1一万年的杀人
正在追捕持枪袭击宝石店强盗二人组的浅轮直树，现在是涉谷中央署的刑事课主任。突然，奔跑的直树面前出现了一个年轻男子，两人撞到在地，男子羡慕地看着直树，向他介绍说自己是新宿中央署的新藤亮，并和直树一起开始追捕犯人。 看见犯人逃进了一处购物街的直树，向着那边缓缓接近着。一位偶然来到购物街的男客人，远远地注意着想要在不波及到普通客人情况下抓捕犯人的直树。不出一会儿，在那位男人的帮助下，直树成功抓捕到了抢劫犯。当直树为此表示感谢时，那位男人留下“应该保护的是弱者。这是基本吧”这样一句莫名其妙的话便离开了。 第二天，正在和已经成为他妻子的伦子聊天的直树，突然接到了警视厅人事科过来的电话，让他直接到警视总监办公室。到警视总监办公室后直树被告知，警视厅将组建一支从初步调查到检查工作都全权负责不被束缚的独立小组——“特别调查组”。在见到被任命的组长宗方朔太郎时，直树吃了一惊。原来这位宗方就是昨天在购物街逮捕强盗时立下大功的男人。宗方似乎就是因为看到直树的行动，才指名要他加入的。 立即被派往特搜班办公室的，还只有宗方和直树二人。不仅如此，宗方还因为“育儿优先”，扔下直树一个人就回去了。被宗方要求召集特搜班成员的直树，立马就跟小宫山志保取得了联系，却被她以“没法好好干了吧？”的理由拒绝了，而村濑也没有接他的电话。只有矢泽一个人接到了他的消息，还在矢泽那里得知了青柳辞职的事。直树和矢泽决定一同前去找青柳谈话，却只得到了青柳“即使回去了也只是在重复一样的事情而已吧？”的回复。可能是因为觉得直树太可怜，矢泽向他承诺了自己会加入特搜班。 就在此时，从东中野署的村濑那里发来了特搜班的出动请求。事件发生在绳文陶器的发掘现场，在现场发现了大学讲师野村美穗的尸体。因为旁边掉落了一个疑似含有氰酸性毒物的瓶子，警视厅搜查一课判断为服毒自杀，就将后续处理交给了村濑，但村濑似乎不能认同这个看法。 到达现场的直树观察了现场的情况，同样对自杀的判断抱有疑问，并请真澄对死者进行解剖。在现场，真澄还叫来了志保一起参与。到最后，志保和村濑还是变成了特搜班的应援，直树和矢泽一起进行着精湛的团队合作调查。此外，宗方虽然并没有很积极地参与行动，却也接触到了案件的核心。从此开始，直树和其他人逐渐向警察组织的黑暗面接近。
2消失的新娘
发现了身着婚纱的女性遗体。直树与其他人到达现场之后，新藤出现了，还和他们打招呼说从今天开始将会成为特搜班的一员。把困惑的直树他们先放在一边，新藤根据在现场发现的安眠药瓶和药片，做出了是否为自杀的推理。 通过失踪者报告，大家弄清了死者的身份为酒店礼宾员斋藤真希。在发现遗体的当天，真希与同酒店前台工作人员武村茂明举行了结婚仪式。同时，据武村说，在结婚仪式的前一天，真希为了准备婚礼而一个人住在了酒店里。 直树他们确认了监控摄像头所拍摄的影像，却一无所获。真希是如何去到遗体的发现地点的呢。在这其中，又调查出了一件事——真希在怀疑着武村与观光文化厅局长之女的关系，这也可能是她自杀的动机。 另一方面，青柳和矢泽在酒店里突然遇上了宗方。宗方说，在武村和真希的婚礼座次表上发现了可疑的地方。 就在这时，从真澄的尸检报告中得出了真希很有可能是在不自然的条件下冻死的结论。这样一来，就有可能是他杀。抱着对岛泽观光文化厅长官和酒店之间关系的怀疑，志保和村濑展开了调查。与此同时，直树他们还从关系者的问询中，注意到了有一段空白的时间。
3杀人都市计划
因与自然和谐相处的设计理念而拥有高人气的建筑家森田亚纪子，在工作室被发现刺杀身亡。根据第一发现者·助手北原里香的说法，亚纪子参加了某个小镇的设计比赛，而设计模型则被某个人给破坏了。后得知，以近未来风格设计而闻名的建筑家大屋源治也参加了那个比赛。 青柳和矢泽前往了那位建筑家大屋的家中。志保和村濑则选择了去举行比赛的不动产公司主管中冈孝、江波太门那里进行查访。 另一方面，直树从真澄那里得知，根据被害者伤口的形状判断，凶器为工作用美工刀的可能性非常高。 在这之后的调查发现，大屋的鞋子和现场残留的脚印是一致的。直树他们以非法入室的嫌疑对大屋的家宅进行搜查。新藤发现了在一旁担心地看着的大屋妻子千鹤有可疑举动，开始单独跟踪，从而发现了令人意外的事实。 进一步，志保他们听到了这次的比赛是被内部操作的说法之后，重新对关系者进行了调查，这次他们是否能到达新的真相之中。
4床下的白骨尸体
从自由作家三好加奈子的自家床下发现了一具已经白骨化的遗体，直树他们立即赶往现场。到现场后得知加奈子正在对自家进行改造，遗体的发现者正是翻新工作的承包商村田肇等人。根据监识课的猪狩判断，遗体为男性，距离死亡时间应已在五年以上。 加奈子的母亲已在一年前亡故，父亲则住在集体康复之家里，她现在处于独居状态。然而在听到加奈子的父亲泰三名字之时，猪狩吃了一惊。原来，泰三和猪狩过去在同一个管辖警署里，是原警视厅交通机动队的副队长。 直树和猪狩一起去探访了住在集体康复之家的泰三，但泰三却因为老年痴呆症，不仅完全想不起来猪狩，还总是在和亡妻的幻影对话。话虽如此，在告知他翻新工程中发现了白骨遗体的瞬间，不知为何，他突然大喊“不能翻新”并激烈地挣扎反抗起来。 根据法医真澄的鉴定结果，白骨遗体为殴打致死。志保、村濑、青柳、矢泽以和遗体被一起发现的遗留物为方向，开始对死者的身份展开调查。 调查发现，加奈子的家在七年前，曾经来过一支白蚁清除队。直树和新藤在对清除队进行调查的时候，发现了令人意外的事实。 正当这时，泰三突然把猪狩叫了过去。和之前不同，变得清醒的泰三暂时恢复了记忆，在猪狩和宗方班长的面前，向他们坦白：“人是我杀的”。
5杀人口琴
知名人偶师三桥凉子被殴打致死的尸体在她自宅的工作室里被发现了。第一发现者是在附近打棒球的小学生柴田启太，他因寻找棒球而进入了工作室，偶然间发现了遗体。这之后，听刚巧到这里来拜访的儿童俱乐部指导员酒井菜菜子说，被杀害的凉子在附近是出了名的讨厌小孩，平时对孩子们非常严厉，收到了家长们投诉的菜菜子便定期去凉子家中拜访。 到达现场的直树，开始在意起了遗体手掌上残留的谜之压痕。法医真澄诊断说应该是死前用力握住什么东西造成的痕迹，但现场的人偶制作道具中没有一个与之吻合。 开始着手调查的直树和新藤查出，在事件发生一周前，凉子和某个人偶然地再会了。对象为小学教师西川大吾，他在儿时，曾被凉子委托做过五月人形的模特。 此外还发现，在14年前，和凉子同为人偶师的丈夫贵志因从公园台阶上摔落而去世了。志保和村濑通过调查分析，发现他有可能是被谁给推下去的。甚至还发现，当年事故的目击者正是菜菜子。 贵志因事故去世是在14年前，大吾成为人偶的模特也是在14年前。直树被这个奇妙的巧合所吸引，拜托监识课员佐久间朗去调查一下凉子夫妇以大吾为模特制作的那个五月人形“子供大将”。随之，意外的真相浮出水面。
6红花的杀意
著名电影制作人近藤瑠未被刺杀身亡。在她的右脸颊上发现了被殴打的痕迹，还含着一朵不太常见的红花。到场的直树等特搜班成员，每个人都为遗体奇异的样子所震惊。 瑠未作为电影界的能人干将被大众所熟知，3年前亲手制作的电影作品《南太平洋的誓言》更是大受欢迎，最近正在制作电影的续篇。特搜班以瑠未是否与周围人有过冲突矛盾的方向着手调查，很快得知，在前作的摄影中，她开除了导演国井康夫。直树与新藤找到了国井了解情况，他却拿出了不在场证明。 在监识员佐久间的调查下，得知红花是一种产自拉美的观叶植物，名为“果子蔓”。青柳和矢泽去拜访了在续篇中被瑠未辞退的女演员金子步，注意到步的平板电脑待机图像正是果子蔓，开始对她周围进行筛查。 在这之中又调查出，实际上在三年前，《南太平洋的誓言》曾经发生过更换主演的事。原本决定的主演是宇田川顺一，而他却因为摄影中的事故，两脚不方便，最后换成了他的弟弟宇田川彻来担任主角。哥哥顺一从演员职业隐退后，转行做了靴子设计，现在与鞋匠佐竹恭子共同经营着一家小小的鞋店。虽然他说他隐退之后再也没有见过瑠未，却在他店前的监控摄像头中发现了瑠未的影像，他说了谎。看到了这段影像的宗方指出了顺一行动中的可疑之处。 除此之外，法医真澄的鉴定结果显示，打了瑠未脸颊的那个人手上戴了戒指。特搜班针对在瑠未周围戴了戒指的人展开调查。
7杀人纸币
房地产公司社长西田正义的遗体在神社的台阶下被发现了。而职工中岛达也则倒在遗体身上昏迷不醒，被救护车紧急送往医院。奇妙的是，在两人周围散落了大量的一万元纸币，中岛的手里还握着一只小小的招财猫。 不久，恢复了意识的中岛，对直树和新藤二人讲述了经过——自己和西田因借钱的事起了口角，相互推搡之间两人一起摔下台阶。然而，通过法医真澄的检查，西田的死因并非摔死，而是后脑被钝器击打所致。也就是说，还有另一个人，在打死了西田之后，从台阶上将他摔下，还在倒下的中岛身上撒下了大量现金。 就在此时，特搜班查出了中岛在21年前5岁的时候，曾遭遇过火灾。在那个时候，向束手无策的中岛母子伸出援助之手的人正是西田。他不仅给他们提供了住处，更雇佣了长大之后的中岛。对中岛来说，西田就是他的恩人。但是，在志保和村濑的调查下，西田的房地产公司业绩迅速提升的背景渐渐明朗。 进一步，他们又查出，在21年前的火灾之中，有一位男性牺牲自己救出了中岛。而这位男性，则是西田的情人、酒馆老板娘太田惠子的丈夫。 另一方面，宗方找出了中岛所握招财猫所隐藏的秘密。从这件新线索中，潜藏在事件背景中、令人悲伤的真相明了。
8无限大的杀人
公司社长水上洋次郎之妻——康子的遗体在自家水池中被发现了。直树等特搜班成员到达现场后，根据遗体额头的V字形伤痕和现场杂乱的样子，认为抢劫杀人的可能性很高。 法医真澄的验尸结果表明，死因为溺死。是强盗在殴打了被害者之后，又将其扔进水池任她溺死吗。 但是，在志保和村濑的调查中，发现洋次郎所经营的公司正因为后继者的选拔问题陷入了混乱之中。公司最初只是很小的一家街道工厂，在80年代末因发售的一款立体拼图大卖而成为了大企业的一员。洋次郎和康子均为再婚，康子拼命想要让自己带过来的儿子翔成为丈夫的后继者，与公司的老员工们产生了不小的矛盾。 另一方面，青柳和矢泽通过查访，查出遗体的第一发现者——室内清洁公司职员音无奈奈屡屡遭到来自康子的职权骚扰。而且，造成V字形伤口的凶器，正是奈奈公司的簸箕。正当对奈奈的怀疑逐步加深的时候，室内清洁公司社长和田幸太作出了惊人的证言。 在这期间，康子房间抽屉里夹着的一片写着无限大符号的纸片，引起了直树的注意。
9连续杀人犯“X”
板桥区的公园内，一位75岁的女性因后脑被击打而身亡。赶到现场的直树注意到了遗体口部的不自然膨起。被害者口中的，竟是一枚伪造的警徽，难道是犯人向警察的挑衅。 实际上，在该辖区内，过去已发生过两起口中发现警徽的杀人事件了。为了解决该事件，以见村岳为首的警署警察们将几起事件归为同一犯罪者所为，代号“连续杀人犯X”展开追查。 虽然直树等特搜班成员作为搜查的应援而加入了事件的调查中，但见村等辖区警署的警察们却并不配合。据署长佐野真一郎所说，在前一个事件中，大家因服从了本部来的管理官的指挥，导致初步搜查被推迟了。佐野是一位没有职业经验，单凭个人实力就晋升为警视的人物，在他的合作之下，重新被委托协助调查的直树等人，包括之前两起事件在内，分头展开了调查。 追查第三起事件的直树和新藤，确认了被害者是无依无靠一个人生活的情况后，却在房间中又发现了令人在意的东西。 而志保和村濑则负责了第二件女性杀人事件，青柳和矢泽负责了最初发生的男性杀人事件，各自重新对事件进行调查。 看着没有把事件作为连续杀人案来调查的特搜班，即使是人很好的佐野也开始焦躁了起来。在直树他们特搜班脚踏实地的调查中，冲击性的真相终于到来。
10三个时期的杀人案
特搜班接到法务大臣高森彻也被杀害的报告，直树等成员急速赶往现场。而实际上，被刺杀的是高森的妻子——静江，大家都感到了困惑。而且，组织犯罪对策部第三课“组对”也冲了进来。 在1年前协同搜查中强迫9系解散的“组对”课长安达芳男，很快便发现了疑似凶器的刀。安达得出的结论是，高森大臣一直在推行组织犯罪扑灭政策，对此怀恨在心的暴力团关系者把静江误以为是高森，从而杀害了她。当时静江身上穿着与丈夫配套的外套和帽子，高森也在向公众哭诉说“妻子因成为了自己的替代者而被残忍杀害了”。 但从法医真澄的解剖和鉴识员佐久间的鉴定中，发现了犯人的伪装。犯人是在刺杀了静江之后，再把外套和帽子穿在遗体身上的。换言之，犯人只是想要装成误杀，其实一开始的目标就是静江。 就在这时，神田川警视总监把直树和宗方一起叫了出去。神田川在直树面前，对他说明了宗方直到5年前辞职之前，究竟在执行着什么样的任务。至今为止从来没有被提起的，宗方冲击性的过去被揭开。 更重要的是，宗方告诉直树，想要找到这次事件的真相，就必须对5年前让自己辞职的案件和1年前导致9系解散的案件进行重新调查。 按照宗方的说法，两个事件之中，都有高森的参与。但是，5年前在宗方身上发生的事尚未揭晓。除此之外，9系的解散似乎和高森又有着某种关联。