1东京数码危机
2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！
2战争游戏
拯救太一和亚古兽危机的是小学五年级学生的石田大和。他和加鲁鲁兽一起比太一早一步进入了网络空间。大和知道美军的网络面临危险后，便比太一先一步赶往了现场。太一因为知道这里有其他人类少年后重新振作，一边和光子郎共享情报一边赶路。陷入失控状态的美军系统错误地启动了搭载导弹的核潜艇，进入了导弹发射状态。就在导弹来袭迫近中，太一与大和到达了网络空间内美军的系统，对阿耳戈兽进化后的究极体感到震惊。
3然后 前往数码世界
太一与大和站在奥米加兽的两肩上。虽然阿耳戈兽究极体攻击了奥米加兽，但奥米加兽却毫发无伤并压制了对方，最终打倒了究极体。但是导弹仍然没有停止发射。太一与大和为了改变导弹的轨道，一起对数码暴龙机给奥米加兽传输力量。在奥米加兽将剑光释放到网络空间后，他们成功改变了导弹的轨道。然而导弹在上空爆炸，太一与大和受到冲击后，强制离开了网络空间。太一回到了在车站的光子郎的所在处。
4飞翔吧！巴多拉兽
在太一和亚古兽来到数码宝贝世界之后，他们意外的碰到了素娜。此时，太一的暴龙机却发生了异常的反应，指引他们来到了某个石碑面前！凭借着石碑与暴龙机的感言，他们看到了远处的超古代遗迹！为了探寻那个秘密，众人开始出发前往。 素娜在来到了数码宝贝世界之后就和太一一起在森林中穿梭，此时她发现了有奇妙生物的存在，那就是草丛中的比丘兽，比丘兽被螳螂兽追赶直接冲到了素娜的身上，素娜就这么和比丘兽相遇了，然后他们就一起逃脱螳螂兽的追击。 在这个过程中，比丘兽并没有认出来素娜，他们只是一起逃跑而已，随后他们从高处掉落，通过走水路逃过了一劫，比丘兽因此昏迷了。比丘兽一醒过来就认出来了素娜，感叹自己终于见到素娜了。要知道素娜之前就和比丘兽同行，为什么此前比丘兽对于素娜没有反应呢？假如仔细观察两个时期的区别的话，就会原因在于素娜的帽子变得不一样了！ 素娜因为跳进水里而把衣服打湿了，由此她把衣服换了一下子，她的帽子也和原本不同了，比丘兽看到新帽子的素娜就认出她了
5神圣数码宝贝
太一和素娜受到神秘力量的指引，乘坐巴多拉兽来到了究极天使兽的神殿。到了神殿后，太一在神圣计划的帮助下，触发了瓦尔德兽临终前用最后一丝力量为被选召的孩子们留下的遗言。原来，在不久之前，黑暗力量侵袭数码宝贝世界。以各位天使系数码宝贝为首的光明力量为了守护数码宝贝世界，与黑暗力量发生了一场激烈的战斗，战斗异常激烈，太一脚下所站的神殿就是当时光明一方的最终阵地。 随着奥米茄兽的出现，战斗暂时结束。看着过去的记忆，无论是亚古兽还是比丘兽，都是泪流满面！不过危机并没有解除，不断有数码宝贝向他们发动攻击！在暴龙兽和巴多拉兽的帮助下，总算是度过危机。另外一边，光子郎也遭遇了袭击，而这一切的背后，就是黑暗系数码宝贝在搞鬼！ 甲虫兽和光子郎一度遭遇了非常危险的境地，他们被吞到了巨鲸兽的肚子里面，进入了一处未知的领域，光子郎此时还是非常镇定的，他立马就在搜集资料。甲虫兽此时对光子郎就非常崇拜，他表示自己快要迷上光子郎了……随着甲虫兽的进化，比多兽击败了敌人！
6被狙击的王国
经过了激烈的战斗，大家都有点饿了，决定去找一些吃的东西。万万没想到的是，他们却被当作破坏者，被美美和数码宝贝巴鲁兽抓了起来。经过了一番解释，大家终于是解开误会！与此同时，光子郎告知大家现实世界情况更加严重，同时数码世界与现实世界时间并不对等！ 就在大家讨论的时候，奥加兽却带着他的小弟们发动了攻击。虽然暴龙兽，巴多拉兽战斗力不俗，敌过了多只数码宝贝，但美美和巴鲁兽却遇到危险。巴鲁兽拼命保护美美，却因为实力不足，差点就此消失。 美美其实是一个特别善良的女孩子，虽然表面上自称为是女王大人，但是内心却像十分的温柔。她所掌控的纯真徽章，让她可以相信任何可相信的人，并且不太想看到任何人的牺牲。在看到巴鲁兽为保护自己牺牲的时候，美美真的是十分难受。尤其是一虚一实的闪烁，意味着巴鲁兽就此消失。此时的美美也不想做女王陛下了，只希望自己的伙伴不再牺牲。关键时刻，美美女王流泪感动，仙人掌兽登场。再加上暴龙兽巴多拉兽的帮忙，奥加兽被折断一只角，终于是败退！
7那个男人 城户丈
太一带两个妹子一起吃饭然后部署后续的作战计划，原本打算让巴多拉兽漂洋过海，结果半路遭遇到了墨鱼兽的攻击不幸坠落，这墨鱼兽攻击还挺猛的，这一招直接把比丘兽整整一话给打挂机了。多亏哥玛兽用鱼群大暴走这个必杀把众人救了回来，哥玛兽这个小技能初代表现本来就不多，主要还是没有水上的优势。 借此太一等人也遇到了年纪最大的城户丈，阿助算是把学霸的精神一直发扬到了现在，不但自己手造木屋，而且在流落到数码宝贝世界中也不忘记学习，分分秒秒都在读书和努力，就担心自己成绩被人赶超，还真的是代表诚实的徽章，就会说大实话。 在阿助劝不动一起冒险的情况下，不能就这样坐以待毙，所以哥玛兽提出了自己作为诱饵把墨鱼兽引上陆地，这样一来就能轻松将其击破了，结果作为诱饵的哥玛兽被重创。墨鱼兽实力非同小可，不但能缠住仙人掌兽，而且还能轻松弹开超级火焰，这战斗力有点太夸张了。借助感情的升华，海狮兽成功进化。不过可惜依旧不能完全打开战局，这墨鱼兽确实战斗力很虎，硬吃超级火焰、尖尖碰碰拳和鱼叉机关炮居然没有被做成轰炸大鱿鱼，也是厉害。
8孩子们的攻城战
孩子们寻找着神圣数码宝贝的秘密，在大海中前行的他们，看到了一座小岛。原本以为是灯塔，却不曾想竟然遭遇了危机！坦克兽，齿轮兽还有金刚兽不断的攻击着孩子们，幸好阿和出现，暂时缓和了危机！ 因为过于担心大家，阿和决定独自行动，却不曾想遭遇了一重又一重的拦截。关键时刻，太一等人加入战场，帮助阿和掩护潜行！此时感受到了大家的友谊，阿和与加鲁鲁兽终于是爆发，击败了金刚兽！在城堡的内部，太一他们也发现了写着神圣数码宝贝秘密的遗迹！当太一一行人还离城堡老远，海狮兽还在海中赶路时，城堡的“探照灯”，日轮兽就发现了他们，更厉害的是，孩子们刚暴露在探照灯的灯光下，金刚兽的远程大炮就轰了过来，直接将海狮兽击沉。孩子们好不容易狼狈上了岸，结果一上岸由坦克兽组成的装甲部队早就在岸上等着他们，一轮大炮齐射将孩子们打得七零八落，天空中的巴多拉兽也成为了日轮兽和金刚兽的活靶子。炮火的密集覆盖体现了城堡的远程进攻能力，孩子们要想突破这密集的炮火已经实属不易，就算孩子们突破了炮火封锁来到了城门楼下，这里还有一只以力量著称的黑暗巨龙兽早就在这里等着孩子们的到来。要想突破暴龙系的黑暗巨龙兽，闯入城内，更是难上加难。
9完全体袭来
奥加兽仍然保存了亦正亦邪的本性，尽管是反派恶魔兽的部下，但它仍然有着身为战士的自尊。奥加兽在之前和暴龙兽的对决中输掉了，并且被暴龙兽折断了的右角，对它而言，角则代表着荣耀，因此，它要和暴龙兽进行再一次对决，打败暴龙兽，拿回属于自己的荣耀。因此，奥加兽并非完全把身心给出卖了，和第一部里的那只奥加兽一样，虽然和狮子兽互为宿敌，争斗不断，但在大是大非面前仍然会有自己的决断。奥加兽再次找到了太一，拦住了他们的去路，和暴龙兽再次发起战斗。与此同时，恶魔兽派出的其他爪牙也追了上来，核龙兽（病毒种）和一只完全体的金属巨龙兽。危急关头，光子郎带着比多兽也赶到了，可是对方的数目众多，而且全是成熟期的数码宝贝，仅凭他们五人太过吃力。身为亲儿子的太一与阿和分别让亚古兽、加布兽进化成了成熟体，可是，可怜的比高兽此前不止是连进化画面都没有，这次连瞬发进化的施法都被强行打断了，我大巴多拉兽连进化都不配了，只见弹幕满屏的都是“比丘兽哭晕在厕所”，“比丘兽没排面”之类的，为我小红鸡抱不平。战力上的悬殊，导致太一他们相当被动，不过此时奥加兽却用“霸王拳”击退了核龙兽们的进攻，这一举动让孩子们感到非常意外。奥加兽想的很简单，就是想和暴龙兽单挑而已，不爽自己的战斗被不速之客打扰，才会出手保护其他孩子吧，还是很暖的！不过，恶魔兽却因为它这一背叛行为而抛弃了它，派出了完全体的金属巨龙兽，一脚就把奥加兽给踩在了脚底，连唯一的左角也被折断了，对奥加兽的侮辱不言而喻，可以说是，彻底践踏了它的自尊。虽然感到愤怒，但是暴龙兽却也不太可能打败一个完全体，“１８分钟进化论”没有奏效，甚至被打回了成长期。穷途末路的时候，奥加兽再次站了出来，意识到自己被抛弃的事实后，它决定帮助孩子们逃走，不仅指出了他们原本毫无头绪的目的地，还以一己之力挡住了金属巨龙兽，为他们拖延时间。
10钢铁超进化
在数码宝贝图鉴里找到了完全体的信息，金属巨龙兽，对于孩子们来说根本没有能力打败完全体。正当阿和与太一争吵不下时，亚古兽醒了，比丘兽等人也找来了食物。突然光子郎发现了森林的地图，并且通过恶鬼兽提示找到了大本营的位置。由太一和亚古兽引开敌人，其余的人前往大本营。太一这边依旧在尝试如何战胜金属巨龙兽，正当僵持不下时，太一的勇气让亚古兽超进化成机械暴龙兽，成功击败了金属巨龙兽。面对瘴气之河，众人决定缤纷两路前往大本营。