1锡拉
经过数周追踪，迈克尔终于在洛杉矶找到了格蕾琴和威斯勒，正当他准备为莎拉的死复仇时，被告知莎拉其实还活着。通过莎拉父亲的好友布鲁斯-贝奈特先生，迈克尔找到了莎拉，二人终于重逢了。在巴拿马，苏克雷、巴里克和T-bag也在一场骚乱中逃出了Sona监狱。T-bag想搭车到美国，却被司机抢劫一空后留在了沙漠中等死。威斯勒正与对迈克尔说出自己知道的秘密，却被“公司”杀手怀亚特灭口。林肯因为谋杀“公司”人员再次被捕，而苏克雷、巴里克和马洪也被捕了，马洪还发现自己的儿子被怀亚特杀掉。这时自称国家安全局探员的丹-谢尔夫来到众人面前，要求他们与自己合作搞垮公司。
2强行入侵
迈克尔一伙人被要求寻找藏有“公司”秘密的Scylla，他们找来了电脑奇才罗兰，通过他设计的设备成功复制了Scylla的信息。但经过罗兰的破译，他们发现Scylla由六块卡片组成，而他们获得的只是其中之一。T-bag死里逃生回到美国，并发现了威斯勒的双重身份和《观鸟指南》中所藏的秘密。因为不满格蕾琴的表现，怀亚特将她囚禁。
3关闭
获得Scylla的难度增加，丹-谢尔夫取消了行动。但迈克尔、林肯、马洪和莎拉却找到了其他几块卡片的线索，因此谢尔夫决定继续行动。T-bag开始冒充威斯勒的身份。怀亚特对布鲁斯-贝奈特严刑逼供，在获得莎拉的行踪后杀死了贝奈特。
4鹰和天使
迈克尔找到了第二张卡片。T-bag伪装进入Gate公司，企图破解《观鸟指南》的线索。莎拉得知贝奈特被杀，倍感打击和愧疚，她跑去酒吧解愁，却不小心泄露了自己的行踪。怀亚特开始追踪莎拉和迈克尔等人。
5安然无恙
迈克尔和林肯潜入了看守严密的财政部，成功的复制了第三张卡。将军命令所有持卡人要将卡片随时放在身边。迈克尔突然流鼻血，让林肯很担心他的健康。苏克雷和巴里克找到了T-bag，而格蕾琴从怀亚特的囚禁中逃出。马洪此时正酝酿着为儿子报仇。
6爆裂
迈克尔等人到赛马场追踪下一张卡，但在这次行动中马洪被捕了，而复制了信息的设备就在马洪身上。谢尔夫利用手段拿回了马洪身上的设备，却将他留在看守所不管。利用审讯的机会，迈克尔等人救出了马洪，并逃过了怀亚特的追杀。与此同时，T-bag化名为销售人员科尔-派弗开始在Gate公司内部进行调查。
7难于上青天
林肯一行来到拉斯维加斯寻找第五张卡，苏克雷牺牲自己做持卡人老婆的男伴才复制了信息，但罗兰的设备却被赌场没收了。莎拉发现迈克尔患了脑瘤，据说迈克尔老妈就是死于这种疾病。为了共同的利益，格蕾琴和T-bag开始在Gate并肩作战，他们绑架了迈克尔和巴里克，要求他们一起破解《观鸟指南》的秘密。他们发现Gate公司有个神秘房间。马洪救出了迈克尔和巴里克，并抓到了T-bag，但格蕾琴却打来威胁电话。
8代价
格蕾琴威胁迈克尔与自己合作，由于设备被没收，大家不得不将目标直接转到将军身上。将军组织Scylla转移，迈克尔发现Gate离“公司”存放Scylla的地方很近。罗兰背叛大家向怀亚特透露迈克尔等人的据点，企图换取金钱，但最终却被怀亚特杀掉。好在众人抓到了怀亚特。
9伟大的成就
擒住怀亚特，迈克尔等人威胁他骗将军众人已死。马洪折磨并杀掉了怀亚特，总算为儿子报了仇。为获得最后一张卡，格蕾琴去找将军，希望以往的旧情能起作用。迈克尔计划从Gate的神秘房间挖管道进入“公司”，此时他的病情越来越严重。在打通水管制造通道时，巴里克为了大家牺牲了自己的性命，最终被水冲走。
10传说
在哀悼巴里克后，众人潜入了“公司”，了解了安放Scylla的安保情况。T-bag在Gate公司的前台女崔珊原来是谢尔夫的同伙，一位伪装的国家安全局特工。莎拉带迈克尔入院检查，被通知要马上动手术取出脑瘤。但迈克尔没有时间了，因为将军下令立即转移Scylla。