阴森校园里，有着令人不安的诡异气氛。一双脚小心踏进空无一人的图书馆内，是詹士德，他以利落眼神注意着四周。忽然眼前一个黑影扫过，詹士德立即追过去，但一追到书柜尽头，黑影已消失，天花板灯光跟着瞬间熄灭。詹士德怔住，犹如掉进陷阱一样紧张，这时嘎的一长怪声开始接近，接着第二声、第三声，一堆怪声逐渐往詹士德这里袭来。待詹士德发觉怪声原来是推车，竟从四面八方冲撞向他，已来不及躲开，只好以推车撞开推车，然后趁隙冲往前方柜台下躲避。诡异的是，他一躲进柜台，推车也忽然全停下来，静止不动。詹士德偷偷探头往外看，想知道到底是谁在攻击他，怎知手机却在这时候刺耳响了起来，詹士德赶紧伸手接起。手机听筒传来：游戏还没结束，你敢继续玩吗？詹士德气恼摔挂手机，却感觉到有人正站在他背后，一转头，不禁惊愕吓住！詹士德从警察大学转到圣英的第一天，由白名单学生温心岚负责带领詹士德参观学校，温心岚向詹士德下战帖，要在成绩上一较高下，但詹士德发现温心岚在学校成绩排名只是第三名，根本不是他的对手。走在校园的詹士德发现有人跟踪他，并传跟踪照片到自己手机里，加上遇到怪妹妹李晓星在树上装死的烂技术，让詹士德对来到圣英的第一天心情并不是很好，李晓星崇拜詹士德的父亲，也就是名侦探国际犯罪专家 DR.JAME S ，为了摆脱李晓星， 于是骗她学校有杀人魔要她赶快去调查！之后学校陆续出现成绩排名第一名与第二名的萧雅琪及林宜庭被设计陷害，詹士德来到 CHERRY 老师的辅导室，以为是 CHERRY 老师在整他，没想到这竟是二回事，为了追出真相也为了让詹士德心服口服的加入霹雳 MIT 组织， CHERRY 老师与詹士德打睹，谁先找到凶手，另一个就听对方的。于是在 没有任何目击者看见事情是怎么发生的，连受害女学生也害怕地无法回想起可怕遭遇的发生经过，唯一的线索，是现场所留下的诡异神秘的字条，预告着下一次犯案的地点…为了阻止其它学生成为被害目标，霹雳 MIT 必须在限时内解开凶手刻意留下的线索关键，找出下一个犯罪地点，及时阻止犯人袭击被害者。然而凶手却好像故意在耍弄大家，每次霹雳 MIT 赶到现场，却总是晚了一步到底真正的凶手是谁？下一个受害者又是谁？

刚完成一个任务，MIT又接到了一个任务。根据光碟里的恐怖片段，大家开始追查。学校戏剧社成员金吉菈一心想争取公演女主角，却因挤不进前一百名的白名单不被陆雅琪赞赏。陆雅琪取消公演，疯狂地想要演戏的金吉菈绑架了耻笑自己的林莉娜威胁MIT去救人。众人找到线索，赶到篮球场解救林莉娜。钱富豪安慰伤心难过的金吉菈，金吉菈被钱富豪的话感动，忏悔自己的所作所为。詹士德发现金吉菈也收到一片游戏光碟。

女学生沈修君约了网友恶狼见面，还没见面，就遭到攻击，被伤成轻微脑震荡。陶老师发现恶狼故意留下线索，让MIT追查。又有一名女同学张玄惠被约了出来，李晓星抓伤恶狼，MIT从陆克英身上发现交换生内定名单的线索。原来即将成为交换生的白名单学生陈逸宏在网上教唆沈修君和张玄惠陷害其余两位候选人吴志丰和陆克英，顺利获得交换生的资格。詹士德从尾戒识破恶狼陈逸宏，使得他的阴谋没有得逞。

接到挑衅电话的陶老师依照约定而来，摸到掉落地上沾有血迹的凶器，谢宜倩尖叫跑出，误会陶老师是伤害校刊社的社长戴志勋的凶手。其实，一切都是戴志勋自导自演的。戴志勋被罗家豪不小心打翻的显影液弄伤眼睛，使得嗜摄影如命的他再也拍不出得奖照片。陶老师一心想用爱心感化罗家豪，使戴志勋心生怨恨。戴志勋绑架陶老师和钱富豪，用显影液威胁两人。谢宜倩及时赶到制止，承认是自己忘了关显影液的瓶盖。

宿舍发生火灾，疏散时，大家看到502号房的杨明伟昏倒在楼梯边，紧跟在后面的是拿着刀的陆克英。两人口供截然相反，MIT展开调查。杨明伟被人误以为剽窃陆克英作品，想向炼狱天使交换灵魂报复。詹士德前女友林雨洁转学到圣英大学，詹士德怀疑她别有目的。杨明伟利用詹士德创建的炼狱天使游戏，挑战MIT，并在摄影机上动手脚迷惑MIT，想烧死李晓星和林雨洁。詹士德识破杨明伟诡计，救出李晓星和林雨洁。

科学社社员蔡雅菁认为Dr.James出庭作证，使爸爸SteveWang以意外杀人的罪名入狱，趁机卖掉此案的电影版权，所以想用类似的事件陷害詹士德。蔡雅菁布下跟踪狂的迷局，故意表现出詹士德与自己关系暧昧，引痴迷自己的的邱士鸿对詹士德出手。詹士德从监视器画面看出破绽，假装伤害邱士鸿。队员们查明真相，原来，蔡雅菁的妈妈为了让她上圣英大学，卖了电影版权。蔡雅菁悔恨自己相信黑鬼，玩这个游戏。

李晓星看到命案发生，MIT赶到现场，发现被害的是一只鸡。詹士德追查时注意在校受尽欺负的学生林柏青，李晓星发现案情与自己的杀人小说不谋而合。教育部次长杜铭的私生子林柏青及双胞胎弟弟林柏宏不甘同父异母的兄弟杜明威对他们的百般欺辱，于是听信了黑鬼的话，绑架詹士德、李晓星和杜明威、陆克英，威胁与巴结杜铭的陆雅琪。陆雅琪却自私的只想救陆克英，陶老师劝服了兄弟俩，又拿到了一片拼图。

MIT决定玩杀手游戏引恐吓大家的杀手出现，前MIT队长陈一翔的外甥女许万欣表示自己崇拜陶老师，陶老师命大家调查许万欣说的偷拍色魔。众队员为了帮黄辉宏洗清偷拍色魔嫌疑，努力追查，发现杀手的目的是使队员们对MIT失望。原来，许万欣为陈一翔救陶老师摔断了腿不值，迷昏去看过世陈一翔的陶老师，想向她报复。队员们拆穿许万欣，陶老师坦言早就得知了许万欣的阴谋，许万欣这才领悟自己犯了错。

篮球社社长郑文龙为救被蒙面人袭击的女友姚千惠，冲进女生宿舍。陶老师怀疑有人冲着陆雅琪的菁英改造计划。队员们发现正义网假冒MIT替同学们伸张正义，詹士德向正义网挑战。陆雅琪为了学校利益逼迫郑文龙和姚千惠分手专心打球，郑文龙认为自己受伤不能打球，不被陆雅琪放在眼里，愤而绑架了陆雅琪。队员们救出陆雅琪，陆雅琪原谅了郑文龙，却指一切都是MIT引起的，强行解散了MIT，调走了陶老师。

詹士德为了让调走的陶老师回到圣英大学，答应陆雅琪为校争光。陆克英收到小时候玩具机器人的身体，黄辉宏和李晓星接到变态游戏狂的挑战。陆雅琪推荐詹士德出国留学，詹士德劝她关心一下陆克英。何瑞家绑架陆克英，以报复小时候陆克英对自己的欺负。詹士德为避免牵连大家，默默调查此案，救了被何瑞家逼迫上吊的陆克英。MIT赶到，阻止何瑞家自杀，发现他就是设计光碟中游戏关卡的黑鬼。MIT可以重新聚在一起。

钱富豪收到死鱼快递和詹士德和李晓星昏迷的照片。钱富豪依照绑匪吩咐洒下赎金、吃下从不吃的生鱼，发觉绑匪与自己十五年前被绑架一案有关。陶老师带领众人追查，救出詹士德和李晓星。钱富豪认出绑匪就是和自己一起被绑架的陈彦翔。原来，陈彦翔气愤当年陆雅琪骗绑匪带走自己，Dr.James破不了案，害自己落入孤儿院。陈彦翔假扮陆克英威胁陆雅琪救自己，钱富豪认出陈彦翔，跳下水救他，捐重金给学校留下陈彦翔。

詹士德发现之前的案件都与陆雅琪有关，怀疑游戏大魔头是故意让大家调查游戏背后的丑陋交易。陆雅琪烧了自己宠爱的学生林湘婷画的圣母像，队员们找到了曾经暗恋林湘婷要为她报仇的杨圣凯，查出当年陆雅琪逼迫林湘婷堕胎致死。詹士德对女友李晓星起疑，MIT队员们抓住李晓星，李晓星承认自己就是游戏大魔头。

李晓星为保护陆克英，坚持承认自己就是大魔头。原来，李晓星早就得知自己是陆克英的双胞胎妹妹，一切都是为了报复陆雅琪遗弃自己。队员们却都坚信大魔头另有其人。詹士德发现李晓星和陆雅琪的关系，为了逼李晓星坦白一切，詹士德和钱富豪乔装成熊猫布偶抓走李晓星和陆雅琪。陆雅琪向李晓星坦言当年的事情，李晓星为保护陆雅琪终于承认了自己的身份，自愿接受了转学的处分，詹士德提议两人一起出国念书。

学校论坛上发布了陶校长自杀的图片，MIT赶到现场，发现陶校长真的昏倒在办公室。MIT队员们开始调查，詹士德发觉李晓星意欲保护真正的大魔头。陶校长收到自己与陆雅琪亲密的照片，怀疑是陆雅琪像十九年前一样勒索自己。MIT悄悄的监视着一切。陶校长得知陆克英是自己的孩子，大吃一惊。詹士德发现陆雅琪为陆克英掩饰大魔头的身份，还故意泄露照片，使陶校长陷入盗用校产的弊案，自己担任了代理校长。

学校贴出公告，要詹士德等人三天内转学。李晓星承认自己和陆克英玩游戏是为了让陶校长和陆雅琪承认自己，测试他们究竟爱的是什么。陆克英发现母亲所做的一切都是为了自己的报复，和始终不承认自己的陶校长一样，是个自私自利的人，从而绝望的抓了父母及妹妹，要大家一起吃最后的晚餐。陆克英要一家人玩真心话大冒险，惩罚说谎的人，一家人却都证明了自己的爱。这时，詹士德终于找到了陆克英的秘密基地。