时间已进入十月，上条当麻一如往常地被饿着肚子的修女茵蒂克丝狠咬；一如往常地和学校内的朋友们打闹；一如往常地碰上接二连三的不幸。一切似乎都一如往常。但在同一时间，世界各地针对学园都市进行的抗议活动越演越烈，而学园都市亦在学园内举行了大规模的迎击兵器展览宣示实力。科学势力对魔法势力，整个世界在不知不觉中因为两大势力的对抗而渐渐地染上了烟硝的气味。黄昏时分，正当上条准备要去超市购买晚餐材料时，碰巧遇见了一位年老的女士，并且在胁迫的状态下被要求与她交谈。而这位女士正是学园都市统括理事会的成员之一．亲船最中。最中告诉上条，寄宿在上条右手中的幻想杀手，正是化解目前全世界各地发生的大混乱的关键…。

为了解决世界各地发生的抗议活动，土御门与上条搭上学园都市的超音速客机动身前往欧洲准备调查一切事情的关键“Document Of Constantine”、通称C文书的罗马正教灵装。然而当上条从客机上被抛了下来、并且意外被天草式的五和从河中救起后，却发现自己身在法国的亚维农。在五和的说明之下，上条得知亚维农与梵蒂冈在历史上的关联。正当上条和五和准备教廷宫殿时，两人却遭到受C文书影响而深信学园都市是邪恶势力的罗马正教信徒们团团包围！？

学园都市台面底下的暗部组织“集团”接获数十小时前犯罪集团透过人材派遣雇用犯罪成员的情报。隶属于“集团”接获的土御门在他们展开行动前先一步直捣黄龙、捕捉并回收了人材派遣。经过调查後发现，犯罪集团利用此管道雇用了一位职业狙击手。根据狙击企划书的内容，他们的目标是要暗杀在第七学区准备进行演讲的学园都市统括理事会的成员之一．亲船最中。随着进一步的深入调查，“人员”、“区块”以及“道具”等潜伏于学园都市的其他暗部组织也开始浮上台面…。

正当“集团”着手调查“区块”的行动计划时，单独行动的一方通行遭到“人员”的查乐袭击。在同一时间，“学校”的一员垣根帝督也遭遇“人员”的阻饶。面对意外的奇袭，学园都市等级五超能力者的这两人究竟会…。另一方面，化身为“区块”的一员卧底调查的海原终于查明“区块”的真正目的。为了阻止在学园都市墙外待命、准备进攻的五千名佣兵部队，海原展开了出乎意料的行动…？

学园都市第二位的超能力者“未元物质”垣根帝督来到了学园都市暗部“道具”的基地。为了彻底催毁“道具”的搜索能力，垣根及其所属的“学校”打算铲除拥有AIM扩散力场搜索能力的泷壶理后。泷壶为了拯救稍晚赶回基地的无能力者滨面，不惜利用“体晶”试图抵抗。尽管事后泷壶已经因为体晶的副作用而生命垂危，统御“道具”的麦野沈利仍然坚持要求泷壶冒著生命危险再次使用能力进行搜索。滨面虽然带着泷壶试图逃亡，但毫不留情的麦野却一路追杀了过来…。

上条在为了张罗中午的午餐而和同班同学们一起溜到学校外面买便当时，遇见了天草式的五和。五和表示罗马正教最暗部“神之右席”已经向英国清教及学园都市上层寄出了战帖。企图三番两次遭受到上条阻饶的神之右席这次终于决定要直接由后方之水出马铲除上条。如今已收编于英国清教的天草式派出了五和在上条身边进行护卫，并且要直接寄住在上条家…。

上条遭受到罗马正教的神之右席、同时也是圣人的后方之水袭击身受重伤而陷入昏迷。后方之水下达了一天内要交出上条右手、否则就要取他性命的通牒。五和对于没能保护上条的自己感到懊悔不已，不过在建宫的激励下，终于重新振作了起来。期限将近，天草式十字凄教集结全员之力迎战后方之水。经过一番激战后，五和在众人的团结合作下，对后方之水使出了天草式十字凄教独自研发的对圣人术式“圣人崩坏”，并贯穿了后方之水…！

天草式十字凄教的前任女教皇神裂火织与神之右席的后方之水展开激战。全世界不到二十人的两名圣人，他们猛烈战斗震汤了整个二十二学区。随着战斗的持续进行，神裂开始逐渐被后方之水压制。然而同时神裂也逐渐察觉到同时拥有“神之右席”及“圣人”特质的后方之水本身存在着不寻常之处，她是否能够藉此找寻逆转的关键…？另一方面，再稍早的战斗中身受重伤的上条离开了医院，准备与正在战斗的天草十字教会合，并且在这时碰巧与美琴在路上相遇…。

在天草式十字凄教与上条的共同作战之下，终于成功击退了后方之水。然而上条才刚回归平稳的日常不久，却又马上在土御门的要求（强迫）之下，与茵蒂克丝搭上前往英国本土的巨型客机“空中巴士365”。在长达九小时的漫长航程中，上条还得忍耐身旁因为肚子饿而不断发牢骚的茵蒂克丝的吵闹声…。正当他离开座位在机内四处张望时，却发现机内有一滩不寻常的血迹…。随后赶到的机组人员的说明下，上条得知有反英的法国极端组织的恐怖分子潜入了机内…！

空中巴士的劫机惊魂落幕，上条和茵蒂克丝平安抵达爱丁堡。与神裂会合后，一行人前往伦敦白金汉宫后，在骑士派领导人骑士团长的带领，上条等人谒见了英国女王伊莉莎及三名皇女，并开始进行会议。为解决以欧陆隧道的爆炸意外为发端，英国正逐渐遭受到孤立的现况，在女王伊莉莎的命令下，骑士团长为首的骑士派负责调查法国方面及欧陆隧道爆炸意外的真相；神裂为首的清教派则着手调查已潜入伦敦、意图改变整个英国的魔法结社“新生之光”的行动。

第二皇女凯莉莎的主导下，骑士派开始在英国本土内展开行动。凯莉莎认为要颠覆英国在英国清教和学园都市为首的科学势力及以罗马正教和俄罗斯成教为首的魔法势力之间的大战中岌岌可危的处境，唯有让英国自两大势力中独立出来形成三足鼎立的局势才能够拯救英国。为了解除手中“正统卡提纳”的使用权限，凯莉莎的下一步是要铲除英国女王伊莉莎以及她的姊妹们。当遭到追杀的第三皇女被凯莉莎逼到走投无路的那一刻，一个男人突然现身，并改变了战局…。

骑士派的骑士团长与神之右席“后方之水”威廉．奥维尔的激战持续着，面对骑士团长操作自身武器“模式”以及消抹敌人武器“攻击力”的双重术式，后方之水陷入苦战，在激战的最后究竟哪一方能够胜出…。另一方面，正准备逃向必要之恶教会藏身之处的第三皇女薇莉安意外与上条碰面，并且在天草式的协助下顺利脱离险境。为了瓦解第二皇女主导的政变，天草式向上条提出了一项作战的请求…。

为了阻止凯莉莎的企图，上条等人驾车疾驶于伦敦街道，准备与位在白金汉宫的凯莉莎展开最终决战。尽管有来自大型灵装“女巫罗盘”的远距离炮击支援，以及随后赶到的各方人马的协力作战，然而众人面对手持正统卡提那的凯莉莎不但无法取得优势，甚至遭受全次元切断术式的压制。在这个时候，英国女王伊莉莎带着某项秘密灵装出现在凯莉莎面前。动荡整个英国本土的军事政变，如今局势即将在这一刻产生巨大的变化…！

在经历学园都市暗部之间的激战后，暗部组织“集团”成员回归到任务与日常交错的生活中。有一天，“集团”的全体成员收到学园都市统括理事会的命令集合，任务内容为歼灭挟持孩童做为人质、威胁要引爆位在学园都市地底深处的超大型粒子加速装置的恐怖分子“迎电部队”。任务在集团成员的合作之下顺利解决，然而过程之中，他们意外发现了学园都市最高机密、代号为“龙”的暗部的相关情报…。

得知泷壶所在的大楼遭到恐怖分子挟持后，滨面连忙乘着直升机从楼顶进入大楼内部。然而，当他来到恐怖分子所在的楼层时，却发现恐怖分子已经全数遭到歼灭。然而，他同时也发现了学园都市最强能力者，等级五的一方通行向泷壶靠近的身影，误以为一方通行是一切幕后后黑手的滨面，鼓起了勇气举起手枪指向一方通行…。

为了打听“龙”的情报，“集团”的成员潜入了统括理事会成员潮岸的据点，分散的成员们各别展开了激战。在激战的最后，一行人终于成功找到了潮岸，并且当面向他质问“龙”的情报。对此，潮岸表示“龙无所不在”的意思究竟是…

俄罗斯总统对学园都市发出了最后通牒，若在期限内没有做出应有的答覆，他们将会动用洲际飞弹对学园都市及其盟军展开侵略作战，然而态度强硬的学园都市也丝毫没有让步的打算，第三次世界大战眼看一触即发。另一方面，为了拯救自己最重要的事物，上条、滨面及一方通行来到了俄罗斯。而上条跟蕾莎在循着线索找寻右方之火下落的过程中，来到了伊利沙里纳独立国同盟。

右方之火袭击了伊利沙里纳独立国同盟的总部，并且夺走了莎夏．克洛伊洁芙。此时，同为神之右席的前方之风为了阻止火的计划而出现在他的面前，并展开了激烈的攻击，然而，面对右方之火压倒性的战斗力，风却毫无招架之力…。另一方面，学园都市的运输机空投至俄罗斯白色大地上的杀手在一方通行面前现身。这名使用电击能力、以“御坂”自称的超能力者，正是在“第三次制造计划”中，集结了御坂网路所有妹妹们的负面情感创造而成的“番外个体”…。

英法在多佛海峡上的战斗持续进行。英国在第二皇女凯莉莎主导的攻势下取得了优势，然而随着法国的秘密武器“倾国之女”加入战局，两人在结冰的大海上展开对峙。另一方面，一方通行因为番外个体的刺激导致内心濒临崩溃、背后出现了巨大的黑之翼，而在这个时候，为了追赶右方之火而乘车移动的上条和蕾莎遇见了失控的一方通行。学园都市最强的等级五一方通行、等级零的无能力者上条当麻，两人在俄罗斯的白色大地上再度开始了激烈的战斗。

为了追赶右方之火，上条和蕾莎来到了火所在的俄罗斯基地附近，并趁着俄罗斯军方与学园都市的军队展开冲突的混乱之际潜入了基地之中。然而这一切却全都是右方之火一手主导、企图将拥有幻想杀手的上条引入基地内的安排。另一方面，一方通行和滨面在意外的情况下再次相遇。为了拯救重要的事物，两人来到了伊利沙里纳独立同盟…。

在右方之火的计计划主导下，超巨型要塞“伯利恒之星”飘浮来到空中，同时大天使加百列以实体的姿态显现于人世，开始展开了行动。当上条在伯利恒之星内部进行探索时，发现了被右方之火掳走的莎夏．克洛伊洁芙。莎夏对于右方之火准备了以四大元素之一“火”为主体的仪式，但显现的大天使却是主司“水”的加百列感到不可思议。另一方面，凯莉莎与倾国之女在决定携手合作后结束了在多佛海峡的战斗、来到了俄罗斯的大地，并且与大天使展开激战…。

为了守护重要的朋友们，学园都市的AIM扩散力场之集合体风斩冰华化身为人工天使“保险丝风斩”赶至俄罗斯，并且在目标一致的状况下暂时与一方通行合作，对抗大天使加百列。另一方面，同身为神之右席一员后方之水为了阻止右方之火的企图，决定以某个方法削弱大天使加百列的力量，然而…。

滨面跟泷壶在冰天雪地中失散，正当滨面四处寻找泷壶的时候，却遇到了为追杀滨面而来到俄罗斯的麦野，面对不惜服用大量体晶、让能力彻底失控也要向滨面报仇的麦野，滨面不得不下定决心要与麦野做个了断。另一方面，上条与右方之火展开了对峙，上条面对右方之火的攻势毫无招架之力。然后，右方之火大刀砍下了上条的右手…。

一方通行找出了驱除被植入最後之作体内的木原数多病毒的关键，并开始展开行动。在咏唱歌曲的过程中，一方通行的肉体对魔法产生了剧烈的排斥反应，无数的伤口在他的身上迸发、鲜血如泉源般湧出。但即使如此，为了拯救最后之作，一方通行始终没有停止咏唱。另一方面，在各方人马的努力下，巨大的要塞伯利恒之星开始逐渐瓦解，然而面对这对自己百般不利的状况，右方之火的脸上却浮现出了不祥的笑容…

上条终于击败了右方之火，然而飘浮在空中的巨大要塞伯利恒之星也正在缓慢地从空中坠落。一旦直接撞击地面将会造成无可挽回的巨大伤害…为了阻止这种可怕的事态发生，上条决定留在伯利恒之星上找寻减轻坠落伤害的方法。然後，他透过右方之火的灵装与仍在沉睡状态的茵蒂克丝相遇了。无法确定自己能够活着离开伯利恒之星的上条在最后的最后，决定告诉茵蒂克丝自己长久以来一直藏在内心没有告诉她的、关於上条当麻这个男人的秘密…。