暑假开学日。在疲惫的响面前出现一架直升机，就像引导Symphogear装者走向新的战斗一样转动着回旋翼。舞台是南美的军事政权国家巴贝韦德。面对拥有Alca-Noise为武器、对当国国民进行镇压的巴贝尔德政府，直属联合国的超常灾害对策机动部Task Force“S.O.N.G”通过会议决定对当地武力介入。军事据点立即被镇压下来，但是——被不认人知的结界守护着的旧歌剧院有着三名炼金术师的身影，她们的名字分别是圣日耳曼、卡里奥斯特罗、普勒拉蒂。将炼金术的碎片转让给巴贝韦德政府的正是在热带夜晚绽放毒花般的她们。面对无情夺取人命的炼金术师们，玛利亚、调、切歌做好决不退缩的觉悟，使用了最后的LiNKER。

按照预想的训练执行镇压任务，结果却是意料之外的异常事态。那是邪神之蛇身，模仿约那尔迪巴兹特利（Youaltepuztli）的“神之力”。为了保护录像资料，玛利亚确切地给予“神之力”刺穿一击，但对方超出预想范围，毫发无损。另一方面，响、翼、克莉丝在到访的小村里，遇到了挟持村民为人质的军官。那时先前在工厂遇到的少年斯蒂芬正面临被Alca-Noise分解危机，克莉丝不得不做出残酷的抉择之事。玛利亚等人追踪检测到的Alca-Noise反应，再次与炼金术师对峙。即使状况再不利也决不放弃、奋战到底，可是什么也没成就已经超过了LiNKER的效果时间。在玛利亚她们面前屹立着的巨大光柱，是正要成形的“神之力”——

装者和炼金术师对峙的舞台转移到日本。私立莉迪安音乐院的第二学期开始了，尚未完成的暑假作业，还有为克莉丝担忧的响，这些心事在其表情一一浮现。带着巴贝尔德政府持有的机密资料，稍晚回国的翼和玛利亚遭到卡里奥斯特罗和普雷拉蒂的袭击。虽然因为敌人的“热烈欢迎”，所乘搭的特别飞机被击毁了，但箱子里的机密资料勉强得以保住。圣日耳曼启动安蒂基西拉（Antikythera）的齿轮，让自律人偶·缇姬苏醒。这时电话铃声急切地响起，话筒的另一头是巴伐利亚光明结社的统制局长亚当·怀斯豪普特。炼金术师们再次袭击装者，派出能够制造出虚拟空间的Alca-Noise，将响、翼、克莉丝三人围困。响她们则使用IGNITE模块突破困境。

为了解读翼和玛利亚从巴贝韦德共和国带回来的机密资料，S.O.N.G.的各位访问长野县松代国土安全保障的要地“风鸣机关本部”。装者们担负着周边的警戒任务，但最后的LiNKER已经用完了，无法装备Symphogear的玛利亚、调、切歌掩饰不住心中的焦虑。另一方面，巴伐利亚光明结社的炼金术师们为了执行统制局长亚当下达的“Symphogear破坏命令”，圣日耳曼正着手炼装铠的完成。心急的卡里奥斯特罗袭击S.O.N.G.，不过无功而返。而后战斗中，为了消灭大量Alca-Noise，响等人拔剑启动IGNITE模块，然而那是个圈套。终于穿上利用了“贤者之石”的炼装铠的圣日耳曼、卡里奥斯特罗、普勒拉蒂将IGNITE模块破解，响、翼、克莉丝命悬一线。而且，亚当突然乱入，宣称在此时此刻进行“黄金炼成”——

介入战斗的统制局长亚当开始黄金炼成，同时也是对装者必杀的一锤。千钧一发之际救出响她们的是没经过LiNKER而穿上Symphogear的玛利亚等人。但是，作为国土安全保障要地的风鸣机关本部却消失得无影无踪。冒着绝唱级的负荷也挺身而出，玛利亚她们奇迹般地只受到轻伤。根据Argetlaim的特性推测，艾尔芙娜茵通过追寻在玛利亚脑内残留的Argetlaim的电信号痕迹，试着弄清脑的哪个领域与Symphogear相连着。这是危险的行动，却是LiNKER的配方解析的突破口。另一方面，终于让神之力具现化的巴瓦利亚光明结社，为了铲除Symphogear开始着手总战力作战。

为了让人类从支配中解放的圣日耳曼，带着巨大Alca-Noise袭来。因为装者的联合攻击，巨大Alca-Noise被击溃，但那却个陷阱。巨大Alca-Noise分裂成几个个体，各自开始侵略行动。为了完成LiNKER，为了寻找最后的碎片，即与Symphogear相连的大脑区域，观测残留的电气信号痕迹的玛利亚和艾尔芙娜茵，在昏暗世界的最深处被那个令人怀念又不爽的声音所愚弄。与数不尽的Alca-Noise陷入消耗战的装者们已精疲力尽。在危机逼近挚友·未来之际，响面临正义的抉择，正想去拔剑。另一方面，在假想形成的深层意识内，玛利亚客观地看待自己的记忆，比起童孩时代站在更高更宽的视角看清事实。那就是威尔博士经常所说的“爱”。LiNKER的配方终于完成，调、切歌、玛利亚出动支援响等人。

Symphogear装者和炼金师在爆炸中心地对峙。有着被无端践踏的过去的圣日耳曼，拒绝与响的对话请求，选择战斗。响也因为和圣日耳曼一样内心有着同样的伤痕，绝轻易地放弃。为了掌握月球遗迹，圣日耳曼她们所寻求的是所谓的“神之力”。根据藤尧拼死带回来的影像记录数据来分析，可判断出那是用生命能量所炼成的东西。同时，弦十郎推测，响的一击并不会达到将其分解的程度。巴伐利亚光明结社的目的也逐渐明朗化。但是，被“拔剑”被封杀的装者的状况处于劣势。苦思着对抗方法的艾尔芙娜茵，在庞大的圣遗物相关资料中发现一丝希望。与赤之辉石“贤者之石”对抗的奇迹，就是立花响过去与永恒之枪融合期间，在其胸口结出来晶体，戏称“愚者之石”。

作为对抗贤者之石的手段，Symphogear强化计划。装者们对愚者之石寄予希望，弦十郎却面情严肃，宣称要对她们“特训”。另一方面，被小调和切歌的合唱击退的普勒拉蒂受了重伤，圣日耳曼忙着祭坛设置的仪式，卡里奥斯特罗决定单独出击。斯蒂芬和索尼娅在回国之前要求和克莉丝见面。面对神情明朗的斯蒂芬，克莉丝一脸阴沉，一直被后悔的情绪折磨着索尼娅的表情也和克莉丝一样暗淡。就在相互踌躇着迈出人生一步的时候，巴伐利亚光明结社袭来。以将装者们分开为制胜策略的卡里奥斯特罗，成功将小调和切歌隔离，除了封杀了IGNITE模块，还阻断了合唱，以为胜利在望。但是那个时候，克莉丝听了斯蒂芬的一席话后得到自我宽恕，拔剑同玛利亚合唱大反击。

圣日耳曼已经做好的献出生命的觉悟。即便为了追求自己的理想，圣日耳曼仍不免对亚当和缇姬的言语感到厌恶。S.O.N.G.根据跟神社本厅的协力，看穿巴伐利亚光明结社的计划是从Ley Line拉出行星生命力“神之力”具象化。在决战的事前准备过程中，弦十郎提到了某个成为某个可能的对抗手段——那就是对抗“神之力”的“弑神之力”。但是，通往“弑神”真相的道路全被摧毁，已经很难弄清楚……绪川与各国的情报机关合作，为了让说明一切而奔走……即便任务艰巨，S.O.N.G.不顾一切地阻止巴伐利亚光明结社的作战。千钧一发之际，八纮起动要石，为阻断Ley Line而关闭鼓星神门。即便如此，亚当消耗自身积累的魔力，将与地上的镜像猎户座相对照的天上的猎户座作为“神出之门”开启，试图通过获得的行星生命力与缇姬融合在一起，使之产生“神之力”。

夜空巡星的生命倾注而来，现在正是神之力完成之时。虽然身怀各自的正义，但阻止亚当的想法是一致的，响和圣日耳曼面对共同的敌人并肩作战。由于消耗了大量体力，已无法进行黄金炼成，亚当在拳击与枪击的组合攻击下被逼地走投无路/圣日耳曼刺伤亚当的瞬间，亚当不是人类而是人偶——这个巴伐利亚光明结社的天大秘密也被揭穿了。缇姬怒吼，将群星的生命力凝聚，对响和圣日耳曼充满敌意的“神之力”Divine Weapon在此显现。Divine Weapon有着引以为豪的绝对的攻击力和防御力，Symphogear装者、S.O.N.G.、人类在其面前不堪一击。绝体绝命之际，巴贝韦德的文献终于公开了。有着“弑神”力量的哲学兵器，起名为永恒之枪（Ganguniru）。

浮在半空中的神之力，向被认定为容器的立花响流去。被响的身体固定的能量，变成蛹般的异形肉块。面对这种难以置信的状况，圣日耳曼屏住呼吸，亚当失望离去。战栗不已的各国为迫近的超常威胁召开了紧急安全理事会，正讨论着对作为灾害中心的日本动用超过巴贝尔德规模的武力介入。风鸣讣堂将以前强行实施的新法案·护国灾害派遣法应用于响。将响认定为第二种特异灾害，打算将其处死来避免投入反应武器（核弹~）。在联合国对日本武力介入的决议之前，Symphogear装者们竭尽全力地为救出化身成巨人的响而奋战。那之中也有圣日耳曼的身影。向响注入Anti-Linker，未来的呼唤传到响的心中，响的身体离开神之力而获救。但是，美帝仍发射了核弹，圣日耳曼和卡里奥斯特罗、普勒拉蒂用自己的生命将其化解。

开启“神出之门”耗尽力量，现在又丧失神之力亚当舍弃了完美的人类身姿。一直渴望站在高处的人偶，最终变成高大的牛角怪人，以求终结。Symphogear装者六人合唱提升Sonic Gain，但是仍达不到起动X-Drive的水平，从而陷入苦战。在压倒性的战斗力面前，受挫的响听到圣日耳曼的声音。抬头向前往闪耀的光点望去，那是圣日尔曼的炼装铠变身武器Spellcaster。响飞奔过去想捡起时，却被亚当捷足先登。亚当将炼装铠变成的能量向响抛去，响用绝唱与之对抗。响身披金色Symphogear，用双拳将亚当贯穿。