1这是不可思议的邂逅吗？
奈叶与由诺初次相遇。平凡的小学三年级学生高町奈叶，在学校归来的途中突然听到求助声。并发现了一只受伤的雪貂，将其送往了兽医医院。 当天夜里，再次听到求助声的奈叶赶到医院后，再次见到了正被巨大黑影袭击的雪貂。从“会说话的雪貂”尤诺接受了魔导器“旭日之心”，变成了魔法少女。但是她却面对黑影的挑战…
2魔法的咒语是莉莉卡露
在结合自身的魔力与“旭日之心”一起将黑影击退，并将其本体“圣石之种”成功封印，并成功封印第二个“圣石之种”第21号。奈叶认识尤诺之后，对他的挫折和肩负的责任感到难望，决定志愿帮助他。“圣石之种”侵蚀小狗引起了异变，赶到现场的奈叶意外得不使用启动口令便发动了“旭日之心”，并成功封印第三个“圣石之种”第16号。
3街上充满了危险吗？
奈叶渐渐习惯了“圣石之种”的收集工作，此日深夜在学校成功封印第四个 “圣石之种”第20号。奈叶的父亲高町士郎是“翠屋”咖啡店老板兼翠屋JFC足球队教练，他的足球队的守门员少年所持有的“圣石之种”和女友一起发动，造成大规模破坏影响。 奈叶发动探索魔法，魔导器变化为射击模式后，使用了新的远距离射击魔法“天神烈破”成功封印第五个“圣石之种”第10号。
4对手！？另外一个魔法少女！
奈叶和菲特初次相遇 在月村铃鹿家中参加茶会的奈叶，发现了被小猫发动的“圣石之种”所产生变“大”的影响。在奈叶刚一变身时，菲特出现。菲特在击晕奈叶后封印了“圣石之种”第14号。
5这里是温泉胜地 海鸣温泉
奈叶和菲特的使魔艾尔芙初次相遇，以及再次遭遇菲特 在奈叶家人和朋友一起前往海鸣市温泉游玩时，“圣石之种”被发动了。当奈叶刚赶到时菲特已经完成了封印。 然后，两人就对峙起来，但是奈叶明显落入下风，最后还被迫使旭日之心排出了一颗“圣石之种”。
6我们无法互相理解吗？
由于菲特的出现让奈叶深感迷惘，使身边的朋友感到毫无理解，就连月村忍也非常关心。 晚上，菲特和艾尔芙使用魔法强制发动圣石之种，圣石之种第14号刚一发动奈叶和菲特就抢着封印，但都未成功。 奈叶以前很理解艾尔芙的心情，但并不理解菲特的心情，随之为演变成战斗冲突。最终双方魔导器都被损坏，并引发次元震。
7第三个魔法使吗？
4月27日,为了查明小规模次元震的原因，时空管理局舰船“阿斯拉”开始向奈叶所在的世界进发。 由于不满菲特对“圣石之种”的收集速度，母亲普蕾西亚严厉的体罚了菲特。 在海鸣临海公园，“圣石之种”第7号接触一棵树而发动，奈叶和菲特压制圣石之种后。刚要战斗时，被克洛诺·哈洛温执行官介入并阻止。
8那是大危机吗？
奈叶与菲特初次遇见克洛诺 在成功阻止第7号“圣石之种”之后，克洛诺进行了介入并阻止菲特和奈叶展开的战斗。该“圣石之种”被克洛诺回收。 阿斯拉舰长琳蒂提督和克洛诺得知此事后，晚上，奈叶与尤诺分别出于约定和责任的要求协助收集圣石之种。经过琳蒂同意后，两人临时入局。
9海面上的决战！
由于时空管理局的支援，奈叶的“圣石之种”收集工作进行的非常顺利。 转移到阿斯拉之后10天的时间里。奈叶收集到了第8号、第9号、第12号三颗，而菲特收集到了第2号、第5号两颗，还剩下最后的六颗。 但是，同时发动六颗“圣石之种”的菲特陷入了危机，奈叶不惜违反命令出手相救。 最后在两人的合作下，六颗 “圣石之种”被成功封印。但是普蕾西亚的次元跳跃魔法击中菲特和舰船阿斯拉。双方再次陷入紧张状态，最终以艾尔芙和克洛诺分别捕获三颗后结束。
10各自心中的誓言
由于艾尔芙不忍心菲特被普蕾西亚虐待，最终发生冲突，被攻击重伤逃走后，掉落到奈叶所住的世界，退化成大型犬后被爱利莎收养。 对与偶然前来访问的奈叶和尤诺，和随后监视的克洛诺，艾尔芙以“解救菲特”为条件，向众人说明了整个事件的详细情况。 随后阿斯拉的任务即转换为了逮捕普蕾西亚，而奈叶则接受了解救菲特的任务。并在海鸣临海公园开始了与菲特之间的战斗。