1戴眼镜的孩子们
流传在孩子间的传言，大黑市最近宠物失踪的事件频繁发生。优子和京子坐火车来到了大黑市的奶奶家。在去奶奶家的路上优子的宠物狗追着illegal跑进电脑空间内部出不来了。优子找到一名叫文惠的女孩帮忙。文惠告诉优子用自己的奴隶老头子就可以找到传助。正在搜寻的文惠和优子遇见了球球，正在逃跑的时候优子听见了传助的叫声。文惠再试了一次就出了传助，可是沙奇出现了。
2线圈电脑侦探局
文惠和优子一路被沙奇追赶，最后躲到神社避开了沙奇。文惠带优子去常去的道具店里。谁知道竟然是自己的奶奶家。回到家的传助无精打采，用服务器也无法修复，而且在自动下载。最后文惠发现传助感染illegal病毒。老奶奶用让优子成为侦探社员的代价制作杀毒软件医治传助。优子上学离开后，一些奇怪的生物出现在优子的家中捕获传助，被奶奶发现了。
3优子和勇子
奶奶在家里追赶生物，因为扭腰还是没有追上。神秘生物抓了传助，并准备逃脱。奶奶用信息传送给优子和文惠。优子和文惠追赶，中途遇到了沙奇。文惠和优子走散，优子捡到了传助，逃避到建筑里，遇见双马尾少女；两人协同逃跑，岂料少女骗走传助，可是就在这个时候传助杀毒分离启动，病毒逃出；优子抱起被丢下的传助，看见少女用钥匙插进了病毒里并造成了空间崩毁。这时文惠追上优子并告诉她这个少女是暗号者。
4大黑市黑客俱乐部
今天学校来了一名叫勇子的转校生，这个转校生就是优子她们遇上的少女。可是少女否认见过面，并且冷眼相对。一名叫大智的少年上课对优子恶作剧，优子被文惠救下。大智又对勇子恶作剧，勇子却用3倍奉还。大智不服气放学后骗来勇子，用自己和朋友们设好的陷阱对勇子进行攻击，激烈战斗后大智完败。文惠趁机对勇子进行资料搜集，最后两人两败俱伤。
5争夺梅塔BUG巴士之旅
这一天文惠和优子去找自己同属的生物部部长原研，原研也是侦探会的一名成员。勇子故意暴露自己引诱大智等人去找标记水晶的事，文惠和优子原研跟踪其后。勇子带领众人来到堆积废弃巴士的空地，大智他们发现这里存在许多标记水晶。突然沙奇袭击了优子和文惠，沙奇看见大智等人也是追赶。文惠和优子在被追赶的穷途末路的时候，原研出现命令住了沙奇。同时勇子趁机以暗号者的身份做起了大智等人的首领。
6红色的自动机器
文惠和优子看见原研可以命令沙奇，疑心的文惠和优子跟踪原研，来到花店，怀疑这是邮政局的间谍，可是接触后发现不是。文惠和优子对沙奇进行了实验，中途京子差点被沙奇攻击。京子被姐姐教训后失落的走了。优子和文惠找到了正在给死去好友哀悼的原研，原研告诉他们沙奇的秘密。优子的妈妈电话说京子失踪了，众人寻找京子。优子看见京子差点被卡车撞倒，一个少女骑车救了京子。少女竟然是原研的姑姑。
7出动！！线圈侦探局
奶奶告诉文惠和优子找寻一只仓鼠电子宠物，里面藏有闪亮标记水晶的所在地。两人来到废弃工厂，正在找寻的优子发现了跟踪她的京子。京子发现仓鼠，一直追寻。勇子在工厂布下陷阱和暗号捕获病毒illegal，可是出了差错和优子两人一起被关在密室里。在密室里两人讨论起来illegal的真身，这时京子被illegal追赶，勇子打开密室后追赶解救京子。勇子在千钧一发的时候救下了京子。
8夏祭、再来是决斗
夏日祭到来，大智和大黑黑客的朋友们听从勇子的计划打算抢夺文惠和优子的眼镜。在夏日祭上大智和文惠两人玩得很开心，大智想起了小学时的事情，可是被勇子打断。这时的原研和优子发现了病毒illegal，可是原研确认出了这是原来的宠物，结果被突然到来的球球毁灭了。大智被勇子怂恿说出了违心话，在生物部合宿的时候进行试胆大会的决斗，输掉的人要交出眼镜。
9“那边”的道子
生物部的合宿开始了。晚上，为了活跃气氛大智讲起了道子的鬼故事，原研说了不同版本的道子的故事。试胆大会进行中，两方拼死对战恐怖怪物的陷阱；学校的周围响起了女孩的声音，原研姑姑给沙奇下了指令让她进入学校，勇子也埋伏在附近，她们的目标就是道子。原研追着道子来到一个屋子，看见电话拨下号码，竟然与死去的观奈通了电话然后晕了过去。赶到的勇子竟然用指令和道子合二为一。
10观奈的日记
合二为一的勇子很轻松地就解决掉了沙奇，并且告诉原研的姑姑不要多管闲事。事后大智被勇子赶出了大黑黑客。原研从电话中得到了死去观奈的信息，文惠和优子以及原研决定根据提示再走一次路线，发现可疑之处。优子回忆起小时候的一件事，记忆中的一个男子与她相遇，一起找寻传助。优子认为这个男子就是原研。优子在奶奶的帮助下提取了观奈日记的信息，和原研又进行了一次搜查。