北宋仁宗年间，朝廷软弱，北方辽国、高丽等对大宋国土均存觊觎之心。庐州某书院学生包拯不仅才学出众，而且思维缜密，善于推理。包母医术高明经常被官府请去验尸，母子二人协助官府破了不少案件。高丽为了与大宋修好，决定将高丽郡主嫁与大宋皇帝，途经庐州险被黑衣人所刺，幸被包拯救下。

太子见民女小艾貌美，将其抢回府中欲对她施暴。不料小艾被“女鬼”二次救走。太子被杀。高丽要求北宋迅速查出真凶，并已在国内开始征兵。为免生灵涂炭，宋仁宗派八贤王到庐州缉凶。

轻功绝佳的凌楚楚救了小艾，原来她就是“女鬼”。庐州府尹想杀掉她们，这样对高丽人也有个交代。包拯施计为二人洗清罪名。包拯认为应该重点调查黑衣人的来历，不料发现几名黑衣人被人集体杀死，而且是被高手一剑毙命。包拯查了高丽的世系谱之后认为此案与七皇子李希有关，却不料李希也被杀害了。

高丽朴将军率领3000高丽兵攻入泸州城，庞太师带领5000兵马及时赶到。包拯发现高丽郡主的侍女乔装成宋人买回打胎药，顺藤摸瓜他查出了郡主与高丽使者崔尚书的私情。二人承认相恋但否认杀人，八贤王却认为将案情定为高丽内部争斗可以化解两国矛盾，阻止包拯继续追查。

八贤王被包拯的真诚感动，给他三天时间破案。小艾被发现上吊自杀，遗书上写明自己因不甘受辱而怒杀皇子。包拯对小艾的遗书起疑，又联想到种种细节与人情不符，怀疑凶手另有其人。庞太师给包拯一天时间找出真凶。

包拯通过对照字迹，小艾遗书中奸字居然三个女字一模一样，发现是有人从小艾生前写的刘禹锡的《乌衣巷》最后一句“姓”字拓写的。又从一盘搅乱的棋局解析了所有的疑点，找出了真凶竟然是沈良 ……

天鸿书院才子展俊生性自负，常与同学发生争执。一日他与同学公孙策口角后，二人相约下学后再作理论。不料次日清晨展俊被人发现死在屋中，包母验尸后认为他是被人用大锤重击而死的。公孙策因曾与展俊争吵而嫌疑最大，被收监入狱。

展俊的弟弟展昭武功高强，发誓要为其兄报仇，试图杀死公孙策。包拯通过展俊尸上的几处细节证明公孙策与展俊死的时间不能谋合，有不在现场的证据，证明了公孙策的清白。

山洞中写有严厉的诅咒，并有数具石像描述了各种令人毛骨悚然的死状，其中一具石像的死法与展俊一模一样。负责破案的杨大人认出这是侉屹族的血祭坛，并怀疑展俊的死是因为擅闯禁地而遭诅咒。不料几天后杨大人暴死，心被挖走。

书院里阳大人遇害，手握重兵的木都统突然来到，封锁了书院，严禁包拯等人协助破案。一个有武功的瞎子夜探血祭坛，与一神秘黑衣人交手，当他再探血祭坛时被木都统抓走。深夜，一个戴面具的人救出了瞎子，而他竟是木都统。

包拯的知己、音乐老师蒙放也被人所杀，头被砍掉了。万分悲痛的包拯决心查个水落石出，他来到侉屹人原先聚居地的遗址，发现他们竟是被残忍地集体灭族而死的，这个惊人的发现使案件的侦破有了转机。失踪三天的木都统回来了，但马背上驮着的却是一具尸体。

在为木都统下葬时，早已死去多时的眼中竟然流出了血水，这一细节给了包拯新的启示。神秘的血祭坛诅咒之谜终于解开了，这是侉屹族死里逃生的两名后裔长大后为族人报仇而进行的复仇计划，而凶手却是包拯最热爱的人…

包拯同凌楚楚、展昭同赴汴京准备参加两月后的会考，途经楚楚的家乡隐逸村。几个月前，凌父的结拜兄弟卓七被杀并被砍去右臂，凌父也突然失踪，楚楚希望包拯能帮她找回父亲并查出卓七叔的死因。

村里青年卓云、杨开为获取楚楚芳心相互竞争，而杨开同楚楚的继母暗中有染，几个人各怀心事。一名自称龙秋燕的少女闯入了隐逸村，来历不明的她竟令凌父的另几位结拜兄弟张三、李四朱六大为恐慌，担心她是朝廷派来的，三个人因意见不和大吵一架，在回家的路上张三被杀并被砍去一条腿。

楚楚告诉包拯，村里的六家人每家都保存有一具干尸，而且每具干尸都缺了身体的一部分。包拯注意到死去的两人被去的部位都与自家干尸缺少的部分相同，更奇怪的是，朱六惊恐地大叫“干尸复仇”，在众人的追问下，李四讲出了干尸的来历

村人发现洞中有一可疑之人，包拯建议用火攻将其逼出，没想到他竟是失踪多日、已经疯癫的凌父。大家将其救回诊治，发现他中了剧毒暗器“暴雨梨花针”。正当他的情况日益好转、快要清醒的时候，却在展昭的严密守护下被人砍去头颅而死。

朱六也被害了，身体同样被砍去了一部分。包拯上山寻访，在上山发现一座孤坟和一间废弃的小屋，屋内陈设用具显然是一女子的卧室。朱六的独生子正德一直在暗中跟踪包拯，深夜又潜入卓云的房间企图杀他，不料反被卓云所杀。

众人发现正德的房间挂满了楚楚的画像，原来他一直暗恋楚楚，众人认为一事实上是正德为了得到楚楚一再杀人，而包拯却指出真凶另有其人……破案后，包拯等人继续踏上旅途。而庞太师带兵烧光了全村，这一切只为埋葬二十年前宫廷中的一个秘密。

包拯等人来到京城与公孙策会合，他们又遇上当今太师之女庞飞燕，考生中盛传湖边有一名妓云霜之墓，谁能猜透墓碑上诗文中的含义便能高中状元。考试前一天，考生阮文浩、向天问自称状元非己莫属。

考试第三天，向天问被发现死在水缸里。年轻的皇帝为与一手遮天的庞太师抗衡，希望广纳人才，亲召包拯，限他在三天之内全权负责破案，然而就在此时，客栈酒保周八斤在突发横财之后，被发现淹死在湖中。

飞燕建议大家划船游玩，以便为包拯散心。船至湖中，飞燕与考生赛中原不慎落水，包拯发现赛中原的一条腿是假肢，联想到种种疑点，包拯认定赛中原便是凶手，将其缉拿归案。当官司府判决将赛中原斩首时，包拯却发现赛中原之案疑点重重。

包拯重验周八斤的尸体，发现他是被人毒死的。包拯认为自己的判断有误，推翻了原来的想法，从刀下救出了赛中原。从云霜的碑文中，包拯悟出了杀人者的动机，他设下圈套诱真凶现身，凶手果然中计。正当凶手原形毕露时，庞太师却在此出现。

在八贤王的帮助下，真凶被押上公堂，他竟是庞太师的女婿、主考官崔明冲，他也是云霜昔日的恋人。为了怕人揭穿他们的关系，崔明冲不惜连环杀人。包拯破案有功，但却耽误了考试，他辞皇帝赐予的官职，准备明年再考。

在回庐州的路上，展昭将包拯带到了他出家的相国寺。寺的附近有五个孤儿，号称“五鼠”，经常偷吃寺里的东西。包拯等人来到寺里的第二天，寺中住持衍悔的四大弟子之一戒空从山上掉下摔死了，而他死前曾与来偷东西的五鼠之一“锦毛鼠”发生争斗。

第二天一早，大家发现衍悔大师在屋中已然圆寂，全身筋脉尽断。有人猜测他是练功走火入魔而死，但公孙策在大师的房内发现了可疑的迹象，证明曾有人在大师死前进入房间，从遗留下的一个小脚印判断，来者应是孩童，众人的焦点又集中在五鼠身上。

五鼠被抓到寺里，态度恶劣，口出恶言，锦毛鼠还声称看过寺中的武学秘笈《大日如来咒》，他们被押进地牢。深夜，在寺中作客的西夏僧人达摩智放走了五鼠，但威逼锦毛鼠背出《大日如来咒》，锦毛鼠不从，达摩智给他服下毒药，并和突然而至的一黑衣人交手。第二天，大家发现达摩智已经死去。

巡抚杭天豹与衍悔是故交，对《大日如来咒》一直存有觊觎之心，为得秘笈他借为锦毛鼠发功疗伤之际，逼其背诵，但毫无结果。一名神秘的黑衣人再次出现与杭天豹激战，当众人发现时，杭天豹已经死在药房中。

公孙策在药房现场发现杭天豹死前用剑写下了“戒”字，怀疑凶手是寺内“戒”字辈的僧人。他还注意到凶手留下的一个破绽：杭天豹是左撇子，死后却是右手握剑。一直生病的包拯发觉有人在他的食物里下毒，目的是不让他参与破案。

包拯从锦毛鼠身上的文身洞悉了全部秘密，他召集众人，指出凶手便是四大弟子之一的戒贤。原来三十年前衍悔曾犯下色戒，锦毛鼠便是他的孙子，戒空、达摩智与杭天豹发觉了这个秘密，以此为要挟索取住持之位或秘笈，戒贤为维护他所热爱的大师和相国寺的声誉杀了他们，随后也自尽了。包拯破案后，寺里人执意要他作新住持，包拯无奈地逃走。

为躲避去相国寺当住持，包拯与公孙策在返乡的路上分手，公孙策与展昭等人夜宿一小镇的客栈上，与一个名叫“彩云天”的杂耍班相遇。杂耍班内关系微妙，气氛紧张，武师熊原、雷石为一双鞋竟大打出手。店主戚老爹与其义女丫头也神秘莫测。

杂耍班在表演时出了人命，熊原被绑在身上的磷粉竟是火药，他已被炸得面目全非。杂耍班内的康乔姑娘声称，熊、雷二人都对自己有意，他们是为争风吃醋而两败俱伤的。

公孙策在雷石的口中发现一根鱼刺，而他刻在板桌上雷石是不吃鱼的。公孙策怀疑死者不是雷石，他很可能还活着。事实果然如他所料，在一个被杂耍班称作“鬼洞”的地方，康乔与雷石正在寻找他们梦想中宝物，康乔趁雷石不备一刀将其杀死。

康乔等人打伤监视他们的官兵，再次闯入洞中。洞内，公孙策已布下了天罗地网，正当双方激斗之时，另两名黑衣人与康桥厮杀在一起。作恶多端的康乔终天被擒，黑衣人、戚老爹和丫头也讲出了他的的真实身份。公孙策在家乡庐州与包拯巧遇，正当几人准备回家之际，官府贴出布告：八贤王将于六天后问斩，心急如焚的包拯匆匆再赴京都。

包拯见到八贤王，得知事情的原委：在朝廷祭天的那天，八贤王提前来到大殿，随即便被迷药迷倒，等他醒来时看见自己手里握着一个血迹斑斑的铜烛台，而宫女秀珠已死在脚下。皇帝赐给包拯一枚金牌令他负责破案，包拯决心还八贤王一个清白。

包拯发现宫中的迷药“七星海棠”被盗，而秀珠的指甲里也有这种迷药，在秀珠的房间里他还发现一幅书法，字里行间暗含着“千波殿”三个字。包拯向宫内人询问，宫中对千波殿的事讳莫如深，包拯冲破太监首领郭槐的种种阻挠，终于见到了被囚禁在殿中二十余年的李妃。

秀珠死前在卖面的六子那里留下一幅画，画上是一个怀中抱着一口锅的人。包拯认为这幅画暗喻凶手是太监郭槐。协助包拯破案的捕头小刀突然被杀，地上用鲜血写着“郭槐杀我”。公孙策发现凶手另有其人。

包拯在公孙策的提示下白小刀其实是自杀，目的是掩护主人。他终于搞清是谁要嫁祸于郭槐，他和公孙策逼八贤王承认：这一切都是他布的局，他愿意承担所有的责任。楚楚发现爹爹的遗物……一块黄绫襁褓沾上酒后显出字迹，包拯看后拿着襁褓直奔六子面馆。

六子曾对包拯说他也有一块黄绫襁褓，包拯发现两块襁褓对在一起才是完整的，而上面的字迹全部显现出来后令包拯大惊失色。庞太师要亲自监斩八贤王，千钧一发之际包拯等人截法场救了无辜的八贤王。众人被召到金殿上，包拯讲出了“狸猫换太子”的往事。

原来当年李妃与皇后几乎同时分娩，御命谁先生男婴即立为太子，皇后与庞太师串通命崇庆七鹰将李妃先生之子以狸猫掉包，污蔑李妃是妖孽，先皇将其打入冷宫。当日的皇子即是今日的六子，真相大白后庞太师欲杀包拯和六子灭口。