与政子、时房商量如何收拾局面。就在这时，担心父亲的泰时却想告诉义时关于野枝的事。

义时与政子、大江广元开始推动建立新体制。他将泰时放在自己身边，以坚定的觉悟应对父亲北条时政。另一方面，阿陆因为时政被排除在政治核心之外而愤愤不平，她在女婿平贺朝雅帮助下筹划对抗之策。他们邀请了三浦义村，点起了反抗的烽火。就在北条家内部矛盾激化之时，源实朝来到和田义盛家。

北条父子争夺主导权的斗争日益白热化。北条时政与阿陆命令三浦义村把源实朝带到他们的宅邸中，准备逼迫实朝让位给他们的女婿平贺朝雅。对此，义时率领泰时、时房、八田知家等人包围了时政的宅邸。他们慎重地等待着进攻时机。就在紧张的气氛笼罩着镰仓之时，政子赶来求义时饶时政一命。

源实朝与千世始终没有诞下继承人，这让政子和实衣非常介怀。义时为阻止御家人谋反而改组政体。但是，这种傲慢的方式引起三浦义村、和田义盛等人的不满。另一方面，泰时正与自己不习惯的和歌进行苦战。他求教于源仲章。

后鸟羽上皇正计划修复闲院内部。藤原兼子进言说让镰仓幕府承担费用，后鸟羽上皇听后心动了，与圆丹相顾而笑。另一方面，镰仓接到从京都传来的消息，沉重的负担让御家人们坚决反对此事。以源实朝敬佩的和田义盛为首，八田知家等人聚集在一起。这种状况令义时陷入苦思。就在这时，在信浓发生了一起事件。

为守护镰仓，义时与大江广元共谋，策划让反北条的首领和田义盛倒台。就在源实朝和政子为避免战争而奔走时，三浦义村、八田知家等有势力的御家人聚集在义盛的阵营中观察形势。这期间，担心父亲义盛安危的朝比奈义秀为打倒北条而起兵。另一方面，失意的泰时借酒消愁，不愿战斗。

重新下定决心的源实朝决心以后鸟羽上皇为榜样，不再任人摆布，自己做裁定。泰时在他身边，推进自己的政策。另一方面，在镰仓内地位稳如磐石的义时，在妻子野枝劝说下，决定成为名正言顺的执权，牵制不成熟的实朝他们。政子担心实朝与义时的关系不睦。就在这时，源仲章从京都返回。

源实朝迟迟未诞下嫡子，继承人问题困扰着镰仓。完成修行的公晓回归镰仓。他心在埋藏着成为镰仓殿的强烈欲望，与乳母夫三浦义村共谋大事。另一方面，义时与实衣对实朝的言行心怀不满，也在思考对策。这时，与实朝通过书信对谈的后鸟羽上皇发来回信。对此政子和泰时都表示支持实朝。

按照后鸟羽上皇的计划，源实朝被封为右大臣。就在政子因为爱子的荣迁而喜悦之时，觊觎镰仓殿之位、野心勃勃的公晓前来拜访三浦义村，二人就将在鹤冈八幡宫兴行的拜贺仪式进行了密谈。三浦馆的动向令泰时忐忑不安。另一方面，义时的身边，作为朝廷与镰仓的桥梁而彰显出存在感的源仲章与野枝暗通款曲。

源实朝的右大臣拜贺仪式在鹤冈八幡宫盛大举行，大纳言等公卿从京都赶来参与。泰时担任警戒任务，公晓与弟子一起潜伏在树林的阴影中。三浦义村混杂于御家人中，静观事态。义时与时房赌上今后镰仓与自身的命运，守护着仪式。仪式终了，公卿与源仲章列队迎候从楼门中走出的实朝，就在这时如牡丹般的大雪飘扬而下。

北条义时、大江广元等人向朝廷请示迎立新的镰仓殿。实衣野心勃勃，三浦义村也暗中活动，而此时的京都中，极为不信任镰仓的后鸟羽上皇正与藤原兼子、慈圆一起为将来谋划，加紧给镰仓方面施压。另一方面，在北条家中，泰时苦恼不已，而野枝正策划让爱子政村成为北条家继承人。

以争夺幕府继任者为开端，京都乱成一片。作为朝廷象征的皇居被烧塌后，后鸟羽上皇决定由日本武士们负责皇居的再建的费用。但是，北条义时在政子和大江广元的支持下，果断决定先拖着这件事。以泰时为首的御家人们担心镰仓与后鸟羽上皇关系恶化，这时，三浦义村让在京都担任大番役的弟弟胤义讨好上皇。

后鸟羽上皇为讨伐反目的北条义时，发出追讨北条义时的宣旨并起兵。对应的是，在政子言语的激励下，幕府奋起，选择了彻底的抗战。幕府采纳大江广原与三善信康的忠言，决定迅速派兵前往京都。泰时、平盛纲等人作为先遣队，时房等人紧随其后。这时，三浦义村暗中通知他的弟弟胤义提议上皇亲临前线鼓舞士气，企图扭转战局。