1颠覆地球（下）

M把尖锥刺进了赏金猎人的后颈，却没能杀死他。Jeremiah Smith带M来到加拿大山里一片人工种植地和养蜂场，M见到了还是小时候模样的Samantha，Jeremiah告诉M那是复制人。赏金猎人追到，M最终保全了性命返回，Jeremiah不知去向，M曾看到的一切都被销毁。 S分析Jeremiah 电脑中留下的资料，加上X先生的点拨，她发现每个人在接种天花疫苗时都被编号和分类了。 在CSM的授意下，赏金猎人治好了M的妈妈。X先生被杀了。

2家族

宁静的小镇上有一家人过着与世隔绝的原始生活。为了保持所谓的纯种基因，这家人通过乱伦来延续下一代。为了保护家族不被外人侵犯，他们会像野兽一样进行杀戮。M和S从被他们活埋的畸婴一案入手，慢慢深入这个畸形之家……

3非洲邪灵

飞机上的黑人乘客离奇死亡，尸体呈白色。同时，费城发现了同样的尸体，还有多个黑人失踪。M和S把目标锁定在一个新入境的黑人身上。他没有脑垂体，无法生成身体必需的黑色素，只能通过吸取别人的色素生存……

4心灵图像

一个人的想法能在拍立得照片中成像。他臆想别人身体中存在着能左右人思想行为的物质，绑架了好几个女人并给她们做这种物质的切除，弄出人命。最后，他还盯上了S。M分析照片得出线索，及时救出了S。

5前世今生

FBI突击围剿一邪教组织时，M突然对那个地方有了似曾相识的感觉。凭他的感觉，FBI逮到了一干教众，其中有个女人，看上去有多重人格，包括她的前世。前世的她是前世M的爱人。在催眠中，她和M都说了很多关于他们多个前世的事情……

6整型专家

整形外科医生会使用巫术。他追求完美的外表，专门挑选生日与女巫安息日相符的病人，借他人之手趁手术之机杀死她们，完成他自己的换脸仪式。护士发现其中的蹊跷，欲用巫术拯救病人和压制恶毒巫术，却被反制，被杀死。待M和S解开谜团，为时已晚……

7癌人秘史

监视孤枪侠工作室的CSM，听见他们告诉M关于自己过去的事情，也陷入了回忆之中…… 第一部分：原是平凡的军人，被挑选变成没有背景没有记录的人。暗杀JFK。 第二部分：逐渐变成影子组织中有发言权的人。有自己的作家梦。暗杀马丁路德金。 第三部分：主持影子组织的工作，有左右时局的能力。仍富有温情，继续自己的作家梦。对应外星计划。 第四部分：关注X档案。作家梦破灭，希望破灭，变成如今冷血的CSM。

8黑油寻源（上）

小克欲与M合作揭发影子政府的阴谋，告诉M有人从俄罗斯带含有黑油的陨石进入美国。追根循源，M带小克到了发现陨石的通古斯，两人被俘。那里像集中营一样，MS在进行开发抗黑油的疫苗试验。小克背叛了M，M被抓去做黑油试验，感染了黑油。 另一方面，影子政府害怕M的调查暴露了他们的计划，召开听证会，要求S告知M的去向。S据理力争坚决反抗。

9黑油寻源（下）

片头借一位老人之死交代了试验品死后体内黑油会从七窍中溢出的现象……俄国退休特工瓦西里-博斯克被告知“冷战还未结束”，奉命前往美国将陨石碎片夺回。他首先找到了研究者萨莉博士，将其残忍地掐死。另一方面，穆德在狱友和当地受实验迫害的一户平民的帮助下，痛打叛徒克里切克，总算逃出狼穴。而克里切克误入居民手中，被砍掉胳膊（大快人心哈哈哈）。影子zf得知博士之死，显得有点慌乱，史卡莉则因拒绝透露穆德去向锒铛入狱。随后穆德及时赶到，与史卡莉追查陨石下落。然而俄国特工处处领先，不仅将试验品一一杀死，还成功炸毁碎片与设备，算是与安上假手的克里切克圆满完成任务。穆史二人空手而归，最后只能将某些官员的腐-败报告递交上去……

10布心

奇妙梦境指引Mulder找到一具小女孩的尸骨和一片衣服剪成的心，这是曾杀死13名幼女，现在狱中服刑的犯人John的风格。Mulder去见John，却得知John也知道他妹妹的下落。Mulder相信他。