主人公藤木游作是个有着出色观察力的高中生。他为了打倒企图让Link vrains崩溃的汉诺骑士，变身为自己的虚拟形象Playmaker在无人知晓的情况下展开决斗。那种时候，他收到情报称SOL技术公司正在拼命寻找神秘Ai。游作意识到汉诺骑士也在追那神秘的Ai，于是在网络上布下陷阱并计划好捕获作战，可是……

游作把黑客集团汉诺骑士追寻的神秘生命体弄到手后，为了打倒汉诺骑士而以Playmaker的身份登录VR空间Link vrains。他以神秘生命体为人质向对方提出决斗。神秘Ai计算到靠游作的卡组赢不了，便在Link vrains用大量数据产生出数据风暴(Data Storm)。那里进行的决斗，是连Playmaker也不曾体验的未知决斗高速决斗……

游作对隐藏于神秘Ai身上的情报开始了调查。另一方面在与汉诺骑士的决斗被人从网络上目击后，Playmaker作为救了Link vrains的英雄成为一大话题。随后SOL技术公司制定计划想要抢夺Playmaker身边的神秘生命体。SOL技术公司的安全部长财前晃为了打倒Playmaker而和Link vrains的人气决斗领袖Go鬼冢接触。

VR空间Link vrains出现了汉诺骑士。其真正身份是盯上Playmaker的决斗领袖Go鬼冢！他有着在儿童养护设施长大这段过去，为了回报那份恩情和带给设施里孩子们笑容而靠决斗赚取着奖金。然而自从新英雄Playmaker登场，孩子们就变得眼里只有Playmaker了。Go鬼冢为了打倒Playmaker再次抓住孩子们的心，向Playmaker挑战决斗

Go鬼冢简直像职业摔角一样大胆地上演惊险危机，把决斗作为一种娱乐来展现出其魅力。尽管知道这和自己冷静的操作风格很不同，但Playmaker却意识到自己对Go鬼冢的决斗开始产生兴趣。Playmaker似乎也接受了Go鬼冢的决斗，虽然承受大伤害但是召唤出了王牌怪兽解码语者。紧接着，两者的王牌怪兽终于展开激战！

财前葵作为决斗领袖Blue Angel活跃在Link vrains中。她为了得到自己哥哥财前晃的认同，就在Link vrains众人面前对“Playmaker”提出决斗。可是并没收到“Playmaker”的答复，出现在她面前的是冒充粉丝的汉诺骑士成员之一的Spectre

游作从Blue angel背后感觉到汉诺骑士的气息，为查明真意而接受决斗。Blue angel自如运用效果伤害的战术慢慢逼得Playmaker走投无路。想被哥哥财前晃认同的这份强烈决心，把蓝Blue angel的决斗推向了无法回头的境地……

财前葵因为汉诺骑士设下的程序影响而陷入昏睡状态。游作觉得自己有责任而开始调查原因，但在那时，城市的屏幕上却出现了Blue angel，向Playmaker提出再次对战。

召唤Playmaker和Revolver以能除去侵蚀葵病毒的程序和被人称为伊格尼斯的Ai当赌注进行决斗。面对Revolver出的破解龙，Playmaker使用至今为止的决斗所得的连接怪兽将其迅速击破。正以为这样一进一退的决斗将会继续的那时，左轮发动了冲击性的技能！

左轮发动了强力技能，Playmaker在对方获得压倒性力量的猛攻面前陷入守势。就在以为靠Storm access起死回生拿到逆转卡的那时，俩人的决斗由于Revolver所采取的作战计划而转移舞台来到Date Storm的内部。

Playmaker在听Revolver说出真相后不知所措，受到Revolver的王牌怪兽装弹枪管龙的强烈一击而倒了下来。正当Playmaker逐渐失去意识之际，他因脑海中传来的神秘声音而醒过来，并重新站起来。他那眼神中有着不可动摇的斗志。

Playmaker操纵的防火墙龙竭尽最后的力量与Revolver的装弹枪管龙对抗。Playmaker誓要报过去所发生事件的仇，而Revolver则企图消灭伊格尼斯。2个意志和对峙的2只龙，现在激烈冲突！

游作结束与左轮之间的激斗后，和草薙一起分析关于火灵的情报。另一方面在Link vrains，目击到Playmaker的神秘决斗者Ghost Girl接受了采访。她讲出有关至今发生的汉诺骑士袭击还有Playmaker战斗的事。

Ghost Girl运用变幻无常的战术，展开令人预料不到走向的决斗。Playmaker则也是一边冷静分析Ghost Girl的举动一边等待Storm access的机会到来。俩人互相解读对方背后意图的敏锐心理战，获得胜利的究竟会是哪一边呢？

Playmaker为了调查10年前事件而入侵SOL技术公司主电脑，并前往位于系统深层的数据库。但是Playmaker眼前却有决斗AI程序阻挡去路。面对新的威胁，Playmaker是否能够成功抓住真相呢。

Blue angel赶到正遭受AI程序们妨碍的Playmaker的身边。Playmaker在她的活跃下逃出困境，向主电脑的深层赶去。然而，到达目标数据库的Playmaker面前，却有某个人物挡住他的去路……

Playmaker入侵SOL技术公司数据库，等待他的人是财前晃。晃想制止燃起复仇心的Playmaker，但当事人却根本听不进他所说的话。随后Playmaker要求晃用决斗来了断。背对着藏有事件真相的数据库，在这里揭开了战斗的序幕。

财前晃操纵廷达魔三角卡组，施展出了巧妙的战术。Playmaker也紧跟着用电子界卡组进行对抗。就在数据库内激烈的攻防中，晃开始讲起了关于10年前发生事件的事。与此同时，游作壮烈的过去也终于真相大白……！！

财前晃用尽所有手段，要把Playmaker逼到走投无路。然而Playmaker仍竭尽全力使出最后力量，想靠连续进行连接召唤达到一招逆转。晃的王牌怪兽廷达魔三角 锐角地狱犬和Playmaker的防火墙龙展开激烈冲突！

游作在和草薙一起对SOL技术公司的数据进行分析。此后俩人将得知有关10年前事件的新真相。另一方面，就在游作的家里，Ai和AI程序机器比的秘密阴谋正在准备进行中。

Den City不断发生着神秘现象往生者事件。那是使人无法从Link vrains中退出登录，就此在现实世界丧失意识的可怕现象。游作他们对其原因展开调查，从收集数据中成功锁定下个可能被盯上的人物。为了防止继续有人受害，他们开始了行动。

Go鬼冢为了救往生者事件的受害少年，与自称正是犯人的基因组博士对峙。为了少年而不许战败的Go鬼冢舍弃了以往的娱乐风格，展现出为求胜利不择手段的反派风格决斗。

基因组博士操作的地狱螺戦鬼战术反利用了刚鬼的强势攻击。那个战术使Go鬼冢陷入了穷途末路的危机。另一方面，除Go鬼冢他们的战斗外，还有汉诺骑士集团出现在Link vrains，开始对城市人们发动了无差别攻击……

葵得知了汉诺骑士和Playmaker他们展开死斗的事，心里在想变成Blue angel出去战斗的这个念头以及跟哥哥晃说好不会再进Link vrains的那个约定之间纠结着。可是惠麻就在那时出现在了她那里。与惠麻的相遇让葵得出了怎样的答案！？

淘气仙星战术遭到全面封杀的Blue angel，在病毒所拥有的暗黑木乃伊攻击下受到巨大伤害。已经没有退路的她虽然知道带有巨大风险，但还是赌在了仅剩的最后机会上……

对现实世界也造成影响的往生者事件搞得人心惶惶，Link vrains仍处于戒备状态。就在那种状况下，比他人更向往Link vrains的岛直树因为某个契机而下定决心要去对抗汉诺骑士！

往生者事件的主谋浮士德捉了岛做人质，把Playmaker叫了过来。他操纵着称为电动虫的怪兽，用前所未见的奇怪战术封住了Playmaker的连接召唤。为了突破浮士德的精巧陷阱，Playmaker闯入了头顶刮起的数据风暴。利用Storm access打算逆转局面！

汉诺骑士魔掌不仅伸向Link vrains，更是延伸到了现实世界中。步步逼近的威胁让草薙产生危机感，他开始为汉诺骑士和Lost事件的关系以及Den City所发生异身事件的真相留下记录……

游作对于往生者事件中Revolver没有现身这一点抱有疑问。游作为了解开那个疑问而进去Link vrains开始调查，那边遇见同样进行调查的Ghost Girl。随后俩人在内部发现了存在异变的地方，可是……

对Link vrains的地下展开调查的Ghost Girl与现身于她面前的Revolver之间的决斗开始了。Ghost Girl击退拥有强力效果的拓扑逻辑轰炸龙，把作为王牌的幻变骚灵连接召唤出来。虽然对左轮施放了致命一击，可是……

Link vrains发生了突然出现令人毛骨悚然的塔不断把决斗者们数据化的事件。Playmaker得知此事而根据Ghost Girl交给他的情报前往Link vrains，碰见了同样察觉到危机的Go鬼冢和Blue angel。随后他们共享了那份情报，各自出发去寻找左轮。再接着，Spectre出现并要阻拦Blue angel的去路……

Spectre的圣天树每次成长都正在把Blue angel逼向走投无路的处境。Blue angel在慢慢被封锁行动的艰苦决斗中想出攻略Spectre铁壁布阵的奇策。一直防守到底的Blue angel现在连接召唤的新淘气仙星究竟是……！？

Spectre的圣天树每次成长都正在把Blue angel逼向走投无路的处境。Blue angel在慢慢被封锁行动的艰苦决斗中想出攻略Spectre铁壁布阵的奇策。一直防守到底的Blue angel现在连接召唤的新淘气仙星究竟是……！？

Playmaker为了防止Link vrains崩溃而前往汉诺塔于是Spectre来到他的面前阻挡去路。Playmaker想用电子界它们造成巨大伤害，结果被圣天树的连环技给防住了。随后Playmaker在决斗中得知Spectre的冲击性过去……

圣天树的凶恶连环技面对各种伤害都是回复LP而且不断唤出圣蔓，Playmaker对此依然决不放缓攻势。随后他终于发现圣天树的弱点，开始转向反击。然而就在这时，Spectre却向Playmaker亮出某张“王牌”。

Playmaker靠王牌怪兽余码语者承受圣天树的猛攻，圣天树为了打倒他而成长到最终阶段。Spectre对穷途末路的Playmaker发出致命一击……

当汉诺塔正每时每刻向着Link vrains扩大其威胁时，Revolver则在迄今为止的战斗之中更加坚定了自己的决心。然后他为了继承鸿上博士的意志完成整个作战而开始行动。

汉诺塔不断吞噬Link vrains中的一切东西，正在接近完成。就在时限逼近时，以塔为目标的Go鬼冢终于和Revolver见面。紧接着他对企图让Link vrains崩溃的Revolver挑起决斗。

Go鬼冢被Revolver的战略不断破坏掉怪兽。然而他靠着不屈的斗志又站起来，越过穷途末路的绝境并唤出最强的王牌怪兽刚鬼 巨人食人魔！

眼看即将完成的汉诺塔前，Playmaker终于与宿命之敌Revolver见面。俩人赌上网络崩溃逼近的世界命运以及Lost事件的真相现在开始了最终决战……

Playmaker熬过Revolver所操纵连接怪兽的强袭，他感觉到汉诺塔中心部有怪兽的气息。随后他冲向内部，赌上胜败而挑战这次决死的抽卡！

Playmaker在决斗之中注意到了Revolver的真正身份。然而，他受到数据风暴内突然发生的冲击影响被强制退出登录。回到Den City后的游作为了阻止汉诺塔完成而前往现实世界中他认为Revolver就在那里的地方……

Playmaker在知道伊格尼斯身上隐藏的事实和Lost事件真相后试图说服Revolver停止完成汉诺塔。然而，他的想法Revolver根本听不进去。被逼入绝境的Playmaker对新的王牌怪兽托付最后的期望！

在Revolver的连续猛攻中，Playmaker用上众多码语者的力量来整顿反击体制。然而左轮以王牌怪兽装弹枪管龙对其展开迎击。他做出了超越人类智慧的终极布阵，将Playmaker逼到绝望深渊。

Playmaker和Ai即使以所剩无几的LP坚持下来，也终于陷入了无路可退的局面。然而，俩人还没有放弃。为了跨越Revolver所完成的完美战术，Playmaker把全部都赌在最后的抽卡上。汉诺塔终于即将完成，到底能否在与Revolver的战斗中取胜并阻止计划呢！？

连接境智网在Playmaker的活跃之下虽然恢复安定，但因为汉诺骑士的计划而受到毁灭性的损害。SOL技术公司在此重建「LLink vrains」后开放新生Link vrains。脱胎换骨的决斗世界中人们发出欢呼，再次充满了活力。然而，就在那新生Link vrains里，理应是救过网络的Playmaker反而遭到悬赏通缉……

Playmaker追上袭击草薙弟弟仁的神秘人物并挑战决斗。然而，神秘人物使用的未知的卡迫使他陷入苦战。寻找胜利突破口的Playmaker使用由Ai交给自己的新卡就此转守为攻！

Playmaker跟在夺走仁的意识并自称鲍曼的决斗者后面追赶。然而，他被自己面前新出现的2名决斗者挡住去路。就在那时，神秘决斗者Soulburner赶到，代替Playmaker接受决斗。那位Soulburner的决斗盘上，居然有伊格尼斯！？

转学到和游作相同学校的穗村尊的真正身份就是出手帮过Playmaker的Soulburner。成为游作同学之后的他跟自己拥有的伊格尼斯一起开始向游作讲述有关电子界世界崩坏以及新敌人存在的事。