1欢迎来到梦与魔法的世界！
在社交游戏《魔法少女育成计划》中，存在着几万人中只有一个人的比例成为真正的魔法少女的传闻。从小就憧憬着魔法少女的初中生，姫河小雪也是玩家之一。一天，像往常一样正玩着游戏时，吉祥物角色法布突然与小雪对话，并告知了被选为真正的魔法少女。
2收集魔法糖吧！
一周剥夺一个魔法糖获得数少的人的魔法少女的资格。魔法少女们对法布突然的发表掩饰不住动摇。波纹·细波华乃与自称“伙伴”的最高速共同拼命寻找有需要帮助的人。在此之中，只有只在梦中活跃的眠眠过得我行我素。然后，终于公布了第一个淘汰者。
3版本更新的通知！
总算避免了淘汰，与魔法少女们奔走时，修女娜娜偶然发现了法布与库兰贝莉的聊天记录。根据其聊天内容，对淘汰的魔法少女的处理结果变得明了。魔法少女们的不安和动摇正扩大时，法布加入了游戏系统版本更新的通知。
4增加朋友吧！
为了抢夺魔法糖果，王权和她的部下们去袭击白雪和圣少女。圣少女去奋力应战，但脆弱的糖果却被王权她们给夺走了，白雪也被击垮了。第二个淘汰者的发表时间又再次到来，穿着黑衣的第16号魔法少女登场。
5新角色追加！
修女娜娜对魔法少女们提议大家一起想和平地解决方案吧。波纹不想隐瞒着对她的那种伪善性感到的不愉快。库兰贝莉想与没有放弃继续活动的修女娜娜会面并发起联络。理解者出现而高兴的修女娜娜与维斯·寒冬牢狱一起赶赴约定的地方—。
6获得超稀有道具吧！
库兰贝莉突然来挑战圣少女。圣少女不知道意图就这样接受挑战。数日后，法布发表了第三个淘汰者和新项目的追加。灾厄玛丽对想申请组成搭档的Magicaloid44提出条件。那个条件是“去杀一个人”。
7提升亲密度吧！
白雪失去了唯一的理解者而伤心欲绝，对想执拗地向自己接近的哈德格尔·爱丽丝的身影感到害怕的同时，灾厄玛丽企图与法布个别交涉并得知杀了Magicaloid44的人的名字。在混乱的状况中，泳泳她们也决定了进行某个作战。
8游击事件发生中！
为寻求同志而来访问的修女娜娜和寒冬牢狱受到泳泳她们的奇袭。寒冬牢狱为了保护修女娜娜而应战。另一方面，波纹和最高速被灾厄玛丽叫了出来。波纹从最高速那里听到她的身世。但是何人的枪在瞄准着以她们定下目标。
9规则改变的通知
为了挑衅波纹，灾厄玛丽无差别地爆破国道上的车使其燃烧起来。目睹了那个光景，波纹怒气冲天。为了救出被卷进这个悲剧的人们白雪和哈德格尔·爱丽丝赶去现场。在火焰、枪声与悲鸣交错之中，其他人也虎视眈眈并瞄准着猎物。
10闯入战机率变动中
在出现多名牺牲者的国道的惨剧数日后，白雪和哈德格尔·爱丽丝为了互相弥补失去的东西而让心相通。淘汰者的通知与规则变更一同被发表。那是要把剩余人数减少至4人。知道游戏还没结束的魔法少女们各自采取了行动。