小智抱着衰弱的呱呱泡蛙来到布拉塔诺博士的研究所，在苏菲的治疗下，呱呱泡蛙逐渐恢复健康，布拉塔诺博士也将呱呱泡蛙过去不断逃离训练家的经过告诉小智。布拉塔诺博士带小智、希特隆与柚丽嘉参观研究所，谈到自己研究宝可梦的进化，并谈到超进化的可能性，他的烈咬陆鲨就是他的研究的对象。此时窃听到超进化讯息的火箭队，伪装成研究人士进入研究所，并趁机将控制宝可梦的装置丢向呱呱泡蛙，烈咬陆鲨挺身而出而遭受装置控制，痛苦难当的烈咬陆鲨开始发狂攻击，破坏研究所与炸飞火箭队后，便冲至密阿雷市的街上四处破坏，最后爬上了棱镜塔。小智与呱呱泡蛙为拯救烈咬陆鲨也爬上棱镜塔，但烈咬陆鲨依然不断攻击，就在即将从塔顶跌落的时候，呱呱泡蛙利用泡沫黏住烈咬陆鲨的双脚，皮卡丘也趁势用铁尾打破控制装置，烈咬陆鲨才终于恢复。皮卡丘却不小心从塔顶坠落，小智奋不顾身跳下抱住皮卡丘，此时火焰鸡现身救了小智与皮卡丘，事情才圆满落幕。为表达感谢，布拉塔诺博士将卡洛斯地方的宝可梦图鉴送给小智，小智也收服了想一起旅行的呱呱泡蛙，准备踏上旅程。

小智在希特隆和柚丽嘉的带领下，在宝可梦中心登记参加卡洛斯地方联盟，并决定前往白檀市挑战道馆训练家紫罗兰，而希特隆和柚莉嘉也表示希望与小智一同旅行，三人便一同经由4号道路前往白檀市。三人在路上遇上了咚咚鼠，在希特隆同意下柚丽嘉决定收养咚咚鼠，但忽然出现的小箭雀抢走咚咚鼠的食物，使得咚咚鼠哭泣着逃走。小智的呱呱泡蛙因为无法忍受小箭雀的野蛮而主动攻击，但攻无法对抗在天空自由飞翔的小箭雀，小箭雀极快的速度也让小智决定收服它。希特隆使用机器发出音波想吸引小箭雀靠近，却引来一大群大针锋来攻击，最后机器爆炸三人跌落山谷。看到周遭地形的小智，决定让呱呱泡蛙利用地形的高低差来与小箭雀进行空战，最后顺利打败并收服小箭雀，三人继续向白檀市前进。同时莎莉娜到达了密阿雷市的研究所准备并挑选自己的新人用宝可梦。

莎莉娜在布拉塔诺博士处得到了卡洛斯地方图鉴，并选择了火狐狸作为自己的新人用宝可梦。在前往白檀道馆的途中，柚丽嘉在照顾小智的宝可梦时，之前的咚咚鼠再次出现。柚丽嘉十分想要收养它，但咚咚鼠再次逃走。于是小智和希特隆分别派出皮卡丘和掘掘兔前去收服咚咚鼠。皮卡丘抓到了咚咚鼠但是却和小智等人走散了，并且和咚咚鼠一起被火箭队追捕。皮卡丘带着咚咚鼠逃过了火箭队的追捕，并被小智的小箭雀找到。小智等人赶到皮卡丘处，希特隆帮咚咚鼠回复了体力。再一次击败来袭的火箭队后，咚咚鼠自愿被希特隆收服，并被柚丽嘉带在身边。

小智一行人来到了白檀市，与此同时莎莉娜也来到了白檀市。在前往道馆的路上小智与道馆训练家紫罗兰碰面了，但却不知道她的道馆训练家身份。抵达道馆，小智在门口遇见了三色堇和她的伞电蜥，从来采访结束来到这里等小智一行人的三色堇那里得知，这里便是她妹妹的道馆后十分激动，尾随而至的紫罗兰与小智等人见面，小智才知道原来她就是道馆训练家。穿过一层时，小智一行人看见了墙上的照片十分赞赏，这时，被照片迷住的柚丽嘉决定将紫罗兰选为希特隆的新娘，但是被希特隆的机械之手拖到对战场地了。之后，小智的皮卡丘和紫罗兰的溜溜糖球开始进行道馆赛，第一轮由于溜溜糖球用冷冻光线造出来冰之场地使得皮卡丘被打败了。接着出场的小箭雀扳回一局，打败了溜溜糖球，但接下来登场的彩粉蝶利用幻象术将小箭雀撞上冰之场地和黏网，最后被阳光烈焰一击打败，在对战中，莎莉娜来到这里参观比赛。小智输了后，和紫罗兰约定再次挑战，然后便带着受伤的宝可梦去了宝可梦中心，却把背包忘在了道馆，莎莉娜看到后决定帮他送去。在宝可梦中心后的对战场地上的小智送来背包的莎莉娜碰面了，柚丽嘉和希特隆过来告诉了小智，刚才莎莉娜也在场，小智对只注意宝可梦和对战而忽略她了感到抱歉，这时，宝可梦中心的通知声音打断了莎莉娜想和小智说的话。在宝可梦中心里小智见到了火狐狸，也告诉了莎莉娜乔伊小姐有很多的事。接着，小智和赶来的三色堇在对战场地进行特训，决定先来突破烈暴风，便让三色堇的音波龙造出大风，让绑着气球皮卡丘他们进行突破，可是总是失败，每当失败摔下时，小智都会替它们挡下摔落的伤害，这时，莎莉娜为小智递上了手帕，莎莉娜再次和他说起过去的事…

经过莎莉娜的提点，小智恢复了活力，继续接受三色堇的特训，让皮卡丘、小箭雀适应了在大风中的战斗。吃过晚饭后，又接受了希特隆的科学特训。第二天小智跟宝可梦们精神满满地前去挑战紫罗兰，对决开始！皮卡丘对战溜溜糖球，打败了紫罗兰获得虫虫徽章。

得到第一枚徽章后，小智和伙伴们再次踏上旅途向遥香道馆进发 ，莎莉娜也应邀一同出发。在莎莉娜的提醒下，小智终于想起了自己与莎莉娜是旧识，就在大家为重逢而开心时，突然传来轰隆隆的声音，原来他们遇到了铁甲犀牛大赛，之后，小智也报名参加，莎莉娜指导他掌握了驾驭犀牛的诀窍。

前往密阿雷市途中，小智等人结识了被宝可梦多丽米亚拒绝的实习美容师洁西卡，洁西卡热情的招待他们在这个小镇观光，期间大家的目光都被一所宝可梦美容院所吸引，莎莉娜还将火狐狸交予他们进行美容，可让大家意外的是这伙美容师竟然是火箭队伪装的，为了救回火狐狸，大家齐心协力将火箭队打的落荒而逃，多丽米亚也因洁西卡在战斗中的舍身相救，而渐渐接受了她。

小智一行人在到达遥香道馆前来到了密阿雷市，这里也是小智与希特隆、柚丽嘉相识的地方，没想到刚来这里就遇到了兄妹二人的爸爸并且小智还意外得知希特隆就是密阿雷市道馆的馆主，而他一直向小智隐瞒此事是因为道馆已被自己制作的“希特洛伊特 ”所占领，可自己却无能为力，最终希特隆在小智的鼓励下与自己的机器人进行对战，赢回道馆。

在莎莉娜的提议下大家一起去拜访布拉塔诺博士，就在大伙开开心心吃马卡龙时，火箭队突然闯入并抓走了博士，在他们的威胁下博士交出了让宝可梦超进化的资料，于是超级喵喵诞生！而此时的小智等人也在哈力栗的引导下赶来营救，岂料超级喵喵异常强大，就连哈力栗和皮卡丘一起作战都难以攻破，就在这时，超级火焰鸡再次现身！

小智、希特隆等人一起在竹林里享受午餐的时候，突然冒出了两只顽皮熊猫，它们吃光了所有人的食物，这时，火箭队出现并抓走了宝可梦们，可是却因为起内讧引起爆炸使皮卡丘它们得以逃脱，在与小智会和之前，哈力栗将流氓熊猫最为重要的竹叶破坏，致使它一蹶不振，之后，大家在顽皮熊猫的带领下找到了新的竹叶，没想到火箭队却将流氓熊猫绑架。

旅行途中，小智等人捡到了被宝可梦卖家达兹掉落的粉蛹，当大家从君莎小姐那里得知达兹的丑恶行径后，决定救出其他被抓的粉蛹，于是，大伙儿制定了伪装大作战计划，他们将哈力栗装扮成粉蝶蛹并依此为诱饵找到了达兹的藏身之地，然而，有所觉察的达兹却将希特隆等人一网打尽，只剩小智一人与他进行战斗，所幸在关键时刻粉蝶蛹进化成了彩粉蝶。

前往遥香市的途中，小智遇到了训练家普尔美艾，因为在对战中败给了仙子精灵，他便与伙伴们按照约定随普尔美艾来到一所幼稚园，让自己的宝可梦陪孩子们玩耍，但其中有一个名为兰迪孩子却因为受到过伤害而远离宝可梦，期间，火箭队伪装成志愿者来幼儿园表演，他们利用卡车掳走了仙子精灵和皮卡丘，而呱呱泡蛙和兰迪也阴错阳差的被关在了卡车中，所幸小智及时赶到，在他的鼓励下兰迪克服障碍救出了仙子精灵和皮卡丘并与呱呱泡蛙成为了朋友。

旅行途中突降大雨，小智等人躲进了一栋无人居住的诡异宅邸，因为这里不是电灯自动点亮就是大门忽然紧闭，于是，大伙决定另寻出口，没想到遇见了一个奇怪的生物，期间，柚莉嘉也莫名失踪，就在大伙心急如焚的寻找柚丽嘉之时碰到了同样在这里躲雨的火箭队。原来这是“自制宝可梦”妙喵，这栋宅子的原主人丽莎婆婆与妙喵成为了朋友，还把她逝去的丈夫送给她的项链交给了妙喵，等妙喵来归还项链的时候，老婆婆已经去世。

天色渐暗，前往遥香市的小智等人决定露营，大家一起吃饭、嬉闹，其乐融融。其间，因贪吃而肥胖的哈力栗还与呱呱泡蛙和咚咚鼠进行了对战，哈力栗惨败两战。当晚，哈力栗受到香气的指引来到附近的婆婆家，没想到却卷入了一场因争吵而引发的精灵对战中，面对炎系的妖火红狐，行动逐渐迟钝的哈力栗最终与老爷爷战斗减肥成功。

在宝可梦中心时，由于莉姆的大意，把装着皮丘的背包和柚丽嘉装着咚咚鼠的背包弄混了，看见柚丽嘉的皮丘吓得使出绝招，莎莉娜保护了柚丽嘉，皮卡丘也用十万伏特稳定了皮丘，之后小智等人在宝可梦中心问了皮丘主人的详细情况决定一起去找。在路上，正在寻找莉姆的她的姐姐蕾娜与小智等人碰面了，皮丘跑到蕾娜的怀里，之后，大家一起找到了莉姆，原来莉姆是因为姐姐送自己的皮丘被自己弄丢的才溜走的。

正在前往下一个道馆的所在地遥香市的小智一行人，遇到了神秘的少年忍者和呱头蛙。面对拥有呱头蛙小精灵的少年忍者三平，小智对三平提出了对战的请求，于是小智的呱呱泡蛙对战三平的呱头蛙的比赛就此开始。对战开始呱头蛙就展现出了高超的忍术将呱呱泡蛙和小智成功压制。面对忍术高超的呱头蛙，被压制的呱呱泡蛙最终反败为胜。

来到古木镇的小智一行人，一进入城门就听到了一阵奇怪的噪音。在一番了解之后，小智等人得知原来是因为今年卡比兽未被唤醒而一直沉睡。为了唤醒时不时发出噪音的卡比兽，希特隆拿出了自己发明的叫醒器，结果却对卡比兽一点用也没有。于是为了唤醒沉睡的卡比兽，小智一行人只好寻找城主了解情况，最终成功唤醒卡比兽。

就在火箭队众人讨论如何捉住皮卡丘的时候，神秘的X女士出现在火箭队的面前，为了得到皮卡丘，X女士控制住了火箭队的武藏与小次郎。而躲过一劫的喵喵在遇到并提醒了小智一行人，然而后者并未相信。就在喵喵辩解时，被控制的武藏和小次郎出现在众人面前，并且和X女士一起抓走了皮卡丘。希特隆利用他的器械，最终小智等人分头行动，救回了皮卡丘。

可以在战斗中获得爵位的战斗城堡引起了小智等人的注意，在说唱兄弟尼古拉和特斯拉的带领下小智等人来到了战斗古堡。不同于道馆战，战斗古堡的战斗充满了骑士精神，而小智也在战斗中获得了男爵的爵位，而真正的重头戏是紫罗兰和查克洛这两个公爵间的对战。比赛中小智见识到了查克洛的非凡实力，而这个查克洛正是他要去挑战的遥香道馆的馆主。

最近流行的宝可梦录像里第一名是偶像宝可梦组合出道的艾露和火狐狸，看到这些的莎莉娜也不甘示弱，她也准备拍摄宝可梦录像出道。一番努力之后莎莉娜的录像终于拍摄好了，但宝可梦中心的编辑设施却出现了问题。，而火箭队趁机打起了歪主意。在武藏沉醉在拍摄乐趣中时小智等人已经赶了过来，而他们面前的水坑是摆在爱干净的莎莉娜面前的难题。

小智一行人途径朝气蓬勃的古香水族馆，在那里他们不光看见了来自各地的水系宝可梦，还看到了黄金的鲤鱼王雕像。在海边他们看到了正在垂钓的馆长和铁臂枪虾，听说了黄金鲤鱼王的传说后小智等人也加入了垂钓者的行列，而在一旁偷听的火箭队又开始了行动。在咚咚鼠遇到危险时，一向冷傲的铁臂枪虾伸出了援助之手。

前往遥香道馆的小智等人遇到了三色堇小姐，而三色堇这次采访的目的地——古香镇化石研究所——引起了小智等人的兴趣。来到化石研究所大冰库的小智一行人遇到了喜欢亲近人的冰雪龙与冰雪巨龙。然而，火箭队趁众人不备盗走了冰雪龙，暴露在常温中的冰雪龙时刻存在着危险，小智等人和冰雪巨龙一起靠着极光的羁绊前往救援。

为了得到第二枚徽章，小智一行人终于到达了遥香市，迫不及待向查克洛先生提出道馆战的小智将要展现自己的特训成果。登上绝壁的小智得到了查克洛的认可，特训后的呱呱泡蛙用“岩石封闭”打败了大岩蛇，但拥有卓越跳跃能力的宝宝暴龙却打败了小智的呱呱泡蛙和小箭雀，在这样的情况下属性不利的皮卡丘将迎接挑战。

因为宝可梦泡芙的关系莎莉娜和米露菲产生了矛盾，为了一较高下，两人都参加了宝可梦泡芙比赛。而当比赛接近末尾时，作为材料的树果全都不翼而飞了。为了寻找树果，小智一行人来到了森林中，但那里的树果也全都被人偷走了。正当奶油球指示大家树果方向时，远处的莎莉娜发出了尖叫，原来是森林中的绵绵泡芙因缺少甜食变得非常暴躁。

小智和同伴们在前往第三个道馆所在的娑罗市的路上。然而，他们在途中遇到的花蓓蓓却一直黏在柚丽嘉的花型头饰上面不肯离开，它本应随身携带的妖精之花也不见了踪影。来到城市后小智他们遇到了花蓓蓓的训练家灰，灰和韩娜这对老夫妻和花蓓蓓一直生活在一起，在探望重病韩娜时花蓓蓓弄丢了自己的花，知道情况的小智等人决定帮助花蓓蓓找回妖精之花。

在宝可梦表演赛中小智目睹了卡洛斯地区冠军卡露乃的风采，她和宝可梦沙奈朵有着很深的羁绊，而博士也为了调查超进化调查上了卡露乃。后因为热销的巧克力 蛋糕的缘故卡露乃接下了小智的挑战，在小智和卡露乃决战的过程中火箭队又从中作梗，通过心灵的呼唤卡露乃找到了被抓走的沙奈朵，超进化后的沙奈朵发 挥出了强大的力量。

小智一行人来到某个小镇，刚到不久就被君莎小姐带走。原来有三个假扮小智，莎莉娜和柚丽嘉的人四处作恶，强迫他人对战，大吃大喝后不结账等等。小智他们得悉后，决定要把犯人找出来，究竟他们能否捉到假小智呢？

小智一行人在旅行途中，遇上一个叫可尔妮的女孩和她的拍挡路卡利欧。小智接受了可尔妮的挑战，但路卡利欧实力很强，皮卡丘完全处于下风。对战后小智得悉原来可尔妮是他下个目的地娑罗道馆的道馆训练家。而且可尔妮的手套上装有进化钥石，难道她的路卡利欧懂得超进化？

可尔妮和小智一行人为了得到路卡利欧的超级石“路卡利欧进化石”，来到了石林镇。他们听说在深山的洞窟里面有路卡利欧进化石，于是立即前往，却看见走先一步的火箭队被打至飞往半中。原来洞窟有一只火焰鸡在守护进化石。究竟路卡利欧能否击败火焰鸡，得到路卡利欧进化石呢？

可尔妮和路卡利欧得到了路卡利欧进化石，并成功进行了超进化。为了测试超进化的力量，路卡利欧立即和皮卡丘对战。虽然超级路卡利欧因超进化得到了压倒性的力量，却因无法控制强力的波导而变得凶残。超级路卡利欧失控，不断攻击已经失去反击能力的皮卡丘，究竟可尔妮和小智能否阻止它？

可尔妮和路卡利欧因为无法控制超进化带来的强力波导，出现了严重的问题，超进化大叔因此叫他们到幕斯顿山接受新的修练。小智和可尔妮一行人来到一个洞窟，这个洞窟是通往幕斯顿山的捷径。火箭队跟踪他们，并用计令洞窟内大量嗡蝠四处乱飞制造混乱。小智一行虽然成功逃离，却在混乱中各散东西……

可尔妮和小智一行人来到幕斯顿山，与梅普露婆婆见面，希望学懂控制波导的方法。梅普露的拍档是会超进化的大嘴蛙，她随即和可尔妮的路卡利欧对战并取得胜利。梅普露吩咐可尔妮和路卡利欧去摘花和插花，连续几日都没进行任何特训，令可尔妮感到非常疑惑，此时梅普露终于解释她的用意…

在旅行途中，小智一行人遇上欺负弱小宝可梦的圈圈熊，并想出手阻止。此时，摔跤宝可梦战斗飞鸟出现，它有一套独特的战斗美学，在使出绝招前一定会做一个特别的动作。小智十分喜欢战斗飞鸟，并希望帮它练好绝招“飞冲落地”，但是在他们特训的时间，出现了几只凶恶的宝可梦……

小智一行人在旅行途中来到卡洛斯峡谷，他们在那里遇上天空训练家娜米和她的宝可梦烈箭鹟。空中对战是指训练家一边飞行，一边跟宝可梦一起进行对战。小智和战斗飞鸟跟娜米进行对战，只要胜出的话小箭雀就可以挑战烈箭鹟，究竟最后谁胜谁负呢？

小智一行人在旅程途中来到镜穴，那里有很多大小不同的镜子，此时发生了不可思议的事件，在镜中另一个小智把皮卡丘抢走了！小智为了取回皮卡丘二话不说冲进了镜子里，并去了另一个世界！在另一个世界的同伴跟原本的有很大分别：好胜的莎莉娜，跑得很快的希特隆，有大小姐气质的柚丽嘉……究竟小智能否取回皮卡丘，又能否回到原本的世界呢？

在前往娑罗市与可尔妮进行道馆战的路上，呱呱泡蛙和战斗飞鸟与希特隆的哈力栗和掘掘兔进行二对二对战。不过他们完全没有默契，还在战斗中打了起来。小智为了令他们更合拍，提议他们练一招叫“超级飞冲落地一字斩”的合体绝招。虽然过程不太顺利，但是小智仍很努力地叫他们继续练习。突然，有身份不明的宝可梦把小智扯进了森林，究竟呱呱泡蛙和战斗飞鸟会怎样合力救回小智呢？

小智一行人决定参加法桐博士举办的宝可梦夏令营。在这个夏令营，参加者分成不同队伍，在各个活动竞争比赛，得到最高分的队伍就可以进入训练家殿堂。小智他们遇上了莎娜、瑅耶鲁诺和多罗巴三人组和他们的宝可梦妙蛙种子、杰尼龟和小火龙，充满笑容和泪水的夏令营现在正式开始！

夏令营第三日的活动是制作宝可梦短片。莎莉娜非常期待这个活动，希望以宝可梦作为主角，表现他们的魅力，并制作好波伏蕾和为宝可梦打扮的用具。不过，专心一意寻找拍摄地点的莎莉娜，不小心在崖边滑了下去，并和出手相救的小智双双跌落崖底。究竟他们有没有大碍呢？他们能否制作出精彩的宝可梦短片呢？

宝可梦夏令营进入白热化的阶段，小智和瑅耶鲁诺的队伍在此前的比赛以同分并列第一。下一个活动是宝可梦定向越野赛，各队伍要在不同的检查站收集盖印，然后斗快到达终点。小智和瑅鲁耶诺，和队友互相合作，顺利通过了所有检查站。不过，他们在前往终点途中遇上大雾，并和柚丽嘉和皮卡丘走散了。究竟小智他们能否成功找回柚丽嘉呢？柚丽嘉又在森林中遇到甚么宝可梦呢？

宝可梦夏令营最后一日的活动是小组对战！此前小智和瑅耶鲁诺的队伍同分，两队将会在决赛一分高下！在决赛前，瑅耶鲁诺一行带宝可梦到乔伊小姐那里接受治疗，但是假扮成厨师混入夏令营的火箭队出现在他们面前，并带走了他们的宝可梦。究竟他们能否取回杰尼龟，小火龙和妙蛙种子呢？最后，到底是哪一队获得胜利，成功进入夏令营的殿堂呢？

小智一行人来到娑罗市，并重遇可尔妮和路卡利欧。虽然小智在宝可梦夏令营中从瑅耶鲁诺身上学了节奏战术，但是他还未练好，大家都觉得很担心。他们跟著可尔妮来到精练之塔，并决定在明天进行道馆战。然而火箭队却衬众人熟睡中偷走了超进化大叔珍而重之的真传秘笈，在决战前的一夜引发起大骚动！究竟小智和可尔妮能否在火箭队手中取回真传秘笈呢？

小智急著和可尔妮对战，在还未练好节奏战术的情况下就跟可尔妮进行进馆战！面对可尔妮格斗系的宝可梦，小智用战斗飞鸟，火箭雀和皮卡丘挑战。之前还未赢过路卡利欧的皮卡丘，究竟能否打败已经成功控制波导的超级路卡利欧呢？

小智一行人在旅程途中，遇上以超能妙喵做拍档的两兄弟龙司和创一，两人分别完成修练的旅行回家。虽然一年没见，但是两兄弟之间气氛却十分差。回到大屋之后，两人的父亲说要进行挑选继承人的试练，小智他们亦分别成为他们的助手，参与了这场竞赛！

小智一行人在旅行途中来到一间宝可梦中心，并遇上经常失败的胖可丁。此时，村内很多宝可梦因为一只失控的暴蝾螈受伤，被送来宝可梦中心。胖可丁在搬送宝可梦时不停出错！后来，一直体谅为胖可丁并为它打气的乔伊小姐被暴蝾螈袭击，处境非常危险，此时胖可丁鼓起勇气挡在乔伊小姐前面…

小智一行人和莎娜一起去观赏卡洛斯女王爱儿的表演，后来在三冠卫星赛新人级初阶赛进行中的时候，有一只顽皮熊猫自把自为上台表演，把舞台弄至乱七八糟，令比赛中断。虽然大家对顽皮熊猫的恶作剧感到不满，但莎莉娜则感觉到顽皮熊猫只是喜欢表演，并说希望可以与它一起做宝可梦表演…

小智一行人来到希特隆的母校，并遇上野生的勒克猫。这只勒克猫，是以前与希特隆一起进行研究，成为了好朋友的宝可梦。但是，他们因为某些巧合也最终分开了。虽然他们重遇，但是勒克猫仍未原谅希特隆。究竟最后他们能否修服好之前的关系，再次建立友情呢？

柚丽嘉在森林中遇上自称拉普拉斯保卫队的三人组，他们的年纪和柚丽嘉差不多。他们在森林中发现受了伤的拉普拉斯，为它包扎并一直照顾它。拉普拉斯因为想回到大海而不时悲呜，柚丽嘉和拉普拉斯保卫队决定送它回去大海，但此时火箭队出现想捉走拉普拉斯！究竟没有宝可梦的柚丽嘉和拉普拉斯保卫队，能否成功保护拉普拉斯呢？