1抵达卡洛斯地方！梦想与冒险的开始!!
小智和三色堇来到了卡洛斯地方的密阿雷市，急着想挑战三色堇妹妹道馆的小智因为无法联络而十分沮丧，在得知这里也有道馆十分兴奋，和三色堇分别后，便直接向密阿雷道馆前进。在路上，小智遇见了许多认识和不认识的宝可梦，这让他更加地按耐不住。到达道馆后，小智因为没有收集足够的徽章而掉入道馆的机关，被直接送出道馆的外部，眼看就要摔了下去，路过的希特隆和柚丽嘉救下了小智和皮卡丘。之后，柚丽嘉提议让希特隆和小智进行宝可梦对战，眼看小智就要获得胜利，火箭队三人住跑出来捣乱，这时跟着小智多时的呱呱泡蛙也出来帮忙，击退火箭队后，呱呱泡蛙因为体力不支倒了下去，小智抱起它前往布拉塔诺博士的研究所。
2超进化与棱镜塔！
小智抱着衰弱的呱呱泡蛙来到布拉塔诺博士的研究所，在苏菲的治疗下，呱呱泡蛙逐渐恢复健康，布拉塔诺博士也将呱呱泡蛙过去不断逃离训练家的经过告诉小智。布拉塔诺博士带小智、希特隆与柚丽嘉参观研究所，谈到自己研究宝可梦的进化，并谈到超进化的可能性，他的烈咬陆鲨就是他的研究的对象。此时窃听到超进化讯息的火箭队，伪装成研究人士进入研究所，并趁机将控制宝可梦的装置丢向呱呱泡蛙，烈咬陆鲨挺身而出而遭受装置控制，痛苦难当的烈咬陆鲨开始发狂攻击，破坏研究所与炸飞火箭队后，便冲至密阿雷市的街上四处破坏，最后爬上了棱镜塔。小智与呱呱泡蛙为拯救烈咬陆鲨也爬上棱镜塔，但烈咬陆鲨依然不断攻击，就在即将从塔顶跌落的时候，呱呱泡蛙利用泡沫黏住烈咬陆鲨的双脚，皮卡丘也趁势用铁尾打破控制装置，烈咬陆鲨才终于恢复。皮卡丘却不小心从塔顶坠落，小智奋不顾身跳下抱住皮卡丘，此时火焰鸡现身救了小智与皮卡丘，事情才圆满落幕。为表达感谢，布拉塔诺博士将卡洛斯地方的宝可梦图鉴送给小智，小智也收服了想一起旅行的呱呱泡蛙，准备踏上旅程。
3呱呱泡蛙VS小箭雀！空中机动对战!!
小智在希特隆和柚丽嘉的带领下，在宝可梦中心登记参加卡洛斯地方联盟，并决定前往白檀市挑战道馆训练家紫罗兰，而希特隆和柚莉嘉也表示希望与小智一同旅行，三人便一同经由4号道路前往白檀市。三人在路上遇上了咚咚鼠，在希特隆同意下柚丽嘉决定收养咚咚鼠，但忽然出现的小箭雀抢走咚咚鼠的食物，使得咚咚鼠哭泣着逃走。小智的呱呱泡蛙因为无法忍受小箭雀的野蛮而主动攻击，但攻无法对抗在天空自由飞翔的小箭雀，小箭雀极快的速度也让小智决定收服它。希特隆使用机器发出音波想吸引小箭雀靠近，却引来一大群大针锋来攻击，最后机器爆炸三人跌落山谷。看到周遭地形的小智，决定让呱呱泡蛙利用地形的高低差来与小箭雀进行空战，最后顺利打败并收服小箭雀，三人继续向白檀市前进。同时莎莉娜到达了密阿雷市的研究所准备并挑选自己的新人用宝可梦。
4皮卡丘与咚咚鼠！蹭蹭脸颊!!
莎莉娜在布拉塔诺博士处得到了卡洛斯地方图鉴，并选择了火狐狸作为自己的新人用宝可梦。在前往白檀道馆的途中，柚丽嘉在照顾小智的宝可梦时，之前的咚咚鼠再次出现。柚丽嘉十分想要收养它，但咚咚鼠再次逃走。于是小智和希特隆分别派出皮卡丘和掘掘兔前去收服咚咚鼠。皮卡丘抓到了咚咚鼠但是却和小智等人走散了，并且和咚咚鼠一起被火箭队追捕。皮卡丘带着咚咚鼠逃过了火箭队的追捕，并被小智的小箭雀找到。小智等人赶到皮卡丘处，希特隆帮咚咚鼠回复了体力。再一次击败来袭的火箭队后，咚咚鼠自愿被希特隆收服，并被柚丽嘉带在身边。
5白檀道馆对战！华丽的彩粉蝶飞舞对战！！
小智一行人来到了白檀市，与此同时莎莉娜也来到了白檀市。在前往道馆的路上小智与道馆训练家紫罗兰碰面了，但却不知道她的道馆训练家身份。抵达道馆，小智在门口遇见了三色堇和她的伞电蜥，从来采访结束来到这里等小智一行人的三色堇那里得知，这里便是她妹妹的道馆后十分激动，尾随而至的紫罗兰与小智等人见面，小智才知道原来她就是道馆训练家。穿过一层时，小智一行人看见了墙上的照片十分赞赏，这时，被照片迷住的柚丽嘉决定将紫罗兰选为希特隆的新娘，但是被希特隆的机械之手拖到对战场地了。之后，小智的皮卡丘和紫罗兰的溜溜糖球开始进行道馆赛，第一轮由于溜溜糖球用冷冻光线造出来冰之场地使得皮卡丘被打败了。接着出场的小箭雀扳回一局，打败了溜溜糖球，但接下来登场的彩粉蝶利用幻象术将小箭雀撞上冰之场地和黏网，最后被阳光烈焰一击打败，在对战中，莎莉娜来到这里参观比赛。小智输了后，和紫罗兰约定再次挑战，然后便带着受伤的宝可梦去了宝可梦中心，却把背包忘在了道馆，莎莉娜看到后决定帮他送去。在宝可梦中心后的对战场地上的小智送来背包的莎莉娜碰面了，柚丽嘉和希特隆过来告诉了小智，刚才莎莉娜也在场，小智对只注意宝可梦和对战而忽略她了感到抱歉，这时，宝可梦中心的通知声音打断了莎莉娜想和小智说的话。在宝可梦中心里小智见到了火狐狸，也告诉了莎莉娜乔伊小姐有很多的事。接着，小智和赶来的三色堇在对战场地进行特训，决定先来突破烈暴风，便让三色堇的音波龙造出大风，让绑着气球皮卡丘他们进行突破，可是总是失败，每当失败摔下时，小智都会替它们挡下摔落的伤害，这时，莎莉娜为小智递上了手帕，莎莉娜再次和他说起过去的事…
6冰上决战！皮卡丘VS彩粉蝶!!
经过莎莉娜的提点，小智恢复了活力，继续接受三色堇的特训，让皮卡丘、小箭雀适应了在大风中的战斗。吃过晚饭后，又接受了希特隆的科学特训。第二天小智跟宝可梦们精神满满地前去挑战紫罗兰，对决开始！皮卡丘对战溜溜糖球，打败了紫罗兰获得虫虫徽章。
7全靠莎莉娜了!? 激烈的铁甲犀牛竞跑！
得到第一枚徽章后，小智和伙伴们再次踏上旅途向遥香道馆进发 ，莎莉娜也应邀一同出发。在莎莉娜的提醒下，小智终于想起了自己与莎莉娜是旧识，就在大家为重逢而开心时，突然传来轰隆隆的声音，原来他们遇到了铁甲犀牛大赛，之后，小智也报名参加，莎莉娜指导他掌握了驾驭犀牛的诀窍。
8宝可梦美容师与多丽米亚！
前往密阿雷市途中，小智等人结识了被宝可梦多丽米亚拒绝的实习美容师洁西卡，洁西卡热情的招待他们在这个小镇观光，期间大家的目光都被一所宝可梦美容院所吸引，莎莉娜还将火狐狸交予他们进行美容，可让大家意外的是这伙美容师竟然是火箭队伪装的，为了救回火狐狸，大家齐心协力将火箭队打的落荒而逃，多丽米亚也因洁西卡在战斗中的舍身相救，而渐渐接受了她。
9密阿雷道馆攻略！希特隆的秘密!!
小智一行人在到达遥香道馆前来到了密阿雷市，这里也是小智与希特隆、柚丽嘉相识的地方，没想到刚来这里就遇到了兄妹二人的爸爸并且小智还意外得知希特隆就是密阿雷市道馆的馆主，而他一直向小智隐瞒此事是因为道馆已被自己制作的“希特洛伊特 ”所占领，可自己却无能为力，最终希特隆在小智的鼓励下与自己的机器人进行对战，赢回道馆。
10哈力栗VS超级喵喵!!
在莎莉娜的提议下大家一起去拜访布拉塔诺博士，就在大伙开开心心吃马卡龙时，火箭队突然闯入并抓走了博士，在他们的威胁下博士交出了让宝可梦超进化的资料，于是超级喵喵诞生！而此时的小智等人也在哈力栗的引导下赶来营救，岂料超级喵喵异常强大，就连哈力栗和皮卡丘一起作战都难以攻破，就在这时，超级火焰鸡再次现身！
