大雨连绵，刚刚修浚完工的城西渠竟轰然倒塌，监理此工事的都官尚书沈文祁因此得罪。廷尉陆时砚奉命前来查抄沈府，捉拿沈文祁。途中，陆时砚与护父心切的沈家小女沈甄发生冲突，沈甄落泪。陆时砚不知是何缘由，竟心痛昏倒。此时沈甄已被赶出家门，流落街头，手中唯有父亲离开前给她的一把钱庄钥匙。

陆时砚将工图递了上去，待大理寺查验，沈甄安心不少想要回百香阁，陆时砚以担心许威另寻事端为由，将沈甄留在了自己的别院澄苑，实则是想要弄清楚沈甄眼泪和自己心痛之间的关联。沈甄对“梦境、心痛”将信将疑，现场切洋葱辣出眼泪试验，发现陆时砚果然心疼昏倒。沈甄随后计上心来，用芥根威胁陆时砚，要他带自己去狱中探望父亲，陆时砚难忍心痛，只得答应。

沈甄陆时砚一同前去看望沈父，沈甄见到父亲，落泪。陆时砚强忍心痛，但并没有阻止。随后两人来到庄婆处，庄婆分别询问两人状况，认为二人之间有前缘牵绊，陆时砚曾对沈甄有所亏欠，所以才会有种种神秘联系，若想要解开牵绊，陆时砚要救出沈父弥补亏欠。此时的沈甄在庄婆门外听到流民传言，工图结果已出，证明了沈文祁的罪过，即将被按罪处死。陆时砚见沈甄心急如焚，担心其再次落泪引发自己心痛，连忙安抚，要沈甄先回澄苑，自己再去打探消息。

陆时砚和沈甄本想立刻赶完吴州，不想就在此时永安城接连出现少女失踪案，身为廷尉的陆时砚被案件绊住，迟迟无法脱身。沈甄救父心切，主动提出做女画师帮助追缉真凶。经过先前两人相处，陆时砚已经知道沈甄并不像表面那样柔弱，力排众议答应了下来。沈甄果然不负众望，通过陈灵儿的描述精准画出了嫌犯的长相，在陆时砚的配合下，揪出了隐藏在少女失踪案背后的许威。

长公主来到澄苑，意外撞见装扮成妖艳妾室的沈甄，误以为是青楼女子，对沈甄出言羞辱。沈甄一心只想着去吴州，对此并没有放在心上，陆时砚对沈甄心存愧疚。终于，陆时砚与沈甄假扮富商卫晛与娇妾秦卿前往吴州，为了赶路，以往养在深闺的沈甄从来未曾这般风餐露宿，一路上还不忘学习律法为以后救爹爹做准备。

沈姌恰好利用李棣的愧疚，同周述安合作，开始密谋调查李棣究竟瞒着他还做了什么，同城西渠的垮塌以及父亲的入狱有多大关系。此时的沈姌还不知道，周述安多年前曾与她有一面之缘，从此便情根深种。陆时砚和沈甄在庄玥的指导下相处自然了许多，有了些公子和娇妾的模样，两人一路同行，顺利找到了鲁思住处，但宅院早已荒废。

陆时砚携沈甄主动前去醉梦桥接触赵冲，陆时砚抱出酿酒的生意，赵冲十分感兴趣，但一向谨慎的他对二人身份并不信任。言辞之中多有试探，还故意给沈甄倒上了可以迷惑心智的酒，屡屡对其发难。沈甄为了掩护陆时砚的身份用簪子划破自己手腕保持清醒，最终没有露馅儿。眼见赵冲仍然不放过沈甄，沈甄假装醉酒，口不择言，惹怒陆时砚，提前退下。

沈姌通过李棣成功拿到镇尺，并破译了李棣的密信，果然，城西渠的木材被替换与李棣有关，并且先前钱庄里的工图也是被李棣示意抢走。周述安主动提出要帮沈姌和离，沈姌此时无心顾及自己，只希望能尽快让李棣伏法，救出父亲。沈姌连番遭遇打击，心情难免沉郁，周述安悉心开导，两人之间感情悄然升温。

杨宗成功营救出被强迫伐木的庄玥丈夫及一众人等，但受困于扶曼在鹭园，陆时砚和沈甄无法轻举妄动，只得小心演戏。在扶曼处处试探二人真实身份的同时，陆时砚和沈甄也在秘密搜索扶曼的信息。扶曼想要用泡浴的方式检查卫晛身上是否有伤疤，关键时刻沈甄阻止，并为卫晛画上了伤痕，陆时砚裸露上身与沈甄坦诚相见，沈甄春心萌动。

陆时砚和沈甄来到赵冲府上，赵冲故意分开二人，单独进行试探。先是派出手下伪装成官府人员来逮捕赵冲，中途叫出陆时砚真名，寻求帮助。陆时砚识破对方，反过来保护赵冲，眼见即将手刃蒙面人，赵冲只得着急喊停。此时的沈甄也在赵夫人的带领下来到画室，寻找工图所在的画。

沈甄打扮成出嫁的新娘顺利离开吴州城，来到接头处，然而却迟迟不见陆时砚身影。此时的陆时砚虽顺利拿到了“活账本”并俘虏了赵冲作为人证，但吴州处处都是赵冲的人，陷入包围。陆时砚为了信守要为沈甄救父的承诺，命杨宗带着人证先离开，自己在河道上断后。庞术率人追击，陆时砚虽奋力而战，重伤庞术，但也被暗箭所伤，幸有胸口玉佩阻挡了箭头，这才护住性命。

陆时砚从清溪处得知了沈甄生气的原因，立刻向沈甄表示愿意求娶沈甄对她负责。然而听在沈甄耳中，只觉得陆时砚对自己并无爱意，只是出于君子礼节要对自己负责任。此时，追兵已至，而陆时砚伤势未愈，沈甄舍命相救，两人关系缓和，清溪和杨宗连忙助攻。

陆时砚以李棣尚未归案为名，将沈甄留在澄苑，沈甄借酒醉吐出心声，质问陆时砚那一吻究竟是何含义。陆时砚表露内心，但沈甄酒醉睡着，陆时砚决定来一场浪漫的表白，让沈甄清楚明白自己的心意。此时沈甄儿时竹马苏珩回京，一心求娶沈甄，三人在酒楼相聚，气氛顿时变得紧张起来。面对苏珩的咄咄逼人，陆时砚不甘示弱，处处宣示“主权”，接二连三主动安排与沈甄的约会，虽然有苏珩中途捣乱，但最终还是让沈甄明白了自己的心意。

周述安得知沈姌不妙，请求陆时砚前去李府搜查，然并无沈姌踪影，只发现溺亡的兰儿尸体。周述安心头更是担忧。此时李棣前来，以沈姌为要挟，想要周述安交出他的罪证。周述安将计就计，孤身犯险，险些命丧李棣手中，好在最终还是知晓了沈姌的下落，救出了昏迷中的沈姌，并将李棣带走。

此时陆时砚通过沈甄的言语发现蹊跷，发现凶手正是廷尉府内部的人。先前太过于执着于瑶一天之内查明真凶，精力都花费在究竟是何人闯入了廷尉府监狱，忽视了细节。陆时砚通过追查线索，迅速锁定嫌犯是衙役，并且至今还未离开。陆时砚立刻封锁廷尉府，集结所有衙役，揪出了真凶，尽管凶手吞毒自尽，究竟是何人陷害沈甄并无头目，但最终在时限到来之前还沈甄了清白。

沈家一家团聚，虽不复昔日沈府的繁华热闹，但一家几口重新团圆聚在百香阁中依旧十分温馨。为表谢意，沈父邀请周述安陆时砚前来聚餐，中途苏珩也前来问候沈父。因为沈姌担心陆时砚和沈甄之间的身份差异，日后沈甄同陆时砚在一起后会受委屈，尤其是有了自己的不幸婚姻，更担心妹妹重蹈覆辙，于是极力撮合沈甄与苏珩。

徐意清和扶曼在京城逛街，恰巧路过百香阁遭贼，徐意清同苏珩不打不相识。沈甄见扶曼，十分惊喜，得知扶曼此来是为了找自己的妹妹。苏珩发现有兵器送入镇国公府，再结合先前赵冲留下的半个长字，认定长公主有嫌疑，找到周述安，希望深入调查镇国公府。周述安信任陆时砚，但迫于苏珩手持皇帝手谕，只得配合。此时的苏珩想到沈甄对陆时砚一往情深，心中更是焦急万分，迫不及待想要尽早找出镇国公府的罪证，以免日后连累沈甄。

许威在镇国公府挟持了沈甄，陆时砚来救她。御史台的人在镇国公府搜出证据，包括以长公主的私印盖章的合同。长公主被当场逮捕，陆时砚本想出面阻止，但又担心自己若被捕更无翻盘可能，只得遁走再图后计。长公主拒不认罪，周述安上报皇帝，皇帝震怒。

陆时砚为了早日救出长公主，夜探御史台，找出了给长公主定罪的罪证，得知所谓铁矿兵器的购买凭证很可能是有人伪造了长公主的私印，而赵冲留下的带血的“长”字则不知是何缘故。而长公主行事一向谨慎，能够接触到私印的人少之又少，陆时砚一番推理，断定是镇国公府的管家所为。此时，陆时砚感受到心痛，以为沈甄担心自己，便趁夜前往百香阁报平安。

陆时砚捉住了管家赵时丰，赵时丰供认，供词提交给了周述安，案情得到进展。在徐意清的帮助下，苏珩发现自己误会了陆时砚，并且在不知情的情况下被利用成为了幕后主使的帮凶，心中十分愧疚，主动找到陆时砚赔礼道歉，并且发誓要还他清白。

周述安看到沈姌昏迷，心痛不已，意识到自己这辈子都无法割舍掉对她的情感，发誓一定要救回沈姌，并且抓到伤害她的人。此时葛仙士进京携太子为皇帝祈福，不料祥瑞阳鸟竟突然发作，在祭台之上攻击太子，人群惊诧，葛仙士掐指一算，说是由于有女子冲撞了太子的气运。葛仙士说出女子八字，竟和沈甄一字不差。陆时砚等人并不相信这些迷信说法，认为其中必有蹊跷，开始秘密调查葛仙士。

许皇后以破除太子不详的谣言为理由，在皇帝面前请求太子和六皇子再度祈福，皇帝答应。二次祈福当天，许皇后特意为儿子六皇子熏衣。祭台之上，太子昏倒，乌鸦再度来袭，六皇子上前护住太子，乌鸦竟在六皇子身前停住，而后离去。人群大惊，高呼六皇子为天选之人。

陆时砚昏迷不醒，沈甄日日前来照料，在榻前给陆时砚讲述这些日子发生的事。许皇后自尽，朝野清朗。沈姌醒来后彻底放下心结，同周述安勇敢享受爱情。就连苏珩也同徐意清有了情愫。此时的陆时砚再度沉入昏昏沉沉的梦中，在梦中自己与徐意清结为连理，不仅如此，醒来后竟对沈甄失去了记忆。沈甄失望落泪，然而陆时砚却不再心痛。