1传说中的美剑客 为爱而战的男人
明治十一年，东京下町流传「拔刀千人斩」杀手，连续於夜间出没，滥杀无辜，并自称师出神谷活心流，使得神谷道场的代理师父「神谷薰」急得四处搜寻。在误打误撞之下，神谷薰认识了浪人绯村剑心，并在其帮助下找到凶手原是当年被薰父逐出师门的比留间伍卫。「假拔刀斋事件」落幕，薰感激之馀，诚心留下浪人，央求他协助重振神谷道场。
2小鬼武士 难缠门生
「假拔刀斋事件」後，神谷道场的弟子流失殆尽，仅剩下食客绯村剑心。一日，小薰不耐日子的沈闷，硬是耍赖要剑心请大伙上街吃火锅。不料，路上竟遭小扒手(明神弥彦)所窃，小薰不服，逮到小扒手理论，剑心不以为忤，欲将钱包给弥彦，反遭自尊心极强的弥彦所悍拒。弥彦因无钱偿债，而被一帮混混痛打，小薰一时义愤挺身相助，使得二人深陷危境，幸亏剑心及时赶到，化解危难。弥彦深为小薰的奋不顾身之义气所感动，亦为仰慕剑心之高强剑法，在剑心的撮合之下，遂投入神谷活心流门下，成了小薰的头号弟子。
3悲哀剑客 挥斩过去的男人
大批警察来到神谷道场抓拿剑心，小薰和弥彦因而得知原来剑心就是传说中的「史上最强」的剑士--拔刀斋千人斩。弥彦紧急上街欲通知剑心逃走，却因路见不平，当场和蛮横的剑客警官队大起冲突而被捕，险遭当场处决，幸赖剑心及时出手相救。特为游说剑心投效明治政府而来的山县有朋将军亦在此时出现，无奈剑心早已无意仕途，坚决辞谢将军所请。
4一个恶字 打手左之助登场
小薰变卖爷爷生前画作，请大家上馆子吃牛肉火锅，却遇上一群高谈民主自由的酒鬼，起了摩擦，冲动的弥彦马上过去叫架，使得剑心不得不出面应付。此时，出现了一位身穿「恶」字袍的「打架专家」的斩左(相乐左之助)，俐落地赶走了那群酒鬼，在心怀鬼胎的比留间，看上斩左的身手，便私下雇他除掉剑心。斩左答应了，但不是为了钱，而是因为想和传说中的拔刀斋千人斩过招。剑心在不得已的情况下只好勉为其难地出面应战。
5逆刃刀对斩马刀 决斗的结果
号称「打架专家‧斩左」的相乐左之助来意不善，扛著斩马刀执意与剑心一较高下，此举令小薰和弥彦十分担心。剑心逼不得已亮出逆刃刀，使出飞天御剑流而终於降伏了左之助。事後，左之助怅然道出为找维新志士复仇之因﹐经过剑心开导，左之助多年心结稍解，对剑心更添敬意，决意和他结为好友。
6黑暗来的访客 黑笠现身
社会上出现了一位人称「黑斗笠」的杀人魔头，专杀维新志士出身的政府高官，而且在杀人前一定先送信通知准被害者，一时间，风声鹤唳，人心惶惶。剑心受警方之托到某高官府邸等待杀手「黑斗笠」刃卫的出现；黑斗笠认出剑心就是幕府末期的冷血杀手拔刀斋，於是改变目标，剑心反而成了「黑斗笠」下次的狙杀对象。
7月下的死斗 守护心爱的人
为了营救被「黑斗笠」劫持的小薰，剑心依约来到指定的决斗场所，但仍不愿开戒杀人，而被黑斗笠所击伤。然而黑斗笠处心积虑要剑心回复到以前的杀手身份，要和真正的「拔刀斋千人斩」一较高下，於是向一旁的小薰展以密技「心之一术」，令小薰濒临死境。剑心怒不可遏，潜藏的杀气爆发，随即制住敌手，欲下手杀人，紧急中，小薰拼命发声喝止，让剑心免於破了杀戒。然而，偏激孤执的黑斗笠却不领情而拔剑自尽。
8新的战斗 天外飞来的神祕美女
剑心和左之助无意间救获一名被歹徒追杀的神祕女子高荷惠，才知她所得罪的是巨商武田观柳。观柳命密探头子苍紫派人去把她自神谷道场抓回来，苍紫於是命手下恶见前往处理，恶见派出喷火高手「丑男」前去要人，然而在一阵决斗後，「丑男」被左之助打败。恶见心有不甘，於是放暗器想致小惠於死地，不料弥彦却挺身出来挡了这一记毒标，小命奄奄一息‧‧‧。
9最强的秘密军团 恐怖的御庭番众
原来神祕女郎小惠乃出身於会津的医药世家，父亲是一代名医，因为会津大战不幸丧生，母亲和两位哥哥也下落不明。富商武田观柳实为军火贩子，他为求财富，不择手段，胁迫小惠制造鸦片，图谋厚利。小惠不愿辱没门风制造鸦片害人，遂逃出观柳之处，而中途为剑心所救。然而观柳却不肯放手，威胁小惠乖乖回去，否则派人放火烧了道场。小惠不愿殃及无辜，遂不告而别，重回观柳处。这厢剑心等人却决意把小惠救出虎口。
10苍紫 美得令人恐惧的家伙
剑心等人为了营救小惠，决定硬闯观柳邸。观柳知道剑心就是拔刀斋，欲重金收买想为贴身护卫，反而惹火了剑心。狡诈的观柳提出一个小时後交出小惠兔脱而去。一小时之後，赫然惊觉密探头子--苍紫所率领的御庭番众已经在屋内设好层层关卡，严阵以待。剑心等人一一硬闯，最後终於来到苍紫面前。苍紫不愧为江户城御庭番众的头目，几招之内便将剑心打得口吐鲜血‧‧‧。