东京中央银行的银行职员半泽直树揭发银行内部数起违法贪污行为，结果被调任子公司东京中央证券，担任营业企画部长。东京中央证券正在进行一桩大交易。某大型IT企业发起敌对收购，购买股票的费用竟高达1500亿日元以上。对于东京中央证券来说，这是前所未有的大规模交易。而此时的半泽直树并不知道，这将是他与银行之间新的战争的开始。

半泽负责的大型收购项目被东京中央银行抢走，他和部下森山发誓要逆袭银行。然而，委托方电脑杂技集团的副社长美幸等人对他们不理不睬，他们被赶走。于是，他们再次尝试接近电脑集团的购买对象——Spiral的社长濑名。但对方以不相信银行的子公司为由拒绝。半泽陷入困境。另一方面，背叛半泽等人的三木虽得以回归银行，却没能如愿成为业务，而是被伊佐山和诸田打发做杂事，在闲言碎语中过着不得志的日子。濑名根据太洋证券的广重的建议，准备用发行新股来渡过难关。担任新股购买方、“白骑士”一角的人，竟是濑名景仰的IT业领袖人物、Fox的乡田社长。然而，那其实是巨型银行设下的新陷阱。

半泽与电脑杂技集团的收购对象Spiral正式签定顾问合同，这意味着他和母公司东京中央银行的全面战争打响了。虽然他从银行卑鄙的收购计划中成功保护了Spiral，但是危机依然没有解除。因此，半泽向濑名提出的第二个提议是“逆收购”。然而，某天，中央证券突然遭到证券交易监视委员会的检查。出现在半泽眼前的人，正是黑崎骏一。半泽一时搞不清黑崎的目标到底是什么。而关于检查的新闻以“恰当”的时机报道了出来，半泽推测此事的背后不只是伊佐川，恐怕连三笠副行长也牵涉其中。另一方面，黑崎进行了彻底的搜查，从电脑到垃圾箱，每样都不放过。他终于快要找到藏在云盘上的文件。半泽他们在暗中进行的逆收购计划眼看着要泡汤。濑名接到半泽的电话，马上指示高坂尝试删除数据。

经过半泽等人的战斗，Spiral成功逆收购Fox。但是，如此一来东京中央银行颜面尽失，在三笠副行长的推动下，银行为电脑杂技集团追加500亿日元融资以供其收购Spiral的股份。此举虽然卑怯，但银行企图凭借强大资金实力强行取胜。半泽陷入穷途末路。就在这时，半泽注意到电脑杂技集团的收益中存在不透明的部分。他试图与电脑集团的财务负责人接触，而对方却被要封口的电脑集团逼得失踪了。无法预料的状况还在持续着。渡真利告诉半泽，银行很快就要决定半泽下放的去处了。森山有些动摇，而半泽却坚定地说：“害怕人事还怎么做上班族?”不过，如果再这样下去，就真是万事皆休了。终于，下定决心的半泽带着最后的希望与某人见面。

围绕着IT企业Spiral的收购案，半泽直树查出电脑杂技集团在经营业绩上做假账，以东京中央银行拯救者的身份重返总部。但是，复归后不久，中野渡行长就把濒临破产的帝国航空的重建任务交给半泽。帝国航空是承担日本空运事业甚至能代表国家的大企业，但近年来经营状况每况愈下。而因为工会和OB的力量很强，所以也不能进行大胆的改革，已经寸步难行。这时，新任国土交通大臣白井亚希子在会见中拿出了对帝国航空进行大胆改革的华丽方案。在她主持下，成立了以律师乃原正太为组长的直属再建团队“帝国航空重建特别调查委员会”，正在讨论让保有帝国航空债权的各银行放弃七成的债权。如果这个方案实现，那么东京中央银行将不得不放弃500亿的债权。半泽无论如何都要让帝国航空自行重建，为此他来到帝国航空。但是，在这里，等待他的是难以对付的巨大障碍。

半泽希望重建帝国航空，无论如何都要拒绝按政府要求放弃500亿债权。出于自己的目的，半泽等人在现场观察工作的人们，然后制作重建方案。但是，直属于政府的重建讨论团队“帝国航空重建特别调查委员会”的领导乃原正太嘲笑半泽他们的努力，毫不留情地宣布再建方案重回原点。那种强硬的态度引起半泽的反抗之心，他发布宣战通告。双方发生激烈冲突。另一方面，半泽他们制作的再建方案在帝国航空内部也碰上了暗礁。废除赤字路线、彻底削减经费，以及整理约一万名富余人员等等，无论哪种都必然伴随着巨大的痛楚，这其中航空维修人员等专业人员坚决拒绝转行到其他部门。为每天应付他们，财务部长山久登已疲惫不堪。这时，国土大臣白井亚希子听乃原说半泽公然反抗政府后，不顾大臣身份，亲自来到银行。面对如此异常的事态，纪本、大和田，以及中野渡行长，都切实感受到了政府的惊异。于是，那个男人再次来到银行。他就是黑崎骏一。在紧急召开的听证会上，人们发现了一个与帝国航空有关的重大过失。

半泽直树在推进帝国航空的重建。为了给富余人员寻找出路，他与东京中央证券的森山共同计划了Sky hope航空的新路线，但是，新路线的许可申请却突然被拒绝了。金融厅发出业务改善命令，中野渡行长向金融厅长官低头，这一切都被报道了出来。社会对东京银行的非难也越来越严重。所有这些事的幕后黑手是国土交通大臣白井亚希子。半泽被动真格了的政府施加的压力压得透不过气来。然而，这些事情发生的时机也太凑巧了，半泽怀疑向政府泄露行内秘密的叛徒不是纪本就是大和田。放弃债权的回答期限——“特别小组共同报告会”的日子越来越近，作为最后的希望，半泽去拜访开发投资银行的谷川。

在“特别小组共同报告会”上，半泽代表东京中央银行与开发投资银行一起拒绝放弃债权。然后，他从妻子小花那里听说，智美小姐曾经是银行职员，而且过去是中野渡行长的部下。另一方面，纪本常务试图让银行接受放弃债权，甚至说赌上自己作为银行职员的生命，结果却失败了，大和田差点能赶他下台。然而，由于之前共同报告会的原因，中野渡行长反而提出了邀请证人的传言。政界的大佬箕部干事长终于发动攻击了。而纪本常务与政府相互勾结。帝国航空的山久把特别小组的重建草案拿给半泽看。半泽注意到亏损线路羽田·伊势志摩线路被排除在裁撤名单之外。伊势志摩正是箕部的选区，他为当地建设竭尽全力，机场也被赞为他的功绩，当地人称为“箕部机场”。半泽确信箕部掌握着解决一切的关键，便四处寻找线索。这时，他得知黑崎也追查箕部。就这样，半泽打开了东京中央银行那扇出人意料的“黑暗之门”。

半泽从“伊势志摩state”得到的资金流入箕部干事长处的决定性证据，被大和田与中野渡行长交给了箕部。半泽怒火中烧，发誓要向三人千倍奉还。但他被排除在帝国航空再建项目之外。被行长背叛后，半泽作为银行家的热情消失殆尽，但在森山和濑名的鼓励下，他决定东山再起。于是，他和渡真利一起调查纪本常务的住处，发现了令人震惊的事实。而此时，中野渡行长确认放弃债权的记者见面会即将召开。半泽必须在有限的时间内找到能揭发箕部贪污的证据。