1寻

穆德失踪后，FBI虽然摆出了寻找穆德的姿态，但拒不承认与外星人有关。克许委派道吉特负责此案，道吉特同样不信外星绑架一说，言语中带的讽刺令史卡莉气愤不已。但史卡莉不得不承认，穆德似乎并没被绑架，就在附近潜伏。她的邻居曾看到穆德出现在自己的公寓旁边，FBI也有穆德闯入的记录。但史卡莉坚信，这些都是外星人为了消灭证据假借穆德身份做的。道吉特则认为是穆德在故布疑云，他很快确认穆德的目标：第六季曾出现的神童吉布森。他出动大部队到偏远的小镇搜寻，吉布森见到他却害怕的跑了，道吉特循着脚印追上去，赫然发现穆德的身影……

2离散

片头显示外星人的飞船降落在这片沙漠中，迅速隐藏了身形……道吉特逼得穆德跳崖，然而当他到崖下寻找时早已不见人影。他也不接受史卡莉的理论，坚持认为穆德还躲在学校里，却不知赏金猎人早变化成别人的模样，躲过了FBI的搜捕。另一边，史卡莉终于发现了吉布森的藏身之所，但由于她深知外星人的能力而不敢信任任何人。终于，令她担心的事发生了，假史卡莉出现在了学校里，袭击了探员，FBI顿时陷入混乱。赏金猎人的出现甚至差点令史卡莉和斯基纳刀剑相向，幸好被两人依靠多年的默契化解。史卡莉带着斯基纳去见吉布森，吉布森伤势很重，他告诉史卡莉自己能感觉到穆德就在左近，史卡莉急忙奔入沙漠寻找，自然找不到隐形的飞船。斯基纳带吉布森就医，却遭赏金猎人偷袭。匆忙赶到的史卡莉被假斯基纳蒙骗击倒，千钧一发之际挣扎着开枪击中假斯基纳脖颈之后，赏金猎人化为一滩绿水。道吉特自知办案不力，却惊讶的得知被任命为负责X档案的新任探员……

3忍耐

1956年蒙大拿州的3个猎人在打猎时击落了一只具有人的形态的蝙蝠，有一个蝙蝠人开始凶恶地杀戮击落它的那些猎人以及检查它身体的地方警察，当年有5个人被杀。然而，猎人中的一个为了逃避追杀隐藏了起来。在40年后，这个猎人的女儿去世，猎人的弟弟把他女儿的尸体烧掉了，可能是为了不让蝙蝠人认出来。但是这只蝙蝠人居然通过某种手段判断出这具尸体的可疑之处，一轮新的杀戮开始了，导致S与D介入。老头指出S卷入这案子是自讨苦吃，因为如果不能彻底将这只遵循“有仇必报”法则的蝙蝠人击毙的话，它以后就会“孜孜不倦”地将S和D作为追杀目标了。不久蝙蝠人入侵攻击老头，然后掉头准备袭击S。但这时D已经返回，及时掩护S并使蝙蝠人连中数弹，重伤而逃。S与D返回FBI结案，S忧心忡忡地表示可能遭到蝙蝠人追杀，D则保证他的射击足以致命。

4寄生邪神

史卡莉受尸检官的邀请介入到犹他州一起凶杀案的调查，她拜托道吉特在X档案中找一个很类似的案子，之后循着线索到达一个荒凉的村落。随即她发现，这个古怪的村落好像不让她离开：给自己车里加入的汽油完全就是水，电话线莫名其妙就是不通，村子里没人有汽车。史卡莉只好住下。次日，她被央求照顾一个特殊的病人，史卡莉发现，这个病人是被一条大虫寄生了。她意识到这是一个邪教组织，他们出于宗教崇拜帮助怪虫寄生。史卡莉偷偷找到汽车，却被村民抓住。他们把病人打死，将大虫取出，寄生在史卡莉身上。道吉特在过往案件的寻找过程后明白发生了什么，急忙四处寻找史卡莉。他也找到了村子，感觉村民对他的态度不正常，偷偷潜入发现史卡莉。他带史卡莉逃到村中那辆汽车上，村民立刻包围了汽车，然而此时史卡莉感觉到虫子正沿着她的脊椎向她的大脑移动……

5幽灵兄弟

俄克拉荷马州一个十年前失踪的小男孩比利突然出现，但是任谁询问他都一言不发。令史卡莉惊奇的是，十年时光似乎没有在比利身上留下任何痕迹，他还是十年前那个模样。比利的父母将他带回家，却发现他虽然仍一声不吭，但对他弟弟很不友善。弟弟也很害怕这个从天而降的哥哥，特别是他看自己时的眼神。警察十年前曾找一个灵媒帮忙调查，这次又请她来，但是灵媒一见到比利就惊恐万状直至癫狂。道吉特则压根不信灵媒这一套，他从目击者罗尼这条线索追查下去。他看到比利坐在罗尼车中但眨眼间就不见了，把罗尼带回去审问。经他劝说，罗尼终于肯说出当年残害他和比利的凶手所在。与此同时，凶手又诱拐了比利的弟弟。道吉特与一众警察赶到，制服了凶手，恍惚间他看见比利站在一旁，连忙过去查看，却发现了比利的尸骨残骸……

6时光倒流

法官威尔斯一觉醒来，发现自己置身囹圄，被控杀死自己的妻子。之后不久，他在转移的时候被岳父刺死。他再次在监狱中醒来，却发现他所经历的第二天是现实世界中的前一天，对于他来讲时光倒流了。第三天也是如此。他把情况透露给前来调查的道吉特和史卡莉，前者认为他根本在扯淡，后者半信半疑。第四天，他在道吉特家中醒来，两人返回命案发生之地调查，看过录像之后，威尔斯确定保姆协助了杀人凶手，他们赶到保姆住所，抓到了嫌犯奥克博。奥克博告诉威尔斯，他这样做是为了报复威尔斯宣判他弟弟贩毒时隐藏证据导致他弟弟含冤入狱，并死在了监狱中。威尔斯深感内疚，然而因为证据不足，他还是被当成杀人凶手抓走。第五天，他开始明白这是上天给他的第二次机会，及时赶回家里，在道吉特的帮助下救下妻子，同时也受到了当年隐藏证据的惩罚……

7心魔

两名探员在监视邪教聚会的时候离奇死亡，而邪教所有信徒也都在睡梦中被斧子劈死。史卡莉原本负责此案，但她因为腹痛住院，只好由道吉特替她去调查。很快，他们锁定该邪教组织头目迪柏为嫌犯，却找不到他人。此时，一个流浪汉的死给了他们线索，他们循着迪柏犯案前曾打出的电话找到一个毒贩，他声称迪柏吃下他的药物之后会更接近上帝。把毒贩关入牢中后，道吉特有种不祥的预感，他急忙赶到监狱，却看到毒贩的尸体。史卡莉邀请孤枪侠协助道吉特，几人分析得出结论：迪柏能够潜入别人的梦境，用使其噩梦成真的方式将其杀死。道吉特和斯基纳找到了正要自杀的迪柏，迪柏畏惧自己那不受控制的能力，想要做一个了断，道吉特还是救下了他。然而随后，道吉特发现自己的心灵被迪柏入侵了，他感觉自己在梦中穿行，一片诡异的蓝光下，“三眼”迪柏教唆他杀死史卡莉，但他下不去手，拿起斧子向自己头上劈去……

8完美谋杀案

入夜时分，一男子跌跌撞撞冲入警察局，说有人追杀他。警察见他举止疯癫就将他暂时关押，孰料他在警察眼前被一枪爆头。经过调查，史卡莉和道吉特发现子弹是从天花板射入的，而按常理，在那个地方绝不可能看到被害人。随后，又有三个毒贩在类似情况下被杀，史卡莉认为犯人眼睛有接收X光的能力，因此能够做到透视。两人沿线索追查到一家灭虫厂，发现厂主哥哥是弱视，秘书泰米则遮遮掩掩。两人进而查到厂里的大额账单，推断他们是通过利用弟弟眼睛的能力谋杀毒贩，抢夺毒品再倒卖赚钱，但苦于没有证据无法抓捕。哥哥发现泰米做假账给自己捞外快，同时也知道了之前被杀的男子是因为逼迫泰米上床而被爱上泰米的弟弟杀死的真相。他把枪交给弟弟，让弟弟杀了这个背叛了他们的女人，然而弟弟却拿枪瞄向了自己离开的方向……

9异变

退伍军人雷被认为因病去世，实际上他身体发生变异，变成可再生的金属。他深恨自己的同事们，认为他们应该对变异的情况负责，于是利用他的特殊能力将两人杀死。史卡莉和道吉特沿线索找到一家生产这种金属的科技公司，怀疑他们把垃圾输送到废品站致使雷感染。道吉特知道雷会来复仇，于是设下圈套，但被雷冲破墙壁逃生。满面疮痍的雷找到了认为自己病逝的妻子，告诉她自己的计划并让她进入警察局寻找公司的环境主管。警察寻到他的藏身之处，雷失手误杀了愿意帮助自己的女工，并逼迫妻子说出了自己要找的人的姓名，而那人实际上是名会计。雷很快找到他，正要下手之际却因瞥到那名会计几岁大的儿子无助的眼神，动了恻隐之心……

10寄身人

一个从孟买飞回美国的胖男子离奇死亡，在他身边发现了奇怪的指纹。随后，华盛顿街区陆续出现几名受害者，死状同该男子一样。根据死亡前后的体重变化，史卡莉推测有什么东西钻进了受害者肚子，她赶紧去解剖最新一具尸体，然而剖开腹部之后，她却看不到是什么生物钻出来。史卡莉和道吉特去求教穆德以前经常找的专家，专家说他们碰到了“西迪”，一种印度苦行者，有能力隐身和变形。道吉特对这些理论嗤之以鼻，然而接下来发生的事不得不令他改变看法。他们抓到了疑似“西迪”的人，“西迪”一句话不说，在摄像镜头中却看不到他……受害者家属中的两个孩子决定靠自己的力量捉住“西迪”，他们的计策轻易地被化解。史卡莉赶到，“西迪”化身成其中一个孩子，向着史卡莉步步逼近……