M把尖锥刺进了赏金猎人的后颈，却没能杀死他。Jeremiah Smith带M来到加拿大山里一片人工种植地和养蜂场，M见到了还是小时候模样的Samantha，Jeremiah告诉M那是复制人。赏金猎人追到，M最终保全了性命返回，Jeremiah不知去向，M曾看到的一切都被销毁。 S分析Jeremiah 电脑中留下的资料，加上X先生的点拨，她发现每个人在接种天花疫苗时都被编号和分类了。 在CSM的授意下，赏金猎人治好了M的妈妈。X先生被杀了。

宁静的小镇上有一家人过着与世隔绝的原始生活。为了保持所谓的纯种基因，这家人通过乱伦来延续下一代。为了保护家族不被外人侵犯，他们会像野兽一样进行杀戮。M和S从被他们活埋的畸婴一案入手，慢慢深入这个畸形之家……

飞机上的黑人乘客离奇死亡，尸体呈白色。同时，费城发现了同样的尸体，还有多个黑人失踪。M和S把目标锁定在一个新入境的黑人身上。他没有脑垂体，无法生成身体必需的黑色素，只能通过吸取别人的色素生存……

一个人的想法能在拍立得照片中成像。他臆想别人身体中存在着能左右人思想行为的物质，绑架了好几个女人并给她们做这种物质的切除，弄出人命。最后，他还盯上了S。M分析照片得出线索，及时救出了S。

FBI突击围剿一邪教组织时，M突然对那个地方有了似曾相识的感觉。凭他的感觉，FBI逮到了一干教众，其中有个女人，看上去有多重人格，包括她的前世。前世的她是前世M的爱人。在催眠中，她和M都说了很多关于他们多个前世的事情……

整形外科医生会使用巫术。他追求完美的外表，专门挑选生日与女巫安息日相符的病人，借他人之手趁手术之机杀死她们，完成他自己的换脸仪式。护士发现其中的蹊跷，欲用巫术拯救病人和压制恶毒巫术，却被反制，被杀死。待M和S解开谜团，为时已晚……

监视孤枪侠工作室的CSM，听见他们告诉M关于自己过去的事情，也陷入了回忆之中…… 第一部分：原是平凡的军人，被挑选变成没有背景没有记录的人。暗杀JFK。 第二部分：逐渐变成影子组织中有发言权的人。有自己的作家梦。暗杀马丁路德金。 第三部分：主持影子组织的工作，有左右时局的能力。仍富有温情，继续自己的作家梦。对应外星计划。 第四部分：关注X档案。作家梦破灭，希望破灭，变成如今冷血的CSM。

小克欲与M合作揭发影子政府的阴谋，告诉M有人从俄罗斯带含有黑油的陨石进入美国。追根循源，M带小克到了发现陨石的通古斯，两人被俘。那里像集中营一样，MS在进行开发抗黑油的疫苗试验。小克背叛了M，M被抓去做黑油试验，感染了黑油。 另一方面，影子政府害怕M的调查暴露了他们的计划，召开听证会，要求S告知M的去向。S据理力争坚决反抗。

片头借一位老人之死交代了试验品死后体内黑油会从七窍中溢出的现象……俄国退休特工瓦西里-博斯克被告知“冷战还未结束”，奉命前往美国将陨石碎片夺回。他首先找到了研究者萨莉博士，将其残忍地掐死。另一方面，穆德在狱友和当地受实验迫害的一户平民的帮助下，痛打叛徒克里切克，总算逃出狼穴。而克里切克误入居民手中，被砍掉胳膊（大快人心哈哈哈）。影子zf得知博士之死，显得有点慌乱，史卡莉则因拒绝透露穆德去向锒铛入狱。随后穆德及时赶到，与史卡莉追查陨石下落。然而俄国特工处处领先，不仅将试验品一一杀死，还成功炸毁碎片与设备，算是与安上假手的克里切克圆满完成任务。穆史二人空手而归，最后只能将某些官员的腐-败报告递交上去……

住着墨西哥的非法移民的小村庄暴出闪光并下了一阵紫雨（不是黄雨吗？），此后，凡是接触到Eladio Buente的都奇怪的死亡了。人们传说他就是墨西哥传说中的鬼El Chupacabra。人们还传说，他逃走后，小村庄出现了外星人。。。但M说，他是感染了一种来自外太空的霉菌。

救护员莱纳德在一次车祸中丧生，身首异处，然而尸体却离奇失踪。史卡莉在尸检时被突然睁眼的尸首吓了一跳，进一步的检测发现此人身体中竟全是癌细胞。原救护车的女司机发现了已更名换姓的莱纳德的行踪，莱纳德杀她灭口，之后又自切手指逃脱追捕。穆德得出结论：莱纳德拥有器官再生能力，甚至是头颅，而且需要别人的癌变的器官为食料。莱纳德到母亲那里寻求庇护，穆史二人随后赶到。母亲让莱纳德切下她的器官，并且叫来救护车。莱纳德躲在救护车内一路来到医院，袭击了随车的史卡莉。幸好史卡莉危急时刻用心脏起搏器将莱纳德震飞，后者不久后死去。死里逃生的史卡莉怎么都高兴不起来，莱纳德的话一直萦绕耳边。"You've got something I need."回到家后，史卡莉咳血在床……

离婚后的艾德在自己的胳膊上纹了个女郎，结果发现总有一个女人嘲弄般的声音在脑海中盘旋。他在这个声音的唆使下jian杀了楼下的女孩。艾德感到有些惊恐，想去洗掉纹身但是遭到拒绝，并且在纹身店里遇到了受穆德指派来调查“外星人”的史卡莉。史卡莉觉得长期工作在穆德的阴影下，自己的意见总是不被赞同，导致生活一直循环而没有前进，正暗自神伤，于是接受艾德的约会邀请，甚至还纹了个身在后背。一夜过后，史卡莉被前来调查的警官叫醒。经过查阅资料，她意识到纹身所用的原料中有致幻成分，而艾德正是受此幻觉的驱使犯罪。等艾德回来，史卡莉提出跟艾德一起去医院检查，不妨艾德再次被幻觉控制，被他打晕，拖至焚化炉前。千钧一发之际，史卡莉唤醒了艾德的良知，艾德为破除幻觉，将胳膊伸进焚化炉。穆德休假回来，两人尴尬对视，欲言又止……

史卡莉被诊断出脑部长了肿瘤，调查中发现，跟她有过一样绑架经历的女士皆罹患相同病症，除潘妮外都已去世。史卡莉决定从自身入手进行调查，住进医院接受化疗，病痛和记忆如恶魔般缠绕着她……穆德和复制人柯尔特一同侵入了不孕症治疗中心的主机，发现治疗记录中不仅有那些女士，史卡莉的名字也赫然在列，意识到这一切包括主治医师都是zf的阴谋。穆德想找癌人谈判，被斯基纳断然拒绝，而在穆德走后，斯基纳找到癌人，希望以自身为条件换得史卡莉的生命。穆德和他的小伙伴们侵入隆巴德研究所，惊奇地发现一群“柯尔特”在做研究，他们都是由史卡莉等人的卵子孕育而成，现在想要救他们的母亲。穆德惊险逃出研究所，赶往医院，正值史卡莉唯一的女伴潘妮病逝，穆德将被病痛折磨的面无血色的史卡莉拥入怀中……

在未婚夫的葬礼过后，犹太女士阿丽娅用巫术复活了自己的爱人，却没料到复活后的他恨意十足，前去找当初杀死自己的三名种族主义匪徒复仇。穆德和史卡莉介入调查，在两匪徒相继死亡后，他们怀疑是阿丽娅的父亲作案，并在教堂阁楼上将其抓获，同时发现了被吊死在此处的第三名匪徒。经过调查审讯，穆德认为作案的并非父亲，当时阁楼上另有其人。与此同时，复活者将匪徒的老板掐死在其房间内的纳粹旗下。通过录像取证，穆德推断出真相。他们赶往教堂，及时救下了父亲。穆德登上阁楼试图阻止复活者，却发现子弹根本无效。最终还是阿丽娅唤醒了他，与他完成婚礼后送他回归了原来的世界。

美国国防部1973年宣布没有战俘遗留在越南，致使部分美军被遗忘在了越南贫瘠之地。其中一个大兵迪格被民间组织“右手”救回国，却发现自己以及大批战友都“被死亡”了。在逃过zf的绑架之后，他心怀愤恨，决定用自己能利用别人眼中盲点隐身的能力进行复仇。在第一个将军被杀后，穆史二人展开调查，穆德从“右手”领导人处得知真相，他委派探员保护其他将军，却依然没能阻止第二名将军之死。在布洛克少将的演讲会上，他们总算挡下了迪格的袭击，并且将其击毙于车内。然而zf依然不肯认错，宣称死亡的是一个精神病人，穆德对此非常不满，他提醒斯基纳，“He could be you.”

有过“绑架”经历的麦克斯在客机上被杀手盯上，正当他惊慌失措之际，飞机突然被一股神秘的白光笼罩，随后坠毁，乘客无一生还……穆史二人正在酒吧庆祝史卡莉的生日，麦克斯的妹妹夏伦突然造访，她认为哥哥很可能被zf谋害。穆史介入坠机案的调查，穆德以每名乘客手表中多出的九分钟为依据，坚持认为外星人参与其中并绑架了麦克斯，但随即麦克斯尸体的出现令他着实感到意外。与此同时，夏伦在检查哥哥的笔记是也被白光掳走。穆德发现，尸体整理好后，所有乘客的手表都不见了，感到事有蹊跷，随即去当地的军事基地调查。起初航管员路易斯欺骗了他们，但在发现zf欲杀其灭口之后，追到穆史二人的住处，坦白了一切。原来当时有一架军方飞机以拦截模式追踪客机，而他负责随时报告客机的坐标。穆德推断应该有第二坠机现场，与案件负责人前去调查。史卡莉则带路易斯去往安全之处，但在酒吧里被杀手追上，史卡莉的同僚潘德尔探员被误杀。而在另一边，案件负责人目睹UFO飞过，发现了刚刚被释放的夏伦，穆德则在湖底找到外星人的尸体，一簇耀眼的白光悄然笼罩于他头顶……

由于太多真相流出，军方被迫承认客机坠毁于己有关，但把责任推给路易斯，同时以妨碍调查为由逮捕了穆德。被史卡莉保释出来之后，穆德讲述了自己的理论：麦克斯身藏外星科技致使所乘客机被UFO追逐，正当UFO控制住客机时被军方战斗机将击落，连带客机失控坠毁。史卡莉从真实身份为麦克斯好友的夏伦口中得知，那些科技产品是他们从zf研究基地盗出，与此同时穆德凭着在麦克斯家中取得的领取凭证，在机场的存取处拿到了包裹，最后一份外星产品。穆德乘机返回华盛顿却被杀手追上，两人在机上抢夺包裹，杀手占了上风，但UFO不期而至，将杀手和包裹一同掳走。案件不了了之，史卡莉握着穆德送的生日礼物（阿波罗纪念钥匙链）唏嘘不已，大谈心中感受，穆德却幽默地回答：”I just thought it was a pretty cool key chain.”

科学家杰森是急速冷冻剂的发明者，也间接帮助女友丽莎等人开发出时光逆转技术，然而他发现这项技术让整个社会失去了历史和未来，变得不堪入目，于是他决定回到过去阻止自己。在试图拯救曾死于车祸的大学竞争对手未果后，他迫不得已开始用冷冻剂杀人。当初的合作伙伴，女友丽莎，甚至是他自己……最终老少杰森葬身火海，穆德认为他这样做只能阻的了一时，“每个宇宙只有一个结果，未来不可能改变。”时光技术终将被发明。与此同时捡回一条命的丽莎正在进行杰森未竟的事业……

某小镇接连发生孕妇产下带尾婴儿事件，史卡莉认为这是遗传现象，经过鉴定证实父亲都是一个不太受欢迎的家伙范布兰特，然而妈妈们不记得有跟他同过床。在他家中两人找到了他父亲的骸骨，史卡莉发现此人身体中有一块可变肌，穆德推测范布兰特遗传了这一特征，相当于拥有了易容术。而此时范布兰特易容成穆德的样子到处招摇撞骗，并趁其不备讲真穆德打晕，藏在了地下室。史卡莉和假穆德回总部结案，却浑然不觉，两人度过了浪漫一夜，差点擦枪走火，幸好真穆德及时赶到。范布兰特被送进狱中，还不忘劝穆德别浪费英俊的脸庞，要“享受生活”……

本集剧情承接第14集，斯基纳为保全史卡莉性命，接受癌人的条件，将穆德收集的有关政府天花蜂秘密实验的证据一一销毁。然而癌人却枪杀警卫并嫁祸于他。斯基纳一气之下自己也开始收集证据准备告发癌人，他把天花蜂幼虫交给一名生物学家化验，却低估了天花蜂的繁殖能力和威力，生物学家死于蜂群的攻击之下。接着斯基纳找到了曾经给予穆德帮助的联合国秘书长特别助理科瓦卢碧亚，却被告知证据不足无法调查。影子政府在南卡罗莱纳州的某小学进行了所谓的天花蜂实验，看到痛苦万分的孩子们，斯基纳错愕万分。另一方面，穆德通过查看监控录像惊愕的发现销毁证据的人是斯基纳，面对逼问，斯基纳将事情的原委和盘托出。而穆德也在随后的证物对比过程中替自己的上司打了掩护。极端愤怒的斯基纳找到癌人，拿枪指着他，谴责他的所作所为。而癌人却面露讽刺的笑容，提醒斯基纳史卡莉的性命尽在自己的掌控之中。电话铃响，斯基纳开枪了，只不过他瞄准的是癌人身后的墙壁。待斯基纳离开后，一直佯装镇定的癌人才用颤抖的手接起了电话，向他通报的竟是科瓦卢碧亚……

午夜，华盛顿某保龄球店主在机器夹缝处发现垂死的“幽灵“，正欲报警，却看到那幽灵女孩在店外的停车场惨遭割喉。类似的案件接连发生，引起了穆德和史卡莉的注意。两人认为此案与在店里打工的强迫症患者哈洛有关。在调查过程中，史卡莉又冒出鼻血，并在盥洗室亲眼目睹了幽灵的出现。她没有告诉穆德，只是自己回去看医生。穆德并不认为哈洛是凶手，只是认为他有这个“能力”看到垂死者的亡灵，而拥有这种能力的原因是他自己也是将死之人，随后店主的去世似乎也印证了他的推论。穆德将此事告诉了史卡莉，令史卡莉惊惧不已。两人赶到精神病院，得知哈洛打伤护士后逃跑了。史卡莉通过与哈洛室友的对话感觉到事有蹊跷，询问护士时没想到护士挥舞小刀直刺过来，不得已开枪将其击伤。穆德从外赶回，告知史卡莉哈洛已死。史卡莉道出自己的担忧，而穆德却埋怨她没有早点告诉自己，史卡莉一个人跑回车里暗自神伤，却瞥见后视镜中哈洛幽灵的身影……

穆德从混乱的梦境中醒来，却发现身处一个出租屋中，衬衫血迹斑斑。随身携带的枪中少了两发子弹，衣袋里还有卡珊卓家的钥匙，然而他已经完全不记得发生过什么事情。史卡莉赶来，与他去拜访了卡珊卓的小屋，发现卡珊卓夫妇被枪杀于屋中，而探员们也从屋中搜集到了穆德的指纹。穆德被关入监狱，史卡莉找到证据证明两人属自杀，而这一切似乎与两人的心理医生戈德斯坦有关。医生承认以非常规手段治疗病人，但却否认曾帮助过穆德。穆德频繁地昏厥倒地进入梦境，却坚持认为那是自己年少时经历的真实场景，甚至据此怀疑当初是自己的母亲选择将妹妹交出……他让戈德斯坦帮自己找回这些“记忆”，却被逼至疯狂的边缘，几乎向前来劝阻自己的史卡莉开枪。史卡莉总算令穆德恢复了神智，但仍担心穆德会在寻求真相的途中迷失……

史卡莉正在家中参加自己的生日宴会，被穆德一个电话叫了出去。原来是生物学家阿林斯基告诉穆德，自己在加拿大山区发现了冷冻的外星人尸体。史卡莉拿着冰层样品去化验，发现其中确实含有见所未见的细胞。半信半疑的穆德飞去了加拿大，发现探险队员几乎都死于非命，幸好幸存者巴博科把冰冻尸体藏了起来。经检查，阿林斯基确认该尸体为外星人无疑，但穆德坚持要进行碳同位素检测。另一方面，史卡莉被企图盗窃冰层样品的内部人员克里斯高打伤，她不听哥哥比利的劝阻，执意要继续与穆德的事业。史卡莉单枪匹马擒住克里斯高，然而后者却告诉了她一个惊天秘密：这一切都是为了让穆德相信并散布外星人存在而伪造的假证据。穆德听了这一番说辞只是不信，然而他随后发现果如克里斯高所说，尸体不翼而飞，阿林斯基被枪杀。史卡莉告诉穆德，那一伙人为了让穆德相信，甚至不惜让自己染上癌症。信仰的崩塌以及对史卡莉的内疚之情似乎令穆德濒临崩溃，他返回家中一遍遍翻看录像带，泪流满面。次日，史卡莉被叫去确认一具自杀身亡的男尸，她不敢置信，可那的确是穆德……