黄裳被朝廷所派剿灭明教，与武林中人结怨，导致家破人亡，遂隐居山林苦思破解招数以报仇，怎料一躲已四十年，仇人俱死去，令他感概万千。 他不忍将无师自通道学就此湮没，遂运功将所想到的决斗一一雕凿一山洞中，含笑而逝，壁上所刻正是「九阴真经」的绝世武功。 黄药师不值师父赵不凡垂涎女弟子柳蝶衣美色，阻止二人相恋，令她抑郁而终，因而与不凡反目，脱离师徒关系，并四处找寻奇人异士钻研武功，誓要杀师报仇。 不凡为保性命，以真经祕密作交换，得裘千仞包庇，在铁掌帮中躲避。药师因此与铁掌帮结怨。 千仞知真经与萨满教有关，派玄生等侦查，不果，负伤而回。 彩兰、玄生两情相悦，上官华妒忌。彩兰知后，暗沾沾自喜，对上官华差遣至尽。 徽、钦二帝被金国所掳，高宗对其处处退让。千仞率领众帮，计划劫金国公主冯蘅作胁，表面要求换回二帝，实则欲探真经来龙去脉。 元颜熙为免除后患，上议杀徽、钦二帝，元颜术恐动干戈，大力反对，真、熙无奈。 药师闯铁掌帮欲杀不凡，掌门上官南迎敌，将药师击走，但却身受重伤。

药师得知千仞正谋划掳劫冯蘅，突袭抢走了她，以迫千仞交出不凡。 元颜术担心冯蘅安危，欲放走徽、钦以换回圣女。熙、真恐乱民心，派人南下祕密追查冯蘅下落。 冯蘅被药师带着四处逃亡，视他为劫匪，心怀敌意与戒心，其后经患难共处一段日子，欣赏药师，对之产生微妙感情。 药师威胁铁掌帮交出不凡，上官南不肯背信弃义，宁与药师死拼。千仞为求真经祕密，自作主张交出不凡，一轮搏斗下，不凡命丧药师剑下，药师负伤带冯蘅逃去。 冯蘅沿途照顾药师，后更得知其苦衷，不禁对他另眼相看。 上官南知千仞自作主张，令不凡无辜牺牲，正以门规惩罚。千仞自刺胸膛以博众弟子好感，暗对上官南不服。 千仞连夜到上官南寝室，藉词向他认错，乘机刺杀他，然后将罪状推在药师身上。 元颜熙找到冯蘅、药师，冯蘅掩护药师，答应跟金人回国。

玄生为人耿直正义，对药师杀师之大逆不道行为极为不屑，更因误会他害死上官南，视药师为仇人，誓要杀他为掌门报仇。 玄生追寻药师期间，偶遇若华遭围困，挺身相救。若华脱险离去，却向玄生还以冷漠神情。 药师自冯蘅离去后，倍感失落，遇上玄生等人，被其苦缠搏斗，终轻而退敌。 玄生自疚不敌，日夜苦练武功，以求打败药师为掌门报仇。 若华以男装打扮，受欧阳锋之命向各大派发出比武大会请柬，不从者死，令江湖人心惶惶。 元颜熙对冯蘅痴心一片，惜神女无心，竟以军权迫元颜术答应婚事。冯蘅不屈，无奈逃离金国。 冯蘅流浪，落泊之时，再遇药师，从此感情大进。

冯蘅被元颜熙手下发现行踪，迫她回国，幸得药师一一打退，二人患难中加深了解。 欧阳锋要成为天下第一之心，战败群雄，最后目标直指上官南，以报当年挫败两师兄弟之仇，可惜他已死去，令他失望。 千仞狡猾引导欧阳锋认定最强的对手是药师，以借刀杀人之计，务使二人两败俱伤，乘机铲除他们后，加上找出真经秘笈，便可独霸天下。 欧阳锋手段毒辣，惟对欧阳克慈爱有加，视之为命根。原来当年欧阳锋与兄嫂同住，更与嫂日久生情，发生关系，生下私生子欧阳克，却称之为侄儿，不敢认作亲子。 欧阳锋欲与嫂私奔，怎料嫂产子后，含羞自尽，令他伤心欲绝。锋兄获悉家门丑事，多年来对欧阳锋仍怀恨于心。 药师闻陆家庄有孟尝之风，向其借宿，怎料陆家被金人屠庄，少庄主陆乘天悲痛之余，无力抵抗，幸得药师所救。乘天欲拜药师为师，药师以喜飘泊江湖为理由，婉拒所求。 玄生与若华再生争执，彩兰被毒器所刺。玄生穷追索解药，无意中窥到其女儿身。

若华被玄生见到其女儿身的私隐，觉奇耻大辱，不断追杀，誓要雪耻，不料遇上伯通，被他破坏好事。 伯通为逃避当道士，从全真教逃出。处机等全真七子四处寻找其影踪，要带他回去剃度。 伯通无奈任由摆布，到最后关头，以调虎离山计逃脱。他逃走终南山脚时，重遇玄生，仰慕铁掌帮武功，决跟随玄生。 若华沿途追杀玄生，遇上药师、冯蘅。她乘机代欧阳锋下战书，怎料药师高傲态度对付，她回覆师父，欧阳锋不值，派他再约战药师。 曲灵风偷了丐帮的一张地图，被追杀，为药师所救，将地图给冯蘅。 千仞拉拢全真七子合力对付药师，由他交出冯蘅。欧阳锋乘机现身，迫药师与他比武。

药师、欧阳锋战斗激烈，两败俱伤。药师乘乱携冯蘅离去，欧阳锋、千仞失望。 药师连夜在荒野运功疗伤，玄生寻至，乘机向他报仇，药师冒走火入魔之险迎战，并向他表明根本没有杀死上官南。玄生半信半疑，不忍乘人之危离去。 玄生空手而回，被同门怪责，还被误会被药师收买，令他百词莫辩。 欧阳锋败于药师手，心生不忿，决闭关练更高层的「蛤蟆功」，成其称霸武林之志。 若华要向玄生追杀，一次双双堕崖，彼此不自觉地产生倾慕之情，其后二人千辛万苦负伤上崖。 药师、冯蘅乘船逃亡期间，再遇金使，混乱中与冯蘅失散，流落桃花岛，被紫烟所救。

紫烟因婉青早年与夫远山为争真经秘笈沉船，流落桃花岛。紫烟出世后，婉青不欲远山为真经牺牲，于是以棋局困他于岛上。 药师无意中破了他棋局，远山再次欲出岛寻经，婉青阻止，二人冲突，同归于尽。 紫烟伤心欲绝，得药师安慰，因她自小在桃花岛长大，遇上第一个男人，不禁翻起感情波澜，对他暗自倾心。 冯蘅流落市集，邂逅丐帮帮主洪七公，甚为投契，结成好友。 七公外游很久，将帮主一职交托邵长老暂代，净衣派不值，欲密谋造反，幸得冯菁无意中相助，内乱得以平息。 药师决离岛找寻冯菁下落。紫烟孤苦无依，愿随药师浪迹天涯。 玄生与若华日久生情，玄生渐与彩兰疏远，彩兰不知内情。 药师间接得到七公之助，与冯蘅重逢，仿如隔世。紫烟冷眼旁观，既羡慕又迷惑。

七公结识药师，欣赏对方武功，互相惺惺相惜。药师发现灵风交予冯蘅的地图，原属丐帮所有，内藏真经秘密，冯蘅物归原主。七公声言至今仍未有人参透画中奥秘。 冯蘅知萨满教内藏法器，乃开启九阴真经秘洞的匙，但为免武替起干戈，决三缄其口，怎料却被丐帮彭长老偷听到，暗潜萨满教偷出法器，不果，反被金人所制。 彭长老被苦打成招，说出真经与萨满教之间的秘密，并透露冯蘅下落。元颜熙迫元颜术签下急笺，假传病重消息，引冯蘅回国。 冯蘅接到信后，忧心忡忡，药师料此为圈套，阻止冯蘅冒险回国，但最后冯蘅终不辞而别。 伯通为逃避全真教弟子，避至铁掌帮求教武功，与玄生建立深厚交情。 彩兰见玄生、若华一起，怒火中烧，故意离间二人，若华信以为真，一怒而去。 玄生无意中遇到冯蘅，将她捉回交给千仞。药师冒险抢救，被千仞威胁自伤经脉。冯蘅不忍药师受创，着紫烟带走药师。 药师负伤而逃，险被铁掌帮弟子所捉，幸玄生相救，送以金创药，助他逃脱。

元颜熙有感中原高手众多，南侵不易，于是故意放出真经秘密，扰乱武林，方便日后南征的霸业。 玄生感到千仞得到冯蘅后，志在她身上得到真经秘密，而不是如前所说迫金人放回二帝，当众指责他私心太重，千仞老羞成怒。 冯蘅趁机潜回金国，见父皇被囚牢房，求元颜熙放过元颜术。元颜熙再迫婚，二人无奈就范。 药师夜闯萨满教，欲救走冯蘅。冯蘅不忍留低元颜术，假称对药师之情已变，令他死心。药师失望之余，与紫烟回桃花岛。 欧阳锋闭关练功良久，仍无进展，令他失望。金国向武林散播消息，声称「九阴真经」藏于铁掌帮内，各帮纷纷派人潜夺，引起千仞戒备。 欧阳锋获悉，闯铁掌帮抢到「圣物」，千仞挑引他与七公作斗，夺到丐帮所藏地图，便可得到真经。欧阳锋依言约战七公，临急被伯通所阻，解绎所抢圣物为假的，游说二人往金国抢经。 冯蘅郁郁不欢，将哀愁发泄在箫乐中，无意中练成「洞箫音波功」。

当世五大绝顶高手齐集华山论剑，王重阳技压群雄，夺得真经。众大表心服，唯独欧阳锋心深不忿，伺机夺回真经。 王重阳感「九阴真经」流落江湖，会造成纷争，遂缜密收藏之，不准任何人学练，令伯通等大为失望。 段智兴与重阳惺惺相惜，知重阳夺经只为平定江湖纷争，以保国家，但劝他养精蓄锐，以防欧阳锋乘机偷袭。 元颜熙以为轻禁冯蘅，分开她与药师，然后软硬兼施迫婚，可令她就范，怎料仍未能得到欢心，一怒之下与元颜术纠缠，将他刺伤。 元颜术伤重垂危，临危说出冯蘅原为汉人遗婴，他为掩饰不育之事而拾来视如己出，令她大为震惊。 玄生对若华念念不忘，伯通看穿其心事，施计替他试探若华真情，终确实若华对他一往情深，再撮合二人。 彩兰知生、华旧情复炽，向千仞哭诉。千仞认定若华为魔女，迫玄生离开若华。玄生见师命难违，再陷情网。

冯蘅本痛不欲生，但不欲辜负先帝养育之恩，决重新振作。 药师与冯蘅两地相思，终日借酒消愁。紫烟不忍他在痛苦中度日，劝他找回冯蘅。 冯蘅与元颜熙成亲之日，施计制造真神显灵假象，破坏婚事。元颜熙知其用意，一怒之下将她再收牢房。 药师上路途中，遇上曲三被黑风寨强迫打家劫舍，替他解围。曲三感恩图报，欲拜药师为师，但药师依旧拒收弟子。 曲三报家仇心切，宁冒死偷学药师武功。药师感动，收他为徒，改名曲灵风。 千仞不满玄生与邪派中人若华来往之罪，罚他静思七日七夜，彩兰替他求情。玄生答应与若华断绝来往。 若华担心玄生安危，夜潜入铁掌帮欲救走他。玄生恐千仞会伤害若华，假意与她绝情，冷然赶走她。若华以为玄生负情，伤心而去。 千仞领众弟子到全真教，表面上与重阳研究武学，暗派林平盗走真经，却被玄生破坏。千仞恐事败，立击晕林平以防泄露风声，却引起全真教疑心。

林平回铁掌帮，不满千仞为保存其假面具，险遭其击毙，声言会将其一恶行告之天下。千仞为免留后患，重掌杀林平灭口，被玄生撞见。 玄生质问千仞，千仞砌词归咎林平，玄生不信。千仞一不做二不休欲杀玄生灭口，幸彩兰出现身护玄生离去。 千仞急召开帮会，将盗经之罪推卸玄生身上，并诬指他杀林平嫁祸，派弟子追杀玄生。彩兰深信玄生为人，但无力抗拒父命。 玄生逃亡途中，再遇若华，若华体谅其处境，愿与他重修旧好。 欧阳锋吸尽四十九只毒蝎毒液，终练成蛤蟆功第七重，刚巧锋兄狂性大发要向他报仇，他乘势以他作试验品，把他击毙。 欧阳锋发觉若华已有所爱，迫她透露内情。若华否认，且念及他对己有养育之恩，不敢正面叛逆，及至欧阳锋将她锁禁，她才奋力反抗，不果。 玄生被千仞找到，欲杀之灭口，幸药师出手相救。药师赏识玄生大义凛然，愿收他为徒，怎料玄生以其身为铁掌帮弟子，不肯再另拜师。 千仞再找到玄生，欲置之死地。彩兰护玄生离去而遭千仞毒盲，千仞伤心之余，决迁怒于玄生，继续追杀。 冯蘅受尽元颜熙虐待，找机会亲近他，欲乘机行刺他，不果，终被他放逐到边彊地带。

冯蘅流落荒野，潦倒非常。 玄生久候若华不见，甚为担心，冒险闯白驼山，被欧阳锋捉着，迁怒于他，幸得伯通调停，把玄生救起。 伯通带玄生求药师，药师试探玄生，玄生竟自刺腹以表真诚。药师终为所动，答应替他出头。 药师上白驼山，与欧阳锋搏斗，欧阳锋不敌，终被药师带走玄生、若华，伯通见二人两情相悦，撮合二人婚事。 药师获悉冯蘅被放逐，大为担心，四处找寻，终发现其下落，怎料冯蘅因上次被元颜熙下「衰老毒」，眼看自己容颜渐老丑，欲偷走避开药师，后见药师一番诚意，返回其身边。

药师怒闯金国，向元颜熙取解药，混乱中解药被烧掉。药师一怒之下大肆捣乱萨满教大殿，元颜真被牵连击毙。 药师欲以内功替冯蘅迫出毒液，不果。灵风想到宋室皇宫偷出千年灵芝替她医治，途中遇上玄生、若华，二人跟灵风回桃花岛，希望能想出办法医治冯蘅。 千年灵芝未能救治冯蘅，药师忧心如焚，素知欧阳锋精通毒性，决求他设法医治冯蘅。欧阳锋威胁他交出若华，药师不忍牺牲无辜，但为救冯蘅心切，进退两难。 若华不甘被送白驼山受死，要玄生与她偷走。玄生解释不能负药师之恩。 冯蘅不忍若华为自己牺牲，拒绝接受。若华忽想到欧阳锋有一本「五毒秘笈」，记载驱除奇毒之法，遂与玄生施计回白驼山偷出秘笈。 药师不惜冒险将毒性转移自己身上，终令冯蘅完全康复，但自己有性命之危，不敢向众说出。 药师为使武功后继有人，广收徒弟，玄生、若华亦投入其师门。玄生改名玄风、而若华则名超风。

伯通跟随重阳往大理国与智兴切磋武艺，邂逅刘妃子，大为倾慕。 智兴料欧阳锋会乘重阳伤势未愈，乘虚夺取真经，特传以能克制蛤蟆功的「先天功」给他防身。 未几，欧阳锋闻重阳病重濒死，遂偷袭全真教欲抢真经，不料被诈死的重阳所重创，将他吓走。 重阳以最后一口真气与欧阳锋搏斗，自知元气已尽，临终前嘱伯通将真经带到远方收藏。 药师见众弟子武功根底不同，各有所长，因材施教。另一方面，他想超风若以西毒武功与桃花岛武功混在一起，会走火入魔，要她自行废功重头再练。超风以为针对她，不肯，最后明白师父苦心，答应。 伯通为武痴，但又不敢不遵从重阳遗训妥为收藏真经，大感矛盾。 冯蘅无意中发现药师不惜牺牲自己的寿命来换回自己生命，大为感动，主动提出婚事。

药师、冯蘅成亲之日，紫烟强抑哀愁，向二人祝福。 元颜熙查出药师栖身桃花岛，领回大喇嘛等伏击他。药师自知不敌，着众弟子先行逃亡。玄风、超风不肯袖手旁观，自告奋勇，找洪七公求助。 药师力战良久，终被攻破防障。紫烟为救冯蘅而受重伤，死在药师怀中。药师、冯蘅悲痛不已。 欧阳锋死心不息，再到全真教迫弟子交出真经，幸伯通机警收藏起，令欧阳锋大为忿怒。 七公替药师运功疗伤，但其体内之毒反抗，束手无策。他记起真经内有载除毒之法，着药师众弟子促找伯通借阅真经。

冯蘅等试探伯通，得知他身藏真经，求他交出。伯通以曾向重阳立誓为理由婉拒。 灵风等救师心切，欲制造混乱从伯通身上偷出真经，怎料伯通早有此防备。冯蘅利用过目不忘的本领，从伯通手上骗得真经一看，事后再凭记忆背写出来，终助药师除去毒性。 伯通受冯蘅所骗，以为所持真经为假冒的，一怒之下毁灭，还在重阳坟前发怒。 药师认为真经为不祥之物，下令众徒不得学练，违者会被逐出师门。 超风见自己武功没有进展，欲偷出真经自练，被药师发觉，下令赶她离开桃花岛。 冯蘅自背经后，身体日渐衰弱，终发现有孕，众为她高兴。

欧阳锋知药师藏有真经，到桃花岛迫他交出。二人经一轮搏斗，欧阳锋不敌，拂袖而去。 超风被赶出岛，四处流浪。玄风挂念他，愿离岛相陪。 欧阳锋发现超风下落，向她下毒，迫她偷出药师手上真经交换。超风不依，但玄风不忍超风受痛苦煎熬，决回桃花岛。 玄风向灵风等解释来意，众师兄弟同情超风苦衷，助他偷出真经，交给玄风带走。 玄风、超风交真经予欧阳锋，以为毒性可尽除，怎料欧阳锋已顶早向二人下尸毒，要有待练成「九阴真经」武功后，才替二人解毒。 欧阳锋勤练真经时，发现玄风、超风预先撕去数页，大怒，派手下追杀二人。 灵风等被药师揭发背叛师们助玄风、超风偷经，依门规挑去其脚筋，逐出桃花岛。

欧阳锋夺到真经下卷的大部份，日夕苦练，再次挑战药师。 欧阳锋与药师比斗，稍处上风。冯蘅临盆在即，加上担心药师性命安危，身体逐渐衰弱。 冯蘅知武林若由欧阳锋统领，必祸害人间，亦为药师呕心沥血背出「九阴真经」，药师虽极心痛，亦无奈。 药师急练真经武功，几番辛苦，将欧阳锋打败，粉碎他称霸武林之美梦，饮恨而去。 冯蘅因背经耗损精力，产下女儿黄蓉后，便虚弱病逝。药师悲痛欲绝，觉万物皆化、唯情至圣，遂隐居桃花岛不问世事，朝夕在岛上凭吊爱妻！