1挑战太阳的人
为追求蕴藏着强大力量的“贤者之石”而持续旅行的艾尔利克兄弟，哥哥爱德华，是史上最年轻获得国家炼金术师资格的天才炼金术师，弟弟阿尔冯斯，虽然外表是壮硕盔甲姿态，事实上是个非常温柔体贴的少年。来到东方边境的小镇里欧尔的两人，在那里他们目击了自称为太阳神雷特代理人，柯奈洛教主的“奇迹之术”。
2禁忌的身体
因关系到“贤者之石”，艾尔利克兄弟在里欧尔教会的秘密地下室与柯奈洛教主对决。但是却遭到察觉教主有危机的雷特教信徒们打断。两人虽然逃到街上，但却被信仰深厚的里欧尔镇民发现并包围。因“奇迹之术”而动起来的雷特神像，致使阿尔被破坏、爱德被逮捕，并且被拖到柯奈洛的面前。
3母亲…
在旅途中顺路绕进的街角旧书店里，找到了炼金术入门书的爱德和阿尔，回想起了阅读这本书学习时的往事。那是在两人还很幼小的时候，在故乡利赛布尔村生活的事。他们想看到母亲开心的笑容，为了这个单纯的心愿，两人开始争相学习炼金术。
5疾走！机械铠！
为了成为国家炼金术师，爱德华与阿尔朝向中央市前进。当打电话向马斯坦中校报告自己即将到达的消息时，出乎意料的被命令搭上下一班列车。于是两人遂急忙跳上指定的火车。没想到，与家人出来旅行的哈克洛将军正好也在该列车上。
6国家炼金术师资格考试
为了准备国家炼金术师资格考试，爱德华与阿尔住进了由马斯坦介绍的，生物体炼成界的第一人“缀命之炼金术师”修‧塔卡的家中。受到塔卡的女儿妮娜与爱犬亚历山大的鼓励，兄弟俩每天都埋首苦读。然后，考试当天，爱德华与阿尔前去应考了。
7合成兽恸哭之夜
爱德华以12岁的年纪通过“国家炼金术师资格考试”的试验，成为了史上最年轻的合格者，并从马斯坦手中接下了作为国家炼金术师证明的银怀表。然后塔卡家举办了庆祝派对，妮娜与亚历山大玩得不亦乐乎。但塔卡此时却为了即将到了的审定日子，被逼入了绝境。
9军队走狗的银怀表
感受到自己的渺小与无力，为了要达成自己的目的，爱德华决意成为国家炼金术师，但在得到种种特权的同时，也意味着将成为“军方的走狗”。随后，爱德华接到了马斯坦所下达的身为国家炼金术师的第一个任务。
10怪盗赛壬
在前往和马斯坦做报告的途中，兄弟俩在水之都阿库罗亚中途下车。阿库罗亚是有名的观光胜地，但最近却有位名叫“赛壬”的怪盗出没。该人身份不明，唯一的线索只有这家伙会使用炼金术。兄弟二人接受了街上刑警的委托，协助帮忙寻找怪盗。