乾隆皇帝带领还珠格格等一行人微服出巡，一路有唱有笑。“老爷”出谜语，小燕子、晴儿、紫薇分别给出不同答案。人马路经梅花镇，乡民正打腰鼓庆丰收。突然，县太爷之弟带人来抢粮打人。看到此景，老爷当即召来巡抚处置。胡家千金胡若兰射击招亲，但射中者高亮却被胡父拒绝。在老爷的作用下，终促成姻缘。几个年轻人由此谈论起中外“爱神”。

容县知县卸任，百姓献匾反讽；老爷赐字勉励新任县令勤政爱民。面对小燕子出言的屡屡失口，又看到紫薇对老爷、福伦的用心服侍和四大护卫和小燕子的异常关系，晴儿确定中有隐情。小燕子也对尔康永琪和晴儿的秘密产生了兴趣。晚上，晴儿正欲奉劝紫薇，却被意外打断。湘县接驾，县衙却简陋破烂。刘知县正向老爷陈情，门外忽有人大叫……

伤心的紫薇向尔康提出了分手，尔康不许之下强吻紫薇，被打了一个耳光。众人到九曲湖赏景，晴儿、紫薇和尔康借诗喻情，老爷疑惑孩子们作诗有失水准。大家商量之下分头行动，四大护卫教晴儿骑马，为尔泰制造机会。尔康向紫薇解释，终于得到谅解。而那边，晴儿独自骑马闯入树林，坠落陷阱。听到呼救声，一名神秘的过客勒马停了下来。

这位路人将晴儿救起，并为她接骨止痛。众人找到晴儿，却难觅恩人身影。紫薇照顾晴儿时，晴儿继续告知她做妃子的痛苦，紫薇情急之下说出了“真相”。晴儿震惊过后，保证站在她们一边，并明白了被尔康拒绝的原因，决定成人之美。班杰明被生人误会熟人嘲笑，十分失落，感到应该退出“三人世界”。老爷再遇恶官，感叹繁荣背后还是怨声载道。

晴儿正与紫薇分析利害，小燕子却来述说永琪和班杰明最近的奇怪。班杰明心情不佳，失手让小燕子摔下了马。突降大雨，众人忙躲进亭子，班杰明却在一旁淋雨。老爷主动给紫薇打伞，十分关切，尔康看在眼里心急如焚。永琪找班杰明深谈，又向小燕子表白，三人心中都有了负担。路人对“洋鬼子”班杰明指指点点，孩子们也欺负起他来，幸得小燕子及时赶到。

班杰明在山头拉琴，对面却传来箫声应和。三个姑娘在山间戏水受冷，老爷不顾自己着凉，脱下外衣给紫薇披上。纪晓岚暗示福伦紫薇当不了多久宫女。老爷梦到雨荷，醒后一把握住紫薇的手。尔康看到此景，冲动得要说出真相，晴儿前来劝住。众人为班杰明创作的乐曲填词，携手歌唱起来。乡下集上，姑娘采莲卖身葬父，突然有人上前抢人……

永琪等打退恶人，采莲便一路跟着永琪。小燕子见他二人在一起，醋意大发，竟和永琪大吵一架。经过班杰明的开导，又加永琪为小燕子初次下厨，二人和好。酒楼中，一位随身携带一箫一剑且出口即诗的人物引起众人注意。晴儿认出这个自称箫剑的人就是救自己的恩人，但他却不认，但承认是与班杰明和乐之人。小燕子用剑试探其武功，但他却东躲西逃。

众人告别箫剑，在路上议论起他。夜晚院子突有异动，原来是个偷东西的孩子。得知孩子如此是为用钱给爷爷治病，紫薇等人帮助他开了一家阳春面馆，老爷还亲笔题匾。当地善人举办爬花杆比赛，四大护卫一试身手，将所得大米送给村民。旗江镇烤火节上，众人被有意无意地冲散，突有白莲教徒行刺皇帝，紫薇舍身护驾，匕首刺进了她的胸膛。

当地官员及时赶到，紫薇被转移至府第。胡太医要为紫薇拔刀，班杰明送上了常寿的麻沸散。拔刀之前，紫薇向皇上请求，无论小燕子做错什么都饶她不死，皇上答应。刀被拔出，溅出血来，小燕子悲伤至极晕倒过去。尔康决定带紫薇出走，班杰明等提醒他“特赦”已拿到，才被劝住。皇上震撼于紫薇的壮举，纪晓岚也赞同给予她赐封。北京急电，蒙古亲王即将来京朝拜。

晴儿与大家商议，决定回宫就向太后报告真相。众人马回宫，愉妃关心永琪和晴儿的眉目，永琪有口难开。小燕子为永琪而讨好愉妃，送去了在外所买的发簪，又弄巧成拙。晴儿向太后密报了小燕子紫薇的真实身份，并晓之以理。太后在半信半疑中相信紫薇的诚意，当面要求她们暂时守密，待蒙古亲王活动结束后再论。蒙古亲王齐克尔携公主塞娅来到了北京。

小燕子又凑热闹，悄悄来至迎接齐克尔的现场。塞娅发现了正在偷看的小燕子，直飞过前，二公主刚刚见面就争吵起来。皇宫举行比武，蒙古勇士虽猛，却被尔康镇住。塞娅亲自上场亦终不敌，但却对尔康倾慕起来。皇上抽空来到漱芳斋，对紫薇多有暗示。永琪等陪塞娅出宫，又偶遇溜出宫的小燕子，小燕子和塞娅互不相让，又比试起来。

皇后向太后报告，称皇上要封紫薇为贵人。太后惊讶过后，只说自会处理，皇后却借机建议将永琪或小燕子婚配与蒙古。太后顾全大局多方考虑，又为了维护皇帝颜面，主张小燕子携紫薇嫁至蒙古。不料塞娅却选中了尔康做驸马。形势逼人，众人终于向皇上说出“真相”，太后也难以控制。在皇后的言词煽动下，小燕子、紫薇和金琐被下令关入宗人府调查。

押送的侍卫对三个姑娘粗恶相加，四大护卫飞奔而来与之打斗起来。傅恒及时赶到阻止，并换过了自己的人。福伦分析认为皇上是碍于众人，实际不想置小燕子等于死地。永琪尔康向皇上坦诚“生死相许”，却惹得皇帝更加震怒。班杰明和永琪毅然告别郎世宁和愉妃，预备营救小燕子等甚至继而逃亡。宗人府监牢里梁大人夜审三人，竟要其招认串通福伦令妃谋刺皇上。

班杰明和三个姑娘在牢内牢外以歌曲相呼应。平静后的皇上听取纪晓岚的劝说和建议，决定亲至宗人府放人。四大护卫却假传圣旨并劫狱，一位黑衣人前来支援，此人竟是箫剑。太后在晴儿说服下也来至宗人府，箫剑突将晴儿带走，向其说明三人被严刑逼供的情况。皇帝看到宗人府的情形愤怒不已，下令追捕。不想紫薇等却最终决定回宫面对……

三个姑娘的遍体鳞伤让皇帝方知另有隐情，当即传来梁大人。梁廷桂称拷问是受宫中密令，纪晓岚此时呈上在狱中发现的供状，皇上看后将梁廷桂斩首。皇上亲自给紫薇喂药，终于认了这个女儿，同时欲发落耍弄阴谋的皇后，又被紫薇劝住。愉妃鉴于小燕子身世不明，劝永琪远离；而郎世宁气得跟班杰明动起了武。太后欲派蒲公公赴山东调查紫薇身世。

正与小燕子打闹的塞娅被突然出现的尔泰引至郊外，二人又论剑法又比骑马，就此生情，互称可爱。齐克尔告诉皇上，驸马人选已改换了尔泰。尔泰婚礼上，伴娘小燕子刁难新郎，让塞娅都迫不及待。太后虑及民间和后宫悠悠之口，反对皇上对小燕子的指婚和对紫薇的册封计划。回疆公主含香随父向北京行进，途中突有埋伏者上前抢人，却负伤告败。

小燕子出奇招，率“三大护卫”等人去为柳青柳红新开张的餐馆会宾楼捧场，当起店小二。原来箫剑早已入住于此，这次当众露了一手“特别”功夫。劫持含香之人来至北京，暂避于酒楼库房时被小燕子发现。不打不相识，此回人名麦尔丹，自称为避杀身之祸，请众人为他的身份保密。来到宫中的含香表演敦煌舞蹈，令皇上着迷，阿里和卓决定将女儿献给皇上。

太后希望众妃心胸开阔，容纳“香妃”。令妃身体不适，原是有喜，太后高兴起来。含香对皇帝态度冷漠，并坦言进京非本意，心仍在故乡。小燕子看不惯皇上的喜新厌旧，上门呵责，被打了一耳光，紫薇对皇上也有所失望。皇上晚间亲临漱芳斋安抚，并许诺小燕子每月可有出宫日。即将外放的御史观保举家进宫辞行，格格欣荣却被小燕子的蹴鞠砸中了头……

欣荣表演踏歌舞，前来致歉的小燕子见此也打起了安塞腰鼓，却引得太后和愉妃的不快，幸得紫薇晴儿婉转解读。永琪护送小燕子回漱芳斋时被愉妃拦住带回，称绝不接受小燕子，并令其不再与之来往，母子矛盾渐显。含香送父至郊外，突有埋伏者冲上又要劫人，护送的永琪尔康从含香口中获知此人是麦尔丹，原来这二人青梅竹马、感情深厚，便放走了他。

班杰明将常寿带至会宾楼医治伤痕累累、生命垂危的麦尔丹，但麦尔丹却消极以对。漱芳斋众人议论麦尔丹含香，决定再赌一把皇上的仁慈。紫薇小燕子向含香送去麦尔丹的消息，含香将回部救命仙丹凝香丸交予她们转送麦尔丹。皇帝驾临宝月楼，含香表明心有所属，皇上震怒欲掐死含香，幸被小燕子阻止。出宫日里，紫薇向麦尔丹送来含香的消息，并要他振作。

金琐在会宾楼为柳青擦汗一幕，紫薇看在眼中。紫薇小燕子给含香带来麦尔丹的亲笔信，三人高兴地跳起回部舞蹈。皇上此时到来，含香不慎将信飞落至皇帝足下，幸被小燕子遮掩过去。观保启程，太后喜爱的欣荣留在了宫中。尔康带大家来到心旷神怡的草原，麦尔丹讲起与含香的往事，感动了众人，也引发了晴儿与箫剑的共同感触。太后欲将欣荣指婚给永琪……

愉妃对指婚十分赞成，太后又提出要晴儿和紫薇共侍一夫，皇上表示将再斟酌。永琪得知消息愤而跑向如意馆，班杰明指出要他坚持。太后来到漱芳斋打开天窗说亮话。小燕子奔至永和宫讨说法，却受到愉妃的“接待”。她以为永琪骗了自己，幸而班杰明阐明误会，继而又与紫薇抱头痛哭起来。欣荣入住慈宁宫，皇后认为永琪如虎添翼，自己又添眼中钉。

尔康奔至紫薇卧室重申忠心，紫薇因太后对自己母亲的贬低而对礼教敏感起来，令他出去。晴儿前来，表明绝不会嫁尔康。紫薇小燕子在非出宫日装扮成太监，与三大护卫出宫。众人认为说服皇上放弃含香已然行不通，便抛出“计划”，要适时将含香偷运出宫。大家借酒消愁，二位格格大醉而归，被早已坐镇漱芳斋的太后逮个正着。太后惩罚众奴才，才子美女被痛打。

太后将两个格格带至慈宁宫，押入浴盆泼冷水醒酒。太后刚走，小燕子在醉意中挥打众嬷嬷，并将皇后摁入了水盆。晴儿向急切的三大护卫报信，称紫薇小燕子已睡着，自己还送去了棉被。三大护卫继而又给才子美女送药疗伤。晴儿向太后求情，放回了二人。皇上告诉太后两个格格失礼多因指婚而起，此事暂缓。含香闻听“计划”，对此却并不同意。

晴儿自述儿时爹娘便相继离世，箫剑惊讶其竟与自己身世相似，二人渐露情义。为感谢班杰明对麦尔丹的救助，含香向他行礼致意。此景被太后看到，声称不符规矩，并令皇后给香妃更换满人服饰。受到逼迫含香不忍其辱从楼上跳下，小燕子及时相救也摔伤了腿脚。皇上大发雷霆，晴儿劝太后勿伤母子和气，换装之事不了了之。永琪欲看望小燕子，被愉妃阻拦。

永琪与母冲突后离去，欣荣安慰愉妃得到深赞。紫薇获准带含香出宫散心，含香与麦尔丹相会，众多蝴蝶萦绕飞舞。回宫后，含香吸引蝴蝶的场景被宫中众人见识。意识到香味是施行“计划”最大障碍，小燕子决定泡花瓣澡以图届时分散追兵注意。泡澡时，紫薇发现了小燕子的胎记。小燕子在花园尝试吸引蝴蝶，却引来的是蜜蜂；班杰明为保护她也被蜇惨。

正当郎世宁再度对班杰明表示规劝时，常寿、小燕子、永琪先后前来送药探望。皇后容嬷嬷来漱芳斋取笑满脸是包的小燕子，却被小燕子用计将花瓣放入她们的头饰，出门行至半路即遭蜜蜂袭击。愉妃催太后早办永琪婚事，太后随即与皇上发生激烈争执，竟晕倒过去。常寿指出不能让太后动怒，皇上只好向永琪交底。本已见好的太后突然又上吐下泻起来。

皇上指责小燕子参与熬药做汤，委屈的小燕子口不择言大发牢骚，惹得皇上一怒之下决定指婚欣荣予永琪。永琪劝欣荣拒绝此婚，欣荣不听且自有理论。晴儿从太后口中得知皇后曾送来养心丸，原来是此丸与药相克，和小燕子并无关系。班杰明劝小燕子坚定，小燕子坦言害怕永琪被抢走。永琪小燕子相互倾诉鼓励，来至永和宫跪求愉妃成全，却以失败告终。

婚礼在即，令妃请太后给予小燕子侧室名分却被搁置。会宾楼众人商议永琪小燕子出走计划，箫剑异常激动。永琪向愉妃严词相告，如不取消指婚将失去自己。愉妃向儿下跪，永琪泪别母亲。紫薇去找欣荣却话不投机，晴儿坦白对箫剑有意。愉妃至漱芳斋要人出语不逊，未果而归。太监突报愉妃上吊，众人赶至却抢救无效。小燕子哭至宝月楼，向含香索要了凝香丸。

小燕子拿到凝香丸匆忙赶回，愉妃终于得救。愉妃开口第一句话就是让永琪娶欣荣，永琪愧疚只得答应。小燕子听到永琪的回答后失魂落魄，无论谁劝慰都没有用。班杰明等人用尽方法只为博小燕子一笑，小燕子深受感动。容嬷嬷故意到漱芳斋张灯结彩庆祝永琪大婚，小燕子等人教训了容嬷嬷。永琪写下了许多道歉绣球向小燕子表明自己心意，小燕子动容。

永琪与小燕子互诉衷肠，永琪保证今生今世只会属于她一人。皇上到漱芳斋探望，却看到了满眼永琪制作的道歉绣球，只得安慰小燕子。永琪大婚，众人心情都沉重而无奈，含香却给小燕子紫薇送来回部服装，三人载歌载舞暂时忘却了烦恼。漱芳斋众人献上为含香麦尔丹做的曲子，恰巧被婚礼路上的永琪听到，勾起思念无限。永琪完全无视欣荣，不肯和她圆房。

含香回宝月楼却发现皇上已在坐等。皇上决定占有含香，含香被逼无奈用匕首刺伤了皇上，皇上为保护她决定对外隐瞒此事。永琪赶到漱芳斋看望小燕子，并倾吐心中的思念与歉意。箫剑对出宫的永琪大打出手，众人不解其为何如此激动。皇后从容嬷嬷处得知皇上受伤，便给太后报信。太后至宝月楼兴师问罪，皇上极力掩护未成，皇后向太后煽风点火想置含香于死地。

太后为欣荣做主命令永琪和欣荣圆房，欣荣在桂嬷嬷指点下用尽百般手段，可永琪却不为所动，并说她是咎由自取。小燕子和欣荣狭路相逢，欣荣口出不逊。小燕子想让班杰明带自己离开皇宫，可班杰明却让她再好好考虑。含香自知在皇宫处境越来越危险，于是答应了“大计划”。正当小燕子等人在会宾楼商议时，香妃被带往慈宁宫。太后追究皇上受伤之事，并赐死香妃。

晴儿哭诉含香已服鹤顶红，回宫的众人奔至宝月楼。皇上赶到，为含香服下凝香丸，小燕子亲口吹送。蝴蝶群飞而来，紫薇认为是在为含香送行。麦尔丹突见蝴蝶，不顾一切欲进宫被柳青等阻拦，只得大声呼唤含香；含香醒了！其香味就此消失。三大护卫在永和宫商议“计划”，欣荣突然进门。皇上正告太后，香妃如有不测他将问罪。太后要永琪和欣荣在花园挽臂而行。

小燕子正好路过，欣荣故意挽住永琪并言语亲昵。小燕子气愤而归，班杰明送上了意大利饺子，并解说昨晚亲见永琪之困境。永琪来到漱芳斋，小燕子亲手喂他意大利饺子。众人终于在永琪婚后的八旗家宴时趁乱施行了“大计划”。欣荣称要交差白喜帕，永琪划伤手指将其染红。宫中发现香妃失踪，皇上看完香妃所留书信，独自静坐两个时辰后传召两个格格……

紫薇在皇上质问下招认，并真情解说个中缘由，皇上震怒之下将二人押入监牢。傅恒等暗访追查香妃未果，皇上宣布香妃病逝。蒲公公回宫，带回了紫薇的舅公舅婆和接生婆，他们指称紫薇生于乾隆离开济南的两年后。皇上由此认为这是谋划多年的大骗局，太后劝尔康醒悟，尔康誓要紫薇。三大护卫准备救出人后亡命天涯。皇上宣判问斩小燕子和紫薇，金琐流放充军。

永琪最后嘱托欣荣和愉妃，班杰明向郎世宁动情告白，尔康也拜别父母。箫剑等众人决定劫法场。令妃与晴儿买通狱卒正安排小燕子紫薇逃离，皇后却突然探监，小燕子当场暴打皇后。行刑当日百姓求情堵塞道路，太后同意免于死罪，皇上向傅恒口传密旨，但刑场接到的圣旨仍是杀无赦。麦尔丹意外现身，七人成功劫囚，箫剑将晴儿一同带走。才子美女跪送几人离去。