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1独角兽之日
宇宙世纪0096年——。点燃新吉翁与地球联邦军战火的“夏亚之乱”事件发生后的第三年。在工业用太空殖民地工业7号上居住的少年巴纳吉・林克斯,与一名自称奥黛莉・伯恩的神秘少女相遇。巴纳吉决定帮助奥黛莉,一起阻止毕斯特财团与新吉翁残党军“带袖的”进行战争火种“拉普拉斯之盒”的交易。然而同样为了阻止交易而潜入殖民卫星的地球联邦军和“带袖的”开战,使殖民地沦为战场。巴纳吉为寻找奥黛莉,在战场上奔走之时,与“拉普拉斯之盒”的“钥匙”——机动战士独角兽,命运般相遇了。
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2红色彗星
现任毕斯特财团家族首领的卡帝亚斯,将“拉普拉斯之盒”的“钥匙”机动战士独角兽托付给了少年巴纳吉・林克斯,与“带袖的”成员玛莉妲・库鲁斯中校驾驶的刹帝力交战后,被隆德・贝尔所属的攻击型登陆舰“拟・阿卡马”号捕获。同时在舰上的,还有巴纳吉的朋友拓也和米寇特,以及为阻止“盒子”的交接,而与卡帝亚斯接触过的少女奥黛莉・伯恩。敌方一台MS单独对拟・阿卡马号发起了挑战。 这架红色MS被称为新安州,驾驶者弗尔・伏朗托是“带袖的”领袖,被称为“夏亚再世”的男人。
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3拉普拉斯的亡灵
巴纳吉为了保护米妮瓦,驾驶独角兽敢达出击,与弗尔・伏朗托的新安州在战斗时被捕获,囚于新吉翁残党军“带袖的”据点–资源卫星帛琉。为将夺回巴纳吉和独角兽,联邦军中率领特种作战部ECOAS的塔克萨中校,配合拟・阿卡马号,对帛琉发动袭击。 巴纳吉趁乱带着独角兽逃出了帛琉,然而… NT-D系统的启动揭示了通往“拉普拉斯之盒”的路标,因此弗尔・伏朗托派出了玛莉妲和她的刹帝力,挡住了巴纳吉的去路。
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4在重力井底
围绕着“拉普拉斯之盒”的战斗波及到地球,甚至连地球联邦政府的首都达喀尔,也遭到了战乱波及。地球联邦政府的中心人物罗南・马瑟纳斯,为了阻止“盒子”的开启,与隆德・贝尔的司令布莱特・诺亚布接触。另一方面,降落在地球的巴纳吉,正前往特林顿基地,那里有关于“盒子”的新消息。然而,罗妮却受到吉翁残党的愤怒驱使,驾驶MA尚布罗大开杀戒。
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5黑色独角兽
巴纳吉遭到黑色机动战士报丧女妖突袭而被囚禁。 在无路可逃的情况下,巴纳吉仍然坚持隐藏独角兽敢达揭示的指向“拉普拉斯之盒”的新坐标。隆德・贝尔队的司令布莱特从巴纳吉身上,看到了历代敢达驾驶员所具备的坚持与可能性,为此不惜向并肩作战过的老朋友求助。另一方面,从罗南处被引渡至玛莎处的米妮瓦,被当成能够控制巴纳吉的棋子,被移送到超大型运输机迦楼罗号。围绕“盒子”的战场,再次转向高空,最终再次飞往宇宙――。
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6宇宙与地球
由于弗尔·伏朗托的介入成功逃离地球联邦军舰队追击的拟・阿卡马号,被迫与“带袖的”共同作战。另一方面,伏朗托公布了对付联邦军的秘策,企图问出指向“拉普拉斯之盒”的下一个坐标。而他口中冷酷无情的未来,使得巴纳吉与米妮瓦感到毛骨悚然。此时,一艘联邦军的巡逻舰接近了拟・阿卡马号。
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7彩虹的彼端
具备颠覆地球联邦政府可能性的“拉普拉斯之盒”的所在位置终于大白天下。 那就是一切事件的起始之地,工业7号的墨瓦腊泥加。毕斯特财团的现任领导者玛莎‧毕斯特‧卡拜因,为了保护财团的利益,和外甥亚伯特・毕斯特陪同地球联邦政府中心领导、移民评议会议长罗南・马瑟纳斯,直接前往夏延山军事基地,企图终结这次事件。 另一方面,为了追上率先行动的弗尔・伏朗托夺取“拉普拉斯之盒”,巴纳吉・林克斯迅速赶往工业7号,却被驾驶报丧女妖・命运女神型的利迪,以及驾驶罗森.祖鲁的安杰洛挡住了去路。 首先抵达“墨瓦腊泥加”,来到“盒子”守护者塞亚姆跟前的人,究竟会是……。