1最初之日
生活在被大海和山包围的冬木市的高中生卫宫士郎，过着和平常一样安稳的生活。但是，在这样的日常生活背后，街上频繁发生的煤气泄漏事故、十字路口的强盗杀人事件等阴暗奇怪的事件接连不断。那是以此地为舞台，围绕着与连绵不断的圣杯展开的战斗“圣杯战争”的序章。
2命运之夜
作为魔术师之一的远坂凛，与使魔（从者）“Archer”一起开始了有关“圣杯战争”的敌人的搜索。在那里遇到的敌人的从者"Lancer"成为战斗的凛。因为学校事情回来晚了，士郎目击了士郎的战斗，被Lancer袭击刺杀了…。
3开幕
士郎被拥有美丽少女姿态的从者“Saber”救了命。与那样的Saber对峙的，是往来着同样的学校的凛。虽然士郎很吃惊，但从凛那里听说了“圣杯战争”的概况，并且被神父所说的“圣杯战争”的监察官言峰绮礼问及对战斗的决断…。
4最强的敌人
从言峰那里听到关于“圣杯战争”的士郎，决心要战斗。在士郎的面前，数日前夜擦肩而过的不可思议的少女伊莉雅和她的从者“Berserker”挡住了他。是与袭击的Berserker作战的Saber,不过，因为跟Rancer的战斗受伤被Berserker的攻击前压倒…。
5两个魔术师〈前篇〉
士郎为了不让作为朋友的妹妹的间桐樱和班主任藤村大河告诉Saber的存在，不让她们看到而把Saber藏在自己的房间里。但是，对于这种状况感到内疚的士郎，最后向樱等人介绍了Saber。无法理解的大河，决定和Saber在道场对抗…。
6两个魔术师〈后篇〉
被战斗着「圣杯战争」的自觉没有的士郎感到愤怒的凛袭击了的士郎，由于那个压倒性的实力差被她逼迫。但是在决定终结的时候，校内响起了悲鸣。二人赶到的地方，被拔出了作为魔力的源泉的生命力的女学生倒下了。马上护理的凛,不过，那里什么人加上攻击…。
7蠢动
士郎和凛，直到打败隐藏在学校的另外一个主人为止缔结了合作关系。其中，那位主人的从者“骑士”在学校张开的结界，在再过2、3天发动之前就增强了。为了防御大惨事，士郎和凛一个一个找出构成结界的咒刻，由于解除的事打算推迟发动…。
8不协调的旋律
骑车的老板是士郎的朋友、樱的哥哥慎二。从慎二那里得到的情报得知，柳洞寺里潜藏着更进一步的从者，士郎必须向柳洞寺进攻。但是，面对这样的士郎，Saber认为应该战斗而对立。那天晚上，Saber单独前往柳洞寺…。
9月下流丽
在单独前往柳洞寺的Saber面前，Servant“Assassin”挡住了。另一方面，在Saber们的战斗间隙尝试潜入柳洞寺的Rider，与Servant“Caster”对峙着。竭尽剑技战斗的Saber和Assassassin。但是，Saber觉察到就这样无法打倒Assassin…。
10和谐的幕间
为了在实战前一次也经验多的战斗，士郎向学校请假做了Saber和剑的练习。对Saber完全不起作用的士郎,不过，果断持续打进。这时，出门买东西的士郎在商店街被依莉雅搭话。与曾经战斗时是另一个人，像哥哥一样仰慕的依莉雅让士郎不知所措…。