1药师、千仞结怨
黄裳被朝廷所派剿灭明教，与武林中人结怨，导致家破人亡，遂隐居山林苦思破解招数以报仇，怎料一躲已四十年，仇人俱死去，令他感概万千。 他不忍将无师自通道学就此湮没，遂运功将所想到的决斗一一雕凿一山洞中，含笑而逝，壁上所刻正是「九阴真经」的绝世武功。 黄药师不值师父赵不凡垂涎女弟子柳蝶衣美色，阻止二人相恋，令她抑郁而终，因而与不凡反目，脱离师徒关系，并四处找寻奇人异士钻研武功，誓要杀师报仇。 不凡为保性命，以真经祕密作交换，得裘千仞包庇，在铁掌帮中躲避。药师因此与铁掌帮结怨。 千仞知真经与萨满教有关，派玄生等侦查，不果，负伤而回。 彩兰、玄生两情相悦，上官华妒忌。彩兰知后，暗沾沾自喜，对上官华差遣至尽。 徽、钦二帝被金国所掳，高宗对其处处退让。千仞率领众帮，计划劫金国公主冯蘅作胁，表面要求换回二帝，实则欲探真经来龙去脉。 元颜熙为免除后患，上议杀徽、钦二帝，元颜术恐动干戈，大力反对，真、熙无奈。 药师闯铁掌帮欲杀不凡，掌门上官南迎敌，将药师击走，但却身受重伤。
2药师掳走冯蘅
药师得知千仞正谋划掳劫冯蘅，突袭抢走了她，以迫千仞交出不凡。 元颜术担心冯蘅安危，欲放走徽、钦以换回圣女。熙、真恐乱民心，派人南下祕密追查冯蘅下落。 冯蘅被药师带着四处逃亡，视他为劫匪，心怀敌意与戒心，其后经患难共处一段日子，欣赏药师，对之产生微妙感情。 药师威胁铁掌帮交出不凡，上官南不肯背信弃义，宁与药师死拼。千仞为求真经祕密，自作主张交出不凡，一轮搏斗下，不凡命丧药师剑下，药师负伤带冯蘅逃去。 冯蘅沿途照顾药师，后更得知其苦衷，不禁对他另眼相看。 上官南知千仞自作主张，令不凡无辜牺牲，正以门规惩罚。千仞自刺胸膛以博众弟子好感，暗对上官南不服。 千仞连夜到上官南寝室，藉词向他认错，乘机刺杀他，然后将罪状推在药师身上。 元颜熙找到冯蘅、药师，冯蘅掩护药师，答应跟金人回国。
3玄生与药师搏斗
玄生为人耿直正义，对药师杀师之大逆不道行为极为不屑，更因误会他害死上官南，视药师为仇人，誓要杀他为掌门报仇。 玄生追寻药师期间，偶遇若华遭围困，挺身相救。若华脱险离去，却向玄生还以冷漠神情。 药师自冯蘅离去后，倍感失落，遇上玄生等人，被其苦缠搏斗，终轻而退敌。 玄生自疚不敌，日夜苦练武功，以求打败药师为掌门报仇。 若华以男装打扮，受欧阳锋之命向各大派发出比武大会请柬，不从者死，令江湖人心惶惶。 元颜熙对冯蘅痴心一片，惜神女无心，竟以军权迫元颜术答应婚事。冯蘅不屈，无奈逃离金国。 冯蘅流浪，落泊之时，再遇药师，从此感情大进。
4玄生、若华起争执
冯蘅被元颜熙手下发现行踪，迫她回国，幸得药师一一打退，二人患难中加深了解。 欧阳锋要成为天下第一之心，战败群雄，最后目标直指上官南，以报当年挫败两师兄弟之仇，可惜他已死去，令他失望。 千仞狡猾引导欧阳锋认定最强的对手是药师，以借刀杀人之计，务使二人两败俱伤，乘机铲除他们后，加上找出真经秘笈，便可独霸天下。 欧阳锋手段毒辣，惟对欧阳克慈爱有加，视之为命根。原来当年欧阳锋与兄嫂同住，更与嫂日久生情，发生关系，生下私生子欧阳克，却称之为侄儿，不敢认作亲子。 欧阳锋欲与嫂私奔，怎料嫂产子后，含羞自尽，令他伤心欲绝。锋兄获悉家门丑事，多年来对欧阳锋仍怀恨于心。 药师闻陆家庄有孟尝之风，向其借宿，怎料陆家被金人屠庄，少庄主陆乘天悲痛之余，无力抵抗，幸得药师所救。乘天欲拜药师为师，药师以喜飘泊江湖为理由，婉拒所求。 玄生与若华再生争执，彩兰被毒器所刺。玄生穷追索解药，无意中窥到其女儿身。
5欧阳锋约战药师
若华被玄生见到其女儿身的私隐，觉奇耻大辱，不断追杀，誓要雪耻，不料遇上伯通，被他破坏好事。 伯通为逃避当道士，从全真教逃出。处机等全真七子四处寻找其影踪，要带他回去剃度。 伯通无奈任由摆布，到最后关头，以调虎离山计逃脱。他逃走终南山脚时，重遇玄生，仰慕铁掌帮武功，决跟随玄生。 若华沿途追杀玄生，遇上药师、冯蘅。她乘机代欧阳锋下战书，怎料药师高傲态度对付，她回覆师父，欧阳锋不值，派他再约战药师。 曲灵风偷了丐帮的一张地图，被追杀，为药师所救，将地图给冯蘅。 千仞拉拢全真七子合力对付药师，由他交出冯蘅。欧阳锋乘机现身，迫药师与他比武。
6若华、玄生双双堕崖
药师、欧阳锋战斗激烈，两败俱伤。药师乘乱携冯蘅离去，欧阳锋、千仞失望。 药师连夜在荒野运功疗伤，玄生寻至，乘机向他报仇，药师冒走火入魔之险迎战，并向他表明根本没有杀死上官南。玄生半信半疑，不忍乘人之危离去。 玄生空手而回，被同门怪责，还被误会被药师收买，令他百词莫辩。 欧阳锋败于药师手，心生不忿，决闭关练更高层的「蛤蟆功」，成其称霸武林之志。 若华要向玄生追杀，一次双双堕崖，彼此不自觉地产生倾慕之情，其后二人千辛万苦负伤上崖。 药师、冯蘅乘船逃亡期间，再遇金使，混乱中与冯蘅失散，流落桃花岛，被紫烟所救。
7紫烟爱慕药师
紫烟因婉青早年与夫远山为争真经秘笈沉船，流落桃花岛。紫烟出世后，婉青不欲远山为真经牺牲，于是以棋局困他于岛上。 药师无意中破了他棋局，远山再次欲出岛寻经，婉青阻止，二人冲突，同归于尽。 紫烟伤心欲绝，得药师安慰，因她自小在桃花岛长大，遇上第一个男人，不禁翻起感情波澜，对他暗自倾心。 冯蘅流落市集，邂逅丐帮帮主洪七公，甚为投契，结成好友。 七公外游很久，将帮主一职交托邵长老暂代，净衣派不值，欲密谋造反，幸得冯菁无意中相助，内乱得以平息。 药师决离岛找寻冯菁下落。紫烟孤苦无依，愿随药师浪迹天涯。 玄生与若华日久生情，玄生渐与彩兰疏远，彩兰不知内情。 药师间接得到七公之助，与冯蘅重逢，仿如隔世。紫烟冷眼旁观，既羡慕又迷惑。
8七公、药师惺惺相惜
七公结识药师，欣赏对方武功，互相惺惺相惜。药师发现灵风交予冯蘅的地图，原属丐帮所有，内藏真经秘密，冯蘅物归原主。七公声言至今仍未有人参透画中奥秘。 冯蘅知萨满教内藏法器，乃开启九阴真经秘洞的匙，但为免武替起干戈，决三缄其口，怎料却被丐帮彭长老偷听到，暗潜萨满教偷出法器，不果，反被金人所制。 彭长老被苦打成招，说出真经与萨满教之间的秘密，并透露冯蘅下落。元颜熙迫元颜术签下急笺，假传病重消息，引冯蘅回国。 冯蘅接到信后，忧心忡忡，药师料此为圈套，阻止冯蘅冒险回国，但最后冯蘅终不辞而别。 伯通为逃避全真教弟子，避至铁掌帮求教武功，与玄生建立深厚交情。 彩兰见玄生、若华一起，怒火中烧，故意离间二人，若华信以为真，一怒而去。 玄生无意中遇到冯蘅，将她捉回交给千仞。药师冒险抢救，被千仞威胁自伤经脉。冯蘅不忍药师受创，着紫烟带走药师。 药师负伤而逃，险被铁掌帮弟子所捉，幸玄生相救，送以金创药，助他逃脱。
9元颜熙向冯蘅迫婚
元颜熙有感中原高手众多，南侵不易，于是故意放出真经秘密，扰乱武林，方便日后南征的霸业。 玄生感到千仞得到冯蘅后，志在她身上得到真经秘密，而不是如前所说迫金人放回二帝，当众指责他私心太重，千仞老羞成怒。 冯蘅趁机潜回金国，见父皇被囚牢房，求元颜熙放过元颜术。元颜熙再迫婚，二人无奈就范。 药师夜闯萨满教，欲救走冯蘅。冯蘅不忍留低元颜术，假称对药师之情已变，令他死心。药师失望之余，与紫烟回桃花岛。 欧阳锋闭关练功良久，仍无进展，令他失望。金国向武林散播消息，声称「九阴真经」藏于铁掌帮内，各帮纷纷派人潜夺，引起千仞戒备。 欧阳锋获悉，闯铁掌帮抢到「圣物」，千仞挑引他与七公作斗，夺到丐帮所藏地图，便可得到真经。欧阳锋依言约战七公，临急被伯通所阻，解绎所抢圣物为假的，游说二人往金国抢经。 冯蘅郁郁不欢，将哀愁发泄在箫乐中，无意中练成「洞箫音波功」。
10华山论剑争夺真经
药师向七公借看地图，参透出真经藏于华山之巅一秘洞内，加上金国圣物之助，必可找出真经，遂发起齐集江湖豪杰，在华山论剑，以决真经谁属。 玄生、若华分别受命到萨满教偷取法器，不敌，双双被囚，饱受严刑拷问，二人不屈，终被冯蘅暗中放走。 段智兴身居大理国君，恐武林中人夺得真经后称霸武林，令其「南帝」地位不保，竟参与争经行列，与众高手比试。 东邪、西毒、南帝、北丐、中神通齐集华山之巅，实行论剑，掀起一串文斗智取。
